HsaINT0141884 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000111880 | RNGTT
Description
RNA guanylyltransferase and 5'-phosphatase [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10073]
Coordinates
chr6:88941071-88963721:-
Coord C1 exon
chr6:88963346-88963721
Coord A exon
chr6:88941181-88963345
Coord C2 exon
chr6:88941071-88941180
Length
22165 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACC
5' ss Score
8.66
3' ss Seq
TACCTATCTGTGTTGTTTAGGAA
3' ss Score
7.87
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCGTCGCGTCCTTAACTCTTTGCTATCCTTCCGCTGAGCTTCCTCTTCTTTCCCTCTGACCTCGGAAAGGGGGCGGGGCTTTCGGGGGCGGAAGTTGCGGTGCATTGTGGGTTCTCCTGGAGCTGTGGAGTTGATCCTGAATGAAAGTGGCGCGCCGCCCCTGACGTTACCCGGATCGGAGAGGTTGGAATTCAGATTACGGCTGCGATTCGGGTGTCTCGGACCCCGGTGTGCACCGGACCACGGGGAGGCGGCTCCAAAGGCGCGGTGAACGTTGGTGAGGGAGGGCAGCTCTGCGCAGCCCCAAGACATGGCTCACAACAAGATCCCGCCGCGGTGGCTGAACTGTCCCCGGCGCGGCCAGCCGGTGGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0078215=DSPc=PU(9.0=32.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development