HsaINT0076593 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000143341 | HMCN1
Description
hemicentin 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:19194]
Coordinates
chr1:185976260-185984569:+
Coord C1 exon
chr1:185976260-185976414
Coord A exon
chr1:185976415-185984290
Coord C2 exon
chr1:185984291-185984569
Length
7876 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATAGTAAGT
5' ss Score
8.65
3' ss Seq
TGTTCTGAAATCCTTTGTAGTTC
3' ss Score
5.61
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTTTATTTTTGGGCGATCCTAATGTTGAACTTCTAGACAGAGGACAAGTCTTACATTTAAAGAATGCACGGAGAAATGACAAGGGGCGCTACCAATGTACTGTGTCTAATGCAGCTGGCAAACAAGCCAAGGATATAAAACTGACTATCTATA
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTCCACCTAGTATTAAAGGAGGAAATGTCACCACAGACATATCAGTATTGATCAACAGCCTTATTAAACTGGAATGTGAAACACGGGGACTTCCAATGCCTGCCATTACTTGGTATAAGGACGGGCAGCCAATCATGTCCAGCTCACAAGCACTTTATATTGATAAAGGACAATATCTTCATATTCCTCGAGCACAGGTCTCTGATTCAGCAACATATACGTGTCATGTAGCCAATGTTGCTGGAACTGCTGAAAAATCATTCCATGTGGATGTCTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000143341-HMCN1:NM_031935:30
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0767911=I-set=PD(57.5=94.3)
A:
NA
C2:
PF0767911=I-set=WD(100=90.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)