HsaINT0048143 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000066084 | DIP2B
Description
DIP2 disco-interacting protein 2 homolog B (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:29284]
Coordinates
chr12:51053977-51065181:+
Coord C1 exon
chr12:51053977-51054102
Coord A exon
chr12:51054103-51064968
Coord C2 exon
chr12:51064969-51065181
Length
10866 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAGGT
5' ss Score
8.37
3' ss Seq
TTTTTTCTAATTCCACACAGACA
3' ss Score
8.09
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATCCACACAGAAGCAGTTCAGGCTGCACTGGCAAAGCATAAAGAACAGAAGATGGCTTTGCCCATGCCAACCAAAAGGCGATCCACATTTGTTCAGTCTCCTGCAGATGCCTGCACACCTCCTG
Seq A exon
GTAGGTTTATCAGAGCTTTTTCTCTCTGACAGTTAATACCTTGATGTTCCTGAAATAAGTTCTGCTTTTTCTTTTCTGAGGTAAGAACCAGAATCTTCTCCCCGCCATTAGAGGAATGTAAGAGAACACTCTGAGGTGGCAGATTTTGCTTGTCATCTCGTAAACAACACACAAAAAGATGTCTTAAGAGTAAAACTATTCAAAACTAAACAAAAAAACTTTCCTTCTGAATTTCCAGTCTTTTTTTTTTTTGGCTGTAATCCCCAGACTTATGTAGTCATAAATACAGGCCAAAGCTTAGGCCAAAATCCTGCTGTGTTAAATAGCCACTTTCATTGTCACCCAATATACTACTTGTAGTCATATATCTAATTCATTTGTACTCCTAAACCAAATGCTTCGTCTCTGCAGCAGGCATGAGAATTGTTGGACTTGGGACAAAAGTTTTTGTGTCATTAACAATTATGGAAGAGCAATCATGCAAAGTTGTGATGGACCTGCAAAACGTATATAAGTGTGTTTATGTGTGTGTGTGTTAATGTATTTTGTACACATTTATTTATTTTTTAAGAATCTACTTTTTATAACGGGGTCATGAGATCAGTGAGAACTAGGTATCTTCATCCCATCCCTGTTCACCAGACTTCAATCCTTATGCTCCCTAAGGTAAATTTAAAGAGTTATAACTTCATATTTGAGGAATAACTAGAAACAATCTAAGTTGTCTTGTCTGTTCAGAATCTCTCCCAAAGTTTTTTTAAAACCTTAAAAAAAATTTTTTTTGAACTTCTCTAGTGGAAGCTCGAAAAAAATTTTTTTTAGATCGAATCCCAGACAAGATCTTGATATAGGCCTTTGAGACTAAACATAGTAAATCTATTTCAGAGCCTCAATATAGTGTCTCTCTTTCTACTTTCATGTTACTGGTAATGAAATCTTTGAGAACAAATTTCCCCATACTTTTTTGGCCTAAACTACTTAATACGTCTTTGGGGAGATTCCTAGGTTGCCTTATGGTTGACTTTGATTCACAGCTGTCAAGTTGTTGAGCTGTTCATACTGATCCTATTCCCTGATCCAGATTAATATTAATAGTTTTCTTCTCGGTTTTGGCTAACTTCTCAGAGCATTTGGGTATGCTGTGGGCTCATTTACTGTGTGTGCTTTTTTTCTTCACATCTGTGGTGTCAACATGTTTGAAAGAGAAATAGCTCTGTGGCTTCAAGTGTTTCTCAAAATGTATCACAGGGTACCTCTAGCCGGCTATCACAGTAAGACAGTTTGTGTCTATAATGGTGCATACCTCAAACCTACTCATTGAAAATCTTGGATGGTTTCCCTTCCACATTAGTACAGCACAAGTTGGGTCCTCATGGACAAAGGGGGCTCTCAGTTTAGTAGCTATTCCTTTTTGGCAGATTACACTGCAGTGTGGCTGAGGGTTCAGTTGCAGTAAATGGCAAAGGGTAGGGAGCAGCATGACATGTAGTTCTTGGAAATAATCCCCTCCAAAGCTGTATCAAAGACATGCAGTTTCAGAGTAAATAGGCTGCCCTTATGGCTTTGGGTGAAATGTGAGAATGCAGCAAAGACCTTGAGAATGCTCAGAAGGAGTGGAAACCTTTTTTATCCGCTTTTACAAAAGTCACTGCCTGAGGGGAATTCACGAACTCTAGAAACAAATCGCAGCTGTTCATTGCTGAATGAGACTGTAGTCCTTTGAAATTAACTATAGGCCTCTGTATTTCTAGACACTAATGTTCTCCTCTGTCTGCAGCCTTGACGTTGTGGCCTAATGTTCTTGATCATATTATATGTTTTATACATAATAATTTCATGATTCCAAAGATACAATCCTTTCTCCTAAGACTTGTATTCAGCAGAACAGAGTAATAAAAAGGTTCTGTACCCATTTATCTCCTGTTCTGGGGATCTCTGGGTAGTATCTGAGAAGGCTTCATGTGCTGTGAGGGACATCTGTGTTGTCAAATAGAAGAGGAATTCTCTCACAACAAGGGGAAACATTGAGCGCACCCTGCATAGTGATTTCTCACACAGCCCCCACATGGGATATCTTGATGCTGTCATGCAACAATTACACACATGCCTAAGACAAATACTTTGCTCTAGTGAGGAAATTTGGGAAGAACTCTTATCATAAGGCTTCCATTAGCCCCTTTCATTTTAGGGAGTAGAATTTGCTGTTCCCACATTAGGAATCGATTCCATTCTCTCCAAGATCTTAAGAGCTACCAATTGGCTGTTTCCAATGCCTAGTTGTAGCTTAATCCTACATCAGTATCTCCCAGAACTTGTTACAGCCTAACCCAGCGATGTGGAATAGGTTTTATCTCGCATATGTACTCTGATAGCCATAGAAACACTGAAGCTTAGAAGATGCCGAGGCTGTGTTCAAGGGAAGGGAGGAGGAAGAAAACTTACATTAATCATTGCCATTAAAGTCTTTAAAAAAAAAATGAGCTTCTGGCCAGCTACCAAAGTGACCTAAAGCGGGGTACGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTAGGAGGCTGAGGCAGGCAGATCAGGAGGTCAGGAGTTCGAGATCAGCCTGACCAACAAGGTGAAACCCCGTCCCGGCTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGTGCGTTCCTATAGTCCCAGCCACTCAGGAGGCTGAGGCAGGGGAATTACTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTCGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCATTCAGTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAACAAAACAAAAGTGACCTAAGAACAGTTGTGGTGCCGGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACAAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACAGTGAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCAGCGCCTGAAGTCCCAACACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCACAAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACAGTGAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCAGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCTGGAAGGCAGAGCTTGCAGTGAGCCGAGACCGCGCCACTGCATTCCAGCCTGGGCAACAGAGCCAGACTCCGTCTCAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAACAGTTGTGGCCAGGTGTGTTGGCTCATACCTGTAATCTTCACACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCCTAGGAGGGGACCAGCCTGTGCAATATAGCGAGACCCCATCTCTACAAAAAATTAAAAAGTTAGCTGACTGTGGTAGTGCATGTCTGTTGTTCCAGCTACTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGGATCGCTTGATCCCCAGAGGTCAAGGCTGCAGTGAGCCGAGATCAATCAACCGTACTCCAACCTGGGAGACAGAGTGAGGCCCCATCTCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAAACAAAAAGTTGTACCACTCTTGCAGGGAAAAATTAGCCTAATAGCCTAATATTTTACAGGATTTAGTTGCATCTTTCTTTGTACACTGCCTGAGATGTTACAGCATACATCATAAAGCACATCTTGGGTCAAGGCTGTCACTCTGCACTTGCTGTCTTGTATGCACCTGGTTTCTGGGATAACTTCTAGAGTGCACCAGCCAGTCAGCTTCTTTGGGAGGCACTCAATACGTAACTGTTTGAATTACTGAACTGATGAAAATTTAGAGCTGCTCTTTTTGAGGGATTTAATAAAAAGGATTAAGGAGTAAAATATGTCAGATATTTTGGCTTTATTTATAGTATCATATAGTCTGGAAAATATGGTAAATAGTTGGCATGGGAAATAATTTGTCTTTTGTTCACAAATCACCTGATAAGATGTCAGTCACCCTAAAATTTGCTTATTGAATTATGTACACTAATTTCTATCTTGTGAATTAGAAAATTTAAATTCTCTAAATTGGTAGCAATCTATGGTTCTTTTAGTGCTTGTGGCCTTTTTCAGAGTCTTTTAGACTGCTTGAATTACTGCCATCCAGTTCCCTTTATGTGCTGAAATCATTTACTAATGTCATGAGGCAATTACCTCAGCTCTTTCTTTGTAGGGGTTCTTTGTGTAATGCTATTACTCATTCATACGGAAAAGCACAACGCAAAAACTACAGCATATATTTTTTCCCTCTAAGCTTTTTCCGCACCCTTGTGGACTTACCCTTTGCTGCGTTCTGAGAGTGCACAGATGACCAAATAGACCACATAATGACCCTAAAGCACAGTAAGCTATTTCAACTAGCTTAAATTTAGAAGTCTGTCTCACACAGGACTCTGCTTGAGAGTAGCTAGAGTAATTCATAGGGCCAGAAGACAAGGAGAATTTCCCTCCTTTTTTGGTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACACAGTCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTATAGTGGCTCAATCACAATTCACTGCAGTCTCAAACTCCCAGGGTCAAGCAGTCCTCCCACCTCAGCCTCTCTAGTAGCTGGAACTGCAGGTGCATGCTGCCACACCCGGCTAATATTTTTATTTTTTGTAGAGTTGGAGATGGGGTCTCACTGTGTTGCTCAAGCTGGCCTCAAACTCCTGGGCTCAAGAGATTCTCCAAAGTGTTGGGATTATAGGCATGAGCCACCACACCCTGCTCTATATTTCTATATATGAAAATGATACCCAGCAACAGATTGGGATATTATCCTTTTAACCTACTTTAATAATGCTTCATGGAATTATAGTACATTATGGTATGCAAAGAACTTTCACATACTAATGACCGCCCTGTGTCATTTGTTTCTCATAAATACTCTGTAAAGTAGGAAGGGCAG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Seq C2 exon
ACACATCTTCGGCCTCTGAGGATGAGGGCTCTCTGAGACGCCAAGCTGCGCTCTCTGCTGCCTTGCAACAGAGCTTACAGAATGCTGAGTCCTGGATCAACCGTTCAATTCAGGGATCGTCCACTTCTTCATCCGCATCTTCTACGCTGTCCCACGGAGAGGTCAAAGGAACCAGTGGGTCTCTAGCTGATGTATTTGCCAATACTCGAATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000066084-DIP2B:NM_173602:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.961 A=NA C2=0.907
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064646=DMAP_binding=PD(25.0=69.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)