BtaINT0078541 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002313 | ITPR2
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_776794]
Coordinates
chr5:83526247-83532389:+
Coord C1 exon
chr5:83526247-83526405
Coord A exon
chr5:83526406-83532290
Coord C2 exon
chr5:83532291-83532389
Length
5885 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTATGT
5' ss Score
5.87
3' ss Seq
AACTTAATTCTGATTTCCAGATT
3' ss Score
6.55
Exon sequences
Seq C1 exon
CTACTGCATATAAAAAGCAACAAGTATCTGACTGTCAACAAGAGATTACCTGCTTTACTGGAGAAGAATGCCATGCGCGTGTCCTTGGATGCTGCGGGAAATGAAGGGTCTTGGTTTTATATTCATCCCTTCTGGAAGCTGAGAAGCGAGGGCGACAAT
Seq A exon
GTATGTAGCTCTAAGATGAAGAGAAAAACGTGCATTCTTGAAGATGTTAGTTCTTAATAATGGAGAATCCAAAAAATGCAAAGAAAGGAAAGATAGTTTTCAAGCTTCAACATATTATTTTATATTAATTTCTTTAATAGGTTGAAAGCATTTATTTATAGTACAGATTGTGCTCTGGAATCATAAAAAGACTAAGATCAGATTGATTTAAAATCATCTTCCAGCCAGAATTTTGTGAAAGAATTTAAGTAACATTAAAATATTGGCTGAGACTTTTAAGGGAGAGAAAACCAGAGTTTGCTTCTCGGCCTTATTCAGAAGGGAGTGTGGCTGTATAGAAGAAGCTGTGTTTAGGAGATGGAGTTTATTCCTTTGAATTAATAGAGTAACACATCAAATCATGACAATATGTCATTTATTGGCTCAGTGGCCGGTTGTTTACAATCTGTACAACTTAGTAGATGTGTAATGTATGAGGAGATGCGTAATGTAATGATTGGCAGTGGCTCATTGATGACAATACTTAAATATGTTGTATCATATGAATTTTAGTAGTTGCAAAATATTTTTCTGCTGCTTTATGGAGCAGAGAAAATAAAAATTATGTGTGATGATTCAATAGGATCAATAGTTAGATATTTTTGTGTGTAATAGATGAAGTAGCAAGTGACAGTCCTGGCATATGGGAGATGCTTAATAAATTCTGGTTGACACCAAGTACTCAATAAATTTTGTAAATAGAATACAAATATTGGGTCAGGTGATCAATAAAAATAGTTGAGATTTTAAAAAATTAACATTAAAAATTGAAAGCAATGTTAAAGTCTTATTATTCTGACAATTTTCTCAATCAATACTGTTACGATATTTTAAAATGTATTGGCTGTTTCTTGTCTTAGAAATGTATTATATTGTAATAAATCTATTTTTCCAGTGAATTTTGAAGTCCAAATTCAACTCCACAGGTTACAAGCTTCATGGTTTAATTTGGTTAATAGATTAGCTGATGATATCCTCCTTCGGTAAGGTTTGGGAGAAGCATGGCATGCAGGAATGTAATGCACTTTAAACTTGTTTTGGATTCCTTGAAAATAAGTTATTTTCTTTTTCCTTTTGGCATCAAGTGATGTTTGCTGTGAGCATGACATATATTTTAATTTCAGTAGGTGGTTAATTACAGTCAACTCTCAATTATTCAGGGACTGGTCATGCAGCTTAAGAACAACCTGTGTCTTTGGATGCCCTGTTTTAAAATACTTCTCCAGCCCCCCTCACTGAGTAGGGTCCCTGTTTGCAGGTAGTCAATGAAAATTAAGCATGAAAACAAACAAAAGCTGAGCTCAAGCTCTGAAGGAATGGGATGAAATCATTGGATAAATTGGGGCCTTGAGATTAGCGTGGATTTTATTAATTCATGCCATCTAATTTTTCATCCTGTCTATTCCTTTCCCTACTCCCAAATGCCTTTATGGACTTCCCTCATGGTTCAGATGGTAAAGAATCTACCTTCAATGTGGAAGACCCGGGTTTGACCCCTGGGTCGGGAAGATCCCCTGGAGAAGGGAGTGGCAACCCCCTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCCATAGGCCGAGGAGCCTGGTGGGCTACAGTTCATGGGGTCACAAAGAGTTGGGCATGACGGAATGACGAACAGTAAGCTCCAAATGGTCCTTGTCAATAAGCTATAATAAGGATGGTTTTATTAATTCATCCTATCTAATTTTTCATCTTATATTCCTTTCCCTACTCCCAAGTGTCTTTACAGGATCAAAGAGAGTTGACTGTAATGAACTATTTCAAATAATTAGTTGAACTGGATTGCAGGATGGGGAACAACCTACCACCCAAGCACTCCATCTTGGTTAAAGTGGATAGTATAATTGTTATGTGCAAAATAGAGATCCTCCTTATATAGATGTGCTCCATAAAGCATGGCTAAAACAACCTTACACATTGCTTTTTGCTGAAATAGCTCACTGTTTTTGCTCACCACTGTAGCTTTTGTGTGTAATTAAGGTTGCTGTGAAAGCATAAGCATATCCATAGACCTTTATTTCCATGAAAATAATTGTATCATAATGTTCATTTTCCTCCTTAGGAATAGGTAGCATTTTTCTAAAATACAAGCATACTGTATTTTATTGAAGGCAGTTGGAAACCCTGTCATTTCATAACAAGTGGTTTAATTACTATTGATTTTTTGAAGCAGTTTTTAATAAAATTCTTTAAATTATGAAAGTATGATAACATTTACTGGAGACTTGGAAAATACAGAACCAAACTACATTTATTTCCACTATATGTTACAATTATTTTTTAAGTAGATAAATTAAGATTTTTTGGTTGGAGTTTCAGTATCATACTCTCAGAAATTAGTATAATAAATAAACAGAAAAGTAGAAGGGATATAGTAGACCTGAAGAGTACTATGAACCGATTCAACATAATTAAGATTTATACGATTTTCACACAACAACAGGATAAAAATTATATTCGTTTCCATGACTGTATAAGACTGTAGATTTTTCAAAAAAACATTAAAAGGAAGAAATTGCAAGATTTAAAAGACTTTTAAATTTCCATTTTATTATTTACTAATTAGTTAAGTTGTGATTTAGGTTATAACTACCCAAAAGATGTTCAGTGACTGAAAGCTAATGTAAGACTGAGGCTGATGATAGGCTGGAGAGAAAAGTGCTCATATCCTCAAAAAATCAGTAGTTTCTACTGTTTAAGTTCATCTCTGTCATATATCTTATAGAATTTCAGGGTAGATAATTTTTGGAGAAAAATAGTTTCACGTTTCCCTCAACTTTGAGCTGTGTAGATGTCCATGCTTGTTGCTGCTCAGAAAGTCACTGGGGACAGCTTTGAGCAGAGTACATACATACTTTATTTTTGTTTATCTTCCCTTGATTGAGTAGTTAATTTTTCATCTTCAACTTTGATCTAAGAAGACATTGGTTCTTTACCTTGATAGTAGATTTTAAAAGGGAGAAAAGGTCAGATACTTCTTTCAATCAAGAAAAAGAAAAACAACCCTTAGGGAAAGAGCCTCTTTAAATAGCAAGTAGATTTCACCCTTTTGAAAACCTAGGCTCCTTGGAATTTCAGAGAAGGTGGCACTCGATCCCTGGTGTTTTGATTTCTACTGTAGTGTTCTTTTCACACCAGGTGCCACTTCAAAAGAAGGGTGGCTGCTGGTGGTATTGTGTTCCTCTTTATTTTCAGTAAAATCCCAGCATGAATCTTGCATGGCTGTTACATAAAATCAGCAGAAATGCTTTTGGAATTGCAGTTTTTTAAAATGTGTGTGCACTAGGGTGAATGTGATATGGCAGAAAATGATGTCATCCTCAAGTTCTGTATTAAATATATGGCTTCTTAGAGGACATCTCTCCCTGTCAGTGGATCAGGCTCCATGCCTGCACTCTTCTGAAAATACTACCAAATTTACCAAGTTATCTAAACAGATAAGAATTCCTCAAGAATAGAGACTACTTCTTATACACCTTTGTGTTATTCCTAGCACTTCTTACTGTTCTTTTTATATCTTATGATTAGCATCTTGTCCATTTCATTTGTCAGTTTTATTCATCCTGTGTGATCAAAGTAACCATTTGTCAACAACAAGACCTAGGACCTGGAAATTAGGGAGATAATGTTAGATTCTCCTTATGAATACCACACTTATGAATCCTTGAAGTTGGTGACATTTTGGCTATATGACTAGTCTCTTAAAGTTATAGAAGACTTTACAGCTATTGTTTTGAAGTAAAACTAATATAGGGATTGAGCCAAAGCTTACAGCAAGCTATCGTAAAATAGTGAGACCTAGAGCACTGACCATAGGTGCCACCAGAAGTATTCTTTTAATTAGAAAGATATAGCTAAAATATGTCATTATATTTAGCAACTTATTGGCTAATATTTATATATACAGACAGGAATGATAGTGAACCAAATCTGACTGTTCTTTAGGAAATCGGAAGACCAGATGTAGTATGGGCAGAGTGTAGTGTCAAGTCCCAGTGTCTGTAGAATGGAAGACCACTCAAGCTTCTACGTGATTTTGAGACTTGGACTTGGCTTGGTGTCATGTGCAAGAACATATGTTCTTGTTTTTTGAGGGAGGTATTGAAAATATATCTGTCATGTTGATTTTTGTTTATTTTGTTTATAATTTAATTGCTTAAAATAGATACCAATTCGTGATTCAAAGACAGAAAACAATATAAAGATAAATGGGGAGAAGTCTCTTTTTAATCCTTTTTTCCATGTTCCCAGTTCCCACTTCTCTTTTTCACAGTTAACCACTGGGATGATTTCTTATGCGTATACTCCTACTCTCCCTGTTTTACACAAACATAGCCCAGTTCTGCCCTCTCATCCTCTCACTTAGCACAGTTTCTAAATGATTTTTTCTTTATCTGGACATAATAAAGAGCTTCTGTAATGGTCCTTTCTGAATCGCAGCCTCCACCTGATTATGGACTTGAAAGGCAGGATGGTGAATAGAGACTAGTCCCGTAAATAACAGAAGCAATTTCTGCAAACCAAAGAATAATCTTCTTTTGCTCGATTAATGAGCTTAGGGCTTCTCTATCATATTTGAATCTCCAGGTATAGTTTGTGACAGCAGTACTGTAGGTGAATGTAGACTCTTGTATGTAATTTATTGACATTGAAAATGTGAAATTATGTTCCTTTAAGTCTTAGTCTAGATTCAGATCCAGGGAGGAGATGTTTTATCTGTTTTTATTGTCTCAGTCCTAATTTGTTTTTCAGTTATCTACTAATCTATTCTAATATTTAGTTGATATGAAATATGCAAAGGGAAGGTATTGGTTTTCATTTCTGAAGTGGTGAGCAATTCTGTGAAGAAGAGTGAAGGTACTATACAGTAGTAGATCTTCTAGTGGAACTTGACAAAAGTAACTCTAATAACTATAAGATAACTGTTCACTATTATCCTTAA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Seq C2 exon
ATTGTTGTTGGAGATAAAGTTGTTTTGATGCCCGTGAATGCAGGACAGCCACTACATGCCAGCAACATTGAACTACTCGATAATCCAGGGTGTAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002313:ENSBTAT00000002982:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF087096=Ins145_P3_rec=FE(23.0=100)
A:
NA
C2:
PF087096=Ins145_P3_rec=FE(14.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]