HsaINT0084995 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000173120 | KDM2A
Description
lysine demethylase 2A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13606]
Coordinates
chr11:67231566-67243092:+
Coord C1 exon
chr11:67231566-67231960
Coord A exon
chr11:67231961-67243008
Coord C2 exon
chr11:67243009-67243092
Length
11048 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
CTTTTCCCTCCTACCCTTAGATT
3' ss Score
11.45
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTGGAGTTAAATGGGTTGGAGTCTGGGAATGGGGATGAGGAAGCAGTGGATCGAGAACCCCGACGCTTGAGCAGCAGGCGTTCTGTCCTCACTAGCCCTGTAGCGAATGGAGTCAACCTGGATTATGATGGACTGGGCAAAACCTGCCGAAGTCTTCCAAGTCTGAAGAAAACTTTGGCTGGGGACTCATCTTCTGACTGTAGCCGGGGCTCCCACAATGGACAAGTGTGGGATCCCCAGTGTGCTCCCCGAAAGGACAGGCAAGTGCATCTGACCCATTTTGAGCTTGAAGGCCTTCGCTGCCTTGTAGATAAGTTGGAGTCTCTGCCACTGCACAAGAAATGTGTCCCCACAGGGATAGAAGATGAAGATGCTCTCATTGCTGATGTAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTTTGCTGGAGGAGCTTGCCAACAGCGATCCCAAGTTAGCCCTCACTGGAGTTCCTATAGTACAGTGGCCAAAAAGGGATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000173120:ENST00000398645:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.265 A=NA C2=0.036
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development