DreINT0121936 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103699 | ptpn13
Description
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070410-72]
Coordinates
chr21:9360148-9365614:-
Coord C1 exon
chr21:9365555-9365614
Coord A exon
chr21:9360238-9365554
Coord C2 exon
chr21:9360148-9360237
Length
5317 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTACGA
5' ss Score
7.84
3' ss Seq
TGCTGTTTTCCCACCCACAGATT
3' ss Score
11.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGTGAGCATGCACAGCTCTGGAGTTCCCTCCACTCCTGCCTCCTCCATAGGAATCACTG
Seq A exon
GTACGATCTGGGTTTTGTTTAGCTTGGTGTCACCCAGCTTGTTTCTGTCTGCATGTCATCTGTTTCTCTTCAGTTTCCAAATATAGCAAGTCCTCATGGCAAAGTATATCCGGTGCATATAGAGACAAGAGTGTTTACAGGCTTCACAAACCACTTGTAGAAAGACACTTCTCTCCATATACACCAGACACTTTAGTTAAACTTTATCTTACAAGGATTTAATAAGGAAAACAGTGTTTACTTGTGAACGTACAACACAATCATGCAGTACTACCTATTTTCTTCAGCCTTAAATAAATCTTTTGCCCAATATCTTGCACAATGTTGTTCTGTCTGTGTAAAAGTACTTGTATAGTCTGTCGTAGACTATGTGTTTAGCGAAGTACTTGTTGTGTGTGTATAGTTAGTAGGGGCGTAACAGATCACAACCCACGGTTCGGAACACGTGACCTGCCGATTAATAACTTTTCATTTTTAATTGTAAATTAATCTCTTAATTAGATTAATTAAGAGAGATCACCCCACTTCATTCAAATCACACCTGCATGAAAGCATTTTGGCTTTCCTGTAAAATATAATGATGACAGAAGAAGTGTGGTGACACCTAAATGCTTTCTAATGTTATTAAAGGTGTTCTACTTGTTTAGCTTGCATTAATGCATTCAGTGTAAAGCTTCACAATTAAACATTAAAAGATCGAGATCTCAATTCAAACACCAACAACATAAATTATAAATGATAAACATTTTTTATTCCTCCTGCGAGACCGAGAGATTCAGTTTTTACACTTTTCATTCAGTTACAAACATTAAAATGACACAGAAATACTGGGAGAACGGTTTATAGTTATGATTTGAAGCTGTTGAAATTTGTAGCATATACATTGTTTAACCGATAAGTGGCGACAAACAAGCATCAAAAATATGCCACTGAATTATTCAAAAATGATACATCTAGTAATGAAACAAGTTTTATGGGAGAATTCTTAAATCACGAATTGAAAATGAGACTAAAAACAAATATGGTGTTGTACAAGATTATAATGTTAGATTTATACATTAGCATTATCAGCAACAGTAACAAAGATAATTTTTCTCAATATGAATATTTATATTTTTTTATTAAGCTGGTTATTTCATGAATTTTTTTTTAAATTAAAATTAAAGGTTCTAATATATGTTTGTTGAAACCAAAAGAGTCTTACACTAAATGTAATAAATGGAAAGCAAATGTTTTGCTGTCTCCATTTTTTGTTGATCTGAAAAATTGTCCGATCCGTGACTCAAAAACCATAGTGTGATCAGAACCATGAGTAGGCTTATCACAATAAGCAATATCATAGACATTACCTCTATCATTAATGGGGATGCAATATATATCTCCCATACATAAAAAGCAATTCTAGCAACATTTTAGCTGATTGCGCAACATCTTGATCTCTATTTCAGGTGTCGGTGTCAGTCAAGTTAAAAAAGCACTATAGTATTTACTATAAATGACTTTTATATTTTTATGTGGGTGTCTTACAACTGAAATTATCTGGTAACAGATATCGCTGCCTTCATTACCTTTTACTTTGCATCTTTTTTGTTGATAAGATTTATTATTTATTTGTTTAGGATATGCATTTTTTACATTCTTAATGTGTTAAAATTGTCAAAATGACTATAAATAAAATAAATATTCTTACAAATAAAATATTAAGTGTTCCTTGGAGGAGTCTACTTGCATTATGTTGATATTAAATTGTCATTCTGGCATTATATAATGAGTGGCACAAAGTGGTCTTAAAATGACAATAATATTGTTTATCGCAATATATTTTGGTGCATTATATTGTACAACAAAAAATATATATATTGTGACAGGCCTATGAGATTTGTGATCTGTTACACCACTAGTAGTAAGTAGTTAGTATAGTTAGATTATCGCTCTGGTATGTTATAGGTTTAAAATAGCTCTTACATCCAGTGTTGAGTGCATATTTCTAATTGTGTTTATTTATGTACACTGTAAAACCCAAAAAGTTAAGGCAAACCATTTGAGGAAACCGATTGCAACAAACCATTTATGTTTAAAAACTAATCCTAATGAATACTGTAAACCTAAAAAAATTTAGTAAATGAAGCAATTTGAGCACAGTAAAACCCAATACATGAAGAGAACTCAAACCAGTTGAGTACTGTAGAACCTAATAAGTTAAGGCAGCTCAAAACATTTAAGGAAACAGATTGCAACAAACCATTTGAGTTACTTCATTTAAGTTGATGTAATAAAGTATTTAATATTAACTCATTACCTTCAACACTGAGTTTAAAACTATTTTCAAATGAGTAGAATTAACTTTCAGTACATTTTGAGTTAACTAAACTTATTTCATTTGATAAAATTGACTGTTGGGATTTACATTGTAGCGCCGCCTAGTTCTGCGAGAGACACAATATTTCATTCCACTTAATGTCCACACATGACAAAGCTTGACTTGTCTTGACTAGTTAGTAGGAAACATTGTGTCCTGGTCTGGCCCTGAAACACAAACATTAGCGGAAATTAAAGTGAACTTTTAATAAAACAGATCAGACCCTTTTAATGTCAATAGCAATAGTTTACCTCACAGTGACACTGGACCTCACAGTTCAATCTCCAAATCCCAGACTCTTGCCAAATTCAACATTCTCTGGTGTTTTCTAACGCGCTTCTCTTCTCTCGACTCAAGTTTCATTGGCATTTCTTTCTGGCTCACACTCTTTATTTTTTTCTTCGCTAAGCTGTGTGTTTTTAGCAGCGCTGATATACTGCCTTGCTAAGAGCTAATCTCTAGTCTCGGCTGTTAGTAAAGTACATCGCAGCCAGGCCAAAACATAATGCTGTCCTAAAGCACCCAAACACTAGTTAGTGACAGATCAGTACAGCTTATAGAAAGACTGTTTATGCTAGTTTTTTTCTCTCTTTCTCTGAAAGAGCTGTTTAATTTCTATAGCACATGTACTGTATATTATTACACCAGCCATAAATCTATTTTTTCAGTCAAGTTTTACTTTTGGATTTGGCGAATATGTATGATTTGTAAGAATGGGACAATATTTGGCTGAAATTTAACTATTTGAAAATCTGCAATCTGAAAATGTCAGATATATTGATCAAACCGGCTTAAAGGCATAGTTCACCATAAAACTGCAAATTCTGCCATTATTTATTCACCCTTTATTTGTTTCAAATCTGTTTGGGTTTCTTTTTTCTGTTTAACACAAAAGAAGATATTTTGAAGAAAGCTGGAAACCTGTAACCATTGACTTCCATAGTATTTGTTTTTCTTTTTGTGGAAGTCAATGGTTACAGGTTTTCAGCTTCTTTTAATGTATATTCATTGGTGTTCCAACACAATAAAGAAACTCACAAAGGACCCATTGAGGTTGAGTGAATAATGGGTCAATTTTCCTTTTTTAAATAAACTATCCCTAGTAGTTGTTCAAATTTTACCCGTATCAATGCATGTTACTATTCAAAAATCGCGTTTTAATTGTGCACAGTAGGAAAATGACAAAATATCTTCATGAAACATGGTCTTAATTTCTAATTTTTGAAAAAAAAATATATTGATGTAGTTTATAAATGTTATATATGTTATAAAATGTATCATTTGCAAAAACACATTAGTAATACAACATATAAATATTTTATATTATTTCAACTTTGACTAACTAACGTTACTATCACAGTAAATATTAAACAAATGTGCTGTATGCAAGTTTTTGACTCTTCTAAAGAATAAAAATACCATAATATGTTTATGGTATGTGCATAATAGGCAGATACTTAAGAAACCAAGTGAACATTTTTGTTTATCTGAAAAGCAGTCCTGAAGTCAGATATTCTGCTTTAGAAATGTACTTTTTATGCTGGAATGAACACTGTCTTTGGTTTGGTTCTTTTAATCTGTCCAATGCCATTTTAGCTAATTATATTGCAGCGCTGCCTTGGTGGAAAACCACATATTTCATTCATTCAGTCAGAAAGGTTCTCAAAGCATGCACCCATGACCGAAATACGACCTCCAGTGGACAATAGCAGACTCCAAAATGAGACACAGATTCAGAGTTCCATATTAGGTTATTAATTAGCAAATAATATAAATATTACGAGCGTAAAAATTAAGTGAGCAGGTTACATTGTAACCCTGTGTCTTAATATTAAATATTATTATTATTAAATATAGATGCAGAATCACTGATATGTGTTGGTTTGCATTATTTCAGAGTTCTAAAGTTTAATTTCAGATTTAAACTTTTATTTTGGTTTATTGTCAAGATCTGAGGTGAACTATCTGCTGCTAATTTCAGTAGTATGGCAATAAATTTGATGTATAATGGCATTCAAACTCACATTTTTAGCATTTAACACTGAATAAAGCACATTAGGTGTACCTGAGATAAACAGAACTGTCAGTTTATCCTGTTGTTCAGCTGCAAGAATTAGAAGCCGTTTCTAACATATCAATTCGAGGTGTTGGTTTGGACAAAAACTTCATTTAACTTGGAAGATATTCCTTCTGTCGCATTTCAATGCTTTTATTTATAACTCGACTTAAATCAGCCTTTAGACTCAATAGTCAGACTTGCTCCAGTTGGTCAATCTGGCAACCTGCGCTTGTGTTAGTTTTGATCCAGGAACACAATACCTAGCTCAACCATTGGGTATCAATTTTGCATAACACACCTTTAAGAATACACAATCTAATTAAGAATCTATAATTTTAATAAAAATAATTGGGTTTGATAACATGTACATTTTAGAGATTAATAAATCCTTTAAAGGTGCTAGTTATTTTATGTTTACAAAGTTTTATTTCTATCAAATATGGATTGATGTAATGATTCACCTGACTCACAATTTGATACGATTCACAATACTATTATACGATTTAGTCACTATTTTTTTAACCAAATTATTTGAAACAAATTTAAGGCTGAAGGGCTGTTTAATTTTTTTCTTAAATGCTG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Seq C2 exon
ATTCCCTGAAGAAAAAAGTGCAAGCTTTACCCTCCCCAGAGCGAGAGATACAGACTGTAAATCTGAAGAAAGACGTAAAGTACGGCCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103699:ENSDART00000162225:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.964 A=NA C2=0.606
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0059519=PDZ=PU(14.3=38.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]