HsaINT0134344 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000163629 | PTPN13
Description
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9646]
Coordinates
chr4:86751027-86758349:+
Coord C1 exon
chr4:86751027-86751124
Coord A exon
chr4:86751125-86758259
Coord C2 exon
chr4:86758260-86758349
Length
7135 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTCAGC
5' ss Score
4.81
3' ss Seq
AAATTATAAATTCCCAATAGATG
3' ss Score
5.11
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCAAAGTCTGTTGCGAGTTTAAATAGAAGTCCTGAAAGGAGGAAACATGAATCAGACTCCTCATCCATTGAAGACCCTGGGCAAGCATATGTTCTAG
Seq A exon
GTCAGCAAAAACAAGCTTACCTTCTTTGTCCCATACCTCATGCTCAGAGGGAAGTGAACAAGATCATCTTAATTATCAAATTATTTTGGGTTCCATGTCCTAATTGCCAAAACTGAATATAAATTTTAGGCTACTTAAAATGCACCAAATCAAATTACCACTTGATTTAACAAGTGATTGCTTCATGGTACAGACTATTAGCTTCTCTTTTTTTCCCCCTCAGACAGGGTCTTACTCTGTCACCCAGTCTGGAGTGCAGAGATCATGGCTCACTGCAGCTGCAAACTCCTGGGCCCAAGTGATCCCCCCACCTCAGCCTCCTGAATAGCTGTGACTACAGGAACGCAGTACCACATCTGGCTTTTTATATTTTTTTGTAGAGACAGGGTTTCACTATGTTGCCCAGGTTGGTCTTGAACTCCTGGACTCAAGGGGTCTGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCTTGAGCCATCACGCCCAGTCTGTTAGCTTCTCTTGGTCACAGTTGCCATGACAGTCTTACTAAGACTGTCATGTGCCATTACTTTGGATTACCTTTTTTGGCTTTTCCTTTCAAGCCGATGTGAATGAACTCTGGTAATGCTATAGTTTTGGAGAAGCATTTACTTAGAATGCTTTCAGCTTAGCAGGAACAAAATTGTCTCTAAAACCTTAGATAATTTTATGAAATGTGCTATGGTTGATAGGTAGAAGTTTTTAAGTTGATTTCAGTTTCTTCAAATTCTCCCAGATAGCAGGGCATATTATTTAAGTGAAATTGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGCACATGTGCATATATATCTATATATATGCACCTTTTAAGATGCTTACCTTTTATACATGCTACCTTTTAAGATAAATAGTTCAGGTTTCCTGTTGCCTTGTGCAACTTAAAAGGGAAACGCACTGGAGTCGATCTTTGAAAAGAATGGATGTTTAAGCACAGAGATCTGAACTACTACTCAAAATATGAAACAGCGTGGGAAACAAAAGGGAAATGAGGACTGTTTCCCTTCTGTTGTCTTACGAAATACTACTAAACTCTCTTCTTAGGCTCAAGGTTTGTTAATTTATCTCTAATTACCCAAAGTTTAAAAGCTTTTTTTATTCTATAATTGGATTCAGGGTATGTCGAGTAAATGAAGACAAAAGACAATTCTGCATTATAATACATAAATATTTATGGAAGCAACATTACTTTATTAATGTAGGCTTTCGCAACTTTCAGAGACTATACTATCAATTTAATTTCAGTCAGTTAAAAAAACTTAGATAAAAGGCAAGATTTCATTCTATAGGTAACTCTGTGTTGAAAATAGGCTAAGAGATTGATTTGATCTTTTAGGAAATACTTTTCAAAGTGTTCACATATAACGGGGCCTCATACATTCTAAACTATTTTCATTAAGAAGGCTTTGGTCTACATGAAAATTCATTACATATCCGAAGGAAAATAGTAAATACTCTATAGAAAACATAAAACACTCTTAAAGGAAATTTTTCTGCATTTTGTATTTATTCATTCTTACTGAATAATGAATATTCTTTTAACACTTGAACAAATGAAAAACTCATTCCAGTTTCATCATTTCATATTTGATATATCAAAGTATTGTCAGAAACAATATATTTGTGTTTAAATTTATGCTGCAAAATAAGTTATTATGCTTAGCTACTATTTAAAATAGTGAAAATGCCCATTGGAGGATGTTTTCTCAGTGTAAATACAAAATGTTGCTGCCTTATTGTTCTATTGATTTTTATGAGCTTATCAGAAGAAATCACTTCGATATCTAGCATCTGACCATCTTATGAAATGTCTAATATTTAATTTATGCCACAGGAATGACTATGCATAGTTCTGGAAACTCTTCATCCCAAGTACCCTTAAAAGAAAATGGTAGGTTTACAAAATGTTTTTCCCCTCATTTCCATCATTTCTTGTACCTTACTGAGATAGTCTTGGACCTAACAATGAAGAGTCTTGAGTTCCATGCCTAGGATTTGATCTTACATTGAAGTTAAAGGAGAGTTGTATTTTTCAGCATCATAATGATGTAATGGGACCTCTGATTTAGGCTAATGTTGATGAAATGACAAATTAGAGATAAGGACACTAATTGGGAAGCTAAGATAATAGTTCAGGTGGGAGATAATTTCTATTAAAAAGAGTTTTAACTGAGGCAGTTATTTTAAAGGGATGCTGGAGCTGAATTTTAGAGGGAAAGGAGGATTCATTCAGACGGAACAATAAAGATAAGCATTCCAGATCAAGGGCATAGCATGGTCAGAGACATGGAATCATGAGAAAAGAAATTTAGGGAACTGCAGGAGTCTCAGTATGGTGGCATGTGGGGGCCAGGGTAAAGTTTGAGAACTAAGTAGGGACCAGTTTTTAATCTTATGCTAAATATTATGAGGATATTTTGAAGACTTTAAATGCTGAGATTATAGTTTAGAAGGAATCTAAGAAACAAAATCGTAGGCAGAAGACCAGAAATGTCCAGTGACTTGAACATCACTGGCTTTAAAATTTTTAGAATTTAGATTGCAAAGTATTTTCATATACATTATCTTATTTGATCTTTCTAACAACTTTCATGAGTAGAAAATAATGTTTTATTACTATCCATACACTACTTTCCTCCAAAAATGTTTCAGTCTTGGACTCTTAAAGTTGAAATAATTAAAAGCCTGATGAGAAAGAAGCCATTATGTTAATTAAAATTATTAATACAGCTAAACTTGATGAAGTTGTAAATTTAGTTTCAATATTCCTGTAGCCAGGGTAAAACAGAAGGCATAAGACTGAACTATATAGAATTGCTGGGTATTTTTAGGTCAAAACTGTCAAACACCAGAGTGCTATTTTGTATGATTCTCATTCTCTAATAAAAATACACATACTAATTCTTTAAGACAGAAAAAATTTTCTTGGAATTAAAATTGCTTTTAAAAGTAAAACTACACACAATGTCTTAAATACTCATAGCAAATCAAGATGAGGTTTCTTTCCTTCTCATTTTATTTTTGAATGTATCCTCGAAAAATATGAGGGCCTATCATTAAAGAAAAAATTATTGAACTTATACTTGGACGTAAATTGCTAATCCTGTTATATAGCTTTCTAGTGATCAAACTCCTTACATGGACTGAATTTAGAATGCCTATATACCTGAAATACCTTAGTTATTAACATGTCCATATGGTAGTAATTATTGACTAACAGTTATTTAGTGCTTACTATGTGTCAAGCACTGTTCTAAGCACTTTTTATTATTTCTCATTTAATGCCCACAACAACCCTATGAGGTAGGTGTTAATGTTATTTTTTTTCACACGTAAGAAACCAAAGCATAGAGAGTTAAGTTGTACAGAAGGTCACAAAGTTAGCAGGTGGTAGAGCCGTGATTTGAACAAAGGCAATCTGTTTCTAGAGTCTACACTCTAATCTACTCTTTAGACCTCCTCATAATGTGATCATGCCTAAGTATTATTTCTCCCTGCTAAACTTTTGAAAGAAGCTGGATAATAATCTATTCAAGTATGATAATTTTAAATGTGTTTTAGCTTAGATTATGATGAAAAAGAATATGAATGTACATTGGATAGCCAATGAGCATGAATTTACATTGGTTAGTTTCTCTATTTAAACCTTCAGAAGGCTTAAAGTCTCACCTGCCCTGGACAGTAGGGCCAATCCACCTTCATATAGAGGTATGCCTCAGTTAGCTTGCAAACAAGGCTATATTTTCTTCAAAACGCTCTTTGAATCTGGCCAAGTAGCCTGAATTAGTACTCTGTTGAGAATCAAGTTTTCACATAATACAGCATGGCAAACATGTTTTTGCAAATAGTGTAACTAAGGATCAAAAAGTAAAATTACTTGCCCATGCCTCAAATATGGGACCTCTTACTCTAATTTCAATGTTCTTCCTGCTGGTCAAGATTATTAGATGAAAATTATAAATGGACATCAGTTAATATTAAATTATTCATCACTTAGAACAAGGATGAATGTATTATATTCGCTCTTACCTTTTATGGCCTCCAGAGATTCTTAAAGAATGTGAAATTTGAAAGAAAAGATAAAAAAGTCATGATTCTTCTAATCTCACACTTTGAAAAGGTGATATGGAAAGGATTCTAATCCCTTGATAAATTGTGATTTCAAAAACAAAAGTTGCTCAACTTAAAAAAAAAAACACTGGTTATTTTCCTTTGTAAGAGTAAAAACAAAAATATGTAAAAACTTTTCCAAGAATTATGTAAAATTGATTTTAATGTTTCTTGTTTTACTGTAATTATTATACAGCAATTGAAAAGTAACTTTTAGCTAAGTTTGTCATGTTGCTTCCTGAAGTGTCCAAACCACGAACTATAGATGGTCACCGACTTATCATGGTTTGACTTTACAGTGGTGCAAAAGAAATAAGCACTCAGTAAAAATTGTACTTTGAGTACCCTTACAACCCTTCTGTTTTTCACTTTCAGTACAGTATTCAGTAAATTACATGAGATAGTAACCACCTTATTGTAAAATAGGCTTTGTTTTAGATGATTTTGTCCAACTATAAGTTAACATAAGTGTTCTGAGCATATTTAAGTTAGGCTAGGCTAAAGCTGGGATGTTTAGTAGGTTAGATGTATTAAATGCATTTTTGACTTAGGGTATTTTCAACTTTTGATGGGTTTGTTGGGATGTTTAAAACTCACCACAGTTAAGTGCCTTTTTATTCTTAGTTGGGATGAGAACCAGAGCAACTCAACCATTAGTCTCCTCAAGCCATTTTCTCTTTCTTCTTTCATTTTATTCCGTCTTTACTGCTTGGGGTTTTGATTTTCTGGGAACTGTATGCCTAATGGACTTATTAAGTACCTACCATAGAATAATGGATTTCCTTAGTTTCCAAGTATCCCAATTCCTGAACGGTGGGTTATTAAATCTGAAACTTGAAG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Seq C2 exon
ATGTGCTACACAAAAGATGGAGCATAGTATCTTCACCAGAAAGGGAGATCACCTTAGTGAACCTGAAAAAAGATGCAAAGTATGGCTTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163629:ENST00000427191:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.871 A=NA C2=0.016
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0059519=PDZ=PU(14.3=38.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development