GgaINT0048911 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011120 | SLC4A10
Description
solute carrier family 4, sodium bicarbonate transporter, member 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13811]
Coordinates
chr7:20721969-20733301:-
Coord C1 exon
chr7:20733113-20733301
Coord A exon
chr7:20722061-20733112
Coord C2 exon
chr7:20721969-20722060
Length
11052 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAATG
5' ss Score
5.46
3' ss Seq
TGTAATGGTATTTCTTTTAGCAG
3' ss Score
5.68
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATGATTCTGGACCAGCAGGTGGGCTCTGGGCAGCTCAGTGAGGATGTTCGTCATAGAGTACATGAGGCATTACTGAAACAGCATCACCATCAGAACCAGAAGAAACTGAGCAATAGGATCCCGATTGTGAGATCCTTTGCTGATATTGGAAAGAAGCAATCTGAGCCACATTCCATGGATAAAAATG
Seq A exon
GTAATGTATTGCTTTATTTTGCATTTTGAACTTTCAGTAACATCTGCCTGTACAGTATTGCTTGTGCTTTGTACCCACAGTTTGAACTTCAGTGATTACGCTCTGAGAAGTTCCTGTATAAAAATATAACCTTTTATATGCGAGAGTGGTTCCTCTTAAGCATTTAGTAACACACTTGTTTAACTTTGAAATTCAAATATGTGGAACAACTCAGTGCTGTGCAGAGATGTCCAGCTGAACTAGCTCATGTGTTGCAGACAGGTTAGCTTTGTCAGTGTGGCATTCTGTCCTATGTAACTGACGTGGGATGTTGTTCCCTGTACAGGACTGCTTCGGTACATGCTTGGCACTGTATGCAGAGCATTTCAAATTTCATAGTTGACTTTGCGGGGTTAAAATGAGAAAATAATTTTCAAGACACTGTCGGGGAGAGAACAGAAGAGCTGTACATAGTTCTTTCAGAAAATCACTAATTGGAAAATTATGTTTATGAAAATGAATGAGCACATACATCTGCAGAGTTGTTTGACAGGAAAATATTCACTTTTTTATTTAATTTTATTTAATTTTATATTTATTTAATATTCACTCACTTTCATAGAAGCCCTTATAAGTTTACTGTTATACATAGCTATAGTGAAAGATATTTTCTTATTGCCTCTCATTTATGTAAAAGCAGGTACATCTATTGAAACTTGCAGATATTTACAATTAACTCACTAGCATTATTCACTACAGAATTACTGAGCCTCCGTATCCAGTGTAATCAGAACACCTAGGACATTTTAGTCTGGGCAGCACTGGATGTTAATTAGTGACTCTTATTCCAAAAGTTGCCTTGGTTATAACGAACTCTCAGTCCATCCTGCTGTATCTCTATTTAGGACTGTACTGAGCTCACCTGCCACCTGGGGGGAGGGGGGGGGGGGAAGTGACAGATGAGGAAGAAGCCACAGCACAGAGAAGTTGCAGAGTGCAAGAGGAATAGTTGCAGAGTGCAAGAGGAACGTGTACACTGTGAGGTGTAGGATTGGAGGAGACTGAGAGTATTGTAGTGAGTTTTGGTCTGGAAACTTGGAGCTGTCTATACAAAGATAAGATTAACTTTAGTTTCAAGGACATTTTATTAGTTTCACTCGCTGCTGTGAAAAGTTCTAATAGGTACTTCTAAATCTAGCTGCTTCCCTGAGGAATGCTGTAAGACCTAAAAGGAAATGTACAATTTCATCTGAAGAGGATATTAAATAGAATCATACTAATCATGCCAAAATATCATTTCAAGAGTAAGACAGAAAATATATATATATATTTTTAAGATGTGAACTTTTGTATGTGTGTATGCACAGAAGTAGTAAAAATACGTTGGATGATGGCCCATCTTTAATGCAACTTTCAAAATAAAACTTTCTTGTTGATTTTATTCAGCTTTTTCTGATGGCCTTAAACAAGTATTCAGTAATAGCTCTAAAGAAATGTAATCCTATTCCTAATTCTCCATGGGAGGAAAGATGGAAGCTTGCACTCCTCAAACTTTCTGTAGTAATTTTTATATAACAAGTATGCAATAGATCTCCTTAAAAAGACCTCTCAGGTCAAACTGTGAAAATATCATCAGTTCAATTTCAGTAACTTTATATATTAGTTGAACTGATGCAGCAGTTCACTCCAGAAACTTCTCAGTTTTACCTATTTTTATTTTCTGTGTGTGTGTACCTTAATATCTCTATTCAATTATCAAAGAAATAGATTCTGATCAGAATCAGAGCAGCATGTTAAAAACAGTGTTTTCATATTCTCAACAGTAAAGTGATTCTGTAAGTAGGGAGGCATATTATTACAGGTTTTCATTTGTTTGTCTTTATTGTGCAAGATGAAAAACTACAATTCCAGTTCATGTGCTTTTGTATAGGTGCCTCAGAACTCCTGGTTCAAAAAATCACCCGCTTACATTAGGTTATTTACTTTAAGATAGAACAAACAAACAAAATCCCAAATCTAAATAATTGTTAGGAACATTTATACAAAGATAATTCAGCCTTTTATCTAAATTACAGCAGATCTTTTCAAAAAGGGTCTTTTTGGACGCAGATGTATTTTAATCAGTTTGAAGCACTGCTCTCCTGTTTGCATTCCATAAGTGCTACTGTGCATTAGGAACTCTTCTGTATTGACCTCTTCAAAATAGGTGGTGACCCTACAATAAAACAAAGAAGGGCTGATTTGTTTTAAGTTTCTCTCCTTTCATCCACTGACCTATTAAAAATTTGGAATCTTATTTTGTTATCTGAGTTGTACTAAAATTAGCATAATATTTAGAAAATAAATGTTCAGTCTAAATTTTTAATTTTCTGAAGAAACATTTTTTTTTTTTCTTCAAGAGAACAGCAAATAAGCATTGCATGGGCTTTAGAGGCAACTATTACCACAAAGCTCCAGGATTAAAGGGATGGGAAGCACATGGACTACTGCCTTTTCTGGCATGTTGATATTTATTTCTCTGGTTTGGGTAACCTACCACAATAAGTGGCATGTAAATTATGCGGACGTTATGCTGAGATGCTCATCTTTCAGGAACTTTGCTGTCATTATAGGCTCAATCAAGAGCAGGAATTAGGTTTAATGACCATTTTCTCTTGCCATTGCCTCATGACCAAATACTAGATTTCAGCTACAGTGTTATACTCACTGCAGTAACATATTTCTTTTCTGATTACTGTGGAACACGTGTACAAACTTATCTTAATGATACAAAAATGATACAAAAATACAACTCTGGGTCAGATGAAAGTAAGAAAAATGAGCTAAATATGTAAATTAAAAAAAAAAAAAAGCAAAATTGAGAGTTATAAACATCTAATGCTGTTGTTAGGCATATGCTGTGAGACACCTCTTCGTTTCCTGAGAACAAACTGGTACAATCCAATCAAGGCATAATTTTCACCTATTTATACCCATTTGTGCACAAATACTGTGTAGAATGTATGTTCAACAGAAAATGTTTCATGTATTGTCAACAGTAGTGGTACTGTTCCCCCTCATTATTATTAAAGATGTAGAGAGAGAATACTGATGAACACACAGTCCAGAGATGCAATTACCATTAAGAAGAACCACTTAATTTTCCATGTTCAGATGAGTCAGAGGAAGTTACTGTTTCTGGCTGTAAGGAGATTCTCAGTTTGGTTACATTTATTTTTAGTGTTGACAGGTTAACTGATAACAATCCGCAGTAGCCTGTAGTTTGTGAGATAAATGGTTCAGAGGAGTTGCCATGTAGTCTATGTCATACAGCTGAAGGTGCAAAACCCCTTCTTTGTCCAGATTCCTTACCCATGGTAGTTTATCAGTGCCGCCATTTCCAGACATTCAAGAATGAAGTCTGAAAATGAAGACATGATCGTAAATTCTATACGTGGCTGTGCTGCTGTCAGTCCACTGTGATATCTTTGCTGGAAGATGGTTATACATATGTACTCCCTCCAGTTTTTTTTCCTTCTTTAAGAGTGTGTCAGACCATCTAATTAATTTGCTTTGTATTTAGTACTATTATCTTTTGTTTACAATGGCTTTTCTTCACATCCTCTGCAGGGGTAAGATGTCAGAGTGCTATGGATTTACTATGCATTTTTAATGCTACCATGCTGTGTTTAACTTTCACTTTTTCATTAAGCATCAAAACTGTGAGAATTAAAAGTCTGCTTTTGATGTTCCAATAAAAAGTGACAGTCAAATTTGGCATAAGAGCAGCAAAAATATATACTCTTTTTCTTTTTAAGTCTAATTTGACACCAAATACCCCAAATAGAGGGTTGCAGTAATTTTAGCATAAATACTCTAAAAGGTAGGTTAAAAGTAGGAATCTTTGTCATTATTAAACAACGTATAAAAAGTTTGACTTGAAAAGCAATTTAACCTGTTTTTTATGGGGATTGATAGGGTTTTTACTCTGGTATCTGAAAAATTCCTATGACATGATCTAAAAAGCCAAAGGCAATTGCAAATATACAACGCCTTTCTACTATTACTACAGGAATGCTAAAATAATTTCACAAGCCTCTTCACTCACTAAAATGTTCTACAATTCAGAATTTAAGTATGTGAAACATGGGGAAAGTAGCAGATTCAATGAAAATTAAGCAAAGCAAAGAAATTTTCATGATGTACACATTTCCATTTTTTTAAATTAGCTATTTAATTTATAATATAGGTTTCAGAGTACGTGTGTATATACACATATAATAGGATCTAGTAGAACTTTTACTGATTAAAGTTGAAGAAATGAGAGGAGTATAGCAGGATTAATGACTTGTAAATTGTGTTTCCATGTGCATTGTCCTTTATCCATAATAGCATGATCTTTTGCATGTTTTCTGTTCCATATATATGCCAACTATAATTACTGCTTCTTTGGCATCTGAACAAACTATTAGTGTAAAAACTCTTTTATACCACACATCAGGTTTGATTTTGAGAAATTTTGAAATTCTAAGAAGTTGTTTATTGAACTGCCCAAGGGATTGAAGAAATCAGTGGCATGCTAAATTCAGGGTCTTCGGAATTAACTGAATGAGTTGCTGGAGCAATTTACTTTGACAGGTTCTTTGTTGAGCATTTTTTCAAGTTATTTTGGTTGGTGTGTTTGGTTAATTTGGACTTCACTGTTTTTGTGAATATGAGCATGTACAGAGTTGTGTAAGTCTATGCTTGGCATCTGATTAAGGAGAGTATGCTTTGGTATCCAGATAAGTCTAAATTACCAGTTCTCCAATGGGGTTTTTCACTCTACGCAATTTCCTTATCTCTTCTAATCATTAGGTCAAGCTTTTATGACAGTGCTAGCTTACAGCAGGTGAAATTTAAATGATGTCAGTAGTACTATTTGGAGACAGAGAGGCGTTACTTGGAGCCCCCTGAAAAGGAAGGCAGGCATTTCTGGGTACGTGACCAAGTTCCTTCATTTTAGGAGCCGGTTGCAGTGAGTGCTGTGTATATACCGGTTT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Seq C2 exon
CAGGTCAGATTGTTTCCCCACAATCTGCTCCAGCCTGTGCTGAGAACAAAAATGATGTGAGCAGAGAAAATAGCACGGTTGACTTTAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011120:ENSGALT00000018117:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.312 A=NA C2=0.677
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075658=Band_3_cyto=FE(24.2=100)
A:
NA
C2:
PF075658=Band_3_cyto=FE(11.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]