MmuINT0078124 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000066842 | Hmcn1
Description
hemicentin 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2685047]
Coordinates
chr1:152570388-152580087:-
Coord C1 exon
chr1:152579933-152580087
Coord A exon
chr1:152570667-152579932
Coord C2 exon
chr1:152570388-152570666
Length
9266 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
TTGTTTTTAATCTTTTTTAGTTC
3' ss Score
9.84
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTCCACCTAGTATTAAAGGAGGCAATATTACCACAGAAATATCAGCGTTGCTCAACAGTATAGTTAAACTGGAATGTGAGACACGGGGGCTCCCAGTGCCTGCCATTACTTGGTATAAGGATGGCCAGGTAGTCACATCCAGCTCACAAGCACTTTATATTGACAAAGGACAACTTCTCCACATTCAGAGAGCACAGGTCTCTGACTCAGCAACATACACATGTCATGCAGCCAACGTTGCTGGAACGGCTGAGAAATCATTCCATGTTGACATCTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000066842-Hmcn1:NM_001024720:30
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.094 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0767911=I-set=PD(57.5=94.3)
A:
NA
C2:
PF0767911=I-set=WD(100=90.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
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