BtaINT0139367 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000032544 | SPAG1
Description
sperm associated antigen 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11212]
Coordinates
chr14:66339311-66345664:-
Coord C1 exon
chr14:66345565-66345664
Coord A exon
chr14:66339464-66345564
Coord C2 exon
chr14:66339311-66339463
Length
6101 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAC
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
AATATTTCTGTCTCCTTTAGGGC
3' ss Score
11.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGTGGAAGTGCAGCCGATCTAAGTATCTTATATTCAAATAGAGCAGCATGTTACCTCAAAGACGGAAACTGCAGTGGCTGTATTCAGGATTGTAACAG
Seq A exon
GTAAACTGCCCGTTTTTCAGCTTTGTCAACAGATTATCATTTCAGTGGGATGAATGCAGTATTTAATACCCTTCTAACGTTTCTGCGTAAATCTGATTTTTTATGACATTGAAGGTGCGTTAATTGGTTAACACATAAAGCTCATACATCCTTTTACATATATGAAGACAATTATAGAAGATGTTTGTGCAAACTTCTTTTATTTCTTAGCTACCACCTTAATCATACTCTTTCCACATGGATCCCAGAGTTTTGGAGAAGCCTTCTGACCGGAGTCTCTGCCTCCTCCAATCCACCGTGGCATCAGGATGACTTTTCCTAAAGCATTATTTTGTGCAGACTGTTTCAGCCTGTGTTCAGTTGCCCAGTATGCTGTTGCAGATCATTATAATCTCTGCTTCCCTGGTGGCTCAGGTGGTGAAGAATCTGCCGGCAATGCAGGAGGCCCGGGTTGGATCCCTGAGTCGGGAAGATCCCCTGGAGAAGGGAAAGCCACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGAAGAATTCCAGGGACAGAGGATCCTGGCAGGCTACAGTCCATGGGTTCGCAAAGAGTCGGACACTACTGAGTGACTAACACTTTGTCACCACACTGCACCCCTCGCCCCTTCCCCTCCCGGCAACAAGCTTTCTGCTCTCCTTTGGTCTGTATGTGTAATGCCCTCTGCAAACTTTGCTTCAGGAATCTTTCCTCAGCTTGCCCCTCCTCTCCACTTTCCTTGTCACCTCAGACTTCATGGTCTTCTGCATGGCTGGAACACTTACTGCCACTCTCACACCTGTAGGCCCTTATGTCACCCTCTGCAGAGGAATTTCAACTCTCTGAGGTCAGGGATTGCGTGTGCATCCCTCAAGCACAGTAGTCACCCATTGTACTCAACAAGTTACATACTGAGGTGGATGAATATATTTACATAAATAAAAAGTAGCTTTTTACATTTTTTTTAACCATTAAATATTAAGCCTGCTTGAGGAGCCCTTTGGGAAGAAGTTACTGTTTATTGTTGTTCGGTCACTAAGTCATATCCAACTCTTTGAGACCCCATGAACTGCAGCACACCAGGCTTTCCTGTCCTTCACTATCTCCCAGAGTCTGCTCAAACTCATGTCCATTGAGTCGATGATGTCATCCAATCATTTCATCTTCTGTTGCCGCCTTCTCCTCTTGCCCTCAGTCTTTCCCAGCATCAGGATCTTTTCCAGGAGTTGGCTCTTTGCATCAGGTGGCTAAAGTATTAGAGCTTCAGCACCAGTCCTTCCAGTGAATATCCAGGGTTGATTTCCTTTAGGATTGACTGGTTTGATGTCTGTACTGTCCAAGGGCCTCTCAAGAGTCTTCTCTAGCACCACAGTTTGAAAGCATCAATTCTTCAGCACTCAGCCTTCTTTATGGTCCAGCTGTCACATCCGTACATGACTACTGGAAAAACCATAGCTTTGACTATATGGACCTTTGTGGGAAAAGTGATGTCCCTGCTTTTTAATACGTTGTCTAGGTTTGTCGTAGTGTTTCTTCCAAGGAGCAAGCATCTTTTAATTTCATGGCAACAGTCACTATCCGCAGTGATTTTGGAGCCCAAGAAAATGAGATCTGTCACTGTTCCCATTTTTTCTCCATCTGTTTGCCATGAAGTGATGGAGCCAGATGCCATGATCTTACTTTTTTTGAATGTTGAGTTTTAAGCCAGCTTTTTCACTCTCTTCTTCCACCTTCATCAAAAAGCTCTTTAGTTCCTCTTCGCTTTCTGCCATTAATGTGTTACTGTTAGTGCATCTAAAAAATAAGAAGCTGCAGGTACTGGTGTAACCTTCACAGTCTCGATTTACCACCGTTGTGTGGTATAATTATTAGAATTACTCCCTTTCACTCTTAGAAGCCCTAGTTTGCACAGGGGCATACATGGACACCTTGATTATAAGGTGAACAATTTTTTTTTCATCGACAGTATCAGTTTACATATGTGGGTAAAAACTTGCTGGTATCTATGCCTGCAGTTTAAAAAGAAAGCTGCAAGCTGCTTGTATTTTTTGCCAATTTTACATATTCAAATTTAAAATAAATAATATTTATATTCACTTTGGTCTGTCTCGACATCATCAATGGTTGTGCTAGCTCACAACGTGTTCAGGATTTGGGGAGCTGGTTGAAGTCAAGTTGGTAGTTGAAATCTGACATGATTGGAGTACTACTAATACTATGAAAATTGGCAAATGCCACAAATCTGGGTCTTTTTCTCAGGAGAGCCAGCTGTTAAACGTTTGCCACTGCCCATAACTAACAACAAGACCAAGTAGATTTGCATAGTATCAGGCACCTTGCGATTTGCAGCTGAGAGCCTTTCAGTTCAAGTGTCTATTGCCTAATACATTACCCTTCAGATGCGTCTCAGGTCTTCCTTCAGTGAGTTCAGTACTCCGGTTAAAAAACAGTACACTTAAGTGAGATGGTGTAAGTGAGATATGGTGTAAGACATTTTCTTGCTAAAATGTGTTGTGTTTCAGTGGAGACCCAGGAGGAAGTCACAGAGGACACTGTTGAGTCTGGAGTGGAGTTTTGTCTTGAAGGACAGGAGGATTGCCTGCCGGGGAGGGAGGAGGCAGAGGGGAAGGTTTAGGTGAGGGGTCCTTAGTGAAAGGCTGTGTTTTCGGCCAAGGAATCTGGCTCTGCTGGTCAGTACCGACCTTTCTAGAAACCGACCTACTTAGATGTTTTCTTTGATACCTGACATATGAGTCTCAGCATAAGGTGACTGGGTGATTGGGGTGATTTTACTCAAAAGCAATGATTCTCAAACTCATTTTAATGCCAGGGAAACCATGATTTGCCTTTGGGGACATGTTGAAGTATGGCCGTATTGAAAACCAGTTATTAGCAGGAATATATCTCTTTTCTCTTCACCTCAAAAGGTTACATACCTTTTAGAGAAAGCCTGTGTTTTAGTTTTTCAGTTAATTATCTTTGCTCCTTGGAGAGTTGTTGCACAGACTTTTATTACAAGTGGTAGCAGGTTTCAAACAGTGAAAAAGAAAAATTCCCTGGGAGCAAAATTTAAAATAAGGGGGAACCTATGAAATAACTTTCATAGATTTACTTGTGAAATAACTTTTTATGCATTTTGGGGGGGAAAAAGAGAGAGAGAACACTAGCACATCTTGACTGAACTTAGGCAAACATTAAGCAGATATTGCAAAAGAAGCATTCAGCATAGTTACTAGACATACAGTAATTGTTCCAGAAATGTTAAAGCTTTGAGGATGACAGTGGTGACATGCCAGCCCCTGTCTGCACCAAGTACATGCACAGGAAAGCAAACGGAACTTCATCCTTTCAGGTTACAGAGGTTAACATGAATATTTTCCCCTACGATTACTATGTTGTGCCCTATTTTTTCCCTAAATGACAAGATTAACTTGTTTTTCAGGAATTAAGCAAATTAAATATCAGTTAATTTGGCTTATTTTTAAAATAATAATTGAAGGAGCACTAGAAGTATTTAGTTTGCTCAAATTCACATCCTCTGCTATCCCCTTCTCCTCCTACCTTCAGTGTTCCCCAACATCAGGGTCTTTTCCAATGAGTCACCTCTTCGCATCTGGTAGCCAAAGTATTGCAGCTTCAGCATCAGTCCTTTCAGTGAATATTCGGGGTTGGTTTCCTTTAGGATTGACTGATTTGGTCTCCTTGCGGTCCAAAGGACTCTCAGGAGTCTCTCAGCACCACAATTCAAAAGCATCACTTCTTCAACACTCAGCCTTCTTTATGGTCCAACGTTCATGTTGGTACATGACTTCTGGAAAACCATAAAACAGTTCTCGTAATTGTTTATCAGAAGATGTTAAAAAACATCTTCACTGCTCCCAATCTGTCAGAGAACCTTTTTGAGTTATCTAAATACATCAAAACTCTTTCCCGGACTTTTCATGGAGAGTATTTCGACAGACTCAAATGAATGCTGTCTAGTAATTCTGTTTTTGCTCATCTTTGCTTCTCTCTGATGGACTTGAAATTAGAAGGCTCTTTTAGATTCTTAACTGTGTTAACTTGAATAGTTAAGCTCTTGTAAACTCTGATTTAAAAGTTCTCTGTGTGTTTATGAATAGATGTGCTTTTCTTTTTTTCCTTTAGTGGAATTCCCATTCATAAGCTCACATTCATTTTCAGGATTGTGGTTAAAAAGAAAAATTTGCATTTACTCAGCTGGGAAGTGCTATAAATTAAATGCATCATCTCATTCAGCTTTAGATTCCACGCCTACCTCAGGTCCATCTTGTGGATAAATAGCTCCTTGGGCATTGGAAGTCTTTGGTGAAACGGGGGTAGTCTTGTGTCTGTGACCTATATGTATAATGAGTGTTCATGTAGTTACTATCTCCTAAGCATTAAACTAAGGTGGATTTAAGACAGGGGTACAGGTGATAGATCCTGATACCCAAAAACCTGTTTTCTAGTGTTTGAGTGTTTTTAATAGACTTTTAAAAAAACTCTTACTGGTTACAAGAGTAACACATACCTATTACGGAAAAAAAAGAATTTTAAATCCAGTACAATGCAAAAGAGATTGTTAAAATCATCCCCAATCCTAGTACCTAGGCAGAGCAAAAATGATTCTTTTTCAAAGAAGTGATGCTAATTAGGTTTAATGACATTTCTGGAACAGAGTGAGTGGTATACAGCCCAGGAGCACACCCACACGTGCAGTCAAGTATCCGTACAAGGTGAAGAATTACCAAGGGCTCGGGGTGGCAGGTGGCTGAGCCTTTCTTAATCTGCGGTGCTTTCATCTGTGCTTGTGGTGGCAAGAGTGTGGGTCCTGAAGGTTCACTTGGGAGGGCTTTGCTGAGCACCTCCAGTGGCCCTCTGTGATCTGGGTGCTGGGATATAGTAATGATCGAGACCAGCAATGCCCTTGGTCTCCCGTGGCTTAAGTTCAGAAGATCAGGCGTGTGGGCAGATTGCTCCCTCATCTGTCCTGAACATATGA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Seq C2 exon
GGCCCTGGAGCTTCATCCATTCTCTATCAAGCCTCTTCTTCGACGAGCAATGGCCTATGAAACTGTAGAGCAGTATCAGAAAGCTTACGTGGATTATAAAACAGTGTTGCAAATAGACTGTGGAATCCAGTTAGCAAATGACAGTATTAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000032544:ENSBTAT00000046176:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134141=TPR_11=FE(80.5=100)
A:
NA
C2:
PF134141=TPR_11=PD(14.6=11.5),PF0051523=TPR_1=WD(100=59.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development