BtaINT0136023 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000015317 | SLC4A10
Description
sodium-driven chloride bicarbonate exchanger [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001033217]
Coordinates
chr2:34706469-34715996:-
Coord C1 exon
chr2:34715808-34715996
Coord A exon
chr2:34706561-34715807
Coord C2 exon
chr2:34706469-34706560
Length
9247 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
TGTAATAACAATCTCTTTAGCAG
3' ss Score
2.98
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATGGTCCTTGACCAACAAGTGAGCTCAGGTCAGCTCAATGAGGATGTACGCCACAGGGTCCACGAGGCTCTGATGAAACAGCATCACCACCAGAATCAGAAGAAGCTCACCAATAGGATTCCCATTGTTCGTTCCTTTGCTGATATTGGCAAGAAACAATCAGAACCAAATTCCATGGATAAAAATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CAGGCCAGGTTGTTTCTCCTCAGTCTGCACCAGCCTGTGTTGAAAATAAAAATGATGTGAGCAGGGAAAACAGCACAGTTGATTTCAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000015317:ENSBTAT00000020366:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.766 A=NA C2=0.968
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075658=Band_3_cyto=FE(21.7=100)
A:
NA
C2:
PF075658=Band_3_cyto=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]