HsaINT0161120 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000165209 | STRBP
Description
spermatid perinuclear RNA binding protein [Source:HGNC Symbol;Acc:16462]
Coordinates
chr9:125923256-125932325:-
Coord C1 exon
chr9:125932181-125932325
Coord A exon
chr9:125923348-125932180
Coord C2 exon
chr9:125923256-125923347
Length
8833 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACAC
5' ss Score
5.99
3' ss Seq
TTATCCCATTTTACTGTTAGAAA
3' ss Score
4.79
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACTCACAGAAGAGAAATATCAAGTGGAACAATGTGTAAATGAGGCATCTATTATAATTCGGAATACAAAAGAGCCCACGCTAACTTTGAAGGTGATACTTACCTCACCTCTAATTAGGGACGAATTGGAGAAGAAGGATGGAG
Seq A exon
GTACACATGTATATATATATATATATATGTATATATTTGTTGTTGTTGTTTGTTTTCTTCATATAAAAGCTATGTTAACAATGTTTTATGGATTTAGGAAATAACAGCCTTCATTTGTTTTATGCCACTCTATTTAATAGTATTTTAAATGGCTTTGTTTCTACATAATCAGTATATTTTGCAAAAATGTATGAATTCAAAATATAAAATGTTATTTCAAAAACTTGTGCTTGTCTTGTTGGTTTTAACTCTGCTTTAATTTTTATACCATTTGCTGTTCTGTTTTACTTTGTCTAGTATTGCATTAAGTTATTGCTATCAGCCAACTTATTCTATGTATTTTGGCTTAATGGTCGGATTTCAGGATTAAATGTGGTCCAAAACAGAATTGTTTTCAAATTTACTCATTGCTCCAAAATTACTTGCATCCTGGTTGGGCATGGTCGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGTGTGGATTGCTTGAGGCCAGGAGTTCAAGACCAACCTGGCCAACTTGGCAAAACCCCGTCTCTACTGAAAATACAAAAAAATCAGCCAGGCGTGGTGGTGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGACATGAGAATTGCTTGAACCCAGGAAGCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCACAACACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCTGCCAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTATTTGCATCATATTGCTCTTGACTTCTAATAGCTGTATAATCTCATAAGATTTGTACATGTCTGTGTCTAGATTTGTTTTATAGTGTAAGGGATGTAAATTGGGGGACTGAATTTTTTTAATGGATAATGTTTAGTAAATTTTTTTTTAGGAGGTTTGTGACCCTGTTAACATTTTGAATATGATTTATGTGAGAATCATGCTTTAAACTAACTTTCTTCTGAAGTTAAGAAGAATTGCTGTCTGGCAGCGTCATCCTCATAAAAGTAGAGAAATGTATTCAGTTATTGGTAGTTTTGAGAAGTTCATGATGGAATTGTGGTGGGCTTCTTTTTCTGATGTTTTTATCCTGTCAAGTTAGCTTGTTTCTGCCTCTCATTCCCTAGAAACTTGCCAGGTGGTATTTCTCCTGTGTCAAACCTTTGACCAGCTGGCTACTCTGTCATGACAATTTAGAGGCATTGCAGCCTATCTGGGCCAGTGGGGACTCCCTGTTGCTATTTTTCATCACCAGACTTTCAACAAGTCCCATTGCTTACTCCCTTACCTGAAATACCAGTGCCGCAGTAAATATTGGTCAGTTTCTTAGTTTATTTCAACTTGGTGATAAGGGTAGAGAAAAAGGTACCAGTAAAGTTGGAGTTTTAATTTTTGAGAGACATGACTCATAGAATCACTTAAAGTAAAAGTGATAGACTCTTTTTAAAAAAATGCTTTTTGGGATAACTAAAATCATCTATATCATAACTCAACAGATATAAACCAGACACATTTATGAGTCATATTTTAAAATCAAAGGGCATCCAATCTATAATTGAGCTTATGCCTATGCATTAAAATTTTTTTGCTGTATGTAGTATCTATAGCACCTCTGAAGAACCAATCTTAAATGGCTTAATTTTTTTAACAGCTTTACAGTTCACCATTAACTGTAGAACTATAAAATGATTTCTGAAGTGTCAAGATAAATGTTAATTCTGGTAAGATGTGTTCTACTTGACCCTCTAGTATAAAACCAACCATTTCTAAGTAGTGTTGTAATTATAGGTATTATTAAAAATTATTTGAGTATAAGGAGATGAGAAAAAGACTGAAGTTGCCAAAGGCTAAGTTAATTACATGTTTGCTTGTATCTGTCAGCATCCCTTTCATTTTTTTTTTTTGAAAGTATTAAGGGAACATCAGTCATCTTTATTCCTTGGTTTTGTGTACTTATATGAGATTTTGTCATAGCTTTCAGTGATACCTTTAAACTTAGCCTGTTGCCTTTATAACTTTAACTTCTGTTTAGAGAAGCTGAAAACATTCTTAGTATATTGTACTCTTGCTAGAAACTATTATAGAATAGATTTTGTAATAAAGTAAGAGAGTCATAGTCTCTCTTCAAGGTGTTTGAGTTACTGAAGGATCCAAAGACCTCTATGAGCTGAATCTCATCAGCTGTTATATGGGATCAGGTAAGGTGAAGGAATCAGCTTTGATCTAATGTTTTACACATCTTACTTCCTTTTTTTTTTTTGAATGGCAGAAAGATTTGCTTTGCTGTTGTCCTTAACATCCCAGCCCTGTTGACTCACTTGATATCTTTTATAATTTGCTCGTTTTTTCTAACTTGGGCTTTGTCAAAGACAATTTTTGATTTTTGTTACTGGTTTGTGTATTCCTGGGCAACTTGGAGGATCTGGTCTATAATTACGCACTTCAGACCTGGGCTGTACGATTCTGTTTTCTCACACTAGACAGCTGCTCATCCCCTTGATGCAGTTCTTTTCAGCTGCATGGGATAAAAGCACAAGATTCATTCAGGTCCCAGGAATTTGTGGGGCTGAAAGTTACCCTTTTTTCTCCTAATTTATACTTTTTTTTTTCTCAAAGTTAAAAAAAAATCCATTGTAACTTTTTTCTTGGAGACATTTTCCTGTAGTATCTCAACTTTCCTTCACCTACCCCCACCCAAACAAACTGTTCACAATACATACACACCTCACATCTTTCTTTTTTCTGTCTTAACTTGCCACATATTTGGGTAAAATCTAAAAAAGGAAGAAAAAAAAAAGAGTGGTTGAGAGCAGACAGAACCAGAGGACTGGGGCATGAAACTTATTTCCTCAGGATTGTGCAATGGATCTAACTACCTACTCCTTTCAAATCACGATTTACATTTTAAATTGCCATAATACAGAGTGAATCTCTTTGGTATTGTTTACTGTTTCATAGGTAAGTTTCCTCCTATGTTTTCCGTTGTCTTTCTGTATTCTAACCCTTTACTTGAACGCCCTGTAGAATAACCATATCCCCATTACTACGTTTCCTGCTAATGAAGGCATAGAAGCACAGATCTTGGTGTGCAGCAGTCTTTCGTTTGGCTTGTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGCTGGAGACAGTCTTGCTTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCGTGCCTCAGCCCCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCACCATGACCGGCTAATTTTTTGTATTTTAGTAGAGATGAGGTTTTGCTATGTTGCCCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGAGCTCAGGCAATTTGCCCGCCTCGGCCTCCCAAACTGCTAGGTGTGAGCCAGTGCCCCTGGCCTTATTTGACTCTTAACTCCATTAGTTGCTATTGCTGTGTGACCTTGGGTAGGTTTCCTCGTTTTAAATTGTGGATTATAAATACCTTAGAAAGTTGTTTTAAGTGAGAGAATTTATGTAATGTGACTTGTACAATAACTGGCACAAAGTAGTTGCTCAGTAAATAGTAGTAGTCAACTTATTGAATGCACCTACTCAAACTGCCGTAACAGTGAAAATAATGTGCACATGGTAGGTCAAAAGAAGTCAACCCAAGCACAGTTAAACTCTTAAACACCCAGTGATGTATAGTATTAGAATCAGTATACTGATTTATGCAGTGCTAATAATAAAAACCTGGTATATTGTATAGCTTATAATTCAGGTGTCTTTTTGCCTGTCCTTTATCCTTAGCACCTCTAAGGGTACCTAATACGTAGTAGATGATTTTTTAAAAAGCCCTATAAATCTGTTAAGTGAATTAACATAGTCAGCATATTGTCTGATTAAATAGGACTCTCCAGTGTGTAAGAAGTATTAATGGGCATCTCATAGCTCAAGTAATATATATTGAAGATTAATCTCTGTTAAGATATTTTTATAACCTACCATGTGATAAGCACTTCCTCACATATGGTTTATTTTAAAAGCCCTCACATGGCCCTATGGGGTAGCTAATTGCCATTTTATAAATGAGGAAAATCTCACATTTTACCCAGCTCTCCTGACTCTACGTCTAGTATGCAGGCCACTTCCCATTATTGTCTAGGATTACTGCATGAGTGGTTAGGCTGATCTGGTCATTCTGAGCTTCACACAGAGTCTCAATTTCTTTTGGTGCTTGTGATTTTAAATTAGAAATATATTTGCTATTGAAGGGGGTGATAAATTATCTGCTTATTTATAATGCAGTTTGAAACCAGGTGGATAAGGAAACTACAGAGACACTTGTGGCTTAGACTAAGAGACACCTCTCTCCTCAGTACTGGGGTGGATTTTCAGGGACTGTCAGAGAAGTTGCCTCAGAGTCCCTTCATATTGGTGCCAGTGTGAACTCGCCCTTCTTGGCAGAAATTCACTAGCATGTGTCTTGCTAGGGTCAAGGCAGTAGGTTTTACAGTACAGCCATCACAGCTGTGATAATGATGGGCTTTATTTTCCTGCCTTCCCTAGTTTCTGGATCTACGTTATCCAGGGCAAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTCTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAATGTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTGGGACTGCAGGCACTGGCCACCACACCCAGCTAATTTTTATGTTTTCAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGGCCAGGATGATCTCGATCTCTTGACCTTGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCCCGGTCAATCCAGGGCAAACTTTTAGGCACTGTCTTTCCAGTGGCAGACTGCCACTGAAGAAAAGTCATACCGAGTGACATTAGTCACATAAATTAGGAGAACAG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Seq C2 exon
AAAATGTTTCGATGAAAGATCCTCCGGACTTATTGGACAGGCAGAAATGCCTGAACGCCTTGGCGTCTCTTCGACATGCCAAATGGTTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000165209-STRBP:NM_001171137:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.070 A=NA C2=0.194
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=FE(19.4=100)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=FE(12.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)