HsaINT0157138 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000104450 | SPAG1
Description
sperm associated antigen 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:11212]
Coordinates
chr8:101226047-101232659:+
Coord C1 exon
chr8:101226047-101226146
Coord A exon
chr8:101226147-101232506
Coord C2 exon
chr8:101232507-101232659
Length
6360 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAC
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
AATATTTTTGTCTTCTTTAGGGC
3' ss Score
11.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGTGAAATTGCAGATGATCTAAGTATCTTATATTCAAATAGAGCAGCATGTTACCTAAAAGAAGGAAACTGCAGTGGCTGCATTCAAGATTGTAACAG
Seq A exon
GTAAACTGCACGTTTTCAGGTTTGTCAAGAGATTGTTATAATTTCATTATGGTGAATGCAATATCCAAGATCCTAAATTTTCTGCCTAAGGATCTAATTTCTTAAGAGCTTTATGGTATGTTAATTGATTGATGCATAAAAATCATAAATTATCTTACGTATATGAAGAGAGTTATAGAAGATTGTGCAAACTTTTTTCATTTCCACTGCTACCGCCCTAATTCGTGCTCTTTTCATATCACTCCTAGACTACTGGAGAAGCCTGATAACTAATTCCAATCCACTGCGGCATCAGAATAACTTTCCTGAAACATTATTTTGTTCAGATTGTTTCCAACAGGCCTTTAATGGCTCAGTATTGGCTTCGAAATAACTGTAAACTTCTCTGTCACTACACTGCCTCCAAGCAAGTTTCTCCTTCCGTTTGGTCTACTGGACCACTTGCTTACTCTCGCCCACCTTGTTCTCTGAGCCCTTGCCCATGTTGCCCCTAATGGTGGTAATGCCCTTTGCACATCTTATCTTCTGAAGTTCTTGCTCAGCTGCCCCTTCTCTCTACCTTCTTGAGTGCCCTAGACTTCCTGGTCATCTGCAGGCCTGTAACACCTACACTGACACTCGGTCACACCTCTAAGTCCTGTTATCCACTGAAGGGGGTTTAAACACATCGAGGTTAGGAACCATGTCTTTTCTTTTTTAATAGACAAATAATCACTGTACATATTTATGGGGTACCGAGTGATGCTTCGATATATATGATGTGGCCAGGCACAGTGGCTCATGGCCAGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCATTTTGGCAGGCCAAGGTGGGTGGATTGCTTGAGGTCAGTTTGAGACCGTCCTGGCCAACATGATGAAAGCTAGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCCTGGTGGCATACCCTTGTAGTCTCAGCTACTCGGGAGGCTGAAGCAGGAAAATTGCTTGAACCTGGGAGGCAGATGTTGCAGTGAGCAGAGATGCCACCACTGCAGTCCAGCCTGGGCAACAGACAAGAGACTCTGTAAACTTTACTCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGAAACTATGTATCATTGTTAACTATAGTCATCCTACAGTGCTATAGAACACTAGAACATGTGCCTCCTATCTAGCTGTAATTTTATATCCTTTAACAAATCTCTGCCTGTCCCCCTCTTCCCCCTACCCTTTCCATCCTCTGGTGTCCTCTGAGGAACCCTGTCTTATACAGCTTCGTACCCCTCGAAGCATAATAGTCACCCGTGGTACTCAATAAGTTACCTGCCTGGATGGTAAATAGCTACATAAATAAAACATTGTTTTCCACCATGAAGTAATAAGAAGCCCTTTGGCAAGAAGCTACTATTAGTACATCTAAAAAAGAAGAAGTCATGTCCTAGTTTGACTAACACAGCTCTGGCTTACTCCTGTTGTCTCATATAACACTCTCAGAAACTCTAGTTTGAACAGTAAATTATGTGGACACTGTTTATAAGGTGAGTAATGTATTATTGTTTTCATTGGCTGTATCAGTTTATTTTGTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCGCCATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCACCCCATTCTCCTGCCTCAGCCTGGAGAGTAGCTGGGACTGCAGGCGCCCGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACAGTGTTAGCCAGAATGGCCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCCAGTTTATTGATATGGGTAAAGCTTGCTAGTATCTGTGCCTAAGTTTAAAAAGAAGGCCTTGAGGCACTTGAATTTTTTTGCCAGTTTTACATATTTAAATTTGAAGTGAATAATACTTATATTCTCTTTGGCCTGACATCAGACCGCATCCTCAGTTGTGCTGGCTCACACTCGCTAATCATTACATTTTTCAGGATTTTGTGAGCTGGTTGATGTCAAGTTGATATTTTGAAATCTGCCATGGTGGGATACCATTTAATACCATGAAATGAGCAAATGCCACAAATCTGGGCTTCCCACCCCTCCTTTTTTCTTTACCCAGAGAGCCAGTTGTTAAGGGCTTTTACCAGTGCTCCTAACAGACCAGACCATGTGAATTTGTTGGATACCAAGCCCGTGGTGATTTGCAGCCAACATCCTTTCAGCTCAACTGTCTGTTTCTAATCCATTACCCTTCAGACTTGTTTTAGGCCTTTCCACAGTGAGGGAGGTCAGGACACTTTAGTTAAAACTTGAGACCCCTAACATTAGAGCTGCTGCAAAAGAGTGGATTTGTGTTGTCCTTATCTGAGATCCTCTAAGGTGATTAACATTTACTGGCTAAAATTGGCTGTGTTTCAGTGTAGACAGAGGAGAAAGTCAAGTATGGGACTCCAGCCATGGTGTCCAGGGTGGCTAGAGTAGGGGCTTGTCCAAGGGGAGGGCAGGAGATGGCTCACCAGAGAGGGAAGTGGGCGTCGGTTTAGGTAGGTTGTGCTAACCTTAAGAGCTGTTTTCTAGGCAAGGAACCTGGCCTTGCTGGTTGGTGCTGACCTCCGTAGAGACCGACCTACTCAGATGTTTTCTTTGATAGCTGGCCTACCAGTCCCAGTGTAAGAGAAATGGAGATGAGGCCCAGCAGGGGGTGATTTTACACTAAAGCAGTGATTCTCAATCTTGTTTTAATGCCAGAGAAGCCACTCTGTGCTTTTGTGAACATCTTTTCAGCTCAAGTGACTATATTCAAACAGATTGCATACATGTTAAAGGGAGTTTTTGTGTTTTCATTTTGTTTTGTTTTAGTTTTTCAGTTAATTATCTTTGCTCTTTGGAGAGTTCCATGAGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACTGAGTCTTGCTCTGTCCCCGAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCAGCTCATTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTTGCTGGGATTACAGGCACTCACCACCGCACCTGGCTAATTTTTCATATTTTTTGTAGAGAAGGGGTTTCACCATGCTGCAGGCCAGGCTGGTCTTGAATTCCTGACCTCAAGTGATCCACCTGGTTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGGATGAGCCACTGTGCCTGGCCCAAAAGTTCTTATCACCAGATAAGTGGTATCAGGAGTCAAACACTGAGAAAGAAAAACAGGCAAAATTTAAAATAAGAGGAGAAAATTTTACCTATGAAAATAATTTTTAAATGTATTTTGGGAAAAACTACCATTTGATTTTAAATGTCTTACCTCTGAGGAGCATTGGTTGTTTTCCAGGGGTGTGTTTGGAGAGTGGCCATTTGGAGTGCAGAGTTGGGGTTGGGGGGGTGTTGAAGATCTTGAAGGTCTCTAAGCCTGGCCTCTCCCCTCACCACAGCATCTCCATGACTCTTTTAGACCTCCAGGTGAAACATGAAAAGGGGTTATGATGCTTCAGTTTGAAAGCCATCATTTTACAACTTTTAAAATACTCATAATTGTTTATAAGCTAAAATACTTCACTTTTCTCATCTATCAGAACCTTTTTGGTTTATCTAAACCACACCAAAAATCTTTTGGTGACTTTCCATTGAGGACATTTCAACAGACTAAATACAAATGAATGTTGCCTAGTAATTCTCTCCTTTTTCGTTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTATCACCCAGGTTGGAGTGCAATGGCATGATCTCTGCTCACTGCAGCCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTTGTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGCACCACCTAACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTTTTTTAGTAGAAACAGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGGTCTGCCAACCTTGGCCTCCCAAAGTTCTGGGATTACATACAGGCTTGAGCCACCGTGCCTGGCCAGTTCTCTGCTTTTTCTTATCTTTGCTACTCTCACAGTCTTGAAATTGGAAGATTTTTTAGGGTCTTAACTGTGTTACCTTGAATAGATAGCCTCTTTTGTAAGCTCTGCTTCAAAAGTTCTCTGTGCTTATTTTTATACATGGGTGGTTTTTTTCCTTAATGGAATTTCCATTCATAAGTTCATATTCATTTTCAGGATTGTAGTTAAAGAAATAAATTTACTGGGCAGAAAGTGCTAAAAATTAATACAGCATCTCATCAGTTTTAGATCCCAAGCTTGGCTTAAGGCCATCTTGAATAGATAAATGGCACCTTGGTCATTGGAAGTCTTCTGTGAAGTGAAGGTAGTCACATGGTTGTGACTCTGCTCATAGAGTTAATATTACCTAAACATTAAACTAAGCTAAATTTAAGGCAGTGGTACAGGTGACAGATCCTGATGCCCACAGATCTATTTTCTAGTGTTGAAATATGTTTACTTGATTTTAATTTTATATTTTAAATAACATTTACTGTTTTAAAAAACCACTTACCTATTATAGAAAACTTAAGAAAAAACTAGCACAGCACAAAGACTATCATTAAAATCACTCACAATCCTAACACCTAGGCAGAGTGAAATTGGTTATTTTTTCAGAGAAGTGAAGCAGATTAGGTTTAACAGCATTTCTAGAGTAACTTCTATGATATGCCAGAAGGGCTCCCACAAGTGCAGCTGAGTATCTGTATGATGTGGTCTGAGTGGCAAATGACTCAAGAGTTCCTTCATTTGCAGTGTTTGTATGTGTACTGCGGTAGGCAGAGTGTAGGCTTTTGAGGGCTCACA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Seq C2 exon
GGCTCTGGAACTTCATCCATTCTCTATGAAACCTCTTCTGAGGCGGGCGATGGCCTATGAAACTCTAGAGCAGTATGGGAAAGCTTATGTGGATTATAAAACAGTGTTGCAGATAGACTGTGGACTCCAGCTAGCAAATGACAGTGTTAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000104450-SPAG1:NM_172218:12
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134141=TPR_11=FE(43.4=100)
A:
NA
C2:
PF134141=TPR_11=PD(7.9=11.5),PF0051523=TPR_1=WD(100=57.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)