HsaINT0085016 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000089094 | KDM2B
Description
lysine demethylase 2B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13610]
Coordinates
chr12:121494579-121510039:-
Coord C1 exon
chr12:121509567-121510039
Coord A exon
chr12:121494666-121509566
Coord C2 exon
chr12:121494579-121494665
Length
14901 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGGGC
5' ss Score
7.93
3' ss Seq
GATGCTTTGTTTGGCCACAGAAC
3' ss Score
7.88
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCCCCGAGGAAGCCCAGCATAGACGGCTTCTCTTCGGATTCCTGGCTGGAGATGGAGGAGGAGGCCTGTGATCAGCAGCCTCAGGAGGAGGAGGAGAAGGACGAGGAGGGCGAGGGCAGGGACAGGGCACCCAAACCGCCCACCGATGGCTCCACTTCACCCACCAGCACGCCCTCTGAGGACCAGGAGGCCCTCGGGAAGAAGCCCAAAGCACCTGCCCTGCGATTCCTCAAAAGGACTTTGTCTAATGAGTCGGAGGAAAGTGTGAAGTCCACCACATTGGCCGTAGACTACCCCAAGACCCCCACCGGCTCTCCCGCCACGGAGGTCTCTGCCAAATGGACCCATCTCACTGAGTTTGAACTGAAGGGCCTGAAAGCTCTGGTGGAGAAACTGGAATCCCTCCCGGAGAACAAGAAGTGTGTCCCCGAGGGCATCGAGGACCCCCAGGCACTCCTGGAGGGTGTGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AACGTCCTGAAGGAGCACGCAGATGATGACCCTAGTCTGGCCATCACTGGGGTCCCTGTGGTGACTTGGCCAAAGAAGACTCCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000089094:ENST00000377071:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.759 A=NA C2=0.468
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development