RnoINT0128172 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007867 | Rngtt
Description
RNA guanylyltransferase and 5'-phosphatase [Source:RGD Symbol;Acc:1311410]
Coordinates
chr5:48561339-48574769:+
Coord C1 exon
chr5:48561339-48561513
Coord A exon
chr5:48561514-48574659
Coord C2 exon
chr5:48574660-48574769
Length
13146 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACCC
5' ss Score
8.63
3' ss Seq
AAATTATTATTAATGTTTAGGAA
3' ss Score
5.85
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCGGAGTCGAACCTGAATGAAAGTGGCGCGCCGCTGAGGACCCGGGTGGAGCTGCTGCCGTTGGGGTCTGGGCTGGCTTGCTAAGGAGCTGTCGGCGAGGCGGCGTAGACATGGCTTACAACAAGATCCCGCCTCGGTGGCTGAACTGTCCGAGGCGCGGCCAGCCGGTGGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAGATTCTTACCTCTAAAGACAATGCTGGGGCCAAGATATGATAGTCAAGTTGCTGAAGAAAACCGGTTCCATCCCAGTATGCTCTCAAATTATCTAAAGAGTCTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007867:ENSRNOT00000010614:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0078215=DSPc=PU(11.2=32.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]