GgaINT0021976 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008294 | ITPR1
Description
inositol 1,4,5-triphosphate receptor, type 1 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001167530]
Coordinates
chr12:18463222-18479199:+
Coord C1 exon
chr12:18463222-18463333
Coord A exon
chr12:18463334-18479066
Coord C2 exon
chr12:18479067-18479199
Length
15733 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATG
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
CTTGTCCTCTCTGAATCAAGGGC
3' ss Score
5.43
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTAATAAAGCATACTAAACAGCTGCTAGAGGAGAATGAAGAGAAACTATGTATTAAAGTATTACAGACACTCAGGGAAATGATGACCAAAGATAGAGGCTATGGAGAAAAG
Seq A exon
GTAATGTAATTGACAGTTTGTCATTCTATGTTCAGCACTGCCTTTATTATTCAGTAAAGGAAAATAAACTTCTGGCTTCTTCAAGCTCTGTTTTGTATGTGTAAGCATTTCTGTGCTGGAGAAGGAACAAAAAAAATTTTATTCAGCTAACAACTTCAGATAGAATTGAAAAGATGACCCTGGTTTTGTTGTTTTCTACTTTAAATTTGCAAGTTTAACTCCTAGTTCTTCCATTGTCAGCAACTGCTTACCTTTTTATGATGAGTATAACATCTTATCTGTTTTTTTGGGTCCAGGTGACACTTCATCAGGTCACATACACTTGCAGTAAGAGGATATTTAGTGGTTTGATTTTAATTTACATACGTCTGAGTCATCATCTTGTGAGTTACAGATAGAAACTGTCTGTACAGCCACCCCTGTATTTTTCTTTTTCTTCTTTGCCTTTCCTATGTACAGCTCCTTTGTCTAATTGAGAGGGATGTTTTCCTGTAGCTACGGACCAGTTCTCTGAATTGGAAGTGCGTGTCTATGCCAGTATGTTTGGGAATCTGGATGTTACTGCAGTCCATGTCAAACTCCCAATCTATAGCATCTCCTACATTTTTTTAAGCAATCCAGCCTAACAACATGCCACACAGCAGGCACGCAGTACAGCCTCTGGGTGAACGTGCTCGTGAAGAGGTCAGAACTGGCAGCTGGGGCTGGGAAGCAGTGGTGTGGAAGGATGCTCCCTGCAGCTGGGAGCCTGTGCCTGGGAGCAGATGGTGTCTCGTGTCTGATGAGCACGTGCTGTAGGGTTTGAAGTTGTTGCACAGTGCTGGATTCACAGCCCAAAAAGGCAAAAGCTTTAGAACTCGTACAGCTTCATAATACAAATATTAACTGTTTTGTAGCTATAGCTGCAGCTGTGAGGATGGAAGAAGCTGTGAAGGCAGAGGAAGCTGTAGCATCACTAGGGTGAATTACCACCTGGGATGGCCCAGACAACCTCTGCTTTGTCTGGTGTAGCTGGAAAGGAGGACGCAGGAGCAGGAGGACGCTGGAGCAGAACACAGTGGTCTGCTGCCCGTGCAGCAGGAGGCAGGGACCTGGAGGAGCTGAGAAAGCAAACACAAGAGGGAGGCTGCAGGCATGTGGCTGTGCACGTGCACGTGTGTGGGCTGCAACCCGAGTGCACCCAGCTGAGCACGCAGCAGGGCGGGATGGAAGGAGGCTGCTAGCAAAGTGCCCAGAGGGCAGGGATGGTCAGGGCGTGCTCCCTTCCCATGTGCTGCACCTCTCAAGATCCAGCCCACCTCTGGGCTGTGGCTGCGTGTTTGTTCTGCAGTGCTGTGCTGCTAAGGAATTGTCTTCACTTTCCTGTAGCAGTGTGTTTTGGTAAACTCACTGACTTTGGGAAAGGGTCCTAGTACACTGCAGGAAAGAAACATGCATAGGTAGGATGAGAAGGGGGGAGCAGATCGGTAGGATGGGGCAGCTGCAGCTTCCAGCTTGTTTTCTATGAATTGTCCTCCTTTGCTCAAGTGTCGGGGTCCTGTGCTGAGTCACAACCCTCTCCCTGCAAAGCCCTGAGACAATCTTGGTACAGCTGGAAGTTTTCAGCCCTGATGTCCCTTTATGAAGACGTGCAGTACGGTGCAGGTCAGGTCTGGAAGGGGTTGGCTGCAGCCAGCACAAGTCGGGCTGCTCTGGCAATAGGGAGCTGGGTGAGGTGATCTGTTTTAGCAAGTGTTGGTGCTTGCTGATACTTTCTCGTGCCCAAAGCAAGGGGATATAAAAGTTGAAAGAGAATCTCAGATTTGGTAGTAGACTTTTAGTGAATTTATCAGTGTACATTCCCCCTTTAAAGAACAGCCAAGAGAGGCTCTCCAAGGTTGGCTGAAGTAATATAAATGGTGGAAATTATACATGAAAAAAATAAGAGCTTTGAGTTCTTAGTGCAATATGCCAGTTGGTTTTTCTAAATGGAAATTCATTTACAAGCATACCTTAGAATTTTACAAGCTTGGGTAAAGTGGCATCTCCAGAGGATGCAGTTACTGGGACGGACCGTTCTGTTGGAGAGCCCAACGTGATTCTCAGGCTTCCAAGTGTAGAAAATGCATTACAGCAGATTGGTTACATAATGTAAAATAAGAACATCTCTTGAAGTAGAGCTCTGAGTATGAGAAAGCAGCTGAGTGCTTACAGACAGACTGCTGGCGGTGTGGGACAGCTGCTGCCTGGGTATGAGAGCACAACCATGGGCTCTCCCCTGTGCTCATATAGCTGGATTTAATCACCACTTATGAGACAGTGCCTTTGGTTTTGCAGTCATCCTGAAGCGTAAAAAGGAAGAGAATCTTATCCACGCATTCTAAAGCTAGGGGGCCTTACATGCAGGCAGCAGATCTTAGTGCTGTGAGCAGTGTGCCGACCATCCGCACCGTGCAGCTGTAGGTGAGGGGTTGCTGCAAGCAGTGCCCGGCAGCAATGGAGCTCAGGGCCAGCTTGGGCACAGCATGCGGTTCTGCTGGCGTGCTGTGTGCTGCTTCTGGAACAGTCGGATTTAGAGAAGGCCCCACTCCTCTCCCACTGAATCTTCCAGCACAAACAGTAGAAACGCTGCACCCTCCTGGCCTGCGTGCTGTCCCTTCCGGAGGTGGAAACGTAATGAAAGCACAGCGCTGCCTCATCCCATTAGCTGAGGCCTTCATTAAACAGCTGGGATTCCTCTGCAGCATGCAAAAAGCGTGGTGAGAGTGCAGATGCACAGAAGCCCGTGGGAAGGTTCGAAGCTTTCCATATTGCTGAAGGCTCCCGCTCTTGGCACGCGCTCAGGCGCTCTCGGGGATGGGGAGCGCACCGTGGTGCATTCAGTGTGCTGAAAGCTCCGCTCCATTGACAGTGTAGGCTAGAGCCACTGTTTTTACCGAGCTGAAACATGTCATTCATGCACCTCATCCTGCTGCCTACCAGACGATGAGCTCAGCTCTCCAGTTGTTAGATTTCAGAATTCTGCTCCTGTTCCAAACTGGAAGCCCGGCTGTTGGGCTCCCAGCTCAGCTGCCCTCGCACGCCTGGGGCAAAACAGTGCAGTGAAATAAGCACAATGTTGGGTTATGGTGTCAGTGATAAATGGTTGGTAGGATACTAATGTAAGATTTATTTGTAATTTCTCTTACTAATGCTTGCTTTCAATTCTTCCCCCTCTTTTTTTTTCCCAGCAGATTACCATTGAATTGGATAATGCTGAGGTTTTAAATTTTATTTCTCTTCTCCAGTGTTGTTTGTATGGTGTTTGTTTCCCAAGCAGCCTGTGACCTGTCCTGTTGTCTCCAGCACTGTATGCCTGTGTCAGTGCAGTAGTGGAGGTCTCAGTCTGCCGTGTGTCCATAATGGGAATAGTTACCCTAACTAATTCCATGTGTCATTGCTTGGAGTATCAGTCCAAATGCCATTAGGATTCCTGGCAGTCTCCTGGTGCCATAGGAGATCTGCTCAGGTCTGGGACCTGAGCTCAGAGTGCCTGTGGAGCACTAACTGCTGTGAGCGCTGTCAAAGCATCGGCCTTCAGCTGCAATAAAGTACTGAAAGCTGTGTGCAAGTTGTGTCAGCTCTCTGGAAAGACAAATGCTGGTTTTAGTGGTGTTAGTAGAGAAGGTGGAAGAAGCTGGGAGGCTGTGGGAGCAGCCCCTGCCTGAGCTGCATGGCAGTGGGACGTGGCTTGTTCCCAAGGGGCAGCAGCAGGGCAGTGGGCACCGCTCTGTGCTGGGCCTGGTGCAGCTGTTTGCAGGCAGGAAGGCTGTGTGTGGAGAAGGGCTTTCAGTTTCACTGGAATTAAGCTTTCTGAGGACTCCTCAGAAAGAGAGGTGGCACGTTTGGTGTAAGCTGCAGAGCTCTGAGCTGCCTCTGCTGCTGCAGCTTCCTCAGGCAGACCCAAAAAGTCATTGTGGGCATGAATAATGGGACTCTTTTTGCATGAATGTATGATGCTCAGAAAGTGATGGACTACCACCTTATTTCACTGAAATGCCGGGGAAATAGAAGCATTTTCCTCTTTGTTTTGTCTCCTATGTTCTCTCCCAAACCGACCATTTAGAGGCAACAAAATTCAACCCTTTAAAATGCTCGCAGTGCTGCTCCTGTTTATTCAGTGGAAGGGATGATGAACTGAAAGGCGCGTTCTGCGGAACTCCATTTGGATGCTGATCAGCTGCATTTATCTGGGTAACTTTGCTCTGAGGAGAAGCACATCATATGTGAAATAGCGACTGCTTTGTAAATGAGACTTTTTCCCCCCATTTTTCCTGGGGAATGCATCCCAGCAGTGGCTCTGTGCAAAATGATCCTGTTGGCACAGGAACGCCTCCGTCAGGTGCCGGACCCCCAGGTTGTGCGGCGCATCCCAGAATAGCAACAGCATTTCATCTTGGAGAACCTTCAGACAAAACCATGAATAGTTTAATTGCAAATTAAGTCATAACATGAAACTCCTTCTCACTTAGTTTCTGGCTGTAACGCGCTGCCTTTGTCTGCAATAAATCAGCCGGAGCGTGCGGAGCAATTTGGGATCTGCTCTTGAGGCTGCAGCATTGGAATGCTGTCGCTCTGTGGTGGAGCGGCTACTGGAGGCACAGGTGGTGGCTGTGTGGGAGGGGATCCAGCGGGGTCCGGAACCACTGGTGATTCCCAAAGGCAGTCCCGGTGTTGCCTTTTTCAGCTTCTCACCCCCGGCAATGGTACGTGTGCAGGGCAAAGAACGCACAACCTCTAGTGTCAGCAGAGCTAATAAGTGCCCTCCTGCCTAACTCTGCATTATGTAATTTTTGTGACCAGCTGAAGTGCTCCTTATTCCCTCGGGGTAAGGCTCCTGTAAAATAACTGAGGGCAGAGCTGCCTGATTTCAGAGGATTTCTGTGATGGTACGAGCAGTCTGAGCTTCACATCCATCGCTTGCTTGCTGCAGGGCGATTTCAGTGCGCGGTGTTCCAGACACACCGAACCCCACGACATGA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Seq C2 exon
GGCGAGGCGCTCCGGCAAGTTTTGGTCAACCGTTACTATGGCAACGTCAGGCCTGCGGGACGGAGGGAGAGCCTCACCAGCTTCGGCAACGGGCCTCTGTCTGCTGGCAGCACCGGCAAGGCTGGGGCAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008294:ENSGALT00000013506:38
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.086 A=NA C2=0.364
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]