RnoINT0145154 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000024808 | Stk39
Description
serine threonine kinase 39 [Source:RGD Symbol;Acc:621643]
Coordinates
chr3:54510123-54517109:-
Coord C1 exon
chr3:54516976-54517109
Coord A exon
chr3:54510172-54516975
Coord C2 exon
chr3:54510123-54510171
Length
6804 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGC
5' ss Score
9.55
3' ss Seq
ATTTATTATTGATCTTTCAGGCC
3' ss Score
8.5
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCTAATGTTGACTTTGCAAAATGACCCGCCCACTTTAGAAACCGGCGTAGAGGATAAAGAAATGATGAAAAAATACGGCAAGTCCTTCAGAAAGTTACTTTCACTGTGTCTCCAGAAAGATCCTTCCAAAAG
Seq A exon
GTATGCCACATCCAGAGTGGGATCCAGTGACCAGCTTTGAGTTTCCACAAAGCTATGTTTGTGGATGAGAAGAATCTACCTCGTTCTGGCGTCATCCTGTTAGCGGCAGAAAGCCCGAGTCTGCGGGGGAGAGAAACCAGTGTAGCACAAGGGGGAGGGGGCGAGGGCGAGGGCGGGGGCGGGAGGAGGGGGAGGGGGAGGAGGGAGGAAGAAGCCTGGGAGGTGGAGGAAGAATCGATCCTGCTTGCTCGGGGTAGGCGGGTAGGTGCAGTCACCGAGGAAAAGAGACAAAGCAGAGGTCAGAAGACTCTGACAGGGGTGAAGGAGGCCGAGCTTACATCACAGACTACACAGGTTGAGCTGACTTCCCAGGATAGGAACATCCGGCTAGCTCCAGTCTGAACCAGGCCGAGTTACTGCATTTTGCATGAGCTTCCTTTTAGTTGCAGAACAAGTTGTTTGTGCCTTTAACTGATTAGCAGCCGAGAAAAGTTTACTTAGAAAGATTAATCATGTAAGCGGAAGCAAATGGCTTTAAACCCAGTGTTTCCTCTGTATTCTTACCTTACTGCCCTGCACAGGAACAATTGTTTTTTGAATCTGTTTCTCCTTTTTAATCCTGTGACTTTGAAATAACCCTGACATTGACAGTGTAACCCAGAGACCTTTATCATCTAAAGGAGAGTTTTAGTGATGCAAACCAGTGGCAAGCCTACTCCTTATAGAAATTTGGCATCTCCCTAACAGACCTGACAGTCCTCTGTCTATCATAAGTCCACCCAAGATGCCGATTTTCTACTTAGATTTAATATAATTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTCTCTTCTGGAAGTCTCCCATTCAGGGATGGAACCTTGTTGTTAGAAGGCATTGCTTTATTCCAGTCATAAACTCTTCAATTTATTAAGCTTTTAAAACTTTTTTTTACAGCATGATGGTCAGTTAGGCCTCTCTAACTTAGAAGCAATCTTTCTGGTATTTTGTGACTATTTGCTATTGCAAGTTTTTAATTATTCCCAGCAAAAAGTCCTCAAATGCCCAACATTTCTCTTGTTCTTACGCTTGGTTTTCAGGGATTAGCTTTCCTCCAGTGATCTTTCCCTGGACTTACTTGCCACCCTCCTGTTGGCAACAGTGCTCTAGGATTTTAATTTTGTTTATCAGTTCCTGTTTACCCACTCTTTTTGGGGAGGGCATCATTGCTACAAAGAAAATTTTATATTACAGAGAACTGGTCGAACCTCGGCCCCTGGTGCTAGCTAGCCTGGCGTTTCTGCTCAGTTCTGTCTTCACAGACAGCCCTTAGCATTCTGGAACAAGGTGATGCTCCCCCTAGTGGCTATAACAAGTAATGCCACCCAACTCTGAAAATGGTTCCTCAGGGTAGACTAACATGTTAGTGTGATTAGTGACAGGTTAGTGATTTAGATTCCAGCGTAGTGTATTTAACAGACTTTTAAGCGTTTTCGATTCTTGGTAAACCTAAAGACCTTCCCAGTTTTATCCTCACGCTGTGCAAACTGTTCTCTATTAGAGAAGTTGTAGACCATTAGTGCCCCACCCACTCCCCAGAGGCTCTTTCCGTTAATAAAGAGACAGACATTGAAGATGGATGTGAGGAAAAACACAGGCAAACACAGGGACAGATCATCACGGATTGGGAGTGTGGGGAGAAGGGTGTTGTTGAGACAACATGTAACTTAGAACACAGCCAGTATGAAATACACAAATAAGCATTTATGCACATGACAAAGTTTTGAAATGGTGACATTTCCAGAACATTTTTACTCCCTCTGCTCTGTGCATGCAGTTTAAGGCTTTCTGCTTTCTGTCTGTTATTTTTTTCTTTCTGTAGTTTTTTAATATCGAATGGGATTCCGAGCTCTATTCTTTCTCATTCTCGTGACTTAATTTCCTTATCTATGTAATGGGTGTAGTAATTCTCGTTTCAAAGGATTCATCCGTTCTAAGGATGGGGTGGAATGACACCGGAGGGAAGCAGCACAGCCTGGGGCGGGCTCCTGAGCTCAGGAAACAGAGTATGCCTTCATCATTTTCCCCCACCCTAGCAGGGAGTCGCTGTCACTTTACATACTAGTCACAGTATGCTAATGCTGTCTCTTTCTAAAATCACTACCACACAGTATGCTTTTGTTGACTGACACAACAAATTGAGGTTTTTAGAAGGACACACTCTTCTTTCCATGTGGAGACTCATGGGAGTTTGCCATGTGGAGGTGATTTAAATCCTCTGAAGAGAGTTTCCGGAACAGAAACCAGGTTCAAGAGGCTTTCGGAGTTGAAGGGAAGCTGCTAATTCTTGTGTGTTTGTGTTGCCTGCGTTCGTTCGTCTCCCTGCAGTCTTAAGTGTAGCTGACAGGCAGGAAAGCCATTGCTGAGACGTGAGCAACCAGACACGGGCAGACACGGTGGCAGGGATGCCCAGGACAGATCTTCTCCTGTGCTCGCATGCTGACACATAGTTGAGGTGTAGGAGCCCTGTGCCCCATGGGAGTTTGTGCTTTGCATTCGCTCCAGCAGAGTTGCTTCTGTTTGCATAGAGGAATATGCTGTTATTTCCTAATAAAATGAGCCTTGACCTTATAGCTTACATATTCCTAAATGGCAGCAACCTCTAGAAAGAGTGAGCATTTACGTTGAGCACTAAGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCAGTGTTGCATAGGTAAATGTGTCAGAAATGAGATAGACTGGGATATTGCTCTGCCGAGGGAGGGTGGGAGGGCTGTGCAAAGCAATTCTGCCCCGGGTCAGTAAGCTGTTCAAATTTATTAAAGCACGTTGTTAGAACTGTTTAGAGTGTATAATACTCAACCCTGAATCCTCTGAGATTTGTTTTAGTCTCAGCGGACTTTGGCCCATCCATATGTATCTGAGGAATCTGGTGAGAGTTTTCTTCTGATAATATGGGCACTTGAATACTGCCTTGTTTTTATGGATTTCAGACTCCGTCATCATTTATGGCCTGGACAGTTTCAGGTGCTGGCAGCATTTTTAGCATCTCTTGTAAAAGAGTGTTTCCTGTCACGTTACCTGGACACTGCTATGTGATGGTTAGCAGGCACGTGAGAGGTGGCCGTGAAGATCCCTTGCTCCAGCAGAACTCAGTTAGAGGGCAGGCAGGGTTGATGACCTCGCAGAAAGCATTTTGTGGTTGTTTGTGTGAACCTGAGTTCAGATGGGCGGGCACCTCTGCCTGCCTCTCACTTTCCTTCCCCTCGTTTCTCCTGCTTTCCCATGCCCCTGCTTTCCCATGGAGGTAGCTTGCCAGATGTGTGGTTTTACTCTATAAAGCTACGAACACTTTGAGCTGACTTCAGTACAAACCAGTGACCTGCTGTTGAATTGTTCTCTGTGTTGAATTAGAGTGACCTGCCACTTAACAATTGTGTCTATTTTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAATGAGGACTTGTAAGCCACCCTTTTCCTTACTTTATGGTATCATTGTGATGAAGGGTAAGGGTGGAGTGGAGGGGGCAGGAAAAGATTTTCTCTGCAATATGCTTTCCCCTCCTTTATAGTTTTGGTTGCCATAGAAATGACCTTTCTCAAGAAAGGAAAGAATTTTCCCAGTACTGTTTCTCAAGGTCAGTCCAGCATTCCACAGCCTTCTCTCTACCTTGGTTTAACATTTGACCTTTGGAGTGCACAAGGAGCGTGAGGGGTTACTGGGGAAAGGGAAGATCATTTTGGGTGTGCAGCTCTGCACCTCTGCTGTCCCCCACTCTTTGTTTTGCTTTGCTAGTTCCAGCCTCGTTTTCAGCGCATTCCCTGCCCCCTCTGCTCTTCCTCACTGTGTTGAGCAGATGCTTTAGACTTCAGTGCTGGCTAAAGTTAGCTGCAGGAGTTACAGCCCTGGCTCAACTGTCTGCCAGCATTGCTTTCACTTCATGCTGGGCTGTGAGATTGAGCTACAGTAGTCTGCTGTCGTGTGCTGGGCACGGGGAATATAAAAATGATTGCTACCGGCTCTTTTGCCTTGGGGGTGCTTGTGACATGACAAAGTACAGCTCTCGGACAGGGATCGTAGATGGAGATGAATGGAGGAGGGGAGTGGGAAAAGCCCAGTTCCTAAGCTAGCAAGCAGCCGTTCCCAGCAAAGAGCCCTGCTCACGGAAGGTGGGAGAAGAGTGCCCAAAGGTGTTGACATCTGAATTGTTTCCTGACTTATGGGCAAGGTGTACCAGTTGGCTATGTGAAAGGCTGCTTTGAGTCAAGCACGGCATGCTTTGTCACGGTCTAACGAGGGACAGGTAAGAACCCCAACACAGTTGAAGGCAAACTTATGTGAGGTTGACAGAGATAACCTGTCTTTAGGATCATTGAGCTCGATTTGGTTTCTTCCAGGAGATGGCATCTCTGTGGGTAGGCAGCACAGGCCGATGGGCAAGACTGATATACAGCAAAATAGTAATCGATGGGTCATGTAAAATGGCTAATCTCCAAAATTCTTTGCTTTTAAAACAAGATGTAAACTCATGCATTTAATGAGTGTGCCAAGAGATATGGCTCTCCTGTTGTTTAGACCTTTATTTAAGCGAAGCAGGTATCAATTAGCAGCTGTTTTAGTGGATGCGTGACTCGGGCTTCTTTGAGAAGGACTTGTGACTACCACTCCTGAAATTTAAAGGAAAAAGCGGTGTAATAATAACAATCTGCCTTGTACGGAAATACAGATTTTGACCCTCAGACTAAGGCAGACAATGACACATCTCAGCAGTAGCTGCTGCCTAGCATTTTAGGCACAAGGACACTTTCTACCCTTGTACCCTCACCCCAGTATCTCTTTGTACTTTAGCTAGCCTGTGGAAATATTGATGTCCCATGATACTGTCTTCTCCCTTCTAATTTGCCATTATGAAAGATT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Seq C2 exon
GCCCACAGCAGCAGAACTTTTAAAATGCAAATTCTTCCAGAAAGCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000024808:ENSRNOT00000037133:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.156 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(16.0=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PD(4.4=70.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]