RnoINT0078336 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000019145 | Kdm2a
Description
lysine demethylase 2A [Source:RGD Symbol;Acc:1309419]
Coordinates
chr1:219581072-219592430:-
Coord C1 exon
chr1:219592036-219592430
Coord A exon
chr1:219581156-219592035
Coord C2 exon
chr1:219581072-219581155
Length
10880 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
TCAACTTCTTTGATCCTTAGATT
3' ss Score
7.93
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTTTGCTGGAAGAACTTGCCAGTAGTGATCCCAAGTTAGCCCTCACTGGAGTTCCCATAGTACAGTGGCCAAAAAGGGATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000019145:ENSRNOT00000054850:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.400 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]