HsaINT0083281 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000123104 | ITPR2
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:6181]
Coordinates
chr12:26869077-26875488:-
Coord C1 exon
chr12:26875330-26875488
Coord A exon
chr12:26869176-26875329
Coord C2 exon
chr12:26869077-26869175
Length
6154 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTATGT
5' ss Score
5.87
3' ss Seq
GATTTATTTCTGCTTCCTAGATT
3' ss Score
7.5
Exon sequences
Seq C1 exon
CTACTGCATATAAAAAGCAACAAATATCTTACTGTCAACAAGAGATTACCTGCTTTACTGGAGAAGAATGCCATGCGTGTGTCCTTGGATGCTGCAGGAAATGAAGGGTCTTGGTTTTATATTCATCCGTTCTGGAAACTGAGAAGCGAGGGTGACAAT
Seq A exon
GTATGTAATATACAATTAAGAGGGAAATAGTGGGTTCATAAAGAAAATGATTCCTAATAAGTAAGATAATCCAGAAAGTACAAAAAAGAAAATATAGTTTTTACTCAATACCTGATTTTTATGTTAGTATCTACTAGGTTAAACATGTTTATTTATAGTACAAATTGTGCTCAGAAGTCATAAGACAAAGTTCAGATTAATTTAAAATCTTCCAGCTAGAATTTGTATGAAAGAACTTAAGCAACCTTAATATTGGCTGAGACTTTTAAAAGAGAAGGAGAATTTACTTTTTTGCCTAATTAGGAGGAAGCTTGGTCATAAGGAAAAAGAGCTGTGTTTAGGAAATAGTGTGTGCCCTTTGAATTAATGGAGTGACACCGTGATTCATGACAGGATTCCATTTACTGGCTGTATGCCAGCTGCTGACAGTCTATAAGTCTTAATAGAGATGGAGTAGAGGAGCTGAAGGTTGGCATCTGCTCATTGATGACAACTATGTTTACAATATGTTGTGGACTAGTTGGGGCACTGAGGCAGGAGAATCACTTGAGCCCACGGGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATAGCAAGACCTTGTTTCTAAAAAAAAAATTTTTTTAATGTTGTGGAATATGTGTGTATTGCACATAAATTTTAGTAGTTGCTGAAATATTTTCTGCTACTTTATAAAATAGAGAATAAATTATGAGAAATAGTCAATAGGATCTAGAGTGTGATATTTTTGCATGTAATAAATAAAATACTGCGTGATAGTCCTTAGCACATGGACGATGCTCAGGAAATGCTGCTAGACACTGAGCGCTGAATAAGTTTCATAAATACCTGCAAGTATTGCATCAGGGGATCAATAGTTAAGATTTAAAAAAATTAACATGAATTCGAAGCAATATAAAAGTATAATTATTCTGAGAGAGTTTTTTCAGTTGAAACTTTGATTACATTTTAAATGTGTTTTGGATATTTCTTGTCTTAGGAATGTCTTTATCGTGAATCTAATTTTTCCAGTGAATTTTGAAATACAAATTCAATTCCACAGGATGCAAGCTTCTGGATTTAATTTGGTTAATAAATTATCTGGTGATATCTTCCTTTGGTAAGGTTTGGTAGAAGCATGGCATGCAGGAATGTGATGCACTTTAAGTCTTGTGTTGGTTGGATTTCTTAAAAAAAAAACCCTACTTTTTTTTCTTTTGACATCAGGTGATGTGTGCTGTGAGCATGATACACATTTTAGTTTCATTAAATAGTTCATTACAATCAACTCTCAATTGTTCAGGGACTGATTATGTAGTTTATGAACAACCTGTGCCTTTGAGGCTCTTTCTTGCAATGCTTGTTCCCATCCCCAGCCCTCCACTGAATAGTATCCCTGTCTACAGGAGGTCCATGAAAATTAAATATGAAAACAAACAAAACCTGAGCTCAAGCTCGGAAGGAATGTGATGAAATAATTGAATGAATTGGAGTTTTTAAATTAGCCGTGGATTATATTAATTCATCCTATCTGCTTATTTATTCATTTTATCTATTCTTTTCCTTGCTGCCTTTACACAGTCAACAGAGAGTTGAATGTAATGAACTATTTCAAATAATTAGTTGTACTGGAAAACCAAAACAAAACAAAACCTACCACCCAAACACTCAATCTTGGTGAAAATGGACAATGTAATTGTTAAGTGCAATACAGGAGTTCTTATCTGGATGTGCTTCAGAAAGCATGGCTGAAACAACTTTCCACACTGCTTTTTGCTGAAACAGCTCACCGTTTTTGTTTGCCACTGTGTAGCTTTTGTGTGTAATTAAGGTTGCTGAAAGCATAAGCACACCCACAACCCTATATTGGTCACATAAATAATTGTATTGTAATACTCGTTTTTTTCCCTAAAATAGGTAGCGTATTTCTAAAATATAAACCGACTGTGTGGAAGGCAATTGGAAATACGGTCACTTCATAACCAGTGGTTCAACTACTACTGATTTTCTTTAAAAACACATTAAATTAGAAAAAGGAAATTGCAATGTTTAGAGGACTTTTAAAATGATATTTTACTATTTAACAATAGATGAGGTTTTAAGATGATATTTTAAGATGAGGTTTTAACATCCAACAAGATGTTCTGTTACCCAAATGAAATGCAATAAATAGGCTGACGATAGTCTGGGAGAAAGGAAACCCTATCTTCAAAAGGTAATAGTTCCTATTACTTAAGGGCAACTTTATGATATAGCTTATGGAATTGTGGGATGGATGGTTTTGGGGAAGAAATAGACTCATGGATCCCTGTACTTTCAGCTGTATACAAAGCCCTTGGTTGCAGTTGAACTGCAAAGTCACTAGGGACAGCTATGAGCAGAGAACATAAATATTTCATTTTTCTTTCCTTATTTTTTTATCTTTATGTATCTTCCCATGGTTGAATAGTTAATTTTTCATTTTCAATTTTGATCTAAGAAAACTTGGGTTCTTTACTTTTATGGTAGATTTTAAAAGGGAATAAAGGTCAGATATTCTTTAAATGAAGAGAAAATTTTAACTCTTGAAAAAAGAAACTCTTCAAACAGCAAGTAGACTTTGCGTTTTAGAAAAAGTGTGTGCCCACCAGGGACTGTTGTGGGGTGGGGAGAGCGGGGAGGGATAGCATTAGGAGATATACCTAATGCTAAATGACGAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACATGACACATGTATACATATGTAACAAACCTGCACGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTGTAATAAAAAAAAGTGTTGAATTTCTAGCTGCGGTGGAACTAGAACCCTGGCGTTTAGATTCCTATTGTGATGTTCTTTTCACCATACCAGGTGCCACTTCAAAAGAAGGGTAGCTGCTAGTGATGTTATATCCCTCTTTATTTTCAGCGAAATCTCAGCTTGAATCTTACATGGCTCTTACATAGAATCAACAGAAGTGCTTTTGGAATTGCAATTTATAAAAAACATGTTTGTGTACTAGAGTGAATGTGATGGCTTATCCTAGGATGTGGCAGAAAATGACTTCACCCTCAAGTTCTATATTAAATACATAGCTTCTCAGAAAGCACCTGACCCCATCTGTGAATCACGTCCTGAGCTTCACTATTTTGAAAATATTACCATATTTCATATTTGCTAAGTTATCTAATTAGGTATGAATTCTGTGAGAATAGGGACTATTTCTTAGACCTTTTTGTTTTCTCCCTGGAACTTCTTAATATTCTTTTTATTTCACATGATTGGTAGTTTATCCATTTCACTTGCAAGTTTTATTCAGCTTGGTTAGGCAAGGTAATCATTGTCAAGAATAAGAATGAGGATCTGAAAATTACTGAATTAATGTTAGATTCTACTTATGAATACCATTTTTTAATGAACCACTGGAAGCTGTTTCACAGATACCAAGGAACATTTTGGCTATATGATTGGTCTCTTAATATATACAATGTTAGGCTGGGCACAGTGGTTCACGCCTATGTAATCCTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGAATCACCTGAGGTTAGGAGTTCGAAACCAGCCTGACCAACGTAGTGAAACCCCGTATCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGATGGTGCACACACGTGTGATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAAGAGAATCGCTTGAACCTGGGAAGCAGAGGTTGCAGTGAGTTGAGATTGTGCCACTGTACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACCCCATCTCAAAAAACAGAAAAAACTATATATATATACACACACACATATATATATACTATATATATGCACATATTTGTATATATTATATATTTAAGTCTATATATATATTTAAAACCTTATATATATATACAGTTTTATGGGTGGTATTTTGAAGTAAATATACGGATTGACCCAAAGCTTACAGACAACTATAGTAAAATAGCAAGACTTAGAGCAGCGAATGTAGGTGCAACCAAAAGTATTCTTGAATTGGAAGGACATAGTTAAAATATGTCATTATATTTAGTAACTTATTGGCTAGGATTTATATGGCACAGATGAGAATCAAATAGTAAACCAAATCCAGTTGTTCTTTAAGAAATTGGAAGTTGAGAACACATGGACACAGAGAGGGGAACAACACACACCAGAGCCTGTCAGGGGGTGGGGGGTGAGGGGAGGGAACTTAGAGGACGGGTCAATAGGTGCAGTAAGCCATCAGGGCACATGTATACCTATGTAACAAACCTGCACGTTCTGCACATGTATTCTGTTTTGTTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTAGAAGAAATAAAGAAAAAAATGTAATTGGAAGAACAGATGCAGCACTGGCAAAATGTGGCATCAAGCTCCCAGTACTTTAGAGTATGGATGATGACTCAGGCCTCTACATGGCTCTGTGACTTGGAGCTGCCTTGCTGTCATGTGCAACAGCACGTGTTTTCCTAGGGAGAATGGGGATTGGGAATATGCTTATGTCATGTTGACTTTCATTTGTTTTTGCTCATAATTTAATTTTTAAAAGGGATACCAATTCATGGTTCAAAGATAGAAAACAATGTAAAGATATATTGTGAAAAATCTCTCTTCTACTCTTTTTATTCCATCTGTCCGATTTCTACTCTTCTTCTTCCTCAGGTATGCACTGGAGAGATTTATTTATGCAGATCCTCCTATTCCCTCCCTCACATTTGTACACGAATGATAGCATACTACATGCCTTGCTCTGCCTATTCATCTTTTCACTTAATACTGCTCCTTAATGATCTTTCCTTAACTGTATATAGAGAGCTTCTATGATGAATCTTTGTGAGTTACAGCATCTGACTTCTTATGGACGTGATGAGTAGAGACCAGTCCTGTAAACAGCAGGAGTTGTTTCCACAAACCAAAGCACAACCTTTCTTTGTTTGGTTGGTGAGCTTGAGGCTTCTCTATTATATTTCAATCGCCAGATA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Seq C2 exon
ATTGTTGTAGGAGATAAAGTTGTTTTGATGCCTGTGAATGCAGGGCAGCCACTACATGCCAGCAACATAGAGCTTCTTGATAACCCAGGGTGTAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000123104-ITPR2:NM_002223:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF087096=Ins145_P3_rec=FE(29.9=100)
A:
NA
C2:
PF087096=Ins145_P3_rec=FE(14.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)