HsaINT0083180 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000150995 | ITPR1
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:6180]
Coordinates
chr3:4768810-4774904:+
Coord C1 exon
chr3:4768810-4768857
Coord A exon
chr3:4768858-4774771
Coord C2 exon
chr3:4774772-4774904
Length
5914 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTACGT
5' ss Score
9.15
3' ss Seq
ATTATCCTGTTTGAATTAAGGGT
3' ss Score
5.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCTTGAACCAAGTCCACCCCTGCGGCAGCTGGAAGACCATAAAAGG
Seq A exon
GTACGTAGTCTTGAGTCTTGGGTATCGGGAGCTAATGATCAATGACCGTAACACCTCCATCAGCCACACACTGTGATTGAGAGACAGCTTTTGTTGTTGATATTGTTAAAGCATTAATTGACTCAAGAGCAATCACAGCCATGTATATAAATGAAACTAAATAGTGGTTCTGCCCATTGTCTACCTGATCAGAGCACTGTAACCAGCTGGCCTCCAAATAATGACCAAGTAAACTTTTCATGTCCTTTTTTCTTTTCTGTGGTGGCTTTCTATTTAGGTGAAATATAAAAGAAAAAGAAAAACTGTAATGGCTGATGACCATTATAATTTATAATTTTAAAAAAATGGAAAAACGTTCATAATTACATTACCTAGCCACAAGAGCCACTGTTTTTGTTTGTTATTTGGGGTGGTTTTTTAGAGACAGATATTACTCTGTTGCTCAGGCTGGAATGTAGTGGTGCAATCTCAGCTCACTGCAGCCTCAACCTCCTGGGCTCAAGAGATCCTCCTGCCTCAGCTTCCCGAGTAGCTGGGACCATAGGCACCACACCCGGCTAGTTTTCTTTTATTTTTTATTTTTGTAGAGACAGAGTCTTGCTATGTTTCCCAGGCGGGTCTCAGACTCCTGGGCTCAAGCAATCCTCTTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGTGCCACCATGCCCAGCCCCACTAATGTTTTAATATTTCCTTCTACCTATTTTTTATACACATGAGCACATGTGCCAACAGACACAGGCACATTTGCATTGTCATTGGGATTATTCTAGGTATACAACTTTTGTACCCTGTTTTGTCATTTAGTACTGGATCTGAGCATTTGTTTTGAAAATCTTTGAAAGTTAACAGCTGCCTGAAGTTCCTCAAATTAACAGGTGGTTCATCACTGTTTTCCTTTGATGAAGAAATGAATGAATGTGTGCATCTTTGAATAAATTCCTAGAAGAGGAATTCCTTGGCCAAGGGGTAGATCTGTTTTTAAGGTGCTGACTGTGCCTTGCCAAACCATTTCTAGAAGATTGTGTATATCCATGAGCATGCTGACAGCACTGATTTTCATGTTGCCCATTTTTGGGAAGATAACCAGATGTCCTGGTGACACAGGCTTCATCCGCATTTCACAAGTAGGACCTTGAGACTCTGGGATGTTCAACATCTTGTCTAAGGTCATGGAGTTCAAAAATGACCTGTCATTATGAAGACTGTCTTGGAACTATGGTCGTCGGTGTCTAGGAGAATTTTTCTTTTATTTTTGTGGGTACATAGTAGGTGTATGTATTTATAGGGTACATGAGATGTTTTGACACAGGCACACAATGTGAAATACACACATCATGGAGAATGGGGTATCCATCCCCTCAAGCATTTATCCTTTGAGTTGCAAACAATCCAATTACACTCTTTAAGTTACTTTAAAATGTACAATTATGTTATTGTTGACTGTAGTCACCCTATTGTGCTATGAAATAGCAGGTCTTGTTCATTTTTTGTAACTATTTTTTTGGTACCCATTAACCATCCCCACCTGTCCCCTGTCTTGGAGAATTGATGCCTGAGATAAATGGGTAGCCAGATGCACCTGTACTCTGCTCACACACCCAGGCCCCTGCCCAGTCCCACTACATCCCAAATCCCTTTTGTTTTCTTGCTCTGATAGAGACATCAACTTTGTGATTTCTCAGACTAGGACCAGAGAATAGCTCCAGGAAGTTGGCATTTCATCCGAATTCGGGACATGAGGCTATAGCCCTTCTTCTCCAGCTTCCTGTATCTCCTGCACTTCATGGCCCGAGGCACCTTGCATTCTTATATTTTCCATCCTTGCCTGCCCTTTAGAATTGTCCTAGGTCCTAGGAGTAGCTGATAAAGGCACATAGCTGTCCCTCATGTCCTGAGCTCTCAGAGGACTTGGTATGGAATGCTGCCTATGCCTGTGAACTTTGTAATTAGAAACAGGTTCAAGTTTTGGGGTTTTCTTTTTGCCAGATACTAGCTGTGTGATTTTGAGCAAGTTAACCTCCCTGTGCCTCAGTTTCTTCTGCTGTAAAATGGGGGTGACAATGGTCCCTATACCTTAGGACAGTGAGCTGTGCACATGAAGCCCTTAACACAGTGGCTGGAATGTGATAAGGGATATTAACTTGTAGATACCTTGTGGAGTGAAACATTGAGGTGATTTTGTAGACAACAAGAGGAGAAGGAAGGTATTTTAAAATCCAGGCGCTACCCTCATGCCGACTAAGGTGTGAGAGGCTCACAGCTCACATGAGAGGGTGATCTTGCCTGAAGCACATGATTTTTAAGTGGCTGGAACCTGGGAAACCGAAAGGTCAGTTCTCTCTCTCCTTTGTGTGTGGCAATGTTAACTCCTTAGTGCCTTGTTCAACACTGGCTCTCTTCCCACGCAGTTCATTCGCTTATTTAGTTCAGTTCATATCAGTGGAACTCATATTGGTAGAGTGACCAGGTAGGAGCTTGGTTTAATTACTCCACATCACTAATCTACCAATTTTCATTGTTTTAATGTGACACTTATTACAAATGACTTTTTCTTTTCTCAGTCTTAGGTAATAATGTGTGGGAATTTCTGACTGAGACCAACATCTGATATTTGTTTGCATACTGTAGGTGTAAACTGCTGGAAAAAAACTGGTATTATTTTTAAAAAGGGTTGCACAGCCAAATGTTAAAGCTGAAGAAGTGACGTTATTTTAGAAGTCTTTTTTTTTTTTTTTCCTTCTCTGCAATCAGATTTCTCAGCCTGGTACATTATGAACAGCTTAGTGCTGTTGAGTAATTTATATCAGGATGATTAGGAAAGCTTTTCTCTGCAGATTTTAATTTTTCTTAAATTAAACCACTGGCTCAAACAGAATTTTCCTTGAACCCAAGTTTTCACATTAGAGATTTGCATAACTTTTAATAATTCTTATCCATTTTCCTTTTCTATCCCCTCTTACCTATAATTCTCAGTCTTTATTCTTTCAAAAAAGGAATGAATCTCATCTTTAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAACCTTGCTCTCTGGTTTTTCTTCCTTGCAGTTTAATTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTATAGAGAAGGTGAGATGAATATGTGCCAAAAACCTTATAATTAAAAGCAAAAAAAAAAGTTTGTTGGGTGGAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCCCCCAGAATGAGCACATTTCATGATATTCTCTTATGGGGGAAAATGTACCATTTGATGCATCAGTTGCTATGGTAACTGCTAGGGTTTTTCTGTTGAAGGAGAGACAAAATGGTAATGTGAGATCCCTTTGTAACTTGAGTTTGGCATCCAGTCTGCATAAATGTGGAGTTCCTGTTCCTGGCGTCCACGTGCTCCTTTCATTACCTCCTGCTTGCTTGATTGCAGACTGACCAGGGTCTTGCTGTTCACCCTCAAAAACACGAAGGGGGGAAGAAAAAAGCCACCACTAGAAACTGAAAATCTAAGCAAGTCACTCTAGCTCCAAGTGGAATCGTGGTACACAGGCTCCAGTTGAGACCCCCTTAAGAGATGTGTGTTTGTTGACTGGTCACAACCATACTGCCTTTCACTTGACCACTCAACCCTATGCTCTTTCAGATTCCCGTTGCGATGGCTACGTTGGCTGTCTTCCCTGGCTGCGGCTTACGGGTCTCAGCCCAGCCATCTAGCGCTCAAACAATGTTCTCACAGTGCCAAAGGGGATCCAGTCAGAGACTCAGGATGGTCAGCTGCCAATCACTCCTGTTGCTGGAACTCAAAGTCTGTGTCATACTGAAAGAAAATCAAATAGATGCATTATGATATTTAAAAAGGGAAATCATATTTAATCTATCATATTCAACATGGAGACAACCTTTTCTTTCTCTCAATTCTTTCTTCATAGGCTTTCTTGAATGTAGCTTTCAAACTTGTACTTCTCTTATGAAGTCAGCCTTTTAAATCACTGCGTTCCCAGTGACTTCTTCAGAGAGTGCTGATGTGTTTATACTGGTGCCTGAGACTGGAATACCAGTAAAGTTGTATCTTGTTTCCAGAATGGGGTATTCCAAGTCATTAAAGCATCTTGCACCGAAACTTTCTTCCCCACCTGTGAGCAGTTTATTTAAAAAGTACTTAAAATATCACCAGTAACTTACCCATTTGAAGCACTCTTGGAATTTTGAATTTACAGTCAGTCCAGTGGGAAATGAGTTTCATGAGCTGATAGAAGTTACCCTCCTTTGCTGAACTATGAAGAGAGGCATATTTGTGGGTGGAATGGAGAGAGGAAATTTGGGATTTTTTTGTTTTCTGCACATTCATTTAAAAATCAGTCCCCTCCCGTCTCCCCTGTTTATCCCATCCCAATCTGTCCCTGGAATCTTTAATTAGCAGCATGAATTAACAGAGTAGATAAACCCTTTCTGGGACTTTCCATGGTTTTGATGATTGACAGGAGCCAAGAGTTTCCTGCCTATCTCCTTTCCTCCTTGGTCCCCCACTTCTCCCAGGGTGCCTCACGTTTCCCAGGGTCCCTGCTTCAGTCTGCTCCCTCCCATCTTGTTTTGCAAATGCCTCACTTGAAATCTCCAGACCTATTCTCAGAGCTTATTAACAAATCATTTTAAATTCTTCTGACTCATGGTTCAGTTGCAGGTCTCTTCAAAAGAACTCTGGAGTCTCTGTTTTAGAGACCTGCTAGATTTCAACACCTTTCCTCTCGGCCAGACTTCTTCTCCCTCACCTCTCTTCATGACGTACCAGAGGAACTCCGTGACTTGCTACTTTGATTCCGGAAAGGAGTCCAGGGAAAATTTATACAGCCTTTGACTTTTAGAACCTTCAGATTAGGAGGTGGTCTTGGGGCCCCTTAGGAGTGCGGGTGAAAGTGTAGAGCTGAGAATGCAGAACGCATGCTGCCTCTGGTTA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Seq C2 exon
GGTGAGGCGCTCAGGCAAGTTCTGGTCAACCGTTACTATGGAAACGTCAGACCTTCGGGACGAAGAGAGAGCCTTACCAGCTTTGGCAATGGCCCACTGTCAGCAGGAGGACCCGGCAAGCCCGGGGGAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000150995-ITPR1:NM_001168272:41
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.517
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)