RnoINT0138411 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005307 | Slc4a10
Description
solute carrier family 4 member 10 [Source:RGD Symbol;Acc:631407]
Coordinates
chr3:48190361-48198991:+
Coord C1 exon
chr3:48190361-48190549
Coord A exon
chr3:48190550-48198902
Coord C2 exon
chr3:48198903-48198991
Length
8353 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
ATAACAATCTCTTTTAGCAGGTC
3' ss Score
6.7
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATGGTCCTTGACCAGCAGGTCAGCTCAGGCCAGCTGAATGAGGATGTACGCCACAGGGTCCATGAAGCCCTGATGAAGCAGCATCATCACCAGAGTCAGAAAAAGCTCACTAACAGGATTCCTATCGTCCGATCTTTTGCTGATATTGGCAAGAAACAATCAGAGCCAAATTCCATGGATAAAAATG
Seq A exon
GTAAGTGCTCTTTTGTATGTACTATAGGACCATAAACATTAAATTCTTTCTAGTACTTAAAACCTTTTATCTGAAAATTGTTTATTGAAATTAATATTGTTTTAATAGATTTGTTTCCTTTTGTGTGTACATATATATGTATACATATACATATATATTACATATAATATATACACAAAATACACTGTATATTGGTCTTATTTTATCATTAAATTTTATCAAAAAACTTGTTTTTAGAAAAGCTTAAAGAAAGTAATATAAACCATGTCTAATTGTAGTGGCCTTCTAATTAAGTCATCTACTTTGTAGAAACAGGTTTTCTCATCTTGGCCATGGTCAACAGGTTTTATTACCGATAATAAAAGAGCACAGTGCTCTTTACACTGCAGCATCTCTGTGTGCAGGGAGCCCCGCCACATCTTCACACCACAGCATACTTGAGCAATATGACTTCCTAGTTACCCTGCTCTTTTGTTTTCTCCTTGGATGAATTTAGTCATTCATCATTTACATTGGGAAATTGCTTCAAATTTTGTTATCATAGCTTCATAAAGGAAAATGAAGTTATCATAAAGATATTATGAATTTGTTATTCTTGTATCAGCTATAAATGCTTCTCAGTTGTAAAAACAAAACTTAGTGACAGGAATGTAGCCCAGTCAGTAGAATGCTTGTTAGTGCTCAGTGTCTCACGTTTTATCTGTCGGACTAAGTAAGCGGTATATACTCACACAATTTCAGAATTTAGGTAGAAGCTGCAGAAAGTTCAAGGTTAACCTCAAGTACATAGAATGTTCATGATCAGTCTAGCAATAAGATGTTGGTTTAAAAAATCAAAAAAAGTGAGAATATTTTCAAATGATTTTTTAGAAAACCTGACTTATGCAAAATTGACCACAGTTACATGGACTGACAGAACAACATATTTCTGTGATTTTCTTCCCTTTTCAAACATTTCAGATATACTTTACAAATACATGAAGATAAGTTTCCTTTAGACTCTGCATTATGAGGGATTTTCATACTACTGAGTCAAATGTACAGGAACAAAAGAAATACTTCAATGAATAGTTCAATTTGTTTCAGTGTATCTTAAAGTCATGAAATACATTAAATCTCAGGATTTAATGCTGAATAGTAATGAATGATATATTTCTAATTGAAAAGTCACAACTGGAATATTTGTTTTCTATCTAGGTACTATGAAAGAAGCGTATCTTTCGTTGAAAATCCCTGTGACCGGGTAGACAGAGTTCTCCCTTTTCTTATTCTAGAAGGCCTATTCCTCTCGTTCCTACTCTGTTACCCTTTGGTGTTCTCAACTCTTGTCTGTGTTGCTTCGTGTTTCTATATTGGGTGTCTGTATGAGAATGTGTTATCCATTGATTACACACTATAAAGCCAACAAAGGCGGCTGAATTTTTGTTTTTAATTTTTAATAATTCACAGACATGGAAATGAACATGGAAGCTGTCCGTGACAGACAGTAAAGCACTGGTATAAAGCATAGACGCGTGTTTATGGAAGTGTCTCATGTATGCCATGGCGAATACCCACTTACGTTAGTAGTTTCAAGTGACTATTTGAAATGTAGTACCAACGCTGAGACAAATACTATATTTAGATTAATTCATATTCAAAATTATAATTTGATTTAAAATGTATATATTAATGTGAAATTGAAGATTTTATTATTTGAGATAGGGTTTACTTTTTAAAGGGAAACTTGAAGACAATTTTATTAGATTTTAAGAAGAAAACCCCTGGAGAGACAAACTTACGATAAGTTCTGGCCTCTGCCTAGGGAAAGGGAGACCATGCTGTTGAAGCTATTGCTTTAACAGTGCAAACCAATTCAGAGATTTAGTAATTTTTATGGGTGTTTTAAGTTTTCTTGATTCTTAAAAATCTTTTTAAAATATTCCATGTTTTAATTTCCAGAAATTTTGGAAAAATTTTGGACAAATAAACAGTCTTCGTCTCAGTACTTTTTCCGACATCAGACAAGAACGTGTAGACCAAACTGTGTTACTGAAACAGCTAGTCCTCATACATTGGTGCATTTCTATAGTCTTTACTTCAGTTTTCACTGAGAATAATGTTTGTATTTAAAATATTTGATACACTTTAGGGAAAGGAAAGAAGAGGTGGAATTTACTGACCTGACCCTATTTGTCATGTGCAGACCTACACTCACTGCTGACTTTGAAACTCCATTACACTAAGGAGAGAGGACAGAAGCACAGCTGTGAATCACAGGTCCACATGCAGATGCAGTAGACACAGCATCACAGAGAGTACCTTTGTTTTATCTGTGAAACGGCTTAGTTTTTCTAAAAGCTAGAATCTGAGTAATTCTGTTGCCATCTGTACAGTCAACCTTTACATGAACACATACAAATCTTTCCAGGGCATGTGTTAGGGTAATAGACACTTGGAGGCACTCATAATAAGATTCATATATCCAATTAAGTATTGTTGTGCAGCATCCTGTCAGCAGTGCTTTCTAGGCCTGGGCTTCCAACGCCTCCTCATGACTCTGTTTTGCTTCCTCACACACTTTACATAATTATGTGTTCTGAGAAGTCTGAAAATGTGTATAGACCTCAGCAATTTAGAAGTAAGGCTCCTACCCACAAGTGAAAAAAGTGCGAAAGACCTTTACTACTCAGGCTCTCAATCTACTCGTGCACTCTATAAACTGACAAACGAGATAAACAAAGAAATTGGAACTCAAAAGCATATATACAGAATTGACATTCTGTTTCAAAACATGAATAGAGACTTAATTTTTATGGTGTAAGAGTAAAAGGGGATGCAATGGAATCCTACCATGCAAAAGCATAAATGTAATAGTCTTTTTATTAAAAAAGAAAACACTCGAGCAAAACATTTTTACTCAGAAAAATGGACTTTTCCTTTTTTAACACTGTAAAATTAAAATTAATAGAGGGTTTTCTAAAAAACTTGACAACAGAACAAGCTTTCTTTAAAAGAAGCAAAGATATAGAAACAAATTATCTACCTTTGTTTAGTGTGTTTTTGTTTTAGGATCAAAAATTTGAAATGTCCTTAAAAAATGAAGTGATATTTACATAATGAAGTCTAAGAAACATTTAGAATGAAGTTTCTGTTTCCTTAACTGACTGCTCTTGTATATGTTACTTGTTCTCTCAAGGATTAAACATCCAGATACTGCATTTCAAATGCAAGTCTTCTTTGTTTTATATGTTACATAAAAAAAATAATATATTTTCTTTCTCTTTTTTCCCACTCCACATTTTCTGTCTGTTACTTTTCTTTAGCGATTTGTGATTTTTTTCAATCTTACCTACAAATTCTCTGATGTATACATGTATGTATGTATGTAAATATTTTTGGTATTCTGCACATTATCCTCAGGGTTAAGATGCAAGATGCTATGGATTCACCGTGCATTTTTAATGCCACCATGCTGTGTTTAACTTTCACTTTTCATTAAGCATCAAAACTGTGAGAATTAAATGATGATTCTGATGTTTCAATAGAAAGTGACAGTTACATTTGGCAAAACAATGGCAAAAAATAATAGAAAATTGTATTTACTTTGACATTAGAACCCTGAAAAGAATACTGAAATGAAAAATATCAAGACTATTCAAGTCATTTCTTGATTCTAGAAACACATTTCAAACACAAATGTGACTTGAGTTAGATGATCAAGAAACTAAACTACATTAATGCTTCTATTTGTCATTTCTGTCACGCATTCCCGTACACATGGAGTGACTTACATTGCAATTCTGTAATTTTCTGATTACATATTTTTTATAATTCTTGGGGCTCATGGCTTCTGTAGCATAGAGTATCTTCACACCCCCATCCATTACTACTAATCTCTATTTCTTCTCCTACTTCCTGCCTTTTCTCCCTCCTAGTTAGAATAATTTCCAGTTCTCATTTTTATTTATAACATGAAAATAGTTAAAGAGCTTCTGCTAATTTCTTCTAATTTACTGTTGAGAGTCTTAAGTGAAGAACACTTAGATTTAGAAGGATGGGCTATGTGTTGAGTATCTGACCTGGGTAGGTTGAAGCCCTTCCTGTAGTGTACATAGATGTATGGTTAATGATATTTCCTTGTGGTTTTTAATTTGTTTTACTGCCTTAAAGTTACTTTTCTTATAATGCTGCACTTTTATTACCAGATACATGATGCCTTTATGTGTTTAGATATTCACTTTATTTATAAAGCATTGTATTATTGTAAATAATATAGTATGTAGTATTTATTCCTCATAACAATCTACTTTGAAAGGAGAAAACTAGAATATTACTTCTTAATGTTGCTTGAGAGAAAGCACATTAAGAGATTCCTATATATGAAAATGTGAACAATTCTACTGTTAAAAGAAAATTGAAATTATGTTAATTATTAACATGGTTGGTGTATATGTTTTGAGGCTGTATTGTCATTGAGCTATGAAAAATTGACTACATTTTAAGAACAAATATATTTCTAAGATAACATGTTTAAGGTTTTAATTTTTATTTGAAACTAATTATTTTGAGGCATATCAAATTTCAACAATTAATGGCATGAATACTCTTTCCATTTTTGAAGCATAGCTCACCTAATCCTAATTTCCTAAAGATTTATCTCTTTCTCCATGTTCTCTATTTCCATAAAATGTATTGTTGCACATATATGTAACTTTGTCATTCATCTCTATATTTCTTCATTTTGCTCTGTCTTGTGTCTGTCTCTAACAGGCTCATCTCATCTCTGTACCTCCCTCATCTCCTACCCTTTGGGTATCTAAATGCGTTGAAGGTTCTGAGGTAGTGTAACCATCCACCTTGGACTCTAGGATAATAGTACTGTGCCTCCATGTCTTCACCCCAGTTTCCTTCTACTGCACAGGATTTATGTTGGATTAACCAATAATAAAGAATGATATATGTAGGAAATAAACTATCTAATGATTTGATTTAGGCCAGGTAAAAAATGTAAAACTGTT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Seq C2 exon
GTCAGGTCGTTTCTCCTCAGTCTGCTCCAGCCTGTGCTGAAAATAAAAATGACGTCAGCAGGGAAAACAGCACCGTAGACTTCAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005307:ENSRNOT00000007218:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.756 A=NA C2=0.984
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075658=Band_3_cyto=FE(21.8=100)
A:
NA
C2:
PF075658=Band_3_cyto=FE(10.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]