HsaINT0085016 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000089094 | KDM2B
Description
lysine (K)-specific demethylase 2B [Source:HGNC Symbol;Acc:13610]
Coordinates
chr12:121932382-121947842:-
Coord C1 exon
chr12:121947370-121947842
Coord A exon
chr12:121932469-121947369
Coord C2 exon
chr12:121932382-121932468
Length
14901 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGGGC
5' ss Score
7.93
3' ss Seq
GATGCTTTGTTTGGCCACAGAAC
3' ss Score
7.88
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCCCCGAGGAAGCCCAGCATAGACGGCTTCTCTTCGGATTCCTGGCTGGAGATGGAGGAGGAGGCCTGTGATCAGCAGCCTCAGGAGGAGGAGGAGAAGGACGAGGAGGGCGAGGGCAGGGACAGGGCACCCAAACCGCCCACCGATGGCTCCACTTCACCCACCAGCACGCCCTCTGAGGACCAGGAGGCCCTCGGGAAGAAGCCCAAAGCACCTGCCCTGCGATTCCTCAAAAGGACTTTGTCTAATGAGTCGGAGGAAAGTGTGAAGTCCACCACATTGGCCGTAGACTACCCCAAGACCCCCACCGGCTCTCCCGCCACGGAGGTCTCTGCCAAATGGACCCATCTCACTGAGTTTGAACTGAAGGGCCTGAAAGCTCTGGTGGAGAAACTGGAATCCCTCCCGGAGAACAAGAAGTGTGTCCCCGAGGGCATCGAGGACCCCCAGGCACTCCTGGAGGGTGTGAAG
Seq A exon
GTGGGCAGGAGTGGCGTCTGGGGCTGGGCGGCCGAGGAGGGCCGGGCAGGTCCCGTTCAGTGTGACACGTGCAGCTCAGCTCACGATGGCTCTGTGCAGATTGCTCTGAGCATTCGGGTGGGCGCTGCGAGGGGGCTTCTGGGGTCTCAGTCCACAAAAGCCTATGTAGGGTGTCCAAGCAGAGGCCATCATTAAGAGCTGCAGAGGGTGGGTGGGGTGGCTCACACCTGTAATCCTAACACTGGGAGGCTGAGGTGGGCAGATCACTTGAAGTCATGAGTTCAAGACCAGCCTGGCTAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAAAAAAAAGGAAAATTAGCCATGCCTGGTGGCGTATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTCGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAACAAAAGAGCTGTAGAGGACCCCCTTTTGGAACCTCACTCTGTGGCTGACGAGTTTTCTTCTCAGCACTTATTGGAAACCTGAGTCCCCACCAGCAGGTGTGACATGTGCAGCAGTTGCTGTCACTGGCCTCGAGAGACGAACCCCTCCAGCCTTGTCAGGAAGCCTCGCTGTCCTGGGCCAGCATGTTGGAGCACGAATCAGTTTCACATGAGCAGGTTGTACATCCCCACAGTCCTTGACACGGCCAGCTGATGCGGGCACTATGTAGCTGCGTGCAGTTTGGAAGTCTTCATTATGACCTGCATTTAATGGATGAGGAAGTAGGCTCAGAGAGGGTACGGGGCATGCCTGAGGTCACACAGTAAGTGGATGGTGGAGCTGGGATGAGGACCCGGGGGTGACTGCAGAGCTTCTGTGTGTCTACCGCTGTGTGGAACTGCCTCTTGTCTCAGCATTAGTAAGGCTTTTTGGTTGAGGCCTCCGAGGCGTCTGGGTGTCCTTCTCCAATGTCTGATGCCCAAGGGAAGCCAGCTAGCTGCCTCCTGGGGTTGGAAACTGAATTTAAGTTTCTTCTTCGGTGGCTGTAAAGTACTCAGGATTGGTAGTTCATTTGTTCATTGTATTTACTTAGGAAACCTTGTGTTGGGCCTGGGATAAAGATATATTAAGATTCACTGGGTGCGGGCCAGGCACGGTGGCTCAGGCCTTAATCCCAGCACTTTGGGAAGCTGAGGCAGATGGATCATTTGAGGCCAGGAGTTTGAGCCCAGCCTGGCCAACATAGGGAGACCCCATCTCTACAAAAAATAAAAAATTTAGCCAGGCATAGTGGCCTGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCTGGAGGCTGAGGAGAGAGGATTGCTTGACCCCAGAAGGTCACTGCTATAGGGAGCCATGGTCTCGCCACTGCACTCTAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACCCTGCCTGAAAAAAAACCCAAAACAACCATACTAATCTGAAGAAGAAATGTCTTTCCATGCTTTTGGAAAGTCTTTTTTACTTTATTTTTTTACCGTTGAGACAGACAGGGTGTTACTCTGTTGCACAGGCTGGAATGCAGTGGTGCGAGCTTGGCTCCCTGCAGCCTCGACCTCCCAGGCTCAAGTGATCCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCACCATGCTCGGCTAATTTTTAATTTTTTTGTAGAGATGGGGTCTCACCACATTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTACTGAGCTCAAGCGATCCTCCCACCTCAGCTTCCCAAGGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCTGGCCTAGCCTATTTTTGCCTTTAAAAGCATCTTTGTGTCTGTGATCTATTTCTGTGTGGTGTCGCTGGTTCTGGGAACAGATGTCCTCCTAGGGATGAAACTTGGCTCCTCCTATCCCTCGCCTCTACCTACCTGATTGGCCTGAGGCTGGACTTACCTTAGACCCTTTGATGATGTAGAGGAGGCCTGGGGTAGGGGTTAGAAAAAGCGCAAGCAGCGCAGACTTCCTCCTTCCCCACAGGGGAATCACGGGCAGCTCGTGATAATATGAAATGAGGCATCTCAATGACTTGGTGCTGTTGGGTGTGTTTTCCTTGTACAAACACATTGAAACCTTCCAACAACCCTTTGGAGTACTTTTATTTTTTTGAGATGAAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGAAGTGCAGTGACATGATCTTGGTTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTGTCCTACCCCTGCCTCCCGAGTAGCTGGGACCATAGGCATGCCACAACCCCTGGCTAATTTTTTTGTAATTTTTGTAGAGATGGGGTCTCCCATGTTGCCCACGCTGTCTTTTTTGTATAACCTAGTCACTTAGCTCATTTATTGAACTTAGCTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTTACTGCAAGCTCCACCTCCCGGGTTCACACCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCGCCACCTCGCCGGGCTAATTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCTTGATGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACAATCTCGGCTCACTACAACCTCCACCTCTGGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCTAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCACACCCGGCTATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGTTTTCTTCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCCTACCTCAGGTGATTCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCTGGTCTTTTGTATCTTTTTTAGTAGAGATGGGGGTTTCACCGTGTTGGCCAGGATGGTCTTGATCCCCTGACTTTGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCCAGAACTTACCTGTCTTTAGAGATATTTAGTTTAGCCTTGTCTAATGAGGCTCTTTTCAGGCTGAAGAGCTTGTAAATTAGGTGGACAGGCCTCCTGAGGGTTCCATGAAAATTGGGACCGCTGCTAGTGTCTCTAAATGTTGTGTGGCCAGATGCTTGCCTGGGGGACGTGGGTGCCATCACCTCTTCCAGAACAGGAGAGTTTCTGATTAGTCTGACAGGCATTAGCCCCTCACTCTCCCTGGAGACCCAGAAAAGATTTTGAGGCCTGCTGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCTAACATTTTGGAAGGCCGATCACACGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATAGTAAGACCCTATCTGTACAAAAACAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGTGTGCGCCTGTAGCCCCAGCTGCTCAAGGGGCTGAGGCAGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTCTAGGCTACAGTGAACTATGAGTGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGAGACAGAACAAGACCCTGTCTCAAATAAATAAAAAAGCAAACAAAAAAACGATTTTGAACCCAGGACTGACTTTCAGGGTGGGAGTGCTGCCACAGAGGGTGGGCAGCCTGTTCTCCCCAGATGTACGCTCTGTCGCCTTGTTCTCTCTTTTCTGTTGTTGAGGATTCTTTTGCTTTGGCCAAGAAATAAAAAACAGCTCAGGAATATGGGTCTGAGACAATTCATAGCCGATGCCCAGTTCCCCCACTGCCATTGAGGGATTCGTGTTTCTGGGCTGTGGTGGTTTCCTGTTGATGACTGACCTGCTAGGATCTTTGGCTTGTGTTCCAGAAAGATGGGCTCTCTCCCGGGACCTCAGAGGCTGCTGCTTGTGGTGGCTCAGGGTAACTAGTGCCCTGGTGATTGGAGACAGCCCCCAATTCAACTCAGTCCCTAGATGGCTAGGTTTTGGCTTATACTAAAAACCCATTTGTTCTTTCATTTGTGTGATTTTGTTGTTGTTTTTAAATTTTGAGACAGAGTCTTACTCTGTCACCAAGGCTAGAGTGCAGTGGCATGATCACAGCTTTTTTGTAGAGACAGAGGTCTCGCTGTGTTGCCCAGGCTCATCTTGAGCCCCTGGGCTCAGGTGGTTGGACAGCCTCGTGTGATGTATTTTTTAAATTATGGTAAGACACACGTAACACAATTTACCATTTTAACCATGTTAAGGTGTCCAAGTCAGTGGCATTAGGTACAGTCACAATTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGCAATCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGATGTGATCTCAGCTTACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCGTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGAATTACAGGCATGTGCTACCACACCTGGCTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCTGCCACAACGCCCAGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCTAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCATAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCTCGGTGGCTAATTTTTATATTTTAAGTAGAGATGGGGTTTCATCACATTGGCCAGGCCTCAGGTAATCTTGGCTTGGCCTCCTGAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCCCCGGCCAACAATTCACAATCGTGTGCAACCACCACCACTATCTTATTCCAGAACCTTTTTATCACTGTGGACAGTCCCATACCTAAGAGCTGCCACGTCCCATACCCTCTTCACTGCGAATCTGCTTTCTGTCCCGTGGATTTACTTATTCTAGATAT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Seq C2 exon
AACGTCCTGAAGGAGCACGCAGATGATGACCCTAGTCTGGCCATCACTGGGGTCCCTGTGGTGACTTGGCCAAAGAAGACTCCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000089094-KDM2B:NM_032590:11
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.751 A=NA C2=0.409
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF057817=MRVI1=PD(92.9=49.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)