HsaINT0116401 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000142233 | NTN5
Description
netrin 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:25208]
Coordinates
chr19:49167836-49174263:-
Coord C1 exon
chr19:49173613-49174263
Coord A exon
chr19:49168025-49173612
Coord C2 exon
chr19:49167836-49168024
Length
5588 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TACGTGAGT
5' ss Score
7.77
3' ss Seq
CCACCCCATTTTGCTCCTAGCCT
3' ss Score
5.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCTGGCTCTGCTGTGACCATGCCCGTGACCTTTGCCCTCCTGCTCCTCCTGGGCCAGGCCACTGCGGACCCATGCTACGATCCACAGGGCCGCCCCCAATTCTGCCTCCCGCCAGTGACACAGCTGGCTGCCGTGGCGGCCTCCTGCCCTCAGGCCTGTGCCCTGTCCCCAGGAAACCACCTTGGCGCCAGGGAAACCTGCAATGGCAGCCTGACTTTGGCCCTGGGTGGCCCCTTCCTCCTGACATCTGTCAGCTTGCGCTTCTGTACCCCAGGACCCCCAGCCCTCATCCTGTCTGCTGCCTGGGCCTCAGGGGGTCCCTGGAGGCTGCTGTGGCACAGGCCCGCCTGGCCTGGGGCCTTAGGGGGCCCTGAAAGGGTGACCTTCCACTCCACACCAGGTCCTAAGGCCACTGTGGCGGCCAGCCACCTCCGTGTGGAGTTTGGGGGCCAGGCCGGGCTAGCGGCAGCTGGGCTGAGAGGCCGCTGCCAGTGTCATGGCCACGCTGCCCGCTGTGCCGCCCGTGCCCGGCCCCCCCGCTGCCACTGCCGCCACCATACCACTGGCCCGGGGTGCGAGAGCTGCCGCCCGTCCCATCGAGACTGGCCCTGGCGGCCTGCCACGCCCCGGCACCCCCACCCTTGCCTAC
Seq A exon
GTGAGTCCTGCGCCCCTCACTCTCCCTGCCTTTGCCTGCCTGCCACTGGGTCCTTTGTCCCTACGGGAGCAGGATGTTCCCTTCCCTCGCTGGAACTGGGTGCTCCTTGCCTCTCACCCCAGTCTCAGACTCGGTCCCCTCATACCTCCTCCCTGCAGCCAGTCCTGTATCTCAGCCACACATGGGCCTGTCTGCTCATGAGGGGCTCAGCCTCTCCCCAACACTCATCAGCCTGTGATGATGGTGATGATGATGATGATGGTGTGATGGTGGTAATGGTGATGATGGTGGTGATGGTGGTGGTGATAATGGTGATGACTGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGATGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGATGATGGTGATGATGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGATGGTAGTGGTGATGATGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGATGGTAGTGGTGATGATGGTGATGGTGGTGGTGATGGTAGTGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGATGATGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGTGATGGTGATGGTAGTGGTGACGATGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGATGGTGATGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGATGATGGTGATGGTGGTGGTGTTGGTGGTGGTGATGGTGATGACTGGTGGTGGTGATGGTGGTGATGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTCGTGGTGGTGATGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGATGGTCGTGGTGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGATGGTGGTGATGATGGTGGTCATGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGATGGTCGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGATGGTCGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGATGATGGTGGTCATGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGATGATGGTGATATGATGATGGTGGTGGTGGTGATGATGGTGATAGTGGTGATGGTGGTGGTGATGATGGTGATAGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGATGATAGTGATAGTGGTGATGATGGTGGTGATAGTGGTGATGATGGTGATGGTGATAGTGGTGATGATGGTGGTGATAGTGGTGATGATGATGGTGGTGGTGATGATGATGTAATAACAGTTTCCGAGCACCCATCCCAGGGCCTGGCTGGATGCAGGTACTTGGGTAATATTTATTGAACAGTTGTAGGGGAACAGGACAGCTGGATGGTACCTGACTCCTCAAACCAACCACAGGGGGAAAGTATTCGGTCATTAAACACATATTTATCAGTCACCTACGTGTGCCAGGCAGGGATGTCATCAGGCCCATTTTACAGATGAGGAGACTCAGGCCTAGAGTTCAGAAGTCCCCTGCACAAGGACACACAGTGGCTGCGTGTGGCAGGGCCAGGATCTGAGCTCAGGAAGCCAAGTTCTGGGGTCTCAGCCTGTCCCTGCCAGGCTCCTGCTGGGTACTGTCACACCACGTGGCAGACAAGAGGCAACAGACAGGAGCACGGCCTTGGTGGCCTGGCAGCCAGACTATTTGGGCTTGAATCCCAGCTCCTCTGCTTACCTGCTGTGAGACCTTGGGCAAGTGACCTAATCTTTTGGTGCCCCAGTTTCCTCCACCATAGATTGGGGATAGTAACAGCACATCCTTTACAGGCTGTAGTGAAAATTAAATGCATTAATACACATAAAGCCTTTAAATAAAGCCCAATGTGGTACCTGGCACAAAGGAACGGCTTCCTGAGCACCTGCCAAAGTCGCCACTCCCCAGCTGAGGAAGGTGAGGCTCAAAGAGAGGTCACTTGCCCTAAGTCTCATTGCCAGCAAGGGATTTAACCCAGGGAGCCCTGAGTTCCTAGATGCTGCAACAATCCGCTGCTCCATCCAGCTGGACAGGGGCCCCCCAGGAATGTCCCATGCGATGCCCTCTTTCCCACAGGTGCTTCCAGACCAGGCCTTCCCTACCTCCCTCCAACAGCCCCTCCTCAGAGACAGCCGGTGTCAGCTCCTTCCGGCCCTGACCCCCTCCCTCCTCCAGCCTGAGACACTTGGTACAGGGTCTGAGGTCCTGGGAGGTAACTCTACCAACAGACACAGACATATACACACGTGTGCAAGTGTACCCTGGCCTTCCCTCTCCACCTCCCATGCGCTTTGCCTCCCGGCCCTCTATTTCTTTTTTTTTTCTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCATCTCGGCTCACTGTAGCCTCTGCCTCTGGGGTTCAAGCCATTCTCTTATCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGTGCCACCACGCCCGGCTAATTTTGTATTTCTAGTAGAGATGAGGTTTCGCCATGTTGGCCAGGTTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCAGCCTTGGCCTCCCAAAATGTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCTGCCCCTCTATTTCTTCATACATGAAGATCACATGGGCTAACTTACAGACCATCCCCATTCTTTGGCCAAATCTTTTACCTAAGCAGGGGAGTGAGGGGTGAGACTCACCAGGCCTGAGGATGAGGCAGCCTTCATCCTGGGCCTGGACAGGGCCTGGGCGCTGGGGAGGCTGTCCTGAGGGTCACCACATCCCCCCAGACTGAGCAGGGCAGTGCCCTCCAAACCCGGGTAAGAGACTGACAATGCTGCAGTGGAGAAAGGTCAGGGTGGCCAGGTGAGACTAATGCCTGTGGCAGAGCTATGGGCTTCACAGACATCCTGGTCTGCATCTCCTCTCCCTCATCTGAGTTCTCCACAGGGGAAGTGAGGCAAAACGATTACCCTTGGGTCAGAAAGAATCCAAAACCTGACTCAACTCACTGATCATCTGAATAGCTTTGCCACTTTGAATGCCCACAAAAACCCTGGGAGAGAGGGATCTGGATTCTCTCTGGACAGGGAGAAAACAGAGGCTGGGAGAGGGGGAGTTGTTTTTCCAAGAACATGCAGCCGTCTGAGCTCCCTGATTATCCCACAACTCTTCCGGGCTCTCAGGGACCTGCCAGTCCAGGGCTCTCAAACCTCTTAGTGTCAAAACACCCTGCAGTCCAAGTCTCTTCAAAGAGTGTCCATGAGCCTGGGAGACATAATGAGTCCCCGTCTTTAAAAAAAAAATTTTAAAGTAGCCTGGTGTGGTGGTGCATGCCTGTGGACCCAGCTACCGAGGAGGCTGAGGTGGGAAGATCCCTTGAGCCCAGGAGTTGGAGGCTGTGGTGAGTTATGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGTGGTCTGTGAACCCCCTGTATCAGCATCTCACTCTGCAGTGCTTGCTGGAAATACAGATCCTTGGGCCCATCAGAAAGCCTAGGGAGGAGCCTTGCAATCTGGCTTTTGTTGTTGTTTTGGATTTTTGCTTCTTTTTTAAAGACAAGGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCATAACTCACTGCAGCCTCCAACTCCCAGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCTAGAGTAGCTGGGACTTACAGGTGTGGGCCACTATGCCCTGTTAATGTATTTTTAATAAAAACAACAACAAAACATTTCCCTGGTAATTCTGATGAGCAGTAAGGTTTGAGAGCCACCTTAAAACACCTGACAAACGCTCCCAGGATAATGCACATGCTAAATAATCCTCACGGGAGCTGTGTATTACTGGAGTGAGCTAAGAGCTCAGACTGTCAAGCTAGAAGACCTGTGTTTAAGTCCTGCCTCCAACTACCCGCTAGCTGTACCTCTCTGTGCCTCAGCTTTCTCCCTCTGTAAAATGGGGATGATAATAGTGCCAGCCTCACAGAGCCCTTGTGGAGATGAAATACATCAAACACAGTGCAGGGTGTCCTGCACGTACGAATGCTAGACAGCCAAGTACTTGCTCTCCGCCAGGCCTGGGCTATGCACTTTTTATCCACTTTATCTCATTTAAGCCTCAAGTAAACATTATAAATGCCATTTCACAGCCAATCAAACTACAGAAGGGATAAATTACCTGTCCAGGGAATACGGTCAGAGAGACCGACAAGGCTAAAAGGGTCTGATTCCACAGGCCATAGCCCACTCTTTTTGTTTTTTTTTTTTCTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCCTGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTACCTGGGATTACAGGCGCGTGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGTTTCACCACGCTGGCCAGGCTGGTTTTGAACTCCTAACCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCACGAGCCATCGTGCCTGGATGCAGCCTACTCTTTAGAGGCCCAGTTTCACAGATGTTCAGGAGGTTCATGAGTCCCCCCGGACTTACCAGCTCCAGTCCAATGTACCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCCTTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAGGAGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACAAGCCATCACAGCCAACTAATTTTTTTATTTTTAGTAGAGATGGGTTTTCGCCATGTTGGCCATGTGGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCCGGCCTACCCATTTAAAAGATGTGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAAAAAAAATTAGCTGTGTGTGGTGGCACGTGCCTGTAGTTCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAAGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGGTCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGTCTCCGTCTCAAAAAAAAAAGATAATAATAGAGATGTCCTGGGACCCAGGCATTCTCTTCTACCTTGGACACTCACGGCTTCCTTTCATGAGGGCAGGGCCATGGGAAGAAAGCTGAGGACTGGGGAGCAGCACACTCGGCCCTGATGCGCCCCCACCCCATTTTGCTCCTAG
Seq C2 exon
CCTGCTCCTGCAACCAGCACGCCCGACGCTGCCGGTTCAACTCTGAGCTGTTCAGACTGTCGGGCGGCCGGAGTGGGGGTGTTTGTGAGCGGTGCCGCCACCACACAGCTGGGCGGCACTGCCACTACTGCCAACCTGGGTTCTGGAGGGACCCTAGCCAGCCTATCTTCAGCCGCAGGGCCTGCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000142233-NTN5:NM_145807:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.090 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=WD(100=25.1)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)