DreINT0157735 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000021455 | strbp
Description
spermatid perinuclear RNA binding protein [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030729-18]
Coordinates
chr10:9914924-9926209:-
Coord C1 exon
chr10:9926065-9926209
Coord A exon
chr10:9915016-9926064
Coord C2 exon
chr10:9914924-9915015
Length
11049 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTTGC
5' ss Score
5.42
3' ss Seq
CCCGTTCTTCTCACCGATAGAGA
3' ss Score
7.37
Exon sequences
Seq C1 exon
AAGCTGACGGAGGAGAAGTATGAGGTACAGCAGTGTATTCCTGAGGCCGCCATCTTAGTCTGCACCACAACAGAACCCAAGCTCACGCTGAAGGTGACGCTCACCTCTCCGCAGTTTAAAGACGACTGTGAGACCGAGGAGCAAG
Seq A exon
GTTTGCGGTTTCTGTCTTTTCTTTTTTTTTCTTAGCAGGAGGTGAGGGGAGGGATGGATGAACGTGTCTGTGTGTGCATTTTTTTGTGGTGGTCCATTAGTAGAGCAAGCTTTAATCTCCTTTTTTTAACTCTGCATTCAGAACTCTCTCAGGGACATTCAGACAAAGCTCACATACACACACCACTGGACTCATCTCATAGTCAAAACACACACACACAGAAAGAAAGCTGATTCAGCAGCAGGTTGAATGGTCTGCGGTCTGTCAGACTCTTGACCCGCAGGGCCGCTAACGGGACGAGTGTAAAAGAGTGGACACAAAGAGATAAAAGACACACAACTCCCTCAAAGAAAACATGAAATGCTGTTCGCTAATGAAATGGGACGTTACAGGGTGAAACCGAATATTTAGTCTTGAACAAGGTAGAGCAGGACTGTTTTTGCGTTATGTCATCCATATTGCTATCGGTCTGCACAGAAAGAGCAGCCCAGTGCCTTTTGGGTGTAATTCCATTGGCATGTGGCTGGTGTTTTCATGTCTTTCATCTCTGTTAGAGGGATACCCGATCATTAGGAAGAGTGCTGTCATTATTAGGCATACAGGATATATTGGTGACCATATTAGTTCTGGCTAGTAATTGTTTATTTTTACTGTTGTCTTTATTGGCCCGGTATAGTAAAGCAGATAAAATATGGATTTTACATTTCGCACGTCGAACACAGAAGAATCACACTTTACAAATGTTAAGGGTAGTGGACAAGACAAGATGTTGGCAGTGTGGGAGTTCATCAGTAAGGAAAAAAAATTGGATACTTTACGATTACAATTTGCTAATGGTTTTGCTGTAGTTAAGGTTTTAAATTAAAAATCCATTTACAGCGGGATGTACAGAGTGTAGAAATTTTCTGTGGATCTTGTCTATCTATTCTGATCTTTAATTTGTATTTTATGTTGAGCTTAAGTCAGGTGATTGGCTGGGCCATTCTGCAACTTGATTTTTTTCCTCTGAAAGCATTTGAGAGTTTCCTTGGCTGTATTTTGGATCACTGTCTTGCTAAAATGTCCCTCCTGGATTCATCGTAATCATCCTGGGAATGTAGATGTTGAACTGAGGCAGCTAATATTCATTTACAATAAGGAAGGGCAGAGGGTTGTTGAAGAATTACTGAGATTTCAGCTGCTGTCTGGGCTTTCACTGCCTTTTTACACCCCTCTTTCTTCATGTGTTTAATACTTTTCCCCTGTGTCATTTCATTATATTGCACACAACTTAATTTGTAAGCTAATTAGATTTGTTTTCTTTGCATATATGGATTTCTTTGGTTGTTGCCAACATTCAGGGAAAATTTCAAGTCAACAGCACCTTTAGAAATATGTTTTCTGAGAAAAATGGCGACATATTTTTCCCCACTGTATATTAATTGGCCTCTTCCCCTCTTTTCAACTCTATGTATAGTTGAAGGCATTCTTATTACCCTTCCTGTGAAATTGTAAGTTTTTCAACACACTTGTAAACAAACTGTAATAGTCGAATTTCGAACAATTTCTAATTCTTAATTATTTTGTCTTTTCTATGACATCACAGTGCACACTATTTCACTAAATATATTACAAGATACTAGTATTCAGCTTAAAGTGGAATTTAAAATCTTAACTAGGTTATTTAGGTTAACTTGGGAAATTAGCACTGCAGTGGTTCGTTCTGTAGCCAATTGGGAAAAAAATTAAAATATTATAGTATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAATATTTATATATAATGTAAACGAGCTAATAATATTGACCTTTGAAATTGTAAGACTTAAAAAAAAGAGATATAAATCTACTTTTATTCCAGCAAAACTAAAAGGATTAAAACTTCTGCCCAATCCCAATTCTACCCCTTAGCCCTTACCCTTACCCCTACTACCCCTCTTTGTGCGTTCATGTGAAGGGGTGTCCCAATTATCTTTAGGTTAAAGGTGTTGGGCTTAGGGGAAGGGTTAGATAGCCCTTGAAATGGAGATTTCTTAGGAGCAAACTCGAAACCAAGGGGTAAGAACATTTCCCAGAATACACCAGCCACAACGGCAAAATGGCTGCACACTAAAATCAGGATGATGCCCAAGTTAGTATTTTTTTGTCATTTTTATGAATTTTAACAACAAACAAGCACATGTTTTAATACATTCATAACCGCGTTCGTGTTTTACTGTCATGCTTTAAAAAAACGCTAAATTTCAGTATCTATAATCCATAATAATAACTTTTGTATAGTTGTCCCACAACATTGTCACTCGATGACACTCGAATACCCTTATGAAATAAGTCTAGTAGCTGAGAATGACCTTTTTATCTTTTTTTTACCTTTTTTTGAGAATGACCTCTGCTATAAGGTTAATATTGTTTTCATGTGTTTATGAATATGGCCACAGTGTAAATGCACAGTACATGATCTTATTGCCAAATTATATTGATATAGTAACACCATCGTCGATCTCATATAAAGCAAGAGATTGTGATGACATATGATGATGTGTGCAGGTGCTGTAGTGCTGTCCCTTATCTAAATTTGAAGCCCTTCCCCTTCACACTCTGTTTCGAGGGTCAAGGGAAATGGGTAGGGGTATAAAATAGAATTGGGACTGGGCCTTTCTCTAGAAGAAGAGAAAAAGGGAAAATCTCTAAACATTTCTTTGCTCTTTTAAAAAGCACTTGGGAAAATTCTAAAATTAAAACAATTTAGACAAGAGGGCTATAAATGTTGCCTTCAGGGGAATAGGCTATCACTATCTGAATATAAGAGGTTACCAGTATTGGCTAACCTTTCCATATTAGTGCATACCTAGTCAATATTTTCTCACTTTCTTGTCATTTTAAACACTCTGCAAGACAGAGTAGTCCATACTGTGAAAGTCAGTGGGGTGCAAAGTTACATTGGACCTTGATGATTGCAATTGCATTGACAAAGTGACACTTTTTGGATTACTGTAGTTTCTTTGCATCCCACAGAAGAAGGCAAGTCATACAGGTTTAGAACGACATAAAGGTGAGTGAATAGCAGAATTGTACTGTATGTTGTTTTTGTTATGGTGAAATATCTCTAGTTCACTCTTGCTCAGGTTTTAAAGTCTCTTTTGATATGCATCAAGTCTGATAGCAATTAGAGTTGGTTATCGCTGATGGAGAAGCACTTGAGCGCTAAGCACATGAGTAGAGTCAGGGTGGCAGTCTGTTATTAGAGTTTTTGGTGCCATGACCCGTGACTGACCGTTTTGACAGCTGAATTGGTTTGTATCTTAAAAGGATGGCATTTAGGCAATAACAATTAGAGCTGCGATGATGTAAAATGTGTTTCTTTCGCTGTCTTTCCTTCATACACACACCTTTTGCCTAACACACACACCCTTGTACATTCTGTGGCTCTATGCAGATATGCAAATGCTTTGCCAGTGATTTGGAAGGCTGCAGATCTTTGTATATGCTTGAGTGCGCGTCTGTGGCAGTAGCAAGACTCAATACTGGAGAGGGTGTAGATGTGCTAATATATGGGTCACTATGCAGATTTCTAAAGTATTTTAAAAAATAATTTGTCCTTAAATAGATAAAAATGGAAGAGGAAAATCAATCTCAGGAAGTAAATGTTGCCCGTAAAAGACGTGAATGCAAGAAAAGTTTTTTGATGTAATGTGCGGTAGAAATCTGCACGGGACAATTTTTTAATCCCACTCCAGCCCACTTCTGCAAGGTTTTATACTGCACCCGACCTCTCCGCCTTATTTTAGCTTTTGTTTACTCAACCCGCCCAGTTTTCTACCCGACCCAACCATTTCTGCTAAATTTAGATCTGGTTTCCAAAATCTCACGTTTAAATTGGGCACTACCAAAAGAGAGAAATAACAGACAAAACTGTATGTTGTGCAAGGATTGTAGGCTAAATGTCAGTTTTGGCCCTTTGTGGGTCCAAAATAGACATTTAGCCTACAATCCTTGCACAGCATAAATGCGCTGTAAACCTGAAAAAGTATGAGTAAATCACAGATATGCTGTTCCAAATTAACGTCGGCACTCAGGAGTGCTATATTGTTAGACTGCCCGCTCCTGTTCAAATTACACCAGAATAACCGACCACTACTGTGTTTTATCCAACAATTTATGGAGCTGCTCCTTTGAGGAGCTTTTAGCCGAATTCAGTACTGAACTGGGATTTTGGAAGTTCTCCTTTGTCAAATGCTTGCTATATATATTTTTATAATTCTCTAGAACATAATTAACATTAAACTGTAAGCACTTCTCTCTTTGTGTCGTGTCCATTGGAAGCCTAAATAAAGAAACAGAACAAGCTCTGTGGAAACAGCAGCATTTGGATGGCATCATTTATAGCACCTCTGGCCACATCCTTTTGCTGTGCAGGGTGTATCCACATGATAAAAGCATGTAACCGGAAGCCCTTGTGATCTCACTAGCCCTGATGTATTTTTCAGCTCAGCTCAGACAACAGACAGAAATAAAGGAAGAAGATCTCACATAGCTGATGAAGTAAATCTGAAGTAAATTGCTGTAATTCATTACACACATGCACTGTTTTAAAGTATTTTAAACTCACTCTTGATCACATTTGATGATGATTAATGATCCTAGCAAACTGAACATACCTTTATTCTCTGGTGCTTTGCGCACGTTGATGTGATTATGCACATGACTACCCGGACATGTTAATACGCAGCTGTTAATCAATATTGGTGGGCGGGGGGACCGCACTCCTACGTCAAGTTGCGGTCAGCCTGAAAACTGCTCCAATTGATCCACAGTTTTAATTGTTGTTAAATTGAAAAAAAAATGACTGGGTGTGTTTATATCACCCTAATAGGACGGTCTTAACACTATATCTACACGTATGTCTGTCCAAACTGCTTGAAAAGTAGAT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Seq C2 exon
AGAGCGTTGAGTCGAGCGAGCCGGCGGACCTGTTGGATAGACAGAGGTGCCTGGTGGCGTTGGCCTCTCTGCGACATGCCAAATGGTTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000021455:ENSDART00000129151:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.101 A=NA C2=0.161
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=FE(19.4=100)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=FE(12.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]