HsaINT0083211 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000150995 | ITPR1
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:6180]
Coordinates
chr3:4753441-4774904:+
Coord C1 exon
chr3:4753441-4753552
Coord A exon
chr3:4753553-4774771
Coord C2 exon
chr3:4774772-4774904
Length
21219 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACTG
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
ATTATCCTGTTTGAATTAAGGGT
3' ss Score
5.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTAATAAAGCATACAAAACAGCTGCTAGAAGAAAATGAAGAGAAGCTCTGCATTAAGGTCCTACAGACCCTGAGGGAAATGATGACCAAAGATAGAGGCTATGGAGAAAAG
Seq A exon
GTACTGCATTTTATTTTCATGGTCAAACCAGGTTTTACTATGAAACTGAAGGGAGGGACCTTTCAAAACCCACCTTAGCTCAGGCATTACTGACTGAGGGGCTAGCTTTTTTTAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAGCTGTTTATCCTGCCGTTAAAGGGAGCTAAATCATATGACTGTCTTTTTTAAAAGTCAAATATACTTAGTCGTCTCTTATAGGCTGATTGCCACATAATCTAATGTCAGAGAAGTGGTAATAACAAGATTTTCCATCTATTTAAATTCCCAGTGAGGAGCAAATGCCTCTTTTGTATCAAAGTATGCGTTTCTGATTTTTAGGTTTCAGCCAAGCATACCTGTGGGTTTACTTGCCTCGTTCAGATGAGCTGTTGCGCAATCCTTTCAGTGCATCAAGAAACGCCCTCCACTTCTAACTGCAATTAAGGCAGGCATACACGTCACCACTTCTGAGGGAGATTGGGAAATGGACAGTCCCGTGACCTGATTGTTCTTAGTATATGCAGTGAACAAGGATATACCAGATCCATTCCTTACACCTCTGATGTTGGGTAGAGCAGGACAGAAACAATGTCATTCCCTTTCCTTTCAGCCCCCAGCAACAAATGATGGGCGTGAATTGAAATCTCACTCATTTTCATTTGAAGGTAATAATGTTCAGTAACGGTCAGCTAGCTACATTTAGCAACAATTTCTGAGTAGGTGAATATGCTGATATCACTGACTTATCAAAATACCCAGTAAGTCATTTTTCAGCTCTAGGAAGAAGCCTTGATAATTAAATCAGCCTGCCTTGTCAAAATCGATGGTGGCAACCAGATTGTCACAAGTATAAATGTCTGCAGGAATGTTGCTTTCTAACCTATCTGTCATTAATATTAGAGCAATGTTACTAGTGAGACTCCTTGGATAAGAAAACAGAAAACGGATTTTGCAGTTTCTTAGTTTATACCACGGGGCATAATCTGTAAGCAACAAGAGTTCCATGACTAGAAATGTCCATTACATTTTTTAGAAACTAATTAGAACATAGGTTTCTGTAACTCAGTAGGAATTTTGCAGAGAAAACCTGCCAGACAAGAGTTTATAAATATAAATGATGGAAGTGAAGACCCCTGGCAAGGTGAGAAGTGCTGGGATGGCCTGTTCATACCTGTATAGGCACCTAGTAGATCTCTTAAAAACAAGAAAAGAAAAAAGGTGGGGGGTACGGGGGAAGGCTGATGGCAGAGAATACACTTACCAGACAAATAAATATTAACCATTTATTTCACAAGATCTTCATTTCTCTTAAAGTGAGTTTTCAGAAACATTTATAAAATATGAATCTAGTTACAGAAACTTGCTCTCCATAAAAAAGGTTAAATCCACCAAAGCTGAGTGAATATTTTTGCATCCATGGGCATAAAACCTGATTTTTCAAATCTGGAGACCACAATTTTCTCTTATTTGGAATATCTATTTCTTTCCATAACCGAGGTATTTAAAGTAAACTTCGGTGCCTCTATTCTAGTGACTTACAAGTTGTGATTATACATGCAGTTCCCTGCAGTTGTCTTTTTATAACCTGGAACGTAGAAGCATTGTCCTGGAGTTTCCTGAGTCTCTATTGCCTGGCGGACAAGTATGTCAGGGTCTTTGAGGCTATGTGGAAGGTGTGCTGCCCTGCTCCCTGCCCCTACCCATTAGTGCCAACTGGGAGAGCATCCCAGACCCCAGGGGATGCCGCATGAGAAATGTCGTAATGCATGTTATAAAGCTCATGGAGAAAGAAAGGGCATAGGGTTGAGAGGACCCTCAAAGGAGATCACTTGGAAAGAGTAAATTATATCACAGTTTTGTAGAGGTTCCTGGGGTCTAGCTTAAATCCTTTTCAGCTGGTGAAGAAATCAGTCACACCTAAGCAGAGAGGCTTGGAGAAGAGATGGCCTTTCTTTCCAGTCTGGTTAGGGCTGTCATTCCCATCCATGAATGTGAACAAACTATAGGCCAGCAAGGAAAATGCCATGAAAGCAAGGAAGATGCTCTAGAAACCCATGTTAGCCACTCCAAACCTGCAAGACTTGTCGTGCTTCTGGCCCAATGCTTGACTGCCAGGAAATGCTACTTAGCCATTCCTATTAATTGAGCTTCAAAAGAGAGAGAAGGAGAACAAGGGACACTAAAGTATTTCTGTCTCCTGACCTGGTAGCTGGTATTCACTTTGTCTGTCTCACTAAGGCTTTTTGAAGATGCTTTTTGATGGTTTACTGGCTGCCCCGTTTGACTAAAGAAGCATGACGCACAGGGCAGGCCGACTTTTTCAAGGGCAGAAATAACCCGGAGCCAAAGAACTAAGCTTTCTCAAGCAAACCAGTTGGCTTGAGTCAATATAATAAATGAGGTGTTCTTTGGCCTGGGTGCTGAGGACGACACCACGGTGAGTGTGGAGGCCGTTTCCCTCCTCCCATCCCTGTTTTCTGATGAGTGGCCTCTTATGGAGCTTGTCCCATGACTGACACTTCCCTGGTGATGTCCAGAATTGTTCTGCTTCTCTGCCCTCTCCTGAGCCTTCACCGCCAAAGAATCGGATCTGGAGGGGCCCTGGCATGGCTTCTTCCAACTCTCCCTGTGCCTACGAGGAGGCTGGGGCTAAGAGCTGAGAGACTGCCCGAGGTCACGTGTGAAGTCTAGATGAGATCAAGACTACCGTCTGGGTTTCCCAAATCCCTGTGAGGTGTCCTCTCCAGCCTCTCCTGAGGTGGTGTCCACCATGTGTGGGCTGGGTTTTCTTGCCTTTTTTCTAAGCGATAATCCTTAAAGATGACGAGACGTAGGTACCTTTACCCATCTTTACTTTTTCATTCAACTTTAGTACTTAGTCAAGGTCACAGATGAAAAAGAAAGTTGACATCATTCTTTATTATCCTGTTCAAAAACTTTGGCGTGCCTGTTTGGGTCTCCCTGCCTTGGGGAAGAAAGGCCATGAAGAACTGTCACCCATATTACCAAATAGACTAAAACATGATAGAATCACTGTAAGACTGACCTACACTTTTTAAAAGTCATGGATATTCACTAGTTTCCTAGATTATAAGTTACAATGATAACATTGATCGACCTCTTGTCATGTGCTAGCCACTATACTAAACACATCTGCCTTATCTCAGTTCAGCCTCAGAGATAGATACCACTATTGTCATTAACTATTTTATACGCAAGGAAGAGAAAACATAGGCTCTGAGAGCTACAGAATTTGCCCGGGGTTACATAGTTAATTACAAGGCAACCTGGCTTTCAAACCCAGACAGTCCGATCCTAGAGTCCTAGCTCTTCACCACTGCATTATCAGTGAACAGATGGACACCATTTGAGTGTTTTGAGGTCCACCTACAGGTTGAACCTGTAAGTTTCCTTTATGTTACACGATTATGTAAACAATAGTGGGCATTAGCCCTGAGAGCACTAAATGTATCAAAACTTAAACATCTAGTCTTCAGCTCATTGCTGATTTTTCACACAGTTGAGAACACTCTCCAATAGACGCCAAGTGCATTTACAAAGTGTGATTGTCCCAAGGTCATCCAAAACCTGTAGTTTTGGTCAGTTCCCACACAGAGGAATCAGACTAGTGAGTAGCAAGTGGTTGGTTCACTTGTCTGGGTCCAGTGCCCCCAAGAAGTGCCTGTTCAAGAACTATCATGGCCGGATATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGAGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCTGACGTGGTGCCACACTCCTATAATCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTACTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGTAGTGAGCCAAGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAACAACAACGACAACAAATTATCACATATGATGAAAGGTAGGGGCTGACTGAAGAAGATGGCCAGAGATTTTAATCATGACCACTTAGGAATAAAAAAAATCTTTAATTCTTATGTCTCTAAAATGCAAAGGACCACCAATGCATATACTTCTCAGATCGTTAAATATAAAATAAATATTAAAATTATCACCAAAATAATGATGAAATACATTTTTGCATGATGCTTATAGTGTCTTTTGGTCCTGTGTATTCAAAGTTAATAAACTTTAAAATTATATCAGGACTTTATAAACACTCTGTGTGCAATGCCTACTAATCTCTGCTTTTAATCTACAGTTTAAACCATGTCTGTGTTGAAAAGAAAATAACCTCCCACAGCTAAATAGCTCTAAAATTTAATCTGAATCACTCTCTAACTCAGAAAATCTTCAAGCCCCTAGACCCTGCTTGAGAAGGAAACATAATTATTTTATGTATTATTAATAACTGGTTTTGTTTACTGTGGGTTTTTATTATTAAACTGCTGTTGACTTAAGTTATTACTCAAAGAGCTTTGGAAAGAAATTCAGAGGCCAGGAATTAATGTAAAAGGATATCTTAGAATGTATTTAAAATCCATTTCCCTTCTGAATAGTAGTAGCTGTTTTAGTACTAGAAAGTATATGACCTCAGGTAATGCCTGGGTTTTCATTTCATACAAATTGTCAGTCTCCTATTAATTACCAAAGCGTCTTTGCTCCAGCTGAGTAAAGTATTAACATTTCCAGCTACTAGTGTTTCTGACAGCAACTTAAATTTGCAAAACATACTAAATGTTAACAAAGCCTAATAAAAAATCAGTTGAGGATCATCCAACTATCCTTAAACAAGCGTAATTGTGATACTTCTCTTGTGCTTTTGTTTTTCTTGGACACGATGCTGATAAATCCCATGTCACTAATATCACTTGAGTTGGCACTAATCATCCTAGAGGGAATATAGTTTCCTTTAATCATCCACAGGACCAGGCTGGG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Seq C2 exon
GGTGAGGCGCTCAGGCAAGTTCTGGTCAACCGTTACTATGGAAACGTCAGACCTTCGGGACGAAGAGAGAGCCTTACCAGCTTTGGCAATGGCCCACTGTCAGCAGGAGGACCCGGCAAGCCCGGGGGAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000150995-ITPR1:NM_002222:38
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.030 A=NA C2=0.517
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)