MmuINT0135987 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000028274 | Rngtt
Description
RNA guanylyltransferase and 5'-phosphatase [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1329041]
Coordinates
chr4:33310328-33320628:+
Coord C1 exon
chr4:33310328-33310524
Coord A exon
chr4:33310525-33320518
Coord C2 exon
chr4:33320519-33320628
Length
9994 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACCC
5' ss Score
8.63
3' ss Seq
TTATCCACCTTAATGTTTAGGAA
3' ss Score
8.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GCATTGTGGGTTCGCCGGGAGCCGCGGAGTCGAACCTGAATGAAAGTGGCGCGCCGCTGAGGACCCGGGTAGAGCTGCTGCCGTTGGGGTCCGGGCTGGTTTGCTGTGGAGCTATCGGCGAGGCGGCACAGACATGGCTTACAACAAGATCCCGCCGCGGTGGCTGAACTGTCCGCGGCGCGGTCAGCCGGTGGCAG
Seq A exon
GTACCCGGGAGGGGGCTGCGGGAGGGTTCGAATCTCACTGCGCCGGCCGGGCCTGGGGGACCGCGCGCTTGGTGGTCGCCAGTCGGGACTCCCGCAAGGCGGAGGAGTGAGGACCGGAGGTGGACCAGACGCTTCTAGAGCTTAAAGTTTGTGAACCTCTTTGTGATATTTTGGAGACTGGGTCTCGCTGTCTTGGCGAGACTTGTTTTCGGAAAGAGAGTAGCTGGGTGTGAGCCTGGAAATTGAAGGAAAGCTTAAAGAGACGCGAGGCTGGATAGCGGGGGACTTTTGGTTTTGTTATTAAAAATTGACTTTTTGCGGAATGTTGCCATCTTGAGTTTGACGTATAGTGGACTCATCCCCGAACTTGCGAGCTGGGATTATAGGCTCGGGTCACTGCTTGGCTAAAAGAACAGTGACTTCAAAGTGTACAGTTTGATAGTTTTGGACCACACACATGTATTCCAGGGAATACACATGAAATAACGGAGGCACAGTTCTCTGAATCCGTGGAGACATCGCACATGGTAACTTTAAAGGACCAGGCTCCACAGTTACCAGCAACCGGGTTAGATAGCAATTAGGAACTTTGTCTGCTGGACCTAGAAGCCAAAAACATTTTTGTGATTAAAATTGAGGAAGGAATACAAGTTCTGTTTTCACAGGATTTACTCAGCTATAGAGTAATTATCGGGCAGGTGTTTGCAAAGATCTGCTAAGTCTCCTTATCGGAGTTATGAGACATAAGCGTTTCCTTTCTCTCTTTTTAGCTATCTGAACACCAGGCAAAATACAGTGAGCTGTGGCTCCCTATTGAGGAGCTAGCTGGTACCCACACTCTCTTAGAAGCCCACACCCTTGCTTTCTGGTTGTCTTTATTCTGAGTGACTCTCTTTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTATTTTTTCGACACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTACCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTACCACGCCCGGCTTTTTCTTAACTCTTGAGCTAAAACCTGTATATTAAAACTGTAACTTTTTGTTTTAAAGCTGTGCTGGGTAACACAAAGCAGGAAGTTTTAGGATGGAGCTTATGTGAAGATTTCAGCACATATAGGAAGAAACAGTTGTGTTATGCGTGGGTCAGGATGTGGTGGTTAACTGGGTATCTTTTCTGGCGTCATTTGGAATTAAATTTAGGGAGTCTCAGAATTTTTGCCACCTTCAAAATTTCTTGCTCCCCCCTCTCTTATTTATGTTGCTTTACATTATGTGGATGTAACACTTGTATGAACACTTGTACCCATGGCAGGAGATTCCAGTAAGCACCAATTATGTGGTGACAGATAAATGGGAGTGGTGGCATTCTAAGACTAACAAGGACCCACGGGCTCTGCTGCTACAGTTCGTCTCTAGACCTGGCCATGCTGACACCAAGTCATGGCCAAGTAACTTGCTTTAAACATGAGTTTTAGGAGCGTGGGAGTTGTCTCAGTGCTGCTGTTCCAGAGAACATGAAGAGTGGCGCACAACCACCTGCAGCTCCACTTCCAGGACATCTGATTGCCTCTTCTGGCTTCTTCTAGTACCTGCATACATGTGGATTATACTCATAATTATCACATGCACACACATACATAAACCTTCAAAAAGGGGAGTTTAAACATAAAACCCATACACGTTTAAATCTCATGCTCTTGGTATGTGTTCCATTCAGTTTACCTAAAACACTTCACCTTAATATACAATTTTTTTTCTTATGTAACCCACTGTGTGGCTGCCTAGAGACTGTTTGAGCATATGGACATAGGGAAAATATTATGACAGCTTCCACATAGTAGTCTTTCTATACATTGTTGTATGAAACTTCTGTAGTCCTGTTGATCTGCTTTCTGTCATTGATGGCGTACATCCTTTAATAAATGCAAACATCATGCACTCTCACGTTGTGTGTGTTTGTATGGCTGGCCTTGAACTATGGCCAATGTAGTTTGAGGATCAGCTTTAATTCCTGATCCTGCTTCTGCTTCCGAGATGTCGGGAACAAATATGCCTGCCCTTCCCTAGAGCCCCACTTTTTAAAGGGCGCTTGAGTTGGTCAAATAGCTCCTTCTATACTCGTCAACTCCACTCTAGCTTGTCTTTTCATTCTCCCAACAGTTTTGCATTTGCAGGGTGTGGTGGGACGGACCTTTAATGCCAGCATACGAGGCAGAGGCTGGTGAATCGAGGCCAGCCTGTCCTAGGTAGTGAGTTCCAGCCAGCTGGGGCTGCATAATGAGACCCTGCCTCAAATTTAGAAAAAGAAAAAGTGAAAGTTTTAAGCTTTAACTAACTTGCAACTTACTGTTTTTTTTTTAATGAAGAAAAAGGTTTTATGTGTATATATTAAACATATTTTACAATATTGCCTAGCAGTGTATGAAATTGTTAGAAGCAGAGATTCTGCGCTTGTTTACGTTGATTCTTCTATTTTGTATTTTGTAAGCATTCCTTAAGATTTCATATGAAATCCTCAGTCAATAAAGCTATATAAACAGTTAATAAAAGTGATTGAAAGATTTTAAGCAGAGATGGTGGCATATGTGTGTAATTCCCAGCATTTAGTATTGGTGTGAGTTGAAGGCCAGTCTGGGATACAGAGTAAGACTATTTCAAAGGGGAAAAGGATAATTTAAAGCTCAGTTTAGTAGCATATACCTATAATTCTAGCATTTAGGAGGCAGAGGTAGGACCATTCTGGGTTACATAGGGAGACCCTGTCTGAAAAATAAAAAAGTTTTAAAGAAACTCAATTCCTTGAGTAAAAGAGAAAGACAATTTAAGCAAGTTGTAGTACGAGCAAGTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAGGAAACTTTTTTTATTCTCAGCATATTTATATGTATTTTTGGTTATAATGATGTTTTTTGATAGCTGTATTATCTTCAGTCAAGTTGACCATTCTATTGTGAATCTTTTAAGAAATATTTATTTACTTAGTGATGTTGGGATTGAACTTGGAGCCTTACACATACTCGTCAATTATACTACTGATCTGTATTCCTATCCTTCATTTATTTGTGCGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTATATGTGTGAGACATGTGTAGGTCTGTGCTCAGAGGTTGGACATCTGACACATGTTGAACGTCCTTGAGAAAGGGTCTCTTCCTACACTTGGAGTTAGGTTGGGAGCCAGCAAGTCCAGGGACCCTTTGTTTTTACTTTCCCCTCAGGATTATGATACAGCTGTGGTACAACCACACCTGCTTTTTTGAAAATGTGAGATTTGAACTAAGATCCTTATACATGTAAAACAAGGATCCTTTTATTCATTGAGCCATTTCTCCAGCCTGAGCCTTTTTTGTTGTTGTTTTGGAGTGAGGAGCTTGGTCCAGTTTAGCTTTGAATTTGTGAAATTTGTGAATTCTTTTTATATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTTTGGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCGGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTCGTAGACCAGGCTGGCTTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGTGCCACCACACCCTTTTTTTGAGACAAGGTATTTTTTTTTTTTTTTTTATTGAGACAATGTTCTTTTGTAATAATGTACTTTGATCATGTTCACTGGTCTGCTACTCTGTCCTTTCCCCCCTTCACTATTCTTCTTCCTTATCTTAGATAGTCCCTCTTCTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGGCTCCCCTCTTCTACTTTTATGTTGTTGTTTTTTTAAAATCTAGAATTGCATATTATAAAAAACATTTTGGATTTGAACACCTGTTCTATGCAAGAGCTGCAAGTACTTGTAATTCCTAAGCTGTTTCTCCAGCATGATTGAATTTTAGTTTGAAGTAGGATCTCACTATGCAGCTCTGGAACTCAGATGAGGCTGGCCTTGAGCTTGCAAAGATCTGCCTGCCTGTCTCCTAAGTGCTGGGATTAGAGGTATACATCACTATGCCTGGTTCAACATTGGTACTCATTTTTTTAAAGATTTATTTATTTTATGTATGTGAGTACACTATTGCTTTTGTATTGTTTCAGTTGGAATAGTGTCCCCACTCTCTCTTTGAGACATCAAGAGACTCTACTCAGCTTCCCTTGTACTTGGGTAGGGACAAAACCAGGAGTGTTGATACACACACATCTGTAACTCCAGCAGTGGGAAAGAACAATTTGGCAAAGAGTTATCATTATTTATCATTATTTATCCTCCAGTAGTGAAGACTTTATACATAGTTAAGAGAGAGGAGGTCCAGGGCAGAACCTATAGAAAGCTGTCATCTAGAAGTTGGGTAAAGAATAAAAGAGGGATTAAAGGAATGGAGGAAGAAGGGCTGAAAGGTGTTAGTTGAGTAGGAGATAAGAGTCTGATATCCACCTGTATTCCCAGCCATCAAGAGACAGAGGCAGGAGGATCACAGATTCTGGACTAGTGTGTGCTGCATAGTGAGACCCCATTTCAGAAAACCTAAAAGCAGGGGTTGAGGGGGAGAAGAAGCCCAAACCCCATAAGTCTTGTGTTACTTACAGAAGGCAAGACAGTTTTTCAGGAAGGGCGTTGGGTACATGAAATGCTGCTGAGATGTTAAGGTGCTATAGTTGTTGACAACTGTGAAAAGTGTCTTTTCTGCCTCCCAGGATGTAAATCACTTTTGGA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Seq C2 exon
GAAGATTCTTACCTCTGAAGACGATGCTGGGGCCAAGATATGATAGTCAAGTTGCTGAAGAAAACCGGTTCCATCCCAGTATGCTCTCAAATTATCTAAAGAGCCTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000028274:ENSMUST00000029942:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0078215=DSPc=PU(9.0=32.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
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Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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R:
No suggested primer sequences
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types