HsaINT0160946 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198648 | STK39
Description
serine/threonine kinase 39 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17717]
Coordinates
chr2:168129710-168138221:-
Coord C1 exon
chr2:168138088-168138221
Coord A exon
chr2:168129759-168138087
Coord C2 exon
chr2:168129710-168129758
Length
8329 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
ATTTATTATTGATCTTTCAGGCC
3' ss Score
8.5
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTAATGTTGACTTTGCAAAATGATCCACCCACTTTGGAAACAGGGGTAGAGGATAAAGAAATGATGAAAAAGTACGGCAAGTCCTTTAGAAAATTACTTTCACTGTGTCTTCAGAAAGATCCTTCCAAAAG
Seq A exon
GTAAGTGAAACTTAGTGGATGAGTTAATGACCTGGTTTGAGCCATGACAAAGCTTTGTTTGTAGATGGGGAAAGGCTTTGTGAGGACACTGGAAAGGTATTTCTTGTCTGGGAAACCCTGCTGTGGTCCCCAGATTTCCAACCTGTTAGTGAAAGACGGTGTGGGTCCAAGAGGGAAAGAAGTGGGTGAAGAACGAAGGAGAGGCAGAGGAAAAATTGTGGTGTTAACAAGATTCACTGTGCTTGTTAAGTGTGGGCTCTGTCATCAAAGGAAATGAAGTAAAACAGAAATCAAAAGAAATTGGCAGTGCTGCATTCAGAAGCTGAGCTAATATTCTTCACTGTGTAGGTTGAACTGACCTCTCAGGATTTGAATATCCTGCTAGCTCCAGTCTAAACTAGGCAGAGCTATTGAATTTTGCATGAGCTTCCTGTTAGTTGCAGAACAAGTTGTTGGTGCTGTTTAAAAGATTATCAGTAAAGAAGATTAAGGAGATTTTTTACCTTAAAAAGATTAATCATGTAAACAGAAGCAAATGGCTTTAAATTAACATTAGTGTTTCCTATTTATTCTTGGGTTATTGCCCTGCACTGTAGTGTGTCTGTTTTCTGAGTTCCTTTTCTTCCTTCTTAATTTCTGTGACTTTGAAATATCCTGGTTAGTGATCATGGAGCCCACTGTTCTTTGTCACCTAGAGGAGATTGTTAATTATGTGAATGGCCTTGCCTGGGTAAGGTCCCTTTGTGGGTTCTTGGTTGTATGTGGTGTTATCCTAGCATAGACCAGGAGAGGCCTCTGAGAAGTTCCTATCTATCCTAATCCACCTGAGGATCCAATTTGATCCTTATATTTTAAAACATAATAACTGACTTCTCTTCTGAAACTTTCTTTTTCAGGGAAGGACTCTGCTGTTAGAAATGATTCCTTTATTTTGATCTTAAATTTTTATGAAACTTGTTAAGCCTTTACACAGTAACTTACAGTTTGAGTAGGCAAGCCTTCTCTAGTTTAAACACAGTTTCCATAATTGTACCCATTCTTTGTAGCTGCTCACTTCATTCCTTTACATTTGCTGAATTTGCCTTGAATCTTTTCCATATCAATCACTTTTCTCATGGAGCCAGGAATGAAGACTGCTATTAGCCATCTTGAATTATTTATTGTAAAAGGGATGATTATTTTGTCATACCTGTGTACTATTTCTATGTAAACATCTCATTTGTTATTTATATTTGATTCATAGGGCTTGTTTTCCTTCCAAAATTTTTTAATCTTTCATTGAGATTATTTCTTCAACCTCCATTTGGGTGAAATGCTCTTAGATTCTAATTTTGTTTTCCAACATTTGCTTATCTTCCCCTTGAATTTGGTGTCATCTCCAGTAAAATTTTTTGACATCTTCAAGAAAACAGAATTTGATCCTTCATAGCCCAGCAAGAGAAGTTCTTGTCTTTCCAGTTAGTACTAGGTTATTATAGATGGTCTTCCTGATTCTTGAACGACAGTAATTGAGATTCCACCTAGTGGTTGTGATTTGTAATGTCACACAATTCCAGTTTTTTAAGAAAATTGTTCTGTAGGGTAGAATCGTTAGTGTACTTAATGATATAATAGTGTATTTCTTTAGGAGATTTGTATGTGATTTGGTCAAAACAAATTAGATTGACATACATTATATTTAACAAACCCTTTTTATTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCACTGGGCTAGAGTGCAGTGGCGCGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTACCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCACTCTCCCGAGTAGTTGGGACTACAGGCGTGTGTCACCACGCCAGGCTAATTTTTTTTGTATTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACTCTGTTGGCCAAGATGATCTCGATCTCCTGACCTCGTGATTCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCTACCGCACCCGGTCCATTTTTATTTCTTAATAATCTTGAAAGTCTTTCCGGATTTTATTCATTATATGAGCTTAAATATCAGGTTCCTTCTATTCCACCAAAAAAAAAAAAAATCCTTTAGAAGAGCGTCATATAACATATATTCAAAATCTTCAAATCTTTCCTTCAGAGACCACTCTCTTAAAAACACTGTTGATGTACAAAGTATTAATCTTTTAAGGTCTTCTTTTAGATATTTTCTCCGTAACTTAATTTGTTCTCACTATTGTGCAATTGTTCTCTATACCAAGCAGCTATAGACTGTTAGTGGCACATCACCTTCCCAGGTAGCTCTTTCTTATAATGAAAAGACACGTAGGTTGAGTTTGCGGGGGGAAAAATCTATGCAATGTAAGAATGGAAAAAAGCAACATTGTTGAATTACTTTTTAGATAGGATGCAATTTCAACATATGAATTCATGACTAATTTGATAAGTAAACATTGAATTTCCTGCACAATAATAAAAGAAACCAGGAATATTTTCTGCCTTTGCTTTTGTCATTGGAGAGTTCTTGCCCTTCCTCTGTCCCCTTTCTATCCCTCTTTTTGTGCTTGGTTCAGATGCCACATCCTCCTAGAGTTACATACCTGTGGGTGGGATTCCTAGCTCTACTTTATCAACATCTGCATGGCTTAGCTTTCTTGTCTGTACAGTGGGCCTTAAAATACCCACTTCATAGGATCGCTGTGAGGATGGGAAGAGAGAATGTGCTGTGGGCACTTCAAACTCATAGCACAGTGCCCAGGGAGTCTCTAAGTACTCACAAGATTAAGATTGCCATTCGTTATTTGCCTTTTTTTTTTTTCTGACCAAGTGGAGTTGTTGAAACTTTTATGCAATAACTACAGTATGTTGAAAATATGTCTTTTGTAGCACTTATTACACTGTGTACTCTTATTGATTTACACACCCCAATTCCTCAAAAGTTTATAAGTGTTTTTGGGAGAACCTGTGCCACTTATCCTTATATCCAGTGTCTGGTTTGTATTATATACTCAGTACCATTTCTTGAACAACTGGAGATTGGGAGCTTGCAATTTGGGGGTGATTTGGACCCGTTGAAGAATGTTTCATAAACAGAAATCAGATTTGAGTAGGTTGAAGAGTGAATGCAAAATTTTTGCCAATTTTTATTATTTCTCTTGCCTAAATGTAGATCATCTACCTGTAACCTGAAAGTTTACTGGTGCCAAAGCCCTGGTATTGCTGAGTACCTCATGAGCAATGAGTGAAAAAATATTGCGAGAAAACAGTGACCAGGACAGATTCACTCATATGCATCAACTCTCAGGCCGCTGAGAGTAGGCTGTGTTTTTTTGTCAACGATGAGAGCTCATGGGACTTTCCTCATAAAAGGGAGCTGGGGTGTTGCAGACCTTTGGTTCGTCTGAGTCTGTGTTCTGCATTGACGTAGACAGAGAGTTGCTTATATTTGCATACCAGAACATCTTGCTATTCCTTAAAAATAAAAGAGCCTTAATCTTGTAGACTACATGCTTTGTATGGCTAGCAACTGTAAAAAGAACCAACTTTTTTTTTTTTTTTTGCAACAAGGGGGATGATGTTGCATTGATAAATCCTTAAGAAAGGAATATGACTTGAATATTTCTTTTGTGGGGAGTGGTGTGGGGAGGAAAGCAGCTCTGCTTGAGGTCAAAGGGCTGTTGGAACTTATTAATGCAAATTGTTAGAACTATTTAAACTATATCATATTCATCTTGAATCTTTTGAAAATTATTTTAAGTCTCAGTGGACTTTGGTTCATCCATATGCATTAGCTGAATCCTTTAAGAGATTTTCTTCTGAGAATGTTGTTACTTGCAGACTGCTGCATTGTTTTTAAGGATTTAAAATTGAATCATTGTTCAAAGCCTGGACCATTATTTTGGTTGCTGGTAACATTTTAGCATTTCTCATAAAACTGTTTGTACTTACATTATGCTGAATTGTTTGATGTTTGCTAGTGGCCATGTAAGACGTGACTGTGCTTGCAGAATTTTCTTCTGTAGTACTCAGCTAAAAGGTAGGCTGTACTGGTGGTTCCACATTAGCCAGGCATTGGCAGTTGCTATGGCATAAAATAAAAATAGATAAATGAGAAAATAAAAACCAAAAAAACCCTAAAATCAAATGGGCAGCAGGACCTCAGCTTTTCTCACACTTCCTATCACTGTCTTCCCTCTGTCATTTTCTTTTTTTTTTAGACAGAGTCTCGCTTTGTCACCCAGGCTGGAGTGGAATGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCGCCATCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAACAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGTTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCTCCTGGCCCCTCTGTCATTTTCTTAATTTCTTCCAGTTCCATTCTTTCATTCTTTCTCATGGAGATAGTTTGGCATATGTAGGATTTTATCCCAAAGTGATAAACACTTCAGCTGATTTGAGCAAAGAGAAACCTCTAATCTGCTATTTAGTTATTCTCTGTGTAAAGTTGGAATTACCTATTACTTAACAATTAAGCCAATAAAAAAAGAAGGCGGGTTGTTTAAACCAATTCTATTTTGTTACCTTATTGTGTTTTTGTACTTACTGATGAAGGCTGAGAGTGGAGTGGAGTGCAGAGAAAGGAGTTTTCTTTGCAGCATGCTTTTCCCTTTTACATTTTTGGTTACCATGGCAATGACCTTGCTGGAGAAGGCAAAGTATTTTCCCAGCCCCGTATCTCAAGGTATCCCTGGTACTTCCCAGCTTTCTCTCTACAGCATCCTACACTTGACCCTTCCTGTGTGGGGAGGAGGATTTTTGGTGGGGGGATGGTGCAGAGGAGA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Seq C2 exon
GCCCACAGCAGCAGAACTTTTAAAATGCAAATTCTTCCAGAAAGCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198648:ENST00000355999:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.147 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(16.0=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PD(4.4=70.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains