RnoINT0071122 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000028627 | Hmcn1
Description
hemicentin 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1564772]
Coordinates
chr13:68085942-68093203:-
Coord C1 exon
chr13:68093049-68093203
Coord A exon
chr13:68086221-68093048
Coord C2 exon
chr13:68085942-68086220
Length
6828 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGT
5' ss Score
11.45
3' ss Seq
TGTTTTTAAATCTATTTTAGTTC
3' ss Score
8.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTTTATTTTTGGGGGATCCTAACATTGAACTCTCAGACAGAGGACAGAATTTACATCTGAGAAATGCACGGAGAAGTGACAAGGGGCGCTACCAATGTTCTGTGTCCAATGCAGCTGGCAAGCAAGCCAAGGATATAAAGCTCACTCTCTACG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTCCACCTAGTATTAAAGGAGGCAATGTCACCACAGAAATATCGGCATTGCTCAACAGCGTAGTTAAACTGGAATGTGAGACGCGGGGGCTTCCTGTGCCTGCCATTACTTGGTATAAGGATGGCCAGGTGGTCACATCCAGCTCACAAGCACTTTATATTGACAAAGGACAATTTCTCCACATCCCGAGAGCACAAGTCTCTGACTCAGCAACGTATACATGTCACGCATCCAATGTTGCTGGAACAGCCGAAAAATCATTCCATGTTGACATCTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000028627:ENSRNOT00000030971:31
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.151 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0767911=I-set=PD(56.8=94.3)
A:
NA
C2:
PF0767911=I-set=WD(100=90.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]