MmuINT0147099 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026904 | Slc4a10
Description
solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter-like, member 10 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2150150]
Coordinates
chr2:62234381-62243453:+
Coord C1 exon
chr2:62234381-62234569
Coord A exon
chr2:62234570-62243361
Coord C2 exon
chr2:62243362-62243453
Length
8792 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
GCAATAACAATCTCTTTTAGCAG
3' ss Score
3.75
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATGGTCCTTGACCAGCAGGTCAGCTCAGGCCAGCTGAATGAAGATGTTCGCCACAGGGTCCACGAAGCATTGATGAAGCAGCATCATCACCAGAATCAGAAAAAACTGGCTAACAGGATTCCTATTGTCCGATCTTTTGCTGATATTGGCAAGAAACAATCAGAACCAAATTCCATGGATAAAAATG
Seq A exon
GTAAGTGCTCTTTTGTTTCTACTATAAGACCATGAAGTATTAAATTCTTTCCAAATACTTAAAATATTTTCTTTGAAAATTGTTTATTGAAATTAATATTGTTTTAATAGAATCATTTCCTTTTGTGTGCATATATATGTATACATATATGTATATGTGTATATATATATATATATATATATATATATACACACACAAAAATACACTATATATTTGCCTTACTTTATCATCAAATTGTAGACATCTTATTAAAGAACTTGTTTCTAGAAAGGCTCATAAAAAGAGTAAAATAATTGATTTTCAATTCTAACTTACAGATCCAAACAGCAAACCTAAATGGAACACATCTTCTATCTTGACCTAAAACTCTAAGCCTCATCTTTCTCATAGTTGAGAAGAATAATGAAATGGTTTATGTTGTGGTGGCCTTCTGATTAAATCATCTTTTTTTGTAGAGAAAGGTTTTCCCATCTTGGTCGTGGTCAACAGATTTCATTATTGAAAATAAAACGATGCAGCAGCTAACGTGGCAGCTAACATGGCCCTGCCTATCTGAAGTCTCCTTTCTGCCCTGAGCACAGTGCTCTTTACGTGGCAGCATCTCAGTGTGCAGGGAGCCTCATCACAATCTTCACACAACAGCATACTTGAGCAATATTATTTTCTCATAACCCTGCTTATTAGTTTTCTCCTTGAATGAATTTAATTATCATTTACACTAAGAAATTGCTTCAAAATTTGTTATCATAGCTTCATAAAGGAAAATGAATTTACCATAAAGATCATATGGATATGTTATTCTTGTATCAGGTATAAATGTTCTTCAGTTCTAAAAGATAAAAATTATGACTGCCATGTAGTTTGGTAAGTAGAATGTTTGTCTAGTATTCAGTAATCCACATTTTATCTGCAGCACTGAGTAAATGGGCCATTGTGATGCAGTCATGCTCATAATCCAGGAATTTAGGTAGAACTGCAGAAAGTTCAAGGTCAACCTCAAGTATATAGAATGTTCACAATCAGCATAGCAATAAGATATTTATTTAAAATATCAAATAAAAGGTGAAAATATTTTCAAATGATTTATTAGAAAACCTGACTTACAGAAATTGACCACAGTAACATAAATTGACAGAACAGAATATTTCTGTGATTTTCTTCCCTTTTCAAAAGTTTCAGACGTACTTTACAACTATGAGGATATGTTTTCTTTAGACTTGTATTTTGAGGATGTTTTCATACTACTGAGTCAAATGTTCACAAACAAAAGAAATACACCAATGAATCATTCAATTTGTTTCAGAGTATCTTAAGGTCACTAAGTATATTAAGTCTTAGGATTTAATGTTGAATAGTATTGAATGATATATTTCTAATTGAGAAGTAGCATTTGAAAATTTGTTTTTTATCTAGGTACTAGGAAAGGAGTGAACCTTTCATTGAAAGTCCCGTGACTGGGTAGACAGAGTCCTCCCTTTTCTTACACTGGAAGGCTCATTCCTCGGGTCCCCAGGCTGTTGCCTTTGGGTATTCTCTAACCTTGTCTGTTGCTGCTTCGTGTTTCTATTCTGATAGTATGTCTGTACGAGAATGTATTGTCTTCTATTTATTACACACTATAAAGCCAACAAAAGCAGCTGAAATTTTTAGTTTTAATTTCTAAAAATTAAAGATACAGAAATGAAACATAGATGCTGTCCTTGACTGACTATAAAGCATTGGTATCACGTAGAAGCATGTCTATAGATATATATGCAAAGTTCGTTGAAAGTGTCACATGCATGCCATGGCATATAACCAACTTATATTAGTAGATTCTATTTTGCAGATACAGAAATAACATTAAGACAAATACTATATTTAAATTAATTCATATTCAAAATTATAATTTGACTTAAACATATACACATTAATGTGAAATTGAAGATTTTATAATTTGAGATATAAGTGTAGTGGTTTACTCTTTAAAGGGAAACTTGAAGACAATTTTATTAAATTATTAGAGAAAAACCCCTGGGTAGACAAATGGTAAGTTCTGGCAGCTGCCTAGATGACTAGAGAACAGAAAAAACATCCAGTAGAAGTTATTGATGCTTTTATAGTGCTACTACTTATTTGTTGGCCAAGGTTAAGAAACCCAATCTAGATATTTAATAACTTTTATGGGAGATTTAAGTTTGCTTGACTCTCTTAAAATCTTATTAAAATACCCCATGTTATAATTTTCCAAGAATTTTGAAAAATTTTTGGACAAATAAACAGTCTTCATTTCATTACATTTTTGGAAATCAGACAATAACATATAGACCAAATATGTTTATTAAAACAACTAATCATCATGTGTGATACAATTTCTATATTTGTTACTTCAATCTTCACTGAGAATAATGTTTGTATTTGAAATTTTAGATACATTTTAGGGAAAGGGAAGAAGGTGTGGAATTTACTGACTTGACCTTGTGTTGTCATGTGCAGACCTATACTCACTGCCGATGTTTGAAACTTCCATTACATTTAAGGAGAGAGGACAGACTTACAGCTGTGAAGCACAAGTCTACATGCAGATGCGCATAGAGACAGCATTTACAGAGAGGACTTTTGTTTTTATCTGTGAAACAGCTTCGTTTTCCCAAAAACTAGAATCTGAGTAATTCTGTTGCCATCTGTACAGTCAACCTTTATATGAACACATACAAATCTTTCCAGGGCATGTGTTAGGGTAATAGAAACTTGGAAGCACTTATAATAAGATTCATATATCCAATTAAGTATTGTTGTGCAGCATCCTGTCAGCGGTAGTTTCTAAGCCTAGGCTTCTAACACCTCCTCATGACTCTGTTTTGCTTCCTCACACACTTTACATAATTATGTGTTCTGAGAAGTCTGGAAATATGTATAGACTTCAACAATTTAGAAGTAAGTCTCCTACCCACAAGTGTGAAAGACCTCTACTACTAAGGTTCTCAATCTACTTATGGACTCTATAAACTGACAAACTTGAGATAAACAAAGAAATTGGAACTCAAAGCATAAATGTAGAATTGGCACTCTGTTTTAAAACATGGATTAGAGACTTAATTTTTATGGTGCAATAGTAAAAGGGGATGCAATGGAATCTTACCATCCAAAAGCCTAAATGTAATATCCAATATCCTTTTTATTTTAAAAACACCCTTGAGCAAACCATTTTACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGGCCTTTCCCTTTTTAACACTATAACATTAAAATTAATAGAAGGTTTTCTTTAAAAGGAGCAAAGATGTAGAAATGAGTTATCTACCCTTGTTTAATGTGGTTTTGTTTTAGGATCAAAATATGAAATGTCCTCAAAAATGAAGTGATATTTACATAAGGAAGTCTAAGAAACATTTAGAATAAACTTTCTGTTTCCTTAATTGAATACTTTTGGGTGTTATCTTGGTTGTTCTCTCAAGGATTAAACATCTAGATACTGCATTTCAGATGCAGGTCTTCTTTGTTTTATGTTACATTAAAAAAAAAAAAAGTGTATTTTCTTTCCCTTTCTTTTCCCCGTCCACGTTTTCTCTCTGTTACTTTTCCTTAGTGATTAATGATATTTTTCAATCTCACCTACAAATACTCTGATGTATATATCTATATGTTACATATATATGTCAATATTTTTGGTATTCTGCACATTATCCTCAGGGTTAAGATGCAAGATGCTATGGATTCACCGTGCATTTTTAATGCCACCATGCTGTGTTTAACTTTCACTTTTCATTAAGCATCAAAACTGTGAGAATTAAATGACTGATTCTGATGTTTCAATAGAAAGTGACAGTTACATTTGGCAAAACAATGGCAAGAAAATAATAGAAAATAGTATTTACTTTGACATTAGAACCCTGAAAAGTATACTGAAATGAAAAATATCAAGACTATTCAAGTCATGTCTTGAATCTAGAAACACATTTCAAACACAAGTGTGACTTGTGTTAGATGATCAAGAAACCAAAATACATTAATGCTTCTATTTATCATTTCTGTCGCGCATTCCCTTACGCATGGAGACATTTGTATTGCAATTCTGTTGTAAAATGTTGTTAATATCCTGATTACATGTTTTTGATAATTCTTGGGATTCATGGCTTCTGTAGTATAGGGTACTTTCATCCCCGAATCCATTACTGCTAATATCTAACTCTTCCCCTGCTTCACGCTTTTTCTCCCTCCTAATTAGAATAATTTCCAGTTGCTGTTTTGTTTTAGAACCTGAAAGTTACAAAGCTTCTGCTAACTTCTTCTAATTTACTGTTCAGAGTCTTAAGTGCAGAACACTTAAATTTAGAAGGATGGTATGTGCGTTGAATATTCTGACCTGGGTAGGTTGAGCCCTTCCAGCAGTAGACACAGATGTATTGTTAATGATGTTTCTTTGTGGTTTTTAAACTTGCTTTACTGCCTTAAAATTACTTTTCTTATAATGCTGTATATTTATTCCAAGATGCAGGATGCCTTTATGTGTTTAGATATTCATTTCCTTTTAAAAGCACTGTGTTATTGTAAATAATATAACATGTAGTATTTACTCCTCATAATGATCAACTTTGAAGGAGAAAGCTAGAAAAGTACTTCTTAATGTTGCTTGAGAGAAAGCATAGTAAGAGATTCCTATATATGAAGAATGTAAACATTTCTACTGTTAAAAGAAAATTAAAATTATGTTACTTATTAACAGAGTTGATGTATCTGTTAGAGGCTGTATTATCACTGAGCTATGGAAATTGACTACATTTTAAGAACAAACATATTTCTAAGATAACATGTTTAAAGTTTTACTTTCTTATTTGAGACTATTTCCAGGCATACCAATTTCAACAATTAATGGCATGAATACTTTTTCTGGTTTTGAACTGTAGCTCACCTAATCATAATTTCCTAAAAATTTATCTCTTTCTCCATGTTCTCTATTTCCATAAAAATGTATTGTTGCACATATATGTAACTTTGTCATTCATCTCTATATTTCTTCATTTTGCTCTGTCTTGTGTCTGTCTCTAACAGGCTCATCTCATCTCTGTACCTCCCTCATCTCCTACCCTTTGGGTACTCTAAATGCGTTGAAGGTTCTGAGGTAGTGTAATCCGGCTTGGACTCTAGGATAATAGTACTGTACCTCCATGTCTTCATCCCAGTTTCCTTCTACTACATACAATTTATACTGAATTAACCAGTAGCAATAATGATATATGTAGGACATAAATTATCTAATGATTTGATTTAGACTGGATAAAAAAATGTAAAACCACTGTTTTATATCACTCATTCATACAATATGCATAGAGGAAAGAGCTATATGTGAAGACTCAAATATAATTCAAAGAAAATCAAACAGGTGCTAGTATACATGCTATATACTCTATGCTTTAATTCATATGTAATAAAGCAAGTTAATATTTCATTAAAATAAAGAACCATATAATTAACAGATAAAGTAATAGTATAAAGTAACCTTTAATGTTGAATAGAAAGGATAGTGTTAGATTTTTCAAATATTTACATATAAATAGTTATAGACTTCTATCATGCTTTGTATAAGTTTCATGATGCCTGAAGATTTGCACTTTATAATAGTTAAGGTAATCTAAGTTTACAATGCCATTTAATTACATGAATTTTATCTGAGCAATTATTAGTGCTCATGGTGTAGGAATTAGAAAGGAACAGACAAAAATACTTGTTTGCAAGCATCATGCTAAAGTAATTAGAAAAGTTATCATAAACTAATAGTATACTTGCAACACTTTTAAGGATTTAAGGAGTTATTTCTACCTTTTGACTACTTTTCCCCTGGAGAGGGAAATAGCCTGCAGTTTTTTTTCTAATATATTAGAAAATAGTCAGTGCACCTAAAAGTTGTCATTTTTTGAATGACATTTTTTTATCACAGAAGTCAGCAATTGTTCTAGAAATTTCCTTCCCTATATTTGTCCATGTGTCTTATGTGATGGTCTTTGAGTTCATGAAGTGCCCTTTGGAATCTAAGCCCATCAACTTCTTTCAAGTGATGATACTTGAATTAAGTAAGTTTTTAAGCAACAAGTTATAATAGGCAACAAATTATAACAGCTATTCTGTGGCCTAAGGAATCTATGGACTATTACGATGCATGCATTATAGCTTTGTGTCTATAACAAAATATATAAGCTTTATTTAAAGTATTGTAATTTTCCCTAAATAAAATAAATTATTCTTTTAAACTTAATTCTTAAATTATACCTATAGATTTTAAGTGCCCAAAAACTTGTCAAAACTCCTTATTTATATTATTTTATTTTAATAATTTAATGTGTAGTTTTAGAAGTAACACATTAAATGATTCTAAATTCAGATTTTAAATGCTATTTAAACTTTGAATGACTTTAGATGTGACAAGTATATTCATGTATTATTCTAAAGTATAGAAGATACAAACAGTTGTGGTCTCTATACCTATACAAAGGATGGTTGTACTATAGAATACATTCTTTCCTCTCTGTCCTATAGTACAAGTTCTCTGGATTTGTCTGTACTCTAGAAATACATATCTCTTACTGTCATCTAGTGTGCTTCTTACTTGATATTCAGAACTAGGCCATTATTAATATCACTTAAAAGATTCAAAGATCATAGTATCTAATTCACTTTCTGATTATCATATTATAATATAAGGTAATATTTTACACTTTTAATTCTTAAAATAGGAATAGCATAGAAGAGTAAATGTCCAAATATATTTATTACAATTATCACAAATAGCAACATATTAGTGATCATAAATATTTACCAAATGAAATACAAGTGCCAATGTTTAGCTATAGTTAATAACCTGAATATAGTTTATGAAATATTGTTCCATATCTATCTCTCTATATATATATATGAATGAAAGAAAAACCAGATTTTTTAAATTATATATTCTAGCATATTCACTGTCTGATTCAATCTCATCAAAGTTGGTTTTGTGTTGGGTTGACTCTTTTTGCATGTGTTTTCTTACAGCATTATGTAAATGATATTTCATGTAGTTACTGGCTACATGGCATAAATTATTATAAGAAAACATATATGTTTATTTAATTTTTCCATAACATGGGTCTTACCACTTAATTTTACAGAATATCTAATAAATTTAGGCTTAAATATATCTAATGTTCCAACTCATGCAATTATGGAGAAATGTTGTGAAACTGGTGATTGAAGACATCTGTTAGTAGCACAAATGCATTATGTAAAGGCTTTTTAAAAATAACAGTTATTATTTTGAGAACAGTAAATTGAATGGCTGCTGATGAACAATTCAGTTGTAGCTGTGCATTGCAGGTAGAGATGGGAGAATGTAAAGTTTGTCTGACTTCCCTTGAAAGGTGTTCATTGCCTTGAATTATGTATTCAAATATGAGAATCTGTGTCCATGATTTGAGGTTAACTCACTTTAAAAAGTCATTGGATCTTTACCTTCACAAAATATATTATTTTTTTTGGTTTTGATGGAAGCAGAAAAATATTTAAATTCTAGAAGTATATTAAATCTATTCCTTTGTAACAAAGGGATTTTAATCCAGAAAATGTTATCTATTAACAGATGTTCTCTGACTGTGAGCCTTACTAGGCTAAGCAGTGAAGTTATATGAGTATGTACAATAAATAATTTTGGTTTTAATCATCTTTGTTGATCAGAAAAAAAAAGGAGAAAAACTTCTGTAACCATTTAAGGGAGTTAGAGAATTTCTGAATTGGCAGTAATCGAAGGGGACGAGAATAAAGTGAATTCTGAATAAAACTGAGATGTTAGCATGTAGAGAGAAAAGGTAGGCACAGGGAGGAGTTCTCATGTTTGAGATCCATGAAAGTAAAAGGCTTTCTGAAGCCACTGAGTTAAGTTGTACACATTGTCACGGCTTCCATGTTTAATTGCATTACCTATTCCACAGGGAAAGTAAAAAGATGGGCAGGGAGTAGGCTGAGGGCACACTGGGTTAATTATAATTTATTGCTAACTGTGGCATATTTCAGATGGTCTATGCTGCAAAGGCTGTTGCATTGTAAATGGTGAACTTCATGTCCTATGGTCATTGTCACACCCCCAGCTCTTTGATCCTGCTAAGTAACCTCACCTTTAATACAAGACAGAAACCTACATCTTAATTATATTTTCAATAAAAATCATGGAAAACCAGCGCAACTCTAGTCTAGTGACCTTTTTTTGCATAAGAGATGAATACCAGAGCTTATGTAACTGAACAGTTATAGACACAAAATCACATATGTTTCTAATAAGCTCTATTTCTAAATTTTATTGCTAAAGAACATAGTGATTTGGATTTTTAAATGTAATAGAACAGAAAAAATTCTGAGAACTTACTAATATTCGTCCTTTTTTATATTGTCAAAAATTCTCCAGTCAGAACTTCAAAGTTATGTCTCTTTAAAATATATACTATTAGTTTTGATTGATATTTAGAAGTCAATGAACCCTAGGTTATGGTTAAATTTAGTTAAAATTTGTAGGCATCTTTTCTTCAAAGAGATTAACCATTTAGTGTTTTAAATTGATAATTGGCTTAAATGTTCTTGGTTGATTTCTCCCATTTCTATCTGTAACTGATAAACTTTATATTGATATAGTTCCACTTAATTGAATGTTCATGCTTACATCATAAAAGCTTGTTTAAAATTCTACTTAGTTTGGTTAAATTGAAGTTCATATCTCACCCAGTATAAGTAATTGTCTGTATTCTGCAATAACAATCTCTTTTAG
Seq C2 exon
CAGGTCAGGTTGTTTCTCCTCAGTCTGCTCCAGCCTGTGCTGAGAATAAAAATGATGTCAGCAGGGAAAACAGCACTGTAGACTTCAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026904:ENSMUST00000102735:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.547 A=NA C2=0.757
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075658=Band_3_cyto=FE(24.2=100)
A:
NA
C2:
PF075658=Band_3_cyto=FE(11.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types