GgaINT0006044 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004225 | KDM2B
Description
NA
Coordinates
chr15:5558680-5566723:-
Coord C1 exon
chr15:5566269-5566723
Coord A exon
chr15:5558767-5566268
Coord C2 exon
chr15:5558680-5558766
Length
7502 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
GACCTTTTCGTTCACAACAGAAC
3' ss Score
8.49
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCAAAGAGAAAACGCAGCATAGACAGCTATTCATCGGATTCGTGGTTAGACATGGATGAAGAATCTTGTGATGCTCATATCCGGGAGGAAAAGGATGACAGCTTGGATAAGAACTCCAAATCCCTGGTGGATGGCTCCTCCTCACCCAACAGCACACATTCAGAAGGAAAGGAGGGTGCAGGGAGAAAACAAAAAGCCACAGTAATGAGGTACCTAAAAAGAACTTTGTCTAATGAGTCAGATGACAGTGTAAAATCAACGACCCCCACGGATTATCCCAAAACACCAACGGGGTCTCCAGCTACAGAAGTTTCAACCAAATGGACTCACCTCACAGAATTTGAACTGAAGGGTTTAAAAGCCCTGGTGGAAAAGCTTGAATCTCTCCCAGAGAACAAGAAGTGTGTTCCAGAAGGCATTGAGGATCCACAGGCTCTCCTGGAGGACATGAAG
Seq A exon
GTGAGAGTGATAGCTTTCTGATCTGTACAGACTGTGTTCTGTGGGCCCAGGAGACAGGAGGAGGTCAGGAGGCAAAGTTCTGCAGTAGAGAGGTAGAAGTTTCTGTGTGGTGACCTCCTCCTGTCAGCCTGCTATGCCATGGAGAGGGAAGTTATGCCTCTGACACAAGCCATCTTTGCACTGGGGAGGCAGCTGGTTGCAGCCTGATTTGATTGATGCAGTGCAGCCATTTCTGACTGTTGCAGCTGTGCTCAGGGACTAAAAGTTTACATCCTTTTGCAGTTTAGCACTTATGTCCTACGTGTAAATATTATACCTCAAGCGATCTGTTTATACTTACAGTCTTAATCTTCCCTTTTGGGTCTCTTTCCTGGAGTGTGTATAACTGACACATACAATGCATACACGTGTGATTTTAATGTAGAAGATTGCCTAATGTTTCCTCTTGCATTTTTTATTCCTTTTTTTTTTTTTCCCTTACCTATTTCATTTTCTTTTCCTCCATTGCCCTCTATAGGTTGATAATTATTCTCCACTGGTACAGTGTACTGGTACAGTGTGGAGAAGGTATGAGGAGTGAATGCCCACTAGTGACAGATCTGCTCTTCAGATTTTTAGTGTACAGGAAGTGGTAGGTACCTCGTTGGACACGGGGATAGGTTTCACCCGAAAGCCTGCATAGCTGCTTCTATCTCTGATCTGCAGCATTCCTTTGAATGAACTGGTTAGCTTTTCTGTACCTTGTTTTCACATCATGTGAAATAAGTGTATTGATACATTTTCAAAGTTGAGACCAATGTACTCTTGTCATTTTGCTTGGACTTAATTAAATAAGACTAAGATCTTTCTCTAGTGCAGATAGGTTCAGTAACATGAAAGTTGGGCCTGATTTGAAACTATTAGTATTAATCTGTGCTCTTGTTTGGATTACTGGGTTTTTGGTGCTTCTGTGTGCCATGTGACTCTTCAGCTACATATTTTCTGTACGTGAGAACTGTGTAAGCCACAGTCTGAGGGGGAGGTAGGCATTTGTATTGTAGAAGGGGAGCCTGTACTTTTTTAGTGCAAGTAGTGTAACAGCTGCTTAGGAAAGGCTTCACAGCCAGGTAAAGAAGGCTGTGCATACGCTGTGTGCAGCAGAACTGTATTCCACAATCTTGGAGCCTGGAAGTGTGTTACAAAGTTGTCATCTGAGTAACAAGAGCTCAGAGAATCCCTTCTTGCAACATCAGCCACTTTGTGTATGTAAGTGGATGCAGGTGCCCAGTGCCATGGCAGTGGATTCACGGGTTTACTTTGTGACCAGTTGTGTCCTGTTTAGAAATCTAAATGAAACTTCAAGAGTAAGAGATGGGTTTGTACTGAAGGAGAAGGAATGGTAGCATCTTTTTTTTTCTCCAAGTTTTAAGTACGGACCAAGTTCCACTTAAAAATAAACTGCCCCTTCTTGAGACCCCAGAAAGAAGTACGCCACATGATACGTAGTGCAGATGTTCAAGATGCAATTGTGCATGCTCTGTTGATGACATAGTGCTCTACACTGCAAGACATCTTACTAGAACATGGCAAGACACCATGTGTGAATCTGGTTTTAAATGCTGTGTAGGAGCAGTGCTTTCTTAGCCTTCTCCAGAGCAGTGGGTTCACCGGTTACAGAGATGGAGTGGACACTTAAGAAAAAGATCCTTGTCATGCTCTTTCAGTGCTTCTGTGCTTTAATTGGTATGAAGTGGGCATCTGCCAGTTCATTTTGTGCCTCTTGGCAGAGTTGTGATCTTGATGTTCCATCTCCTTTGATAATTGCACAGAAAATTGCCTGCATCTAAACTCCTCTCTGTGCCAGCACACACTGTAACCATCAGGATGTGGCCCAGCATCTGGATCTTTATGGTTCCCTGCTGGTTAAAGAGCCCAAGACCACATCTAAACATCATGCACGCTGCAGAATGGTGTTCTCTGGAATCACCCCTGTATGTTGGTGTGCTGGGATGGATTAGTCAGAGCAAGTTGGCTTAAAAGATTGACTGACGAGCGCTCTCTTGAATAGTTGAACTGTTGAAGAACTTTCTTTTTCTTACCTATCTTTTTGCAGAGCTGTCCCACATACATGGCAGCTCTCAGTTTTCAGAGAATGAGCATTAACACAACGTAGTAAATCCTGTCTCCTTGTAATCCACGTGGTACAAGAACTGCATGGTTTGTTTTATTAGGTTTGTTGGCTTTTAAGACAACAAAACCAAGCATATCAGTACATGCTTTTACCTTCAAGGGGTAAAGCTGACCGATGGAGGAGTTGCCTGGTTGACTCATTTCAGCTCCTTGAGCATCTCTCTAACATAACAGTCCTTGCAGAGTTCCTGTGACGCTTGCTGTGCAGAATGCAGCTGTTGTTGGTTTCGTTCTGTCCTTGCTGTTGAGGAACATTGTGCTGTTCAGACCCTCGGCTGAGCACAGTGATAGCGATGTTCCCGTGGGGATCTCGGTGGTGCTCATCACTGCAGCAGTCATCTGCTTCACAAGTGGTGATGGATGAGCTGTTAGCCATGGTTCACAGGTAGAGAACTGAACTGCAAAAAGATTAAGATAAGTGACCATAATTTTGGATACTGTTCTTACACGTATCTGATGTGATTTTCAGAATAGTTAGTGTTATTCAAGAGTGATACTTGCAAAAAATAGTTTTAATGGTGTTGAAACTGTAATTGCTGAATGTTTCTATAGGACAGAAGTTCTGATGCTCAGCTCCCTGTTCCCAAGCCAGGTATGACGGAGGGGTGGCACATAATTCTGGACTGCCTGTGGAGTGTTGATTTAAAAGGCTTTCTATGTGTCATATAGAGACTTAATGGCAGAAGAAGAAATACAGTCCATTTTTCCAGAATGATGTTTATATCCTTGACCACAAAATCGTATTTCCTTTTTTTTTTTTTGCTACCAGCTTTCTAACTTGAACAGAAAATAATATGGGGATTCTGCTGATAGCAATGGCAATAGAGTGAGCAGAAGCCTGGCACCTGTACCGCAGCTCTGATGAATCCCCAGAGCACCAGTCATTGGTGCAGCTGAATGGAGGCAGAGATCCTGCAGAAAGAGCTTTGCAGATCATTTGTGCCATGACTGTATTCAGCTGTATTCACAAGGTTTGTTTCGTGGGCAACCTGAATTTCGTGCACATGATGGATTAATAATGCAGCCTATAAAAAGCAGTCCTTTAGTACTCCGCTTGAGAGTTATTTTTAACCAATGCATAGCAAGAGCACGCTCTGACAGAATGTCTGAAAGTTCTTGCTCTGCTTGGAAAGTCTTCAGTTCTTGAAAAAAATAAAACCGTGTTTATTGTAGTAGTTTTATTTCTTAATGAAATACGCTCAGGAACTTTTTCTCTGACATCGAAGTCTTTGTGCCTTGGATAGCTATTCAGTGTTTTCAGAAGACAGGACAAGGACAGTTAACTGGAGAAAGAAAACCATTTTATTCAGTAATGCAAAGTTTCACAGAATCAGGATAACTTGCAGAGAATTCATGGTTTCCTGTCTGAAGCAAGGATGCAGTATGTGTGAGTGGATTACTGCCCTGCGTGGTAAATACAACTACAGCTACATGTAGCTATTTAATGTCAAGTAGGTGAGACTCTCTGAAGTGAAGTAATTTGTTTTCCTTATGAGAAGGGAGAGTGAAAACTAATCTAAGCCTGTGTAAATTCCTTGCATGTTCTGTAAGCTCCTAACTAACTGTGACTATCTAGGGGGGACACAGCAATCCAGAAGTGTCCAGCTGATGCCTCTGCAGATTGAGATCCCATTTATCACCGTGATCGATGGAGTGCAGCAACGCAAGGGAGGCTTATTTGCAGAGCACAGCATGGGCCTCACTTGGGGAGCAGGTCGGTTCTTCCTTCATCTCAAACAAGGAATTAAATAGTTGTCAACTGCAGCTCTGCTGTATGGGAATTGTATCCCATGAGCCTGGTGTTCACCACTAAAGGAGCTTCTCAGCAGCCTCCAAGCAGCGATTACTGACAGCAGCGTTCACTCCCTGGCAGATGGCATCTGAACAATCAACAGAGGAGATGCAATATTGTCTGTATCCAAATGTCTGCTGCTGGGCTCTGTGTGAGAGAGAGTATGTGCAGCAAATGTGAGGGTGCTCCGCTGACCCACACTGCACAGAGAACAGAAGGCAGTGTAGCTGCTGGCAGGGTGAGCACCAGCAGGCACTGCAGCCATTGCTGTCACATCCCTGCTGTTGGTGTTACCTGTTAGAGGCACACACAACCCGCAGTTACACCTTGTGTTCCATGTATGCATGCCCTAAGGCTCAGGTATGAAAGGGCCTGCTCCTTGTGTTTCAACTTAAAAATGAAGTAGCAGCTGAAGTGTTACACTCATTCTTACAGTGAACAGATGAGGTAGAAGAAAAACAAAAAAGCTGAGGAATAAATATTTCTAAGATGGTGACCCTGAGGATTGGAAGAGTTTCATTGTGCGGCTTCTCCACTTCATATTTAGCTGCCAAATGGCATGGCAGTCTGCTAAAGATGCCGTCAGGGTGGACTTAGGCATGAAGAAGAGAACAGAGAGGTAACCACCTTACTCCTTGCTGCTGTTTGCACCCCACATCACAGACAGGTAAACCTGTGCAGTCTGCAGCCCACATTAAACGCTGCCAGCGCTGCTTGTCTGCATGCAGTCTCTGTTTTCAGCACACAGCATTTCCTGCATTGCTAGAAGAATGGTAATTCCCTTGCTGCTGCTGGGGAAGAGGACTGTGAGATCGGCCTCCTAAAATGCCACAGACCTTCCCCACTTCAAAGCAAAAATGCTGCTCTTCTTTCAAAGGTACTGTGGAAGTCCATTAGGGCAGAAGAAACTCAGTTTGCAGAACGGAGTTTGTCAAATATCCGCAACTCCTTGGCAGCAGCAGCAGATTCTTGTGCAAGACAGATGATATCTACTGAAATATGCTCTTACTTTTTCGTGCCAAGAAATCTTACCCTGTTC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Seq C2 exon
AACATTCTGAAAGAACATGCTGATGATGACCAAAATCTTGCGATTTCGGGTGTCCCTGTGGTCAGCTGGCCCAAGAAGACCCCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004225:ENSGALT00000006725:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.586 A=NA C2=0.483
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]