HsaINT0153339 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000144290 | SLC4A10
Description
solute carrier family 4, sodium bicarbonate transporter, member 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:13811]
Coordinates
chr2:162719384-162728894:+
Coord C1 exon
chr2:162719384-162719572
Coord A exon
chr2:162719573-162728802
Coord C2 exon
chr2:162728803-162728894
Length
9230 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAAT
5' ss Score
6.41
3' ss Seq
GTCACAACAATCTCTTTTAGCAG
3' ss Score
3.71
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATGGTTCTTGACCAACAAGTGAGCTCAGGTCAGCTGAATGAAGATGTACGCCATAGGGTCCATGAGGCATTGATGAAACAGCATCATCATCAGAATCAGAAAAAACTCACCAACAGGATTCCCATTGTTCGTTCCTTTGCTGATATTGGCAAGAAACAGTCAGAACCAAATTCCATGGACAAAAATG
Seq A exon
GTAAATGTTTATTTATTGTGCTCTTTATGTCTACTATAGGTCTCTGACATATCAAAGCGCTTCTAAATCTTTTAAAACTTGTTTTATTTGAAAATGATTTTTTGAAATTCAGATTATTGTAGAATTCTTTTCACATGAGTATATATTCTTATTATCAAGCATCAAGTTGTAAAAATTTTAGAAAAGAACTTAAGTTTCCTGAAAGGTTCAGGAAAAAAATGCAAAGAAAACTAATATTTAATAAAAAAACTTTTAGATTTGGCTGCAGAAAACATAAACAGAGCATCTGTGGCATACCAAATAAGGTCCTAGTCTCTGTCCTGTAGCTTAAAAATGTAATGCAGGGCTTTGACTTACGCCATAGATGGTCTTTTAGTTTAAAGGAATCATGATCATCATCTAGTGTTTGTGGAAAAAAGATATTGGTTTCATGTTGCTCATAGTCAACAAATTCCATTAGAGAAAATGATTGAAAAGACCAGCCAGTGCATTGTTTGTGGCTTTACATACATTATGGCTGATTCCGGTTCAAGGGCTCATTGCTGTTTGTAATGCAGCATCTTCAACATCCATGGAGCCACCCCACTTACTATCTTCATAAACCAACATAGATGACCACCATTGTTTCCTAGCAATCAACTTACTATGATTTATGCTTCAGACTATTTTGTCTTTCCTGTATTTTTTGTTCTCTCCTTGCGTTTATTTAACCCCTCATCATTTGCAATAAGGAAGTTGCTTAGGAATCTCCTGTTATCATCCATCCTTTCTATTAGTCTCATGAGAGAAAATGAAGTTACCATGAAGATGATATGAATTTGTTAAACTTCTGTAGGCTTTAAAAGTTTCCAGTTCTAGGCCGGGCGCAGTGGCTCACTCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCAAGAGGTCAGGAGATCGTGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAGAAAAATTAGCCGGGCGTGGTAGTGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGACTGAGGCAGGAGAATGGTGTGAACCTGGGTGGCGGAGATTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCTACACAGCTAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAGTTTCCAGTTCTAAAAGATAAAAATTAATGAAAAGTATTTTCAAATGCTTTACTGGAAAGACTGATTTCCACGAATGGATGAAAGCACATGTAATGACAGCGTGAAATATCATGTAATCTCACCCTTATTTTCAAAAGCTTCAGAGATGCCTTAAATAAAATGTATGAAAATTAGTTTTCTTCAGATTTGCTTCATATTAATCAGTTTTCATGCTACTGTATCAAATATACATAAAAATATAGGGTAAATGCTTTATTAAATAGATAAAGATGATTAGATGTAATTTTGTCTCAGAATGTAGAACCAGTTCTTAATGACAAAATCATTTTTGAGATAGTTGATTTTTAGGGCTTTTCAATGACTGAATATAAGTCATTTTTGTTACATACAAGAGTCTATAGATGTGCACACTTAAGTTCAATAAAATTATTATGAATACTTTATGGTGAATACCAACTTGTGTTTGTAGATTCCACTGAACATTCTGAGGAGATATAACTTGCTTTGAATCAAATCATATATTTAAAACATATTTATATTCTAAATCACAATTTGCTTTAAAATATGTGATACATAAGATAACAAAACTTGAGGCTTTTATATTCTAAGAGATGTATTACAAATGCAGTGCTTTTGTTATGCTTATAATGCTAGTATTTATTTGGTATGGTAGTGTTAAAATAGACTCAGTTATTTACTAATTTTGGCTATGGGATTATGTCTACATGATTCCAAAAACTTTATTAGAATTAACTTCCTAAGAATGCATGCAGATTTTATAAAAATGAACTTTTACCTTCATAACTTTTGCTAGAAATCAGATAAGATATATGTCTTTAAGAAAGAGGTATGTTTCTTCAAAGAGGCAAGGATCTTGCATTTTGAACTAGTTAAAATTTATACCTTAAATTTCATTGGAGATAATGTTTACTATAACAATAATTTCATTGCATTTTTTTTTCAGGCAAGAGACTACAGAATTTATTGGAGCAATGATTTATTGTAATATGCAGATCTAGGCACACTGTTTGTTACTGCTTTAAACTTCTATTAAACATTAGAAGAGATGTTAGAATTATAACTGTGAATCACAAATCTACATATAGTCACAAGGTTTTCTGAGAGCCTGCTTTTTGTCTTATTTAGGAAATGGTTTAGTTTTCCCAAAAATCAGAATCTGAGTGGTTCTAAAGTGATTCTGTCACCATCTGTACAATCAGCCTTTATCTGAACACATACAAATCTTTTCGAGGCATACGTAAGGGCAATAAAAACTTGGAAACATTTCTAATAAGATTCATATACCCAATTAAGTATTGTTGTAGAGTATGCTGTCAGAAGTGGTTTTCTAAGCCTAAGCTTATAACACCTCCTTATGACTCTGTTTTGCTTCCTCACACACTTTGCATAATTATGTGTGTTGAGAATTCTGAAAATATGTATAGACTTCACCAATTTAGAAGTAAATCTCCTACCCAAAAGTGAAAAAAAGTACAAAAGACCTTTACTGCTAAGGTTCTTAATCTACTTATGAACTCTAAAGCCTGACAAACTCTAGATATATAAACAAATTGAAATTAATAGCCGTAAATGTAAATTGGAAATTCTGTTTTAAATATGCAATCAAGATTTAAATTTTTGTGCAATAGTTCAGAGAGATGCAAAAGGATTTCAAAACATCAAAAAAGTAAAGGTAATACTATTAATTTTTAAAAATCTCCTTAGTAAAATCCATTATGCAAAAAGATTGACTTTTTTAAAAAAAAGATTATAGAATAGAAATTAAATAGAGCAAAGATTTTTCCAGAAACTTTAAAACAGAACACATTTTCCTCCCTAAGCATAGTGGTAGAAATAAGTCCCCGTTTCTTGTTTAATGTGCTAAAATTATCTCAAAAACAAATTGAAGCTTATGTAGATAAACCTGAAAGAGTCATATAGAATAAAGTTTATACTTCCTTAATTGACTTGTGTCTTGAGCATGTTACCTTGTTAGTACTCTCCGGGGTTAAACATTCAGACACTGTATTTCAAACGGGGTCTTCCCCATTTTAAAGATTAGATTAATAAAATAGTGCATTTCCTTGCTCTTCTCCTTCCCAAGTCTACCATTCTTTGTCCATTCCTTTTTTAGTGATTTGTGATAATTTGTCAATCTCATCTCTAAACACACTAGTTCACTCGTTTGAATAATTTTTTTCTTCGTATTCCGCATTCTCTTCAGGGCTAATGTGAAGGATGCTATGGATTCACCATGCATTTTTAATGCCACCATGCTGTGTTTAACTTTCACTTTTCATTAAGCATCAAAACTGTGAGAATTAAATGTCTGATTCTGATGTTTCAATAAAAAGTGACAGTTACATTTGGCAAAACAACAGCAAAAATAATAGAAAAATAATATCTACTTTGACATTAGTACCCTGAAAAGGGTATGGGTGGTAAAGCACTCAAAATAAATGTATCGAAAATATTAAAATAATTATTTGAATTAGGAAGATTTTCTAAAACTAAAAATAAAACTTTTAAGGGATCTAGAAGACAAATTTTATCAGTATCTGTATTTATCATTTAGGTCATGTATTCAATTACCTTTTGAGACATTGGGATTATAAATCTATTATAAAATATTATTATCCTTATGATAATTTTTATATTTTTGAAGATAATTTGGGATTATTAGTTTTCTTAAGTATAGGATGTCTTTATTCTGCTCTATCCTTTACTAATAATTTCTAACTCTGTTCGTTTTCCTTCACATATCTTTTGTCTCTCCTAATCTGAATACTTTCCAGTTGTACCTTTTATTTAGGATCTCAAAAGGAGTTACAGTGCAGAAAGTCTCTAACTACTGTTCAACGCCATAAGTTACTGAAAAGCAGTTAGATTTGGGAGCCTGGGACATAAAGTTCACTCTTTAGGCCTGGGTAGATTTCAGCCCTTAAAGCAATGTACACATATGTATTGTGCATAATATTTATTTATGGTTTTGGAAATCAGACCTATTACATTGTAGTTACTTCTTTTACAAATGCTGTACTTTTAATTTTCAGATGCATGCTGTCTTTACGTATTTAGATATATATGCTTTCTTGCTTTTTTAATACAATGGTCTCATAAATAAGATATCCAGGATTTAAAATTTATCCCTCATAATGTTCTACCTTTGAAGAAAAAATAAAGCTAGAATAATAATTCTTGAGATTGCTTGAAAGAAAACTTATTAAAAGATTTGTGTATATTAAATAATTAAACATTGTTTAATAAATATGATATTTTCCACCGCTCCAAGAAAATCAAGATGACATTGTTGACACAACTGATGGGCCTGCCCAGAGGCTATATTGTCATTACAGTTTTGGAATGTCAAGACTAGATTTTAAGAGCAAACATAATTCTAGTATGAAGTGTTTGAATTTGTTATTTCTTATATTGCATTAATTATTTTCAGGCATACTAATTTTTCTCCGAGTTTAATTGTTTGCATACTTCTCATGTTTTTGAAGTGTAGCTCACCTAATCAGCATTTTCTAAATATTTAGCCCTTCTTTCTTCATGTTTTCTATTCCCATGAATAAATGTATTGTTACACATGTATGTAACTTTGTCATTCATCTTTATATTTCTTTATTTTGCTCTGTCTTGTGTCTGTCTCTAACAGGCTCATCTCATCTCTGTACCTCCCTCATCTCCTACCCTTTGGGTACTCTAAATGCGTTGAAGGTTTCTGAGGTAGTGTAAACCAGCTTGGTCTCTAGGTTAATAGTAATGTACCTCCATGTCTTCATCCCAGTTTCCTTCTAGTGCACGTGATTTACAGTGGATTAAGCAGTAGAAAATAATGATACA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Seq C2 exon
CAGGTCAGGTTGTTTCTCCTCAGTCTGCTCCAGCCTGTGTTGAAAATAAAAATGATGTTAGCAGAGAAAACAGCACTGTTGACTTTAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144290-SLC4A10:NM_001178016:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.648 A=NA C2=0.791
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075658=Band_3_cyto=FE(24.2=100)
A:
NA
C2:
PF075658=Band_3_cyto=FE(11.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)