DreINT0083656 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000074149 | itpr1b
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070604-2]
Coordinates
chr11:35617995-35622964:-
Coord C1 exon
chr11:35622917-35622964
Coord A exon
chr11:35618125-35622916
Coord C2 exon
chr11:35617995-35618124
Length
4792 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAGGT
5' ss Score
8.1
3' ss Seq
CACCCCCTTTGTTTTGTCAGAGT
3' ss Score
7.06
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTTTGATCCAAACCAGCCTCAGAAGCAACTGGAGGATCAGAAAAGG
Seq A exon
GTAGGTAATGAGACGGGGAATGATGGCGCCGTCTGAGCTAGAGATGCATCGGTCCACCTGGCGGAAATCTGAACTATATTTGATTTAAGATGGCTGATCTATGTTCTGGGCTTTTGCAGAATTTAATATACTATGATTTTATAGTATAAAGGATGTAAACGGAACATTAAATGCAAAAAACTTACTAATCTTTATTTATTTCATACTTCAGCAATTTTGCAATGCTTTCAAGTAAAAAAAAATCCCAATTTCATTTTCATCAAGTTGTTAGAGCAGCTGACTGTAGTATTAGTAACCTAGTAACCAACAGTAAACAAGGCAGATATAATAGAGCTGATTGGTCATGTGTGTGTGCAATGTTCGCTAGGTCTGAGTTTATTTAACAATGCATTTCCATCTGCCATTATTTCCATTAACCCTTTATTAAGTCCAAAACCACATCAACTGAGCATAAAAATTATACAGTATGTATAAAAAATGTGCAAATTATGAAATTTATTTTAATTCTGTCTTTTCATAGCTCATTTTTAATGCTGTACTTCAAAATGCAAAGAGCTATTGACGATGAAGTTTGTTTGTTAAATATAAGCAGGATGCATGTTAATTTAAATTGTTAGACTCTTTGTATTTTCCGTAATTTCAACGATGTCTCACAGCCATTAGTAATTTTTTGATTTAGTGGCTAAGGGGTGTGGTTTGCTGCCACACCTCCTTTTTAAAATCATACGTTTTTGTTTGACTGACATCATACGAATTAGCCACTAAACTGACAAATATAAAACAGTTACGTTTCCTTGTGAGATCAGGCTGGTAATTGCTGCTGTTTTATAAACGCCACATACAGGCAGAGAGAAAATCTGTAATTTTATTCAACCTGTCACATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGAGAATGAGGTTTGTTTGTTAAATATAAGTAGAATGTATGTTAATTTAATTAGTTAAAATATTTGTATTTTCCGTAATTCCAATGATATCTCATGGCAATTTGTAACTTTTTGATTTAGTGGCTAATTTGTATGAATTTCATTCATACAATTTAGTATGATTTGCTTATCCCCCAATGACGTTTGGGTTTAGGGGTGGAGTTTAGTGACACACCTTTTTAATAAAAATTTTACGTTTTTGTGCAACTAAACTCAAACGAATTAGCCACTAAAGAGATCAGTTGCTACTGGTTTATAAGCGCCACCTACAGGCAGAGAGTAAATCTGCAATTTTATTCAGCCTTTCACCTGTTTTTGTTTGTTCATGGTTTTCGCAAGGCTGAAGTTAGATCATTATTATTGTTATTTTACTATAAAAGTTATTAGTTACTTTAATTTAAAAGTAACTAATGGTGTTTCTTTAAGTGTTTAAACACATAACTTGGAACTTTTAAGCTGCAGTCACACTGGGCTTTTCTTCCCATAGACTTCCATTCATACGCACGCAAATGCATCAGACCGGAAACTTAATCTCATGCGACAAGTTTCGCAGTTTGCTGAGTTGGAAAGTTCAAGCTTTGTGAACTCTGACCTGGGAAATTGCATCATGTGATTGCGTGAGACCAATCAAAGATCAAAACATGACCGCAGCATTACACTAAATTAATTTAAAATTATGCACATTAAATATAAATGATAATATATAGTAATATAATAATAATATTATAATAAAATAATAATTTTAAGGCAATTTCGTAAAAAAAAAAAAAAGACTCAAGTCAAATAATTGCTTTTAAAGCCATCAGGTTTATTATTATAGTAAGAAAAAGGATATTACTTATACTTGATTGTAGTTATAAAATCCAGAACATAAGTATTGAAATTGGCCAATTTGTTTTTATGAAATGTTCAATTACAATCAGCCATGATAAATCAAGATCGTTGCATCTCTAGTCTGAGCCACCCGTTCACAAAACTCACCCCACCGTTGGCTCCAAATGGGTGGATGTTCACTAAAAAACTGGGATGACTGTAGGTTTAAAGGTGGTGTTGGATCTGTATGGGTGTATGTATGCGTGAGACTCTGATTGGAGGTGTTTCCAGTGAGCAGTCGGGTTAGGGTTGGTGTTGATTGTTGTGGTGTCTTGTATCCGAAGCCTCTGTTGTTATGAGGTCAGATTGGACTAAGGAACGGGATCCAGTGTTATCAGATTCTGTCTTCCTTTCTGACCTCTTTCTGACTGTGTTAATCAAGAGGGATTATTGGTCTCCTGGAGGAGTTGAGTAGCATCCCACAAACCAAATCAATCAGGTGACACGCTATCTAAAGCCTGCTGCTTACGCAACACGTTATTGGTATTATATAACACACCTTTAGACACCTTTAGTCTTATTAAACATGTAGCTTCATTTACGCATGGATACACCTTAATGCATTCTTATGTGCTATTTAAACTCTAATATAATCAATTTCAGTGTGTGTTATATATATATATTTATGTGTTTCGTGTGTGGCCAACGTTTGGGTTTGGTAGTAATTTCAAAACAAGGATTAAATCTGTTATGCTCACATAGGCTGACACACGTTTGTTTGTTTATTAATTCAATTGTTTATTTGTTTGTTTATTTTTTCATTTGTTTGTTTAAATGTATATTACTTGGTTTGTCTGTTTGTTTAAATTCATGTTTGTTTGTTATTGGATATGTTAGTCATCACATATTTTTTTTTTTATCAATTTACAGGCTTCAAGTTTATTGTTATTATTTTTCGATAGTGTAATAAACACACTAAAAGAAAGGATTTAAAGACGATTCATAGGATTTACTAAATGTTTTTAAAGGGGTGGTCCCCTACGATATCCTATTGTAAACTATAGTTGATGTGTAATATAGCTGTGTGAACATAAACAACATCTCTTAATGTAAATTGCTCAAAGTTCAGTGCAAAGGGAGACATTAGCTAAAGCAAACACCAAGTTTGGGGACTACAAAAAAAAATACATCTGGACTAGTGTGATCACGAGGGCTTCCGGTTGCGCACATACACCCTGCGCAGCAAAGGGGCGTGGCCAGAGGCGCTGTAATGTTAGAGCAGAGAAAGCTAAAATGCTGTCCAAATGCTGCTAATCTACACAGCTTGTTCTGTTTTGCATTTGGGTTTCCAAAAGACACGTTACAAAGAGAGAAGTGCTTACAGTTTAGTTTTAATTATGTTCCAGAAAGTTATAAAAAATACAAAGCTCTAGCATTTGACAAAGGACAGCTTCCAGAATATCTCCCAGTTCAGTGCTGGGATCGGCTAAAAACTCCTCCAACCGTATTTTTATTTGTTAAAATTGATCTATTACATGCACAGTTTCTAGCGTTAACGATATGTTGTAGCGAGGACATAAGGGGGTAAACAAAGGGAAATGCTGTTTGTCACCGCTAACAATTTAGCATTCATATTTATCAGTCAAACCCATGTAAACACATACAATCTTCAGTAGCGCTGCAGTGTCTCGCTATGCGGTCGTTTTCCCTTCATTCAACATCTCAAATAACAAACTAACAAAAGATGCAAGAATGTTTTATATTACTTACACATGCTTATAACCAGAATGTATGTTAAAGACACTTGTCAGATTTTATTTTAGAGAGCCGTCGTGAGGTTCAGCTGTGTGCTCTTTATTTTTCTGTCTGATTCAGGCAGCTAACGCTGCTAATAGCTACTCTGACTGACAGAATTTACACAGAGCAAAAGCACATGCTTGTAGGGGCGTGACCTAGTGACATGGAGCTGATCCGTGAATCACAGCACATTATGTTAGCTGACCAATCAGAGCCTCTTGAGGGCGGCCTTTCAGAGGAACTTGGAAAATATGACAGTCGTTTTCATGTTAGTAAATATGAAAAAAGTAAGATGTATGAAAAATTAATGTGGTTTTTACAAATGAAGTATGAACACACATTGCTTTGCATCTTATGAACACAAACAAACTTTAAAAATACACTGTGGATCACCCTTTTAAAATAAGTAATTGTAAACAACATATTTGGGCTTAATTTAAACTAATTAAGTTGAACATTACTAAATTTAATTTGTTTGTTTAAATTCCCCACATGTGATGAAGACCTAGGTGTCAAATGCCTATGCTGGATGTGAAATCTTTTTATAAAATATATTTATAGGATTTTTGCAGCATTACCACATTTATTATTATAATGAACAAATAATAAATAAATATAATTGATTATAATTGTAAATATTTTTAAAATAACTTTTTAATTATAATTTAGTTTTTTCATTTAGTAAGTTGTTTATTTGTTTGTTTAAATTTACATTTGTTATTTTGTTTATTTCATTTTTTTTTGTTTAAATTCATATTTGTTTGTTTGTTTTTAGATATGTTACTTATTTCACTTTTTTATCGATTTACAGGTTTATCGTTATTATTTACCCAGATTTTAAATTTTTATGCATATTTTAGTAGGTGTCAAATGCCTGTGCTGGATGTGAAATATATTTATAAAGTATATTTAGAGGATTTCTGCAGTGTTCTCACACTTAATAATATAATTAGTTATATATTATAATTGATTATTATTGTAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTATAGACTTCAATCAGATCAACAAGTAAGTCTGTGTTTGTGCTCTCAGTTTATTATTTATTTATTTTCTCCACCTTTTGATGATGTCTGTCACGGTGGCATGTTGATGTTACGATTTTGATGATGTCATGATGCCCCTCCCATGACTCCACCCCCTTTGTTTTGTCAG
Seq C2 exon
AGTGAGGCTTTGAGGCAAGTCCTGGTTAACCGTTACTATGGCAACTTCAAACCGGGCGGCAGACGAGACAGTTTGACGAATTTCAGCAATGGGCCGCTCACCCCTGTTGGGCAGACGAAGACTCCTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000074149:ENSDART00000031993:42
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.530
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]