BtaINT0080148 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002328 | KDM2B
Description
lysine (K)-specific demethylase 2B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13610]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Coord C2 exon
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Length
17249 bp
Sequences
Splice sites
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Seq C2 exon
AATGTCCTGAAGGAGCACGCGGAGGACGACCCCAGTCTGGCCATCACTGGGGTCCCCGTAGTCACTTGGCCAAAGAAGACTCCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002328:ENSBTAT00000003003:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.846 A=NA C2=0.621
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development