HsaINT0134346 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000163629 | PTPN13
Description
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 (APO-1/CD95 (Fas)-associated phosphatase) [Source:HGNC Symbol;Acc:9646]
Coordinates
chr4:87674162-87679502:+
Coord C1 exon
chr4:87674162-87674218
Coord A exon
chr4:87674219-87679412
Coord C2 exon
chr4:87679413-87679502
Length
5194 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAGGT
5' ss Score
8.6
3' ss Seq
AAATTATAAATTCCCAATAGATG
3' ss Score
5.11
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATGACTATGCATAGTTCTGGAAACTCTTCATCCCAAGTACCCTTAAAAGAAAATG
Seq A exon
GTAGGTTTACAAAATGTTTTTCCCCTCATTTCCATCATTTCTTGTACCTTACTGAGATAGTCTTGGACCTAACAATGAAGAGTCTTGAGTTCCATGCCTAGGATTTGATCTTACATTGAAGTTAAAGGAGAGTTGTATTTTTCAGCATCATAATGATGTAATGGGACCTCTGATTTAGGCTAATGTTGATGAAATGACAAATTAGAGATAAGGACACTAATTGGGAAGCTAAGATAATAGTTCAGGTGGGAGATAATTTCTATTAAAAAGAGTTTTAACTGAGGCAGTTATTTTAAAGGGATGCTGGAGCTGAATTTTAGAGGGAAAGGAGGATTCATTCAGACGGAACAATAAAGATAAGCATTCCAGATCAAGGGCATAGCATGGTCAGAGACATGGAATCATGAGAAAAGAAATTTAGGGAACTGCAGGAGTCTCAGTATGGTGGCATGTGGGGGCCAGGGTAAAGTTTGAGAACTAAGTAGGGACCAGTTTTTAATCTTATGCTAAATATTATGAGGATATTTTGAAGACTTTAAATGCTGAGATTATAGTTTAGAAGGAATCTAAGAAACAAAATCGTAGGCAGAAGACCAGAAATGTCCAGTGACTTGAACATCACTGGCTTTAAAATTTTTAGAATTTAGATTGCAAAGTATTTTCATATACATTATCTTATTTGATCTTTCTAACAACTTTCATGAGTAGAAAATAATGTTTTATTACTATCCATACACTACTTTCCTCCAAAAATGTTTCAGTCTTGGACTCTTAAAGTTGAAATAATTAAAAGCCTGATGAGAAAGAAGCCATTATGTTAATTAAAATTATTAATACAGCTAAACTTGATGAAGTTGTAAATTTAGTTTCAATATTCCTGTAGCCAGGGTAAAACAGAAGGCATAAGACTGAACTATATAGAATTGCTGGGTATTTTTAGGTCAAAACTGTCAAACACCAGAGTGCTATTTTGTATGATTCTCATTCTCTAATAAAAATACACATACTAATTCTTTAAGACAGAAAAAATTTTCTTGGAATTAAAATTGCTTTTAAAAGTAAAACTACACACAATGTCTTAAATACTCATAGCAAATCAAGATGAGGTTTCTTTCCTTCTCATTTTATTTTTGAATGTATCCTCGAAAAATATGAGGGCCTATCATTAAAGAAAAAATTATTGAACTTATACTTGGACGTAAATTGCTAATCCTGTTATATAGCTTTCTAGTGATCAAACTCCTTACATGGACTGAATTTAGAATGCCTATATACCTGAAATACCTTAGTTATTAACATGTCCATATGGTAGTAATTATTGACTAACAGTTATTTAGTGCTTACTATGTGTCAAGCACTGTTCTAAGCACTTTTTATTATTTCTCATTTAATGCCCACAACAACCCTATGAGGTAGGTGTTAATGTTATTTTTTTTCACACGTAAGAAACCAAAGCATAGAGAGTTAAGTTGTACAGAAGGTCACAAAGTTAGCAGGTGGTAGAGCCGTGATTTGAACAAAGGCAATCTGTTTCTAGAGTCTACACTCTAATCTACTCTTTAGACCTCCTCATAATGTGATCATGCCTAAGTATTATTTCTCCCTGCTAAACTTTTGAAAGAAGCTGGATAATAATCTATTCAAGTATGATAATTTTAAATGTGTTTTAGCTTAGATTATGATGAAAAAGAATATGAATGTACATTGGATAGCCAATGAGCATGAATTTACATTGGTTAGTTTCTCTATTTAAACCTTCAGAAGGCTTAAAGTCTCACCTGCCCTGGACAGTAGGGCCAATCCACCTTCATATAGAGGTATGCCTCAGTTAGCTTGCAAACAAGGCTATATTTTCTTCAAAACGCTCTTTGAATCTGGCCAAGTAGCCTGAATTAGTACTCTGTTGAGAATCAAGTTTTCACATAATACAGCATGGCAAACATGTTTTTGCAAATAGTGTAACTAAGGATCAAAAAGTAAAATTACTTGCCCATGCCTCAAATATGGGACCTCTTACTCTAATTTCAATGTTCTTCCTGCTGGTCAAGATTATTAGATGAAAATTATAAATGGACATCAGTTAATATTAAATTATTCATCACTTAGAACAAGGATGAATGTATTATATTCGCTCTTACCTTTTATGGCCTCCAGAGATTCTTAAAGAATGTGAAATTTGAAAGAAAAGATAAAAAAGTCATGATTCTTCTAATCTCACACTTTGAAAAGGTGATATGGAAAGGATTCTAATCCCTTGATAAATTGTGATTTCAAAAACAAAAGTTGCTCAACTTAAAAAAAAAAACACTGGTTATTTTCCTTTGTAAGAGTAAAAACAAAAATATGTAAAAACTTTTCCAAGAATTATGTAAAATTGATTTTAATGTTTCTTGTTTTACTGTAATTATTATACAGCAATTGAAAAGTAACTTTTAGCTAAGTTTGTCATGTTGCTTCCTGAAGTGTCCAAACCACGAACTATAGATGGTCACCGACTTATCATGGTTTGACTTTACAGTGGTGCAAAAGAAATAAGCACTCAGTAAAAATTGTACTTTGAGTACCCTTACAACCCTTCTGTTTTTCACTTTCAGTACAGTATTCAGTAAATTACATGAGATAGTAACCACCTTATTGTAAAATAGGCTTTGTTTTAGATGATTTTGTCCAACTATAAGTTAACATAAGTGTTCTGAGCATATTTAAGTTAGGCTAGGCTAAAGCTGGGATGTTTAGTAGGTTAGATGTATTAAATGCATTTTTGACTTAGGGTATTTTCAACTTTTGATGGGTTTGTTGGGATGTTTAAAACTCACCACAGTTAAGTGCCTTTTTATTCTTAGTTGGGATGAGAACCAGAGCAACTCAACCATTAGTCTCCTCAAGCCATTTTCTCTTTCTTCTTTCATTTTATTCCGTCTTTACTGCTTGGGGTTTTGATTTTCTGGGAACTGTATGCCTAATGGACTTATTAAGTACCTACCATAGAATAATGGATTTCCTTAGTTTCCAAGTATCCCAATTCCTGAACGGTGGGTTATTAAATCTGAAACTTGAAGGAGGAAATGGAAATTTAAAGCAATGATCATCATTTAATCACTTTACAAAGCACTTTGCTTTAATCTGTTCTCTCTTACCACCTCATCAATGTGGTCTCTTAAAGGCTATACTGATTTCAGTTCCTAATGTGACCTCACCCCCTTATTTGTTTTATTTAATTTTATGGGTTTTGTTCTGTGTTGTTTTGTATTTGTTCTAGCTAAAAAATAGAACTAATTGCCTATTTTTTGATAAAAGGATCTTGGATACTTAAACTCATTAAACTAGGCATTAAATAATGGATGGGCTTTTGCTTAGGATCACCTAATATGTAAAGTACTTCACACCATTGTCCAATGATAGTTTTTGTAATTTAATTAATAAAATCATTAGAAATACCGAATTACCACTACTCTTATTGCTAATAACTAAGTTTTGGTCAAAAAGAAACAACAGAATAGGAATATATACTCTACAGAGATCTAGCAAACTTGCATCAAAACAGTATTGAGATACAAGGCTAATTCACTCCTGAGAGGAAATTATTGTTGTTATTGTCTTTTGAAATTAAAGGAATTTATTTATACAATATGAAGTATCACATTTACATCATTTAAGCATCAATACAAGTTTTGTGACAAAATTACTATTTGTTTTGTGACATATTAATGCAATTTTAAGTCCATGGGTGGTTATATGTTGCACATACAGAAATAAAGTCTGTTTTCATACTGATTTGGTTGTTACAAAAATGCATATGAAGGTCTAAGGAAATTCTGGCTTACAGTTTAGTGAAACCAAAACCTCTAATTTTCAGAAAGCTTCAATATAGTTGAGAAGTATGTAGAGTTGAATTTGAAAATTCACTTTACAAAAATATCCTTAGGAATATGTTGAACGAACTGACCACCACCAACACCTTCACACACAGACCAATTTGAACTGTCATTGTAATTGATGTTAAGAAGTGTGTGTTTGTGTAAATGCTTGAATTGCGAAGTAGATGAATTAACTTGATAAACATGTCAATTAAGTGTCATATTTATTGGTTTCAGAAGTTAATTGTGAATGATTAGCCTACTTTAAAAAACCTAGTGGAAATAAGAAAGAGTAAATTCTAGTTCTGATTATGACATTTATTCAATTTATTTAACTAGGATTTATCAAGGACTGACTTCAGGCATTTTAATGGGCACTGATACTAGTTATTATGTTGAGCAGGTCACTAACTGTTACTCCTCATCTGCAAAACAATGGTTAAAAATCTCTTTACTTACTTGTGAGATTGTTTCACAAATAAAATTTGAAATGAATGAAGATCCTTTGAGAGTACATGTGCTAGACAAGGAATTATTAATGGAACTATTAATAGATCCAGTTTCTGACCAGGTACCGTGGCTCACACCTGAAATTCCAGCTCTTTTGGAGGCCTAGATAGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCAAGACCAGTCTGGGCAACATAGACTCCATCTCTACAAAAATAAAAAATTAGCTGGGCATGTTGGCACGTGCCTGTCGTACTAGCTATTCAGGAAGCTGGGGTGGGAGGATCTGCTTGAGCCCAGGAGTCAAGGCTACAGTGAGCTGTGATTATGCCACTACACTTATCCTGAGTAGCAAAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAATCCAGTTTCCTCTTGCTATTTTACTCAAGAACTTACTAAGAATATTTTACCAGTTATAAATTAAAATGCCAACCATTAATTAGAAGGAATTTTTTAATATATTAAGCACTGTCAAATTCAGGGAGTTGATTATGGTGTAACAAACAGAAAACCTAAATTGAAAAGTTCGGCTCTTTCCTGTACTAGCTGACTAAACTTGTGCAAATCATTTAACCTATTGAGGTTTATTTAATCATTTGTAACTGAAATATACTTATTTCAAAAGAATAGCTTATGAAGAATAAATG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Seq C2 exon
ATGTGCTACACAAAAGATGGAGCATAGTATCTTCACCAGAAAGGGAGATCACCTTAGTGAACCTGAAAAAAGATGCAAAGTATGGCTTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163629-PTPN13:NM_080685:20
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.750 A=NA C2=0.022
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0059519=PDZ=PU(14.3=38.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)