MmuINT0038643 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000034903 | Cobll1
Description
Cobl-like 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2442894]
Coordinates
chr2:65088350-65095864:-
Coord C1 exon
chr2:65095688-65095864
Coord A exon
chr2:65089558-65095687
Coord C2 exon
chr2:65088350-65089557
Length
6130 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTAAGT
5' ss Score
9.35
3' ss Seq
AATGTGTTTCTTCCTCTTAGGTT
3' ss Score
11.04
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAAATAATCCTGTACAGAATGAGCACAGTTCTCAAGTGCTGACTCCAGCTGATGGCCCATCGTTCACCCTTAAGAGACAGAGTTCTCTAACATTCCAGAGCTCTGACCCAGAGCACGTACGACAGAGCTTGCTCACTGCAATCCGGTCTGGAGAGGCTGCTGCCAAGTTGAAGAGA
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTACTGTTCCATCGAATACAATATCTGTGAATGGGAAGTCGGGCCTCAGCCAGTCCATGTCCATTGACGCCCAGGACAGTCGCTAATATTACCCTGCTGTGACACACTTCACCGACCAGCTTTCTGCCTACAAGAAATATTCACAAATATATATTTAGATGTACATTAATATATAAATCTATTCAGGAGTAAACATTTGTATTATGGATTTAATGCCAAAAGAAAAATGAATAGAATCTATAATTTATAATAAGTTTTGGCCTTTTTGTTATAGCTAAATACTGCTGCTTTAGAAATGTTAAACAAGGTGTAAATGACTTGTTTTTTTCCAATGAAGAACAATCACTGCTTATGGTTTTTTTTTTTCCTTATGGATATACTGTGCACCATGAAACAAAGGTGTAAATTGAGATTTATAGACATACTGTATGACACAGAAACAGGCAAGCACAGACTAACATTTACTGCCTCAGCGTTAGGCTATAATTAGAAAGATAATTTATAGTACGGCCTTTGTTGCTGAAAGACGTGGAAGACTAGTAAATCAAATAGATAATGTTCAGTTATTTTTATTGAAGAATCACTATGAGACTTATTTTATGTATTCTTTAATTACAAGTGTCAGATCTGTAGGTAACAGTTGAGTATTTTTAAATAGAACACTTTAACCTTTAGAAGTAAAATTGCACAAGAAGACTTTAAGATATTTTCTGTATATAATTATGATGTTGTTACACAGATATTGCATATTTTCTAATGCCAGAGGCCTTAAAATATCCCTGTGAAAATGTTGATACATTGTGGCAGTTATTTCACTTTTGCTATAAGGAGGAATTGAGGGTTAGTTTATGTCCACATTCAAAACTTTGAAGTCAGACATTTGCAAAATCCTGATTTTTTTTTAATTAAAGAAAATGCTAAGTTAGTCATTTATGTATCTCAGATGCTAGCCATCTAAATAATAATATATATTTTCCTGAAAGCCAAAATCGTTGAGAGAAACAGTACTTGATGTGTCGGCTTCCAGTGGCCCAGAAGTTTAGAACGTGTTAGTGTCCTGGACTTCCTTAATAATTTTATTCCTCTTTTATTCAAAAGACTGCTCAGACACCTGACACTGAACTTTTTCCTAAAGCTACTGGAGTATCTGTCATCCTGACACATAGGAACCTTTTTCCGTTTAATAAAAGCAAGTTATATATTTACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000034903:ENSMUST00000112431:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.944 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types