MmuINT1021654 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000054611 | Kdm2a
Description
lysine (K)-specific demethylase 2A [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1354736]
Coordinates
chr19:4331186-4343241:-
Coord C1 exon
chr19:4342847-4343241
Coord A exon
chr19:4331270-4342846
Coord C2 exon
chr19:4331186-4331269
Length
11577 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
TTATTCTCTTTGATTTTTAGATT
3' ss Score
10.52
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATGGAGTTAAATGAGTTGGAGTCTGGAAATGGTGATGAGGAAGGGGTGGACAGAGAAGCCCGACGCATGAACAATAAGCGATCTGTGCTTACCAGCCCTGTTGCTAATGGAGTGAACCTGGATTACGATGGACTTGGCAAAGCCTGCCGAAGTCTTCCAAGTCTGAAGAAAACTTTGTCTGGAGACTCATCCTCAGACTCTACCCGGGGATCCCACAATGGCCAAGTTTGGGATCCCCAATGTAGCCCTAAAAAGGATAGGCAAGTGCATCTCACCCATTTTGAACTTGAAGGTCTTCGATGTCTTGTAGATAAGTTAGAGTCACTGCCACTGCACAAGAAGTGTGTCCCCACAGGAATAGAAGACGAAGATGCTCTGATTGCTGATGTAAAG
Seq A exon
GTAAGCAGCCATTGACGTGTGCAGAAAAGTCAAGTTTCTTGATTTGGAGGGAGAAAAAGTACAGGTATGGATGCTTCAATTACAAGGAAGTTAATTAATATGTGCCTGTGTAAGTAAGTGCTGCCCAGTGTTTCAATTTCTAGAGTGACATTGAGTCACTCTTTTGGAAATGGGAACATACATGTATCTAGTGTTGATTTAAACTTAGTGCTAAAAACGAAGCTTACCACTAAGAGTGTTGGGTGGACAGAGCAGGTAAGATGGCTCTGTGAGTAGACCTGATTGCCTGAGTATAATTCCTGGAGATGGTATATCAGGTACATTCATATATATTTTTATTTTTGTTTTCTGAGGCAGGATCTCACTCTAACTGGTCTGGAACCACTATGTAGACCAGTCTAGCCTGGGACTCCCTGAGACCCTTCTGCTCTCCTTATCAGTCATAAGCATGGGAACCTTGCTTTAGTTCCTAGGGCCTGTATTTTTTAAAAAAGAACAAAAACAAAGGCAAAAGTTAATGCAGTGGTGTCCACCTGTGACCCTAACATTCCTACCGTGAGACGGGGACTGCCTGCCTAATCATATTCCCTGTGCTTCCCTTCCTACCCTAAATAGTCCCCCTTTCTGCCTTCATGTCACATGTATTTCTTTACCCTGTGTTCTTTCCTCCTATGATTTCCCTTCTACCCCATTCTCCCCCCCCCACACACACACATACAGATTCTACTGCAGTAATATCCTGCCGTTCCATCCATTTTCTTGAAATGCCATGGTTTTATTTTTCAAAAACTTTATTGTATAATTATGAGCCACGCTTTCATTACCCATTTATCTGTTAATAAGCACCTCAACTGGTTACATTTCTTAGCTATTATGAATAGTCCAGCAATAAAAATGTCTATCCAAATATCTGTGGATTGATTGGTGAATTGGAATCTTTCAAGTACATATACCCAGTATTGTAGCTGGATTATGTAGTAGCTCTTCTTTTAGTTTTTTGAGGAACTATCGTACTGACTTCAACAATTCCTGTATCAAGTTGCATTTCTACCAGGAAAGTATAAGAATTCCTTTTTACACAGGTGCTCACTAGCATTATCACTAGATTTCTTTTTTTCTTTACTATCATTATTATCATGATTGGACGAAGGCCTATGAATTGCAGTGAGATAGAGATTGAACTCAGGTCCTTAGGGTTGCATGGCAAACTCTTTACTATAACCAGCTCCAGTCATTGATTGTCTTTGTCAGTATTTGAACCAGAATGAGATGAAATCTCACAGCAGCTTTAGTTTGCTTTGTATTGATGTCTGAATACACCTTTTCAGATATTCATTGAGCATTTGTATTTCTTTTGTTTATTGTTTTTTGAGATTTGGTCTCTGTTTATAGTCCTAGCTGTCCTAGAACTCACTCTGTAAGCCAAAGCAGCCTCAAACTCCTAGAGATCTGCCTGCCTCTGCCTCAGAAGCACTGGGATTAAAGGTCTGCACCACCATCACCACCTGGCTTTGTTTTATTTTTTAATAAATGGTAATGTGTATCTTTGTGTGGGGTATGTACACATGAGTACAGGTGTTTGCAGAGACCAGGGCTATCAGAGTCTCTTGGAGCTGAAGCTTTTGTGTGTTGAGTTGCATAATACAGATGCTGGGAATTGAATTCTGGTTCTCTGGATACATGCTCTCAACCACTGGGTTCTCTCTCCAAATCAGGTCTTTTCTATGTTGCCTTGACTGTCTTGGAATTTCCTGTGTAGACCTGGACAGTCTTAAACTCACAAATATTCTCCTACTTCTGCCTCTTTAGTTGTTGGGATTAAAGGTGGATGCTACCATACCTGGCTTACAAATACATCCTGAATTTTTTGAGGGTTTTTTGTTTTTTAATTTTAGCCAGGTGGTGGTGATGGCTCACACCTTTCCAGGTCAGCCTGATCAGAGTGAATACCAGAAAAGCTAAGGCTACACAGAGATACCATGTCTTAAAATAAAATAAAATGTTACTTATATGCGTGTGCCTGCCTGTTGAGGTCAGAGGAAAGTGATAGATTCCTGGAACTGGAGTTACAGGTATTCCTGAGCCACGTATAGTGAGCTGAACAACCAAACTGCTGTCCTCTAAAGGAGCCACAAGAGCTTCTAACCACTGAGCCATCTCTCTAGCCCCCAGGCTCCTCCCTGTTATTGGGGGTAGGCTTGGTTTTGAAACTGGATCTCTCAACATAGCTCTAGCTATCCTGGAACTCACTATATGGACTAAGCTGGCCTCAAATTCAGAGAGCTGCCTTCCTCTGCCTCTTCCTCCTGTGTTCTGGGATTAAAGGTATCTGCTAGTAAACTCAGCTTCTAATTTTTTTAAAAAAACATAGTGTTTTAGTGTGGAATTAGTTCTCTCTTTCTATGACATGGGTTTCAGGGATCAGGCTCAGGTTTCCAGACTTAGCAGCAGGTGCCCTTTTCCCACTGAATGGCCTCACTAGCCTTCATCCTGTTTTCTTCGGTCAATTTTGATGTTACAGATCTTTGACCCGATTTGAATTTATTTGTATTTAGAGTAAAAGAGTCTGATCTTTTACATAGATAGTCTAAGCTAGTTTTTGAAATATCATTTGGTGAAGCTGTCTTTTTTTCAATGTATATTTTAATGCCTTTGTCAGAAATTAGGTGTCTGTACCTATATCTACAACAACCTCTTTTTTGCAGCTATTCCATCTCAAGTGCATGTGGGAAACAATAAATTTTGACTTTGGAGACTTGTTTAACTTGAATAATTATCTTTAGAAAAATCTATAAAAGAAAACAATTCCAAAGATTATCATACAACATTCTTCTGGTCTGTGTGTTTCTAGTTCATAAAAATGAGTATCTCTGCTGGGCGTGGTGGCGCACACCTTTGGTCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGTGTTCGAGGCTAGCCTGGTTTACAAAGTGAGTTCCAGAACAGCCTGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTTTTAAGTTCTAAGTCTATGGATCTAATTTTAACTAAATCCAGTTATAGATACCCTATTATACTACAGTATTTTACTGTTCAAGGTCAAAGTTCCTGCTAGAAATAGAAAAACTTGCTTAAGTAAATAATTTAATATAGCTTAAAGAAAATTTATTTGGTTTGGTTTTTAGGGAGAGTCTTGCTGGGGAACCCAGGCTGACCTCGAATTAGGAATCTTCCTATTTGAGTGTCCCAGGTACTAGGATCACAAGTGTGTATCAGCTGCCATGCTTGGCCTTTGTATGGAGATCAGGAGAGAATGTAGAAAAAATAAAAGGAAGCAGCAGTAAAGCAAGCGGGTGAGTTAAGGGGAGGCTTCCAAAGGACTCCAATCGTATGAAAATCACACAGAACTTCTATTTATCAAGAATTACTAGGAACTATAGCTGTCAATACTGGCTGAGACACATTGTGGCCTATGTCTGAATAGACTGACAGTGTTTAGATTCTTGTTTCAGGACTTCATTCATACCTCCTCTTGTTTACCTCAAATGAGATGTTAAAATGCAGCCTCTGGGGGTCTGGAGAGATGGCTCTGACTGTGCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCATATGGTGGCTCGCAACCATCTGTAATGGAATCTAATGCCCTCTTCTGGTATGTCTGAAGAGAGTGACAGTGCACTCACATATATTAAATCAATCAATCAATCAATCTTTTTTTTTTTTTAATGCAGCCTTGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGATTGCTCTTCTGAAGGTTGTGAGTCTGAAGGCCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGATGGCTCACAACCATCCGTAATGAGATCTAATGCCCTCTTCTGGGGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATCAATAAATCTTTAAAATAAAATAAAATAAAAATGCAGCCTTTATAGAGCTGGGCATGGCATGTTGCTCACCTGAAATATCTACTCAAAAGGTAGAGGGTCGGTTGAGCCTAGGAGTTGCAGATCAGTCTGGTCAACAAAATAGGATCCCTTTCAAAAATACAAAGAAAATACTGAATCCAGTCTTAGAGAACAGTTATATCCATCAGTTGTGTGTAATGAGAGTTTTACAAAGTTCAGAGCTTAAATTTAATAATCTGAGCATCAACAAGAACAACAACAAAAAAGCATTGAGTCTGGCAGAGTTTTAGTCCAACCCTCCCTTTTTTAAGGCATTTGAAGGGGCTAGATTGGTGACCCAGCAGTTAAAAGCACTTGCCACTTTGCCTATTCTTTCAAGAGAATCCAAGTTTGGTAGTCAGCATCCATGTTGATTGGCTTACTCCGGCTAAGCCTGTCTCTAGCAGTCTGGCTCCCTCTTCTGGCCTAAACTCTGCACTACTCATACACATGCCCTTATACACAATTAAAAATAAGGTGCCCCACCCCTTTCTTTTTAAGGCAAGGTGACAGTTCCTGCCTATAAATGCCAAGCACTCAGAAGGCTGGAACAAGGTCGAGTTTGAGAGCAGTCTGGGCTATAGAGTAAGACCTTGTCTCAAACAACACCACTGACAAAATAGAATAATTTGGTTGGGTAGGTGTCAAAACACTATACTGATTGGAACTCTGCAACACTGGAGAACTTAGCACGTATGTCCTAGTGGCTAAGTTGCAGGTGGAATCAAAAGGAAGCAGTTTATTCTTTTATGCAGAAAGAAATTATATATTGTTACAATCTATCTGCTTCTCAGAAATAGTGAATGATGCTATAGCCATAACTACATATTTCCTTGAAGAAAAGTCCATTTTAGTGCGGTGATGAAGAACTTTCAACATTCTAAAATGTTAAGTTTTACAGTGTTGAAGAATCATAGAGTATAGAGTTAGAATGGGATTAATTGGGGAAAAAACTAGAGCATTTAAAGAGTATGAGTTTATGGATAAAGTAAATCAGCATGGAATATATATAACAAAAAGGCAGAAGGTGAAACTGTATAGTATGGCTCCATTCATAGAAGTAGCTTATTGCAAAGGGCTTTTGTTTTTTGTTTTGGGGGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTCCAGACAGAGTTTCTCTGTTTGCCCTGACTGTCCTGGAACTCACTCTGTGCCACCACTGCCTGGCGCAAAGAGTTCTTAAAAGTACATTCTAAGCTGCTGTGAACAGAACACTAGAAAGATGATGACAATCAACTGGAAGAATTTAATTGGACTTTATTGCTTTGTTTATATCTGTTTTGGTTTATTTTGCTGATAAAGAATCCTCAGTGTGTATACACATATGAACCAATCATACTTTGCAACATTAAGTTAAATTATATATTATATAAAATATATCTATCAAATTGTTAAAATTAATAATAAGACTGAAAGTGGATTTCAAACATAGTAGCTAGTCACAAATCTATGAAATTCATTTATTCTGGTACTAGTCTTGTTCCCTGGGGCCTTCAAGTCCATTTGTAGAATGGGCATTCAAGTAGGCTAAGTACATATATTGTGCATTTCCTATGCACAAGGCTCAGAGCAAACTCTGAGGGAAGATGAGAGAGTTTATCCTAAATAAGGAGGAAGTACCAGTCTTCTCATTTCACCAGCTAAAACTGTCCTGGTAGATGAATCAAATTGATTATAATAACATTCCATAAATACTAACAGCTTTCAGTTTATTAATTGGGAAATCATTCTTTGTGGTAAATCCATGCTACTCTAAGCTTTTAAAAGTTTATCTTTTATCTAAAAATTTACACTAAGCTCTACCCCATTACTGAATCAGAATGGTGGTAGCAAATAACCACGGAAATAGTAGTTATCTGGGGCTGGAGAAATGGCTCAGTTTTTAGGAGCACTGACTGCTGTTTCAGAGAACCCAGGTTCCAGTACCAGCACCCATAAGGCAACTCACAACCACATTTGTAATTCCAATTCCAGGGAATCCAATGGCTTCTGTTTACCTCAATTACCAGGCATGTAGTAGGTGTATATACATACAGGGAAAGCATGTATACACAAAGTAAAAGTAAAATAAAACAAAATACAACAAATTTTCATTTGCAATTTTCACTAACAAGATGCTATGTGTGTGTTTTAAAAGGTTATGTTCTTCTTCCTGGGCTGTTTTGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTTCCAAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGACTGTCCTGAAACTCACTAGGTAGACCAGGCTAGCCTTGAACTCACAGAGATCCTCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGTTGAGATTAAAGAAGTATGCCACCACTGCCAGCTCCTCCTTAGCTTTTGAGGTAGGGTCTCATTGTGAAGCCTAAGTAGGCCCTGAAGTACATTCTCGTTTCATCTTTTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGATACTCCAGAAGAGGGCATCAGATTTCGTTAAGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTTGGGACCTTCGGAAGAGCAGTCGGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCGCCAGCCCTTGTTTCATCTTCTTAAATGCAAGCATTGCACGTATTTGCCACCATGCCTAGTTTACTCATTTTTTTTTTGTCAGCCACCGTTTATTGTTAATTACAGAAGAGGGCAAATTAGGCCATTAAATATGTAACTTGAAAATTAATTGAAGTAAGTTTCGAAGTGGCATGTCTTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTTTTTCAGGTAGATTTTGCTATAACCAATTTTCCTTGAGGTAATATGTTTTTCTAAAGTACTTTAGCATTCTTCTAGGATAGATAGCACTGAAGATAAGCATTTTTAAAGAAACTTCTCAATAGCTAGATCAGTGTGTTGGGGGGGTTGTTATTTGCTTTTTCTTTTTTAGAATTATTTATATATATGGGTACACTGTGACTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGACCCCATTATAGATGGTCGTGAGCTACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCGGGACTTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCGTCTCTCTAGCCCCAGCTAGATCATTATTAAACAAAACTTTTCATATGAAATAAACTGAATATACTTGGAACTGGAATCTTAAAATGAAAATGCAAAGAAGCAGTCTGAGGTCAGCATGCCCATGTGAGCATTTCCTGGAAGAACTCAATCAAGAACACAGAAGTATCTCTTTGATTCTGTAAACTACTATGAGAATAAGCACATGCCACATGTTAAGGGTCCAGGAGGATCACTCTAAGCCCCCACGGGTTGGAGCTAAGCCTGGGTAGGCAACATGGAGGGAAACGGTCTGGCAGAAAGTACATTCACAAACACAGCCCTTGATGCTAGCTCAGATCCCAGAAAGCCTGTTAGGCCACTTTATTCCAGAAACTCACGATAATGATGCTTTCTGCCAAACTTGACAACCTCCATTCAGGGACCCATATGATAAAAGTTGTCCTCTGACATCCACCGCACACATAAATAAATATAATTTTAAAAAACCAGAATGGTAGTGAAAGCTAGATGTTTATTTATGTCAAAATAGTACCAGCAGTTATATTAAGAGGATCTGGAAAATGCGAATTCTGCTGCTCCTTCGCCTCCTTTTCCTGCTCGGCTTCTCTTCCTATGCTGACACTCGTGTGTAGGCCTCTGGCCTAAGTGAAGCTCCCCTTTCTGCTGTAGCCCATGAGTAAGTGAGCACGTTTTGAGCTTCAGTCTGGCTCGAGGACCTCTAGACAGAATAGATGATGTGAAGTGTCAATAGGGTGAAGGGCTGTTTGCTTCATGGGGAATATCAATAACGTAGTCACACCTATATTTCCTGCACCTAAAAACTGAGACAGTAGGATTAAGAATGAGGCAGGCAAAGCTGATTTAGAAACAGAAATCTGGCAGAGTGGTGTCTGGAATGTGAGGCATTCTCTTGGGCAGAGGAGACTACTGCTGCTGGGAAGGAAGGCCTATTCCCTGACTCCCTGTATCTTGTATAGAGTCAAGAGGATCAAGTGTTCTGACCAGAGAAGCTTGATTTGTTCACAGTGGAGTTGCTAAAAGATTGCTGCAGATTGTGTAGAGTTAAAATATGCTGATGGTTCCCTGTCACAACCAAAAGTAGGCATGTACTGTATTTGTGGTTGATGGGAACAGCCATATTTTATCTTTGTGTAACCTGTAATACCATTTCTGAAGGTGTTGATATAAATACTTGCTGGTGGGATGGAGCTATGTGAGTGTGGACAGGTGTGAAACAGACAGTTAACTTAGGAAGGGCTGGGGGAAAGCAAGCTGCTGGCAGCTTCCTCCTCAAAGGCAGGACTCTTGTTGGGATCCCAGAGAGGAATGAAATCTGTGAACTGTCAGTGAGAGAGCTCTGGTTATAGCAATAAGTGACAACGAGTGGAATGGGATGAGGCTACTGTCAAGGTATCTAGGTATACATAGCCTGTGGATCGGGTTAAAGCCTTCCCTTCCACAGCCGCCTCCTGAAGTCTGCTGCCAAGAGCCCTCCCGGGGCTCGCCCTGGGTTCTCCTGTTGCAGTGTTGGAGCGAAGGATCTGGGGCTTTAGCTGGCCAAGCTCCCTCCCCCAGCTATGCTTCCTCCAATCACGAGGAGGTGAGCGGCTGCCAAACACCTCCCCTCTGGGTGCTGCAGCAGAACGGCCAGGCCCTCTGCCTGGCTGGCTCGCTCGAGCTGCGCTCCCCCTCCTGCCATCTTCCGTTGCAAAGCATTTCTGGGAGCTGCATGTGGGTGACGCAGCAGCATTGTTCGCAGGCACAGGAAGCCGCGGCTGAGCTGAAGGGCTTTAGAAGGAGCTCAGAGTGCTCCACGCTGTTCTGAGTAGCCTGACGGGCTATAGCAGGACTGCCCTACCTTACATGCTCTGGGAGATTCGGGATTTTCACGAAAATCAGGATTTTCCTAGAAGCAGAAAAGCTAACTCCTTCCGCACAACTTCAACACAGAAAACAAAACAAAGGCGCTGGGGAAACTTCACCCAAGAGCCTCCGCAGCTCCAGAGCAACAAGAAATGCAAGGTCAGGCGGTCGGTTGGCAAGCCTTTTCTGGTTTGGGGTGTGTATAACTGTAGAGACTTTGTCTCTAGCAGAAGGCAGAACTGCCTGCTGGGCAAGTCCAGGACAATGCGTGTGTTAGTTGTGTTTGAGCCGTTGTTAACACTTGTTCTCTAGCTGGTGGGATGTGCTTTGGAACTGGGGTGCTTGGCTTTGGGGAGTACTTACAGCTTGATCAGAGGGCCCTCCGTTCTCCTTCCCTTCTCTGTTCTCTGGGGTGTGGGCCTGTGTTTGAATGTTCTCCCAAAAGCCTGGAACCTAGATAGGCAGAGCCTTTCCGCACTCCACCCACCCCCACCCCCGCTCCCTGATCCTAAATCCCTACTGGTGAGTGGTGGTGGCTTTTTTATGATTTCTCCTAGGACCTCAGCTACAGTCTTGTCTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTAATGAAACCATTGCGGACTTGGCCCCACCGAATTTAGGCTAGGAAGGAAATCTGCATTTCCCTCCACACCCACACACACCCCAGTAATTGAGTGGTGTGTGTGTTAACTGCCCCCACCCAGCGCAGCCCACAGTTTGTCTCTCTGCCCTTCTCTGTGCCCCCTACAAAAGTCTTGCAGGTGGAATTAAACTGTTCCAGTGAACTTAAGTTCCTTTTCTACTCTCTTAACCATAGGTCTTTCTGTGCAGTCTGCTTTGCTGAAAGTGGAAAGTCCCTGTTTGTGGACAGCTCAGTTCTCTCCCGCAGAGGAAATGGGCAGAGTCCTACTCCTCCCGTATGCAAAGTGGGGGAGGGGAGCCATGCACTCCTCGGTGCGCTTTTTGAATGGACCTGAATTTTTCACTCTAGAAAGATTAGGAGCTGAGACCAGAACCTTTTCCCATGTGGCACCACACCCAGCCTCTTCACCCCCACACAGTATGGTGCTAGCTTGAGGCTCTAGAATAGGGTGCCATAGCAACTTGAAGTAAATAAAATGACTGAAAATGAGATCGTTTGGGGGAAGGTGTGAGGCATCTGGAGTTTTGGTAAAAGGGGATCTTAATAGAGGACTTTTTCAGAATGTAAAGAGGTTTTGTGAGCCCTAATTCTGGAATTTAGAGCATAATCTGTAAGTTAAGGATAAAAGTAATTAAAAGTTCTGATTCCTTCTAGGTCAAAGATTAGTTTTTGCTGAAAGCTAGTGTATACACTTAAAAGGTAACCGTCTCTTAAGTTCTTTTGCTGTAGCATTCATTACTTTGCCATCCATGCAGTCAAAGAGAATATTTATTACTAGGTGGTTTGTGGCTCAGAGTCTCTTTCAGACTTAAAATGTCTCAAAGTAAAGTCAACCAATATGATTCACTGGCAGCTTCTTACTATCACATTATAACTAAGCCATGCATATTTATTAAAGTCATAAGAACCATTGATCTAAGACTGTTCTTTTCCTATTAATAGCTATAAATGCAAAGCAAACTCTGCTTACCTGTGTGTGGGGGCACTGTGAACTCCCAGAGGGCATGCAGCTGTAACAGCTTTGGAACCTGTCTGTATCTGGGGATATATAACTCATTGGTAGAACATTAGCCTAGAATGTGCATGTGTGAGATTGTGGGTTTAATCCCCAGGACTGCTTCCTCTTCTCCCCCAGAATTAAATCTTCTGTTGAACCAGGACATTAAGGTTATACTGTGCTGCAAACTTAATATTAGCCATTTATTTTGATGCCCCTTTGCCCACATCTACAAAATAAAAACAAAAACTGATAATAATGGCTGCTATTGAAAAGTGCAGAAGAAGCTGCATTCTAACTCCAGTATAAACAGGGAGGCACAAACAGGCAGATCTCTATGAGGGTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGTGAGACTTCCCAGATAGCCAGGACTGTGTGGGGAAACATTGTCTTGAAAAACAAAACACAAACAAAAAACCAGAAAAGTGCAGAAGTAATGAAAAGTTTTACTATCCTGTACCTTTATAAAATTGCTTCATAAATAACACTGTAACACTATAGTATCTAGTTGCTTTTATTTCTTAGAAATATATAGATACGGAGTTGAGCAAAGAGGTCTCTGTCATTGTTTGAGATAAAGCCTCACTGTGTAGCCCAGGCTGGCCTGGAGCTGAGAATAGATCTGCTTCCTTCGACCTAGAATTATTGGCGTTCAAAGGTTAAAGTCTCAGTAGCAGATAGCAGTAGTCTGAGGTTTCTCTTTTTATTGTTGATGTATGTGATTTGCTCTAAGTGTGTATGAAGGGGAAATGCAGCCAACCTATCCTGTCCATCTTGTGGAGGCTGAGTCTGAATGCTGTTGAGGGTGCTTGGCTTTTGTGTTGACCATACTCAGCTTATTCTCTTTGATTTTTAG
Seq C2 exon
ATTTTGCTGGAAGAACTTGCCAGTAGCGATCCCAAGTTAGCCCTCACTGGAGTCCCTATAGTACAGTGGCCAAAAAGGGATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000054611:ENSMUST00000047898:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.402 A=NA C2=0.009
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types