HsaINT0157138 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000104450 | SPAG1
Description
sperm associated antigen 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11212]
Coordinates
chr8:100213819-100220431:+
Coord C1 exon
chr8:100213819-100213918
Coord A exon
chr8:100213919-100220278
Coord C2 exon
chr8:100220279-100220431
Length
6360 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAC
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
AATATTTTTGTCTTCTTTAGGGC
3' ss Score
11.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGTGAAATTGCAGATGATCTAAGTATCTTATATTCAAATAGAGCAGCATGTTACCTAAAAGAAGGAAACTGCAGTGGCTGCATTCAAGATTGTAACAG
Seq A exon
GTAAACTGCACGTTTTCAGGTTTGTCAAGAGATTGTTATAATTTCATTATGGTGAATGCAATATCCAAGATCCTAAATTTTCTGCCTAAGGATCTAATTTCTTAAGAGCTTTATGGTATGTTAATTGATTGATGCATAAAAATCATAAATTATCTTACGTATATGAAGAGAGTTATAGAAGATTGTGCAAACTTTTTTCATTTCCACTGCTACCGCCCTAATTCGTGCTCTTTTCATATCACTCCTAGACTACTGGAGAAGCCTGATAACTAATTCCAATCCACTGCGGCATCAGAATAACTTTCCTGAAACATTATTTTGTTCAGATTGTTTCCAACAGGCCTTTAATGGCTCAGTATTGGCTTCGAAATAACTGTAAACTTCTCTGTCACTACACTGCCTCCAAGCAAGTTTCTCCTTCCGTTTGGTCTACTGGACCACTTGCTTACTCTCGCCCACCTTGTTCTCTGAGCCCTTGCCCATGTTGCCCCTAATGGTGGTAATGCCCTTTGCACATCTTATCTTCTGAAGTTCTTGCTCAGCTGCCCCTTCTCTCTACCTTCTTGAGTGCCCTAGACTTCCTGGTCATCTGCAGGCCTGTAACACCTACACTGACACTCGGTCACACCTCTAAGTCCTGTTATCCACTGAAGGGGGTTTAAACACATCGAGGTTAGGAACCATGTCTTTTCTTTTTTAATAGACAAATAATCACTGTACATATTTATGGGGTACCGAGTGATGCTTCGATATATATGATGTGGCCAGGCACAGTGGCTCATGGCCAGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCATTTTGGCAGGCCAAGGTGGGTGGATTGCTTGAGGTCAGTTTGAGACCGTCCTGGCCAACATGATGAAAGCTAGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCCTGGTGGCATACCCTTGTAGTCTCAGCTACTCGGGAGGCTGAAGCAGGAAAATTGCTTGAACCTGGGAGGCAGATGTTGCAGTGAGCAGAGATGCCACCACTGCAGTCCAGCCTGGGCAACAGACAAGAGACTCTGTAAACTTTACTCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGAAACTATGTATCATTGTTAACTATAGTCATCCTACAGTGCTATAGAACACTAGAACATGTGCCTCCTATCTAGCTGTAATTTTATATCCTTTAACAAATCTCTGCCTGTCCCCCTCTTCCCCCTACCCTTTCCATCCTCTGGTGTCCTCTGAGGAACCCTGTCTTATACAGCTTCGTACCCCTCGAAGCATAATAGTCACCCGTGGTACTCAATAAGTTACCTGCCTGGATGGTAAATAGCTACATAAATAAAACATTGTTTTCCACCATGAAGTAATAAGAAGCCCTTTGGCAAGAAGCTACTATTAGTACATCTAAAAAAGAAGAAGTCATGTCCTAGTTTGACTAACACAGCTCTGGCTTACTCCTGTTGTCTCATATAACACTCTCAGAAACTCTAGTTTGAACAGTAAATTATGTGGACACTGTTTATAAGGTGAGTAATGTATTATTGTTTTCATTGGCTGTATCAGTTTATTTTGTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCGCCATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCACCCCATTCTCCTGCCTCAGCCTGGAGAGTAGCTGGGACTGCAGGCGCCCGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACAGTGTTAGCCAGAATGGCCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCCAGTTTATTGATATGGGTAAAGCTTGCTAGTATCTGTGCCTAAGTTTAAAAAGAAGGCCTTGAGGCACTTGAATTTTTTTGCCAGTTTTACATATTTAAATTTGAAGTGAATAATACTTATATTCTCTTTGGCCTGACATCAGACCGCATCCTCAGTTGTGCTGGCTCACACTCGCTAATCATTACATTTTTCAGGATTTTGTGAGCTGGTTGATGTCAAGTTGATATTTTGAAATCTGCCATGGTGGGATACCATTTAATACCATGAAATGAGCAAATGCCACAAATCTGGGCTTCCCACCCCTCCTTTTTTCTTTACCCAGAGAGCCAGTTGTTAAGGGCTTTTACCAGTGCTCCTAACAGACCAGACCATGTGAATTTGTTGGATACCAAGCCCGTGGTGATTTGCAGCCAACATCCTTTCAGCTCAACTGTCTGTTTCTAATCCATTACCCTTCAGACTTGTTTTAGGCCTTTCCACAGTGAGGGAGGTCAGGACACTTTAGTTAAAACTTGAGACCCCTAACATTAGAGCTGCTGCAAAAGAGTGGATTTGTGTTGTCCTTATCTGAGATCCTCTAAGGTGATTAACATTTACTGGCTAAAATTGGCTGTGTTTCAGTGTAGACAGAGGAGAAAGTCAAGTATGGGACTCCAGCCATGGTGTCCAGGGTGGCTAGAGTAGGGGCTTGTCCAAGGGGAGGGCAGGAGATGGCTCACCAGAGAGGGAAGTGGGCGTCGGTTTAGGTAGGTTGTGCTAACCTTAAGAGCTGTTTTCTAGGCAAGGAACCTGGCCTTGCTGGTTGGTGCTGACCTCCGTAGAGACCGACCTACTCAGATGTTTTCTTTGATAGCTGGCCTACCAGTCCCAGTGTAAGAGAAATGGAGATGAGGCCCAGCAGGGGGTGATTTTACACTAAAGCAGTGATTCTCAATCTTGTTTTAATGCCAGAGAAGCCACTCTGTGCTTTTGTGAACATCTTTTCAGCTCAAGTGACTATATTCAAACAGATTGCATACATGTTAAAGGGAGTTTTTGTGTTTTCATTTTGTTTTGTTTTAGTTTTTCAGTTAATTATCTTTGCTCTTTGGAGAGTTCCATGAGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACTGAGTCTTGCTCTGTCCCCGAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCAGCTCATTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTTGCTGGGATTACAGGCACTCACCACCGCACCTGGCTAATTTTTCATATTTTTTGTAGAGAAGGGGTTTCACCATGCTGCAGGCCAGGCTGGTCTTGAATTCCTGACCTCAAGTGATCCACCTGGTTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGGATGAGCCACTGTGCCTGGCCCAAAAGTTCTTATCACCAGATAAGTGGTATCAGGAGTCAAACACTGAGAAAGAAAAACAGGCAAAATTTAAAATAAGAGGAGAAAATTTTACCTATGAAAATAATTTTTAAATGTATTTTGGGAAAAACTACCATTTGATTTTAAATGTCTTACCTCTGAGGAGCATTGGTTGTTTTCCAGGGGTGTGTTTGGAGAGTGGCCATTTGGAGTGCAGAGTTGGGGTTGGGGGGGTGTTGAAGATCTTGAAGGTCTCTAAGCCTGGCCTCTCCCCTCACCACAGCATCTCCATGACTCTTTTAGACCTCCAGGTGAAACATGAAAAGGGGTTATGATGCTTCAGTTTGAAAGCCATCATTTTACAACTTTTAAAATACTCATAATTGTTTATAAGCTAAAATACTTCACTTTTCTCATCTATCAGAACCTTTTTGGTTTATCTAAACCACACCAAAAATCTTTTGGTGACTTTCCATTGAGGACATTTCAACAGACTAAATACAAATGAATGTTGCCTAGTAATTCTCTCCTTTTTCGTTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTATCACCCAGGTTGGAGTGCAATGGCATGATCTCTGCTCACTGCAGCCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTTGTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGCACCACCTAACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTTTTTTAGTAGAAACAGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGGTCTGCCAACCTTGGCCTCCCAAAGTTCTGGGATTACATACAGGCTTGAGCCACCGTGCCTGGCCAGTTCTCTGCTTTTTCTTATCTTTGCTACTCTCACAGTCTTGAAATTGGAAGATTTTTTAGGGTCTTAACTGTGTTACCTTGAATAGATAGCCTCTTTTGTAAGCTCTGCTTCAAAAGTTCTCTGTGCTTATTTTTATACATGGGTGGTTTTTTTCCTTAATGGAATTTCCATTCATAAGTTCATATTCATTTTCAGGATTGTAGTTAAAGAAATAAATTTACTGGGCAGAAAGTGCTAAAAATTAATACAGCATCTCATCAGTTTTAGATCCCAAGCTTGGCTTAAGGCCATCTTGAATAGATAAATGGCACCTTGGTCATTGGAAGTCTTCTGTGAAGTGAAGGTAGTCACATGGTTGTGACTCTGCTCATAGAGTTAATATTACCTAAACATTAAACTAAGCTAAATTTAAGGCAGTGGTACAGGTGACAGATCCTGATGCCCACAGATCTATTTTCTAGTGTTGAAATATGTTTACTTGATTTTAATTTTATATTTTAAATAACATTTACTGTTTTAAAAAACCACTTACCTATTATAGAAAACTTAAGAAAAAACTAGCACAGCACAAAGACTATCATTAAAATCACTCACAATCCTAACACCTAGGCAGAGTGAAATTGGTTATTTTTTCAGAGAAGTGAAGCAGATTAGGTTTAACAGCATTTCTAGAGTAACTTCTATGATATGCCAGAAGGGCTCCCACAAGTGCAGCTGAGTATCTGTATGATGTGGTCTGAGTGGCAAATGACTCAAGAGTTCCTTCATTTGCAGTGTTTGTATGTGTACTGCGGTAGGCAGAGTGTAGGCTTTTGAGGGCTCACAGAGAAGTTTGCTGAGTGCCTCTCATGACCCAGGTGATCTAGGACTGGGAATATAGTGGTGCTCAGGACAGGCAATGCCAATTGCCTTCCTGAAGCTCACATTAGAAAGAACTGACCTGTGGGCATGTCACTCCTCATGTTTCTGTTTCTTCACCCACATAATGAACATATTAATATTTACCTGACAGGTTTGTTGTGAGATTAGATGGGGAAGTCTACAGTGACTAGCACATAGCAGATACTCTGTCAATGTTTCCTCATTGCTGAATCATTGTAGACAGGAATAGACAGCAGATTTCTAAGAGTATCGGAAAAACAGCAAGTTAAAGAAAGCAGCCCTTGCTCATGCTTTCCTGGAAAGTTAAATACTTGTTATATTAACTGTTTATAGCATGAGTTGAAAGAATAAATCCACCATCTTCAATGTGGACAGTCTGGTGCAGATGTTAGTTAGGTTATATAGAAAGGAGGCTCTTCATAGGATCTCTGCATGGAGGACTTCTTTGCAGCTTCTGTTGATTTTGTTAAAACCAAGAGTACTATAGTTTTCATTCATAAATACAGATTTGTGATTCCTTAACCAAAGGCTCTGCGCTGCCTTTTGACTTAACATATTTTCAGTTTACCATGGGATTATTGGGACATAACCATATTGTAAATCGAGGATTATATGTACAGTTTTTTTATTGTTTTACTTCAGAATATAATGAAGTACGTTAAATGCTGAAGTAGCTTTAAACACTTCAAACAAAACCAAAAAACACAACCATGAGATACATCTTTAGTGATATTGGAAACACTTCATAGACTAAAACGTGCAAGATGAAAATTCATAACTTAGAAGAAATCATTGTAGGTTTAGTTCCTTGATTCCCCTTTGGTCTGTTTTTGAAGCCCTTTTGCAGCAAGTGAATCATAATGAACTAATAAGTTTTAGAGTGCCGATTTTCAAAATGTGATGCAACTTTTATGGTTCTGTACTTTATTATTAAATACATAGGTGCAAATAAGAATTTTCATTTTAATCTGTCAACGACAATCTGTTGAAACCCTGCTGTGTGCCTTGTGCCATGCTGCTCTGTTAGGGGACTGGGGAGGCCAGGACATGCTGCCAGGGAGCTCCCGGCTCAGTGGGAAAGAGTAAATGCAGAGTGCTTTGCTACTGGTTTAAAAGAAAGGAACACAAATATGATTGCTTTCTTACTCTGGGTTTGCCTTTCTGGCATGTTGCCTGGTTCCCAAGACGAAGTCTCGGATGTGTACATATTTGAGAGTTCAGTACTGCAGTATCTATTCAGTGAAGTATAAACGAAAGAGCATTTTTCAAAACAAATGGTATGTAATATTTTTGTCTTCTTTAG
Seq C2 exon
GGCTCTGGAACTTCATCCATTCTCTATGAAACCTCTTCTGAGGCGGGCGATGGCCTATGAAACTCTAGAGCAGTATGGGAAAGCTTATGTGGATTATAAAACAGTGTTGCAGATAGACTGTGGACTCCAGCTAGCAAATGACAGTGTTAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000104450:ENST00000388798:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134141=TPR_11=FE(43.4=100)
A:
NA
C2:
PF134141=TPR_11=PD(7.9=11.5),PF0051523=TPR_1=WD(100=57.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains