DreINT0154679 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000004017 | spag1a
Description
sperm associated antigen 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9443]
Coordinates
chr19:12068411-12073677:+
Coord C1 exon
chr19:12068411-12068510
Coord A exon
chr19:12068511-12073524
Coord C2 exon
chr19:12073525-12073677
Length
5014 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTCAT
5' ss Score
3.89
3' ss Seq
CTCATCCGGTTTATTTATAGGGC
3' ss Score
8.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATCGACAGCCCAGAGGATCTCTGTGTTCTGTACTCCAACAGAGCTGCGTGCTTCCTCAAAGATGGAAACAGCGCAGACTGCATTCAGGACTGCACCAG
Seq A exon
GTTCATTCACATCTACACACACACTCAGTGAAATTAAAGTGGCAAGAAGAACCAAAAAAAGGGGGGGTTTCACTGAATGATGCCTATTTTTGGTTTCCTAAAGAGCCTTTTAGTGATAATTTAATAATGATTTAATCATTTAATAATGCTTTTCTTAGTGTGAAGAACATTTTAATAAATATTTTGTGAAATGAAAAGTTTTCAGGGATGTTAAAGGTTCTTCATTGAACAATCAATCAGTTTTGGGTCAGTTATTTCTAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTACTAATTACATAATAATTTTTTTTAAATGTTTAAATTATTTTTTAATTACTTTGTCTGAAAGACCTGAATACTCTAAGTAATTTAATAATTTGCCTCAATATTAAAAATACCTATAAATCTCAGACAGTAGACAAACTATTAATTAAAATATAGTTCAATTCTTTCAATTTGAGTCAAATTGTATGTTTAAATATTTTTATGTAATGCTTCAATTTTGAAAAAGCATTATATGAACCAAACCAAAACGTTTAAAAGACCAAATTTCTTATTTCATTTCATTCTTAATGCAAGTGCAACCGTTGGACAATTTATTGTGTACTTTAATTGTGTAGTATCTGGTTATTATCAAAATACTGAAATACTTTGGTAACACTTTACAATAAGGTTTATTAATTAATGCATTTACTAACATGAACAACACATCTACAGCATTTATTAATCATATATGAACATTTACTAATGCATTATTAACATCCAAGTCCATGATTGTTGACATTAGTTAATGCACCATGAGTTAACATGAACTAACAACGAACTACTGTATTTTCATTAACTAACGTTAACTAACATGAACAAATACAGTAGTAAATGTGTTGTTCATTGTTTGTTCATGTTAGTAAATACATTAATTACCATTAACTAATGAACCTTATTGTAAAGTGTGACCAATACTTTTTTAATATACAGATGAAGTCTTATATTTTCTTTCTTAAATATTTTCCAAATGATGCATAAAGCTGCGCTGAGAGTTTAAGCATGTGAAATTCTGCCGTGCTGCGCTGCAAAAAGGGGTGGGATTAAACAAGATGACTAGACATTAAAAAAGTGAGCGATTGCTAAATATTTTAAATTTCTGTACAGATAGGTCATGTTTTGATCTACTGGTGGTCTAACGCAATCACATGATTCAAATTTGCAGGTCAATACCGAGTTCACCAAGCCTGAGCATTCATATGCAGCGACAATCGAAACTTGTTGCACGACCTTGCGTTTCCTGTCTACCAAATTGGCATGCATATAAATGGAAGTCTATGGGGCAAAAAGTGCAGTGTGACCGTGGTTTAAAAGAGCAAGGATTTTTTTCACAGTATTTCCTACAGTATTTTTTATTCTAGAGAAGGTCTTAATTGTTTTATTTCGGCTAGGAAAAAAAGCATTTTAAGGTCAATATTATTAGCCCCTTTAAGCAATATTGTTTTTCGACTGTCTGCAGAACAAACTATCATTACCTAGACAACCTGCCTAGTTAACCTAACCTAGTTAACCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGAATACTAGTATCTTGAAAAATATCTAGTTAAATATTTTGTACTGTCAAAATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTATTAAAAATTATTAATAAAACTATTATGTTTAGAAGTGTGTTAAAATCTTGTTTCCTGTTAAACAGAAATTGGGGAAAATTTACAGGGGGGCTAAAAATTCAGGAGGGCTAATAATTCTGACTTCTACTGTATGTACACACATTTACATTATAAACTAATTTATTTTCTTAAGCATTGTCAGTTGTCTTGATAAATGTAATCCTTTTTTTAATTGAAAATTTTTATTAAATCTACAAATTTTATTTGTTTAAGAAAACGACAAGAAATTTGCATCCCCAAATTAATTTATACTGTACTGTTGAATCTATGTATGTTTTATTCATTTTTATTTAATGATCTAAAATGAAATGTAATCCCTTTACTTTTTTAGTAGAAATTTAATTTAATTAACTTAAATTAAATCCACCCAACACTGGTATCGATGGCAGTGTTAAACCTTTATTTTGAAGAGTTTGACACAATAATGAGAGTCACAGTGCTGTGTTTAGCTTGGATTTACGTGTGAGGTAATAGCAAGTGCGTGTGATTGTCTCAGAGAGATTAACACTCAAAGCGGTCAGTTGTACAGTAAGGAGCTTTACCAACAGACTGGTTAACCGGCACTAAACCCAGAGCGTCTGTTACCATGTTCTGCTCCACTGGAGGGAAACGATCATTTTCACCATCAATGAGTCTTGCAATTATACTTTCCACTCTCCTATTTGGATGCATCCATTTTTTACGGCAAGACACTGCAGGCACAAACAGTTTTTTAATGCACTGGTCAGTTTTATGATTTTGACCTTTTTGGTTTTATATACTTTTTTTTCAGGTGTTTTATTGTCAATAATATTAGCCCCCTTATGTTTTTTTTTTTTACTTTCTACAGAAAAAGCCATCATTATACAACGATTTGCCTAAATACCCTAGTTACCCTAGTTAAGCCTATAAATATCACTTTAGTCTGAATACTAGTATTTTGCAAAGTATGTAGTAAAATATTACTAATTGTTATCATGGAAAAGATAAAAGAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATTGTTTAAAATGTTTAAAAATAGAAAATATAAAATAATTAAGAGAAGTCAAATAAGTCTGACCTACTGAAGGTTACAGAAGGACAACTTTATATGTAATATGTCTGATTATATGGAGCAACTTATTCTTCAAAAAAATTATGAATAGTTTTTTTTTCTGGCTGACTCTTTTTTTTCATCACTGAATAATTAATAAAATATTGTGATTCCCAAATTTTTCCCTGTAAAACATTACAATCTTGTTTGTAAAAATAAAAATGCTGACAATAATTAAACAATTGTATACCCTGACCTCAAATTAGTGCATATTTAATTAAATATTGACTTAATTGCTTATGTAAACTAGATATGTTATACTTTCAGAAATAAAGGTCACCTTTTCAAAAGAACACTTTCATAGTTTTAGGTACTATACTGATACAAATTGTATCCTTAAATTACAAAACTACAGTGGCCAAAAGAGCTCAAATGTGCTGCAAGTTAAGAGAACTAATTTTCACAACACACGCAAATACAGAAATTCGCTGCTAAAAGTGCAGATTACAACAGAAATGGGGATTCGCGGAAATGACAAACTCGGCTAGTTCCTGTTTAAAATTCATTAACTTTAATTGTGCAATTTGTCAGATTATTAGGGCTAAAATATACAAACAACAAGGAACCATAAGACCAGGGTGTGAAAAAAACCCCACCACTCAGATCTCCAACAACACTGCTGACTTTAAACAGGAAGCAGAAAGTTTGTCACTATTTGGGCTTCCCCAACACATTTCTGTTGTGGTCTGTTATTTTTCATGCATGTGTTGTGAGAACTGGGACCTGTATCATAAAGTCAGATTATTTGTCTAGCCAGTTAAGTTTCAGTGTAGTTTGCAAAAATTCTGGATTTTTGATACCACATAGGTAGCTCAGCTCAGCTGCTTCATTATACCACAGCAACAAACAGTGATTAAAGTCAAAGGCTCTTTAAGATAAGTCATTTCACTCGGCAGCCGTTTTTCAAATGCTTCTCGGCCAGTATGCTTAGGCTTTTTGTCAGAATGTGAAAACATCAAATTCTCCAAAATGGCTTGCCAAGCTTACGATAAAATGTCATGTTAGGTGTGGCACAATAGCTTAGTGGTTAGCATGTCGACATATGGTGCAGTAGCCCATCAGGGTGTCCCGGGGTGTCAGTTTGAATCCCGGCTCGAGGACATTTCTTAACCCTACCTCCCTGCAAGCAATTTTAGAGAATTTGATGTTTCCACATTCTGACAAAAAGCCTAAGCATACTGGCCGAGAAGCATTTCAAAGACGGTCTCCAAGTGAAATGACTTGCCTTAAAGAGCTTTTGACTTTAATCACTGTTTGTTGCCGTGGTAAAATGAAGCAGCTCTCTCTCCAAGTTCACTTCCTGTCTCATTATGGTCCGGTCTAATAAAGGCAAAAAGGCCAAAAATAAATCTTTAAAAAATGTCATGTTAGGTATCAGCAATAAAATGAAAAAACAACTGTCTCTTTAGTTTCATTTCTAAATGTTTGAATCACACAAAATCTGTAGAAACTCTGGTCAGAGCCCCTGCCCCAGAGAATCGTCAGTCAATAGTAATCGATGATTAGCTCCTGTACTAGAAGTCGGGGCTTCACCATATTGACCATTACACTTTTCCCCAATCAAATCTATAGGAGTGACACGTCTTGTGTACTCTTTGTTAAAGTCAAGCTGACTTCATACTACCTAAAATCCAACATTGGTACAAACTGAAGTGAAACTTGACAGGCTAGCCAGCTAATCCAGCTTCATGATACAGACATTCTGTTAGTGATTTGTTTTTGCTTGTGTTTTTTACTTGCAGCACATTTGAGCTTTCTCAGCCAACGTACAATACAGGCCATTTTAGTATAAATGTTTACCTTTTGAAAAGGTAACCTCACAGTCATAGTTCACGTACCTTTATATCTGAATGTCCAAAACTTGTAACACAAAAAAATAAAATTAAATATTTAATTAAATGAGGAAGTATAATATAACAGCTTTTTAAAAAACTTTTTTACTCTTTTTATTTATTTATTTATTTTTACCTGCCATGTCTTGCCATACTCAATCAAGGCTGCTCTTTTTAAACAAATAAACCTAACAGCAGTTTTATTAACTTAAATTGTCAGGATTGTTTCCAAAAACAGTCAACGGCTTCATGAATGGTCTCTTACGTTGTGGTGGAGAGTTCACTGTAGGGCACCGGTCAGGATCAGAGAAAGATGTTGATCCTCTGTCTCATCCGGTTTATTTATAG
Seq C2 exon
GGCGCTGGAGCTCCACCCCTTCTCGCTGAAGCCCCTCCTCCGGCGAGCGATGGCCTATGAGTCTCTGGAGCGCTACAGGAAAGCCTATGTGGATTACAAAACAGTGCTGCAGATTGACATCAGTGTGCAGGCCGCTCACGACAGTGTACACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000004017:ENSDART00000130537:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134141=TPR_11=FE(44.0=100)
A:
NA
C2:
PF134141=TPR_11=PD(8.0=11.5),PF0051523=TPR_1=WD(100=59.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]