BtaINT0049333 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000005246 | DIP2B
Description
DIP2 disco-interacting protein 2 homolog B (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29284]
Coordinates
chr5:29415989-29426422:-
Coord C1 exon
chr5:29426297-29426422
Coord A exon
chr5:29416202-29426296
Coord C2 exon
chr5:29415989-29416201
Length
10095 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAGGT
5' ss Score
8.37
3' ss Seq
GTTTTTCTAATTCCACACAGACA
3' ss Score
7.32
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATCCACACAGAAGCAGTTCAAGCTGCACTGGCAAAGCATAAAGAACAGAAAATGGCTTTGCCCATGCCAACCAAAAGGCGGTCCACATTTGTCCAGTCTCCTGCGGATGCCTGCACACCACCTG
Seq A exon
GTAGGTTTATCAGAAGCTTTCTCTCTGACAGTGACTACTTTGATGTTCCTTGAGTTCTGCTTTTTCTTTTCTGAGGTAGGAGCTAGAACTCTCTCCTCGTCATCAGAAATGTATGAGTACACCCTGAAGGTGACAGGTTTTCATTATTGCATTGTAAACAAGACACAAAAAAGGCCTTAAGAGTAAAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTTCTTCTGAAATTCCAGAATTTCCTTGCTCTAACCTCCAAACTCATGTAGTCATAAATAAAACCAAAGCTTAGGGTCTAAAAAATACCCTTATGTTACTAAATAGCTATTCTTTATTGATATCCAGAATATGACCCAGAGTCATATATGTATGTCTTTAACAAATTTATACTCCTAAATCAAATCCTTTGTCTCTGCAACAGTCACAGGAGTATGTGATCTCTGGACAAAATGTTTTTATGTCATGAAAGAGAGCAGTCATGCAAAGTTACAATAAATCTAGAAAACATATATACGTGTTTATGTGTGTGTGAATATATTTTGTATATGTTTTTATTTCTTTAAGAATCCACTTTCTATAATTGGATCAGGAGATAAGCCTAGAGGCCCATCGCCACCCTCTAGACTTGGAAGACTTACCATCCCCACCCCCACCACAAATTCATATTTGAAGAGCAACTGGAACACCTTTAAGTTGTCTTTTCCATTTGAAATCTTTCCCAAAGTTTTTAAAAATTTAGATGAAGTCTCAGAATCTCGATGTATAGGCCTCTGAGACTAAAGAGTCCATCTGTTTCAAAGCCTCAGTATAGTGTCTGTTTCTCCACTGTCATGTTCCTGGTAATAAAATCTTTCGGGAGAAACATTTCCTGAACTGTTTTGGTCTCAGCGATTTACCCTGTCTTTTGGGGGAGATTCTCAGGAAGGTTACATTTGTCGTGGTCGACTCTGATTCACAGCTGTCAAGTTAAGCTGTTCACACTGATCTAAGCCCCTGGCCCAGGTTTATATTAATAGTCTTCTCCTAGGTTTTGGCTAACTTCTCAGAGCATCCAGGCGTGCTATGGGCTCATTAACTGTGTGTGCTTTTTTCTTTACATCTGTGGTGTCAATATGTTCCTAAGAGAAATAGCTCTGTGGCTTCAAGTGATCCTCAAAATGTAACGCAGGATACCTCTAGCAGACCGTCACAATGAGACATTTTGTGCTGTAGTGGTGCATACTTCCAGCCTGCTCGTTCAGAATCTTGGATGACTTCCCTGTCGCATTAGTACAGCACCAGCCGGGTCCTCGTGGACAAAGGGGGCTCTCAGTCTCACAGCTATTCCTTGCTGGCACATTCGGGCGCAGAGTGGCTGAGGGTTTGCCATTGTAGTAAATGGCAAAGGGTAGGGAGCAGCGCAGACTCCCAAGTCCTTAGAATCAGTCTTCCCCAGAACTGTGCTAAAGAAATGCAGCTGTGAAGTAGTCTGCTCCCATGGCCACGGGTGAAATGGGAGAGTGGAGCAAAGGATTTTGAGCATGCGCAGACGGAATGGAAACCTTTTCTGTCCCCTTCCAAAGTCACTGCCTGAGGGGAATTCACCAACTCTAAATCGAGGCTGTTCATTGCTGAACAAGACCATAGTCCTGTGGAATTTGGTACAGGCTTCTGTATTTCTAAACATGAATGTTCTACTCTGTCTGCAGGCTTAAAGATGTGACATCGTTTTCTTTATCACCTGGTAGTTTTAATAATTTCATGATTGTAAAGATTCGGTCCTCTCTCTTAAGACCTTTATTCAGCAGAGCAGAGTATTAAGGTTTCCTATCTATTTATGTCCTGTTCCGGGAACTCTGAATGGTATGTGAGAGATGTTGATCCACTGTTAGAGACATCAGTGTTGTCAAATAGAAGAGGGATTCTCTCCCAACTCGAGCACTGAGAGCACCCCACGTAGCGGTTTCTCACTTGGCCCCCACAGAGAGCTGAACCTTGATGTACTTGATGCTGTCGTTCTACAACACACATGCCTGGAACCATCCTGTGCTCCAGTGTGAGGGGCTGTGGAGGGACTGTATCATAAGGCTTCTCTCGGGACCTTTCCACTGGGGGGATGGAATTTGTTCTTCCCAAGTTAGAATAAGGTCTTCCCTGGTGGCTCAGGTGGTAAAGAGTCCGCCTGCAATGCAGGAGACTTGGGTTCTATCTCTGGGTCGGGAAGATCCCCTGGAGAAGGGAATTGCTACCCACTCTGGTATTCTTGCTTGGATATGGATTCCATTCTCTCCAAGCATCTGAGAGCCACCAGTTAGAGACTTGGCCATTGAACCTTAACCCTTTTATCACTGTCTCCCAGAACCTGTTACAGCCTAACCCAGGGAAGGCAGGTGGGTTTTATCTTGCCTTTTTACTAGCCCCAAAACATTAAAGTTTAGAAGAAATGCTGAAGCTCTGCTCAAGGGGTCAAGAGGAAGAGGAGAATTGACGTTAATTATGGATGGTTATGGCCTGATTTTGGAGAAGGCAATGGCACACACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGATGGAGGAGCCTGGTAGGCTGTAGTCCATGGGGTCGCTAAGAGTCGGGCACGACTGAGCGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACGGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCGCACAGAGTCGGACATGACTGAAGCGACTTAGCAACAGTAGCAGCAGCAGCAGTAGCAGCAGCATGGGCTGATTTAAAAAAAAAAAAAACAGGTTCTAGGCAGCTATGAAAGTGACATTGCTACTATTTTCTTTCTAGAAAAATCGTGCCACTCTTGCAGGGCAAGACTAACCTCAGATTTCATGGTATTATAGTTACATTGTCCTTTGTGCACTGAGAGGCCACACCGAAAAACGTCACAGAACGTGTTTTCTGCTCAGGGCCCTTCCTCTGCCCATGCTGTGCCAGGTGAACCTACTGTCTGGGATACCTGCTAAAGCGCACTGGCCAGTCGGCTTCTTAGAGACGCAACCAGCATACAACTGTGGGAGTCACTGAAGTGATGAAAATCTAGAGCTGATTTTGGAGTATTTAACAAAAAGAGTCTGGGAGTGAACTATGTCATAAATCTTGGTTCCGTTCATAATCATATAATCTGATAAATACGGTAAACACTTGGCATGAGAGCTGATTTGTCTTTTGTTCATAAAGCTTTCTCAAATAATAAAATGTCATTCACCCTAAAACCTGCTTATTGATACATGCACTGATTTCTATCTTGTGGATTGGAAAATCTAAATTCTCCAAGTTGGTAGCAGCCTGTGGTTCTTTTAGTGCCTGTGGCCTTTTTCATAGTCTTTTAGACTTTGAATTACTGCCATCCAGTTCCCTTTATGTGCTGAAATCATTTACTAATGTCATGAGGCAATTACCTCAGCTCTTTCTTTGTAGGGCTTCTTTGTGTAATGCTATTACTCATTCATACAGATAAATAGAATGCCAAAACTACAGCATATATTTTTTGTCTCTAAGCTTTTTCTGCACCCATGTGGGCCTACCCTGCACTGCATTTTGAGGGTGCTCAGATGAACAAATAGACCACATAATGACCCCAAAGCACAGTAAGCTGTTTTGACTGGCTTGCATAGAATGAAGCTTAAAATTTAGGGGTCTCCCTGAGTTTCTCTTATACAGGACTCTGCTTGAAAGGGACTGTAGTAGTAATTCACAGGGCCAGACACAGAGACATTTACCTCTCTGTATTTCTATATATGAAAACAATGCCCACGAACAGACTGGAATATTGTTACAGTTTTAGCAAACTTTAATGATGCTATATGGAATTACAGGATGCAGAGGACTTTCGTATACCAGTGGCTGCCCTGCCTCAGTTGTTCTGCTTAACCAACTACTCTGTGAAGTGGGAAGTCTGGATTTCTTTAGAGATGAGGAAACAGACAAGCTTACAGTCACTAAGTGATTTGTCCTAGGATTCAGCAATTATGTGTCAGACTCGTTGCTTGATTTTGTTTTTTACTCTTGGAAAGTTCTTTTTTGCTTAATGCTTCTGCTAAGTCGCTTCAGTCATGTCCGACTCTGTGCGACCCCATAGACGGGAGCCCACCAGGCTCCGCTGTCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCAAATAGATACTTGTATATGCATGGTCCTGGAATGGGTATTATTCCAAATAAATTGAACAGCTGTTGCCTTCGGAGAGCTTATAGGCTAAAATACATTATTAGTCAGTTACTAACTTGGAGAGTTCCCGTAGATATTCTAATTTTATTCAGAATCACAAAGTAAACCGAGATGGCAAATCAGACCTCTATAAATATGTTATAATTAATAAATTTTGGATCTTTTAATAACATGCTTTCATTAGTATTGATATGAGTTATGAGCAGAGCTCCACAAGTACTTAGAAGTTTAGTATTCAATATTCTTTAAGCCGAAGCACAATAAAAACCCAGTCTATCAGATTGAATTAGTTTATCTCAATAAGTGATTGTAAAATTTAAAGTTTTCCAATAAACGTAATTTCATACTACCATTTCTTGAGTACTTCTGTGTACTAGTCAAAAGGCTGAGTGCCTAACATTTTTTCATAATTTGTTTTCTTGACAATTCTCTGTTCGATTTTACAGATGAGACAACAGATTTAAAGAGGCTTAATAACTTGCTCAAACATCTTTTTCTAGCTGTGTGGTCAGTTAGACAACCTGAAAACTCTCTCTCAGAAAGAGGGAAAAGAAAATTTCTCTTTAGTACTAGGTAGAATATAATCAGCTTCCTTTTAAATACATACAGAAGTGAGAGAGGTAGAGAATGATCACTAAAAATCAGTGTGGTGAGATGGGGCTGACTTTGACTGTCCTAGGGAGGAGAAGAGACTATCAACAAAAGACCTAAATTTTAATTACTA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TGCTGTCAAAGTTGAATGTGTGCTCATTGAGAAAGATCTGGAAGGTCTGTGTTCTAGGCAGGATCGAGAACTTCTGTTTTTCTAATTCCACACAG
Seq C2 exon
ACACGTCTTCGGCCTCTGAGGATGAGGGCTCTCTGAGACGCCAAGCTGCGCTCTCTGCTGCCTTGCAACAGAGCTTACAGAACGCTGAGTCCTGGATCAACCGGTCAATTCAGGGATCGTCCACTTCTTCATCTGCATCTTCTACGCTGTCCCATGGAGAGGTCAAAGGAACCAGTGGGTCTCTAGCTGATGTATTTGCCAATACTCGAATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000005246:ENSBTAT00000006902:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.931
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064646=DMAP_binding=PD(25.0=69.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]