HsaINT0116401 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000142233 | NTN5
Description
netrin 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25208]
Coordinates
chr19:48664579-48671006:-
Coord C1 exon
chr19:48670356-48671006
Coord A exon
chr19:48664768-48670355
Coord C2 exon
chr19:48664579-48664767
Length
5588 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TACGTGAGT
5' ss Score
7.77
3' ss Seq
CCACCCCATTTTGCTCCTAGCCT
3' ss Score
5.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCTGGCTCTGCTGTGACCATGCCCGTGACCTTTGCCCTCCTGCTCCTCCTGGGCCAGGCCACTGCGGACCCATGCTACGATCCACAGGGCCGCCCCCAATTCTGCCTCCCGCCAGTGACACAGCTGGCTGCCGTGGCGGCCTCCTGCCCTCAGGCCTGTGCCCTGTCCCCAGGAAACCACCTTGGCGCCAGGGAAACCTGCAATGGCAGCCTGACTTTGGCCCTGGGTGGCCCCTTCCTCCTGACATCTGTCAGCTTGCGCTTCTGTACCCCAGGACCCCCAGCCCTCATCCTGTCTGCTGCCTGGGCCTCAGGGGGTCCCTGGAGGCTGCTGTGGCACAGGCCCGCCTGGCCTGGGGCCTTAGGGGGCCCTGAAAGGGTGACCTTCCACTCCACACCAGGTCCTAAGGCCACTGTGGCGGCCAGCCACCTCCGTGTGGAGTTTGGGGGCCAGGCCGGGCTAGCGGCAGCTGGGCTGAGAGGCCGCTGCCAGTGTCATGGCCACGCTGCCCGCTGTGCCGCCCGTGCCCGGCCCCCCCGCTGCCACTGCCGCCACCATACCACTGGCCCGGGGTGCGAGAGCTGCCGCCCGTCCCATCGAGACTGGCCCTGGCGGCCTGCCACGCCCCGGCACCCCCACCCTTGCCTAC
Seq A exon
GTGAGTCCTGCGCCCCTCACTCTCCCTGCCTTTGCCTGCCTGCCACTGGGTCCTTTGTCCCTACGGGAGCAGGATGTTCCCTTCCCTCGCTGGAACTGGGTGCTCCTTGCCTCTCACCCCAGTCTCAGACTCGGTCCCCTCATACCTCCTCCCTGCAGCCAGTCCTGTATCTCAGCCACACATGGGCCTGTCTGCTCATGAGGGGCTCAGCCTCTCCCCAACACTCATCAGCCTGTGATGATGGTGATGATGATGATGATGGTGTGATGGTGGTAATGGTGATGATGGTGGTGATGGTGGTGGTGATAATGGTGATGACTGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGATGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGATGATGGTGATGATGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGATGGTAGTGGTGATGATGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGATGGTAGTGGTGATGATGGTGATGGTGGTGGTGATGGTAGTGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGATGATGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGTGATGGTGATGGTAGTGGTGACGATGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGATGGTGATGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGATGATGGTGATGGTGGTGGTGTTGGTGGTGGTGATGGTGATGACTGGTGGTGGTGATGGTGGTGATGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTCGTGGTGGTGATGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGATGGTCGTGGTGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGATGGTGGTGATGATGGTGGTCATGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGATGGTCGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGATGGTCGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGATGATGGTGGTCATGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGATGATGGTGATATGATGATGGTGGTGGTGGTGATGATGGTGATAGTGGTGATGGTGGTGGTGATGATGGTGATAGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGATGATAGTGATAGTGGTGATGATGGTGGTGATAGTGGTGATGATGGTGATGGTGATAGTGGTGATGATGGTGGTGATAGTGGTGATGATGATGGTGGTGGTGATGATGATGTAATAACAGTTTCCGAGCACCCATCCCAGGGCCTGGCTGGATGCAGGTACTTGGGTAATATTTATTGAACAGTTGTAGGGGAACAGGACAGCTGGATGGTACCTGACTCCTCAAACCAACCACAGGGGGAAAGTATTCGGTCATTAAACACATATTTATCAGTCACCTACGTGTGCCAGGCAGGGATGTCATCAGGCCCATTTTACAGATGAGGAGACTCAGGCCTAGAGTTCAGAAGTCCCCTGCACAAGGACACACAGTGGCTGCGTGTGGCAGGGCCAGGATCTGAGCTCAGGAAGCCAAGTTCTGGGGTCTCAGCCTGTCCCTGCCAGGCTCCTGCTGGGTACTGTCACACCACGTGGCAGACAAGAGGCAACAGACAGGAGCACGGCCTTGGTGGCCTGGCAGCCAGACTATTTGGGCTTGAATCCCAGCTCCTCTGCTTACCTGCTGTGAGACCTTGGGCAAGTGACCTAATCTTTTGGTGCCCCAGTTTCCTCCACCATAGATTGGGGATAGTAACAGCACATCCTTTACAGGCTGTAGTGAAAATTAAATGCATTAATACACATAAAGCCTTTAAATAAAGCCCAATGTGGTACCTGGCACAAAGGAACGGCTTCCTGAGCACCTGCCAAAGTCGCCACTCCCCAGCTGAGGAAGGTGAGGCTCAAAGAGAGGTCACTTGCCCTAAGTCTCATTGCCAGCAAGGGATTTAACCCAGGGAGCCCTGAGTTCCTAGATGCTGCAACAATCCGCTGCTCCATCCAGCTGGACAGGGGCCCCCCAGGAATGTCCCATGCGATGCCCTCTTTCCCACAGGTGCTTCCAGACCAGGCCTTCCCTACCTCCCTCCAACAGCCCCTCCTCAGAGACAGCCGGTGTCAGCTCCTTCCGGCCCTGACCCCCTCCCTCCTCCAGCCTGAGACACTTGGTACAGGGTCTGAGGTCCTGGGAGGTAACTCTACCAACAGACACAGACATATACACACGTGTGCAAGTGTACCCTGGCCTTCCCTCTCCACCTCCCATGCGCTTTGCCTCCCGGCCCTCTATTTCTTTTTTTTTTCTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCATCTCGGCTCACTGTAGCCTCTGCCTCTGGGGTTCAAGCCATTCTCTTATCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGTGCCACCACGCCCGGCTAATTTTGTATTTCTAGTAGAGATGAGGTTTCGCCATGTTGGCCAGGTTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCAGCCTTGGCCTCCCAAAATGTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCTGCCCCTCTATTTCTTCATACATGAAGATCACATGGGCTAACTTACAGACCATCCCCATTCTTTGGCCAAATCTTTTACCTAAGCAGGGGAGTGAGGGGTGAGACTCACCAGGCCTGAGGATGAGGCAGCCTTCATCCTGGGCCTGGACAGGGCCTGGGCGCTGGGGAGGCTGTCCTGAGGGTCACCACATCCCCCCAGACTGAGCAGGGCAGTGCCCTCCAAACCCGGGTAAGAGACTGACAATGCTGCAGTGGAGAAAGGTCAGGGTGGCCAGGTGAGACTAATGCCTGTGGCAGAGCTATGGGCTTCACAGACATCCTGGTCTGCATCTCCTCTCCCTCATCTGAGTTCTCCACAGGGGAAGTGAGGCAAAACGATTACCCTTGGGTCAGAAAGAATCCAAAACCTGACTCAACTCACTGATCATCTGAATAGCTTTGCCACTTTGAATGCCCACAAAAACCCTGGGAGAGAGGGATCTGGATTCTCTCTGGACAGGGAGAAAACAGAGGCTGGGAGAGGGGGAGTTGTTTTTCCAAGAACATGCAGCCGTCTGAGCTCCCTGATTATCCCACAACTCTTCCGGGCTCTCAGGGACCTGCCAGTCCAGGGCTCTCAAACCTCTTAGTGTCAAAACACCCTGCAGTCCAAGTCTCTTCAAAGAGTGTCCATGAGCCTGGGAGACATAATGAGTCCCCGTCTTTAAAAAAAAAATTTTAAAGTAGCCTGGTGTGGTGGTGCATGCCTGTGGACCCAGCTACCGAGGAGGCTGAGGTGGGAAGATCCCTTGAGCCCAGGAGTTGGAGGCTGTGGTGAGTTATGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGTGGTCTGTGAACCCCCTGTATCAGCATCTCACTCTGCAGTGCTTGCTGGAAATACAGATCCTTGGGCCCATCAGAAAGCCTAGGGAGGAGCCTTGCAATCTGGCTTTTGTTGTTGTTTTGGATTTTTGCTTCTTTTTTAAAGACAAGGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCATAACTCACTGCAGCCTCCAACTCCCAGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCTAGAGTAGCTGGGACTTACAGGTGTGGGCCACTATGCCCTGTTAATGTATTTTTAATAAAAACAACAACAAAACATTTCCCTGGTAATTCTGATGAGCAGTAAGGTTTGAGAGCCACCTTAAAACACCTGACAAACGCTCCCAGGATAATGCACATGCTAAATAATCCTCACGGGAGCTGTGTATTACTGGAGTGAGCTAAGAGCTCAGACTGTCAAGCTAGAAGACCTGTGTTTAAGTCCTGCCTCCAACTACCCGCTAGCTGTACCTCTCTGTGCCTCAGCTTTCTCCCTCTGTAAAATGGGGATGATAATAGTGCCAGCCTCACAGAGCCCTTGTGGAGATGAAATACATCAAACACAGTGCAGGGTGTCCTGCACGTACGAATGCTAGACAGCCAAGTACTTGCTCTCCGCCAGGCCTGGGCTATGCACTTTTTATCCACTTTATCTCATTTAAGCCTCAAGTAAACATTATAAATGCCATTTCACAGCCAATCAAACTACAGAAGGGATAAATTACCTGTCCAGGGAATACGGTCAGAGAGACCGACAAGGCTAAAAGGGTCTGATTCCACAGGCCATAGCCCACTCTTTTTGTTTTTTTTTTTTCTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCCTGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTACCTGGGATTACAGGCGCGTGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGTTTCACCACGCTGGCCAGGCTGGTTTTGAACTCCTAACCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCACGAGCCATCGTGCCTGGATGCAGCCTACTCTTTAGAGGCCCAGTTTCACAGATGTTCAGGAGGTTCATGAGTCCCCCCGGACTTACCAGCTCCAGTCCAATGTACCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCCTTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTT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Seq C2 exon
CCTGCTCCTGCAACCAGCACGCCCGACGCTGCCGGTTCAACTCTGAGCTGTTCAGACTGTCGGGCGGCCGGAGTGGGGGTGTTTGTGAGCGGTGCCGCCACCACACAGCTGGGCGGCACTGCCACTACTGCCAACCTGGGTTCTGGAGGGACCCTAGCCAGCCTATCTTCAGCCGCAGGGCCTGCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000142233:ENST00000270235:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.090 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=WD(100=25.1)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development