BtaINT0078473 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020455 | ITPR1
Description
Bos taurus inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 1 (ITPR1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_174841]
Coordinates
chr22:21726642-21745719:-
Coord C1 exon
chr22:21745608-21745719
Coord A exon
chr22:21726775-21745607
Coord C2 exon
chr22:21726642-21726774
Length
18833 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACTG
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
ATTATCCTGTTTGAATTAAGGGT
3' ss Score
5.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTAATCAAACACACTAAACAGCTGCTGGAGGAGAATGAGGAGAAACTCTGCATCAAGGTCCTTCAGACCCTCAGAGAAATGATGACCAAAGACAGAGGCTATGGAGAAAAG
Seq A exon
GTACTGCCTTTTATTTTCATGTGAAAACCAGGTGTTGCTATTAGATAGAAGCAGAGTGGGGGCACTTAGAAATCCACCTTAGTTCAGGCATATTGACTGGAGAGATAACTTAAAAAAAAAACCTATTCATCTTGCCCTGAAGGTAATCAAATCATATGAGTCTCTCTTTAAAGTCATATACACTTAGGTGTTTCTTTTAGGCTGCTTGCCGTACAATCTATATTCAGAAAAATAGGAACAACAAGATGTTCCGTCTGTTTAAATTCCCAGTGAGAATGCAAATGCTTCTTGTGTACCAAGGTGTGTGTGTTCCTGAGTTTTGGGTTCCAGCTGAGCATACCTGTGGGTTTACTTGCTTCTTTCTGGTGAGACGTTACACAATCCTCCAAGTGTATGAAGAAACTGCCTCCAGTTCTAACTGGAATGAAGACAGACAGACATGTCACCTTTTCTAACTGAGATTGGGAAATGGACCATCCCTGGGAGCTGAGACTTCTGATCACATGCAGCGAGCCATGATGTACAGAAAACAGCCCTCGCACCCCTGATTTTGGTCCAAGTGGGATAAAAAGAGCCCCATTGCTCTTCCTTTCTGCCCCCAGTGAAAAACAGGGCCTGAATTTAAGTCTCACCAGTCTTCTTTGAAGGCAATAATATTCATTTACTACCTTGAAGCCACTTTTATCCGCATTTTCCAAGTAGGTAAATGTGCTGATATCATTGACTTACCAAATACACAGTAAATAACTTTTATTCATCTCTGCAAAGAATGTTTGATAATTAAATCACAGCCTCTCTTGTCAAAAGAGAAGGTGACAACTAGATTCTTGAAAGTCTAAAACACTGTCGGAATCTTGCTTTCTAACCTAAGCAGTGTCCGTCCTTAATATTAGAGCAATTCAACGTGTGCGGATCTTTGGATAAAAGCAAATAAAACAGAAAGGTACACAGTCCTTTTTGCAGTTTACATTCCTCCACTGGCCCCAAACCACAATGCTTTTAAACATCAGTCTAAACTTGTAAAATGTACAAATTCAAACTTGAATAAATGTTACTTGGAAAATAAGTGTTTATAACTCAGGAGGAATTTTGCGGTGGAAATATGCCAGAATAGAGTTTATAAATATAAAAGCAAGGAACGCTGGTACAAATGGGAAGTAACGAGATGACCAGTCTGCGCTGTGTAGACACCCAGCTAGGTCTTGCCCTTGATAAGGTGAGGAGGACAGTAAAAGAGAATACACTTATCAGATAAGTAAATAATAGCCATTTATTCCACAGGATGTTTGTTTTTCTTCGAGTGAACTTTAAGAAGTGTTTTTTAAAAATTGACTCTAGTTTTAAAAACTCGTGTTTTTAAAAAATTGACTCATTCACTTTCCCTAATAAGATAAACTCTACCAAAGGGACCTTAACCAGCTGTGAATTTGTTTGTACCTTTGGGGCAGAAAACACAATTTTAAACTGTGGGGACCACAGTTTTCTCCTCTTGAGAATGTCTGCTTCTTTCTTAGCCAAGGTACTTGAGGTAAGCTTTGCGTCTCTACTCCAGTGACCTTGTAAGTTGTGCTTATACTTTCAAGTGAGTTTTCTTTTTAGAGCGTGGAAAGTATAAGTAAAAGGAGTTGGTTGAGAGTCTGTTGCTGGGCAGAAAAGCGCGCGGGGGTCTTCGGGGCCGCGTGGAAGGTGTGCTTTCTGCCGCCTTTCCCTCCCCATGGCGGGCCAACAGGGAGAATGCTGTCTTGGCCCCTGGGGACACGATCCGAGATGCTGTCACCCTGCCTGTGAGAAAGCTCGTGGAGAGCTATAGAGCCAGGGCTTCGAGAGCTCAGTAGATGATGCAGGCCGTTGTGAAAGAGTTACGAGAGTTGAGAGGAGCTCCTGAGGGTGCAGCTCAAATCCCTCTTCATCTGGTGAAGAAATTAGCCACATCCTGGCAGAGAAAGGCTTGGCGGCAGGATGACAGTTCCTTCCCGTCGGGTTGGAGCTGTCATCCCCCTGGTCAAAGTGAAAATACTAGAAGCAAGTACGGGAAATGCTCTGCCACCAAGAAGGACATTCTAGAAACCTGTGCTAGTCAGCAGCTCCTCAGACCGCACAGAGATGCCACGCTGCTTCTGGCCCCAGGCTCGGACTGCGGGAAGAGGCTGCTTAACCCTTCGCTTTAAAGGGGAGCAGGGGGGCGTTAAATGATTTGTGTTTCTTCCAGTTTCGTTGTTAGTTTGCACTCTGTCCTGTTTCACTAAGGCTTTTGGAAAATGCCTTTGATGGGTTACTGGCTGCCTCTGTTTGAGTAAAGAGGCATGACATGCGGGAGCCAGCTCTTTCAAGGATGGGAAGAACCCAGACCCAAAGAACTAACCTTTCTTAGGCAAACCAGGTCGGGGTGTTGTTCAATCGCCAAGTAACATCTGATTCTGCAACCCCATGGACTGCTGCATGCCAGGCTTCCCTGTCCCTCACAGTGGGTGTTAGTCGATAAAGTAAGTGAAGTGGCCTTTGAACTGGGTGCTCAGGACACGAAGGCAAGTGTAAATGCCAAGTCTGTCGTCTTGGCCTACTTTTCCTATTCGTTGCCTCTTGAGTGGGGCTTGTCCCATGACTAACACCCTGCTGGGATGGCCGGTTGCTCTGTCTTCCTGCCCTCTCCTGAGTCCTCACAGTCCTCTCTCCTGGTCTGCGGGGCCCTCACATCACCTGAGGTTTGGATCAGGCCTAAGAGTCATATCTGAGAAGACAGTGGTCAGCACACTTGTCCTGGTCCATTGCCTAAGACGTGCCCGTCCAAGAACTGTGACACGTGCTGGAAATGTGGGGGCGGGGCACAGAGGATGGTGACAAAATTTAAATCATGATCATTTAGAAATTAAAGAAATTATCTTTTCCTGTGGTGTCTCCAAATGGGCCAGCAGTATTTACCAGAGAGTGGTATTAAAATACAATATAGGATAGTATAATATAGTGGAATATTAAAAAGGATCACCAGAATAATGATGGAATACATTTTCATGTGATTCTTGTGTCTTTCTCAACAGTGTATTCAAAGTTAATAAACTATAAAATCAGGGCCTTGCAACCATTCTGTGTGTGCAAGGCCTAGCCAACTCTGCTTTTAATCTATAGATTTAACCATGTTAAATAAAATAGTTACCTCCCATCGCTAAACATCTCTAAGATTTACCCTGAATCTCTCTATAATTCATAGAATATATTCATGCCCCTAGGCCCTGCTTGAAGAGAAAGCATGGTTATTTTATATATCGGCTGCTCTATTACCTACCGTACGATTTTTATTAAGATATTTTTTATTTAAGAGTCAGAGTTTTGGAAAGAAATTCAGAGGCCAACAGATAATGTGAAAGAATATCTCAATTTATTTAAACTCCATTTTTCTTCTGAATAATGGTACCTGTTACACTACTAGAGAGTTTTTGACCTCAAGTAATATCAGGGTTTTCATTTCTTATGAATTGTCAATCCCCTGTTAATTACTAGTGCTTCTTTTCTCTGGGCAAATAAACTATTAATATTTCCAGCTACCAGTGTTTCTAGTAGGAGTTTAAATTTGCAAAAGTAAATATTAATGAAACATAATAAAATCAAGGATCCTCCATCTATCATTAAACATGCATAATTGTCATTAATCCTCTTTTTCTTTCTTTTGAACTTGGTGCTAATAAATCATTCCATTGTTCCTAATATCACTCAGGTAGGCAATAATCACCTTGGAGGAATCTAGTCTCTTTAATCAATAGTATCAGGATTTGGAATATCTGGGCTGGGGAACATGTTGGTCTTATTGCTTGCTTAAATTGAATCTGGGTCTGATTTATCCCACTGCTTGCTTAAATTGAAACTGGGTCTGATTTATCTCAATGGTAGTTTGAACTCAAGACACCCCACCCCCATTCAATGGTATAATGAGTCCAAGGAGAGAATTTTCTCCTAAGCTGAGTTGATAGGAGTTTAGCTTTTAACCCGACTCTCTCCCATCCTTTTCTGAAAGGACATGGTTCTTGATCGGGGATCTTGCCCTTGTTCACAGCTCAGTTCAAGTTTTCTCTACAAGGGAGCACAACAGTGCCATTCAGGGCTCTTGGTTCAGTGACCTGTGAGGTTTTTTGTTTGTTTTTTTCTTGGCCACACTGTGTGGCATGAGGGATCCTAGATCCCCAACCAGGGTTCAAACCCACTCCCCTTGTATTAAGAACATGAAGTCTTAACCACTGGACCACCAGGGAAGTCTGGACCTGCGAGGTTTGATACCTGGCATGTAAACAAAGTGTGGCAGCATCCTGCCTGAGATGCCAGGGTGCAGTGGTGTCCAGAATGCCCACAGCTCTCAAGACGGTTGTGTTCTAACGATGCTCCAACCTGAGTCAGCGATGAGAAATACAGTGACAAAGCTTCTAACACTTAGCTCGCTTGTATTTCCTGTTCTAACATTGCCTTCTTTTTCTCCCCCCTTTTTTCTTTTCCAGCTCATCTCCATTGATGAATTGGATAATGCTGAGGTCCTAATTTCATTTTTTTTAAGTGTCCCATGGTGATGTTTCCATGACCCTCTCCCAGCGAACTCTGTGACCTGTCCCCTAGTCTGTGCAGCATCTAGTATCTGACTTTGTGTAGCATGCCTCTGGGAGTGAGTCAAGTCCTTCGTGTCTGTGTTAGCGTTTCCCATGAGTTTGTTTGCCATTTGTCCTTGGAGCCCATCCGAGTCTAGATAAAGATTTTCTAAACTGTGATAAAATTTCAATCATTCACTGTCTAGAAGCTCAGCTGAATTTGTGGTTGGCACTGGCTATTAATAGATCTCTGAAACTCAGTGCTGATGCTTCTTTCTCTCTATGTGAAGCACTCATGCAAAAAAGAAATAACTATATGGGTACAGTTTGCAAGTGGTGAAAGAAAAAAACAAACCACTGCTCTCTTGGTCTGTATGTTGGAAAGTGTTAAGTGTGAGGGGGTCATAGAAAATTTTGTCAAAGTGCAGAGCGAAT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Seq C2 exon
GGTGAGGCCCTCAGGCAGATTTTGGTCAACCGTTACTATGGAAACATCAGACCTTCGGGAAGAAGAGAGAGCCTCACGAGCTTTGGCAATGGCCCGCTGTCGCCAGGAGGACCCAGCAAGCCTGGGGGAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020455:ENSBTAT00000054653:35
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.137 A=NA C2=0.500
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]