BtaINT0142754 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021921 | STRBP
Description
Bos taurus spermatid perinuclear RNA binding protein (STRBP), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001075739]
Coordinates
chr11:94322281-94330126:-
Coord C1 exon
chr11:94329982-94330126
Coord A exon
chr11:94322373-94329981
Coord C2 exon
chr11:94322281-94322372
Length
7609 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACAC
5' ss Score
5.99
3' ss Seq
TTATTCCATTTTCCCATTAGAAA
3' ss Score
7.21
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACTCACAGAAGAGAAATATCAAGTGGAACAATGTGTAGATGAGGCATCTATTATAATTCGGAATACAAAAGAACCCACGCTAACTTTGAAGGTGATACTTACTTCCCCTCTAATTAGAGACGAATTGGAGAAGAAGGACGGAG
Seq A exon
GTACACATGTGTATATATATGTATATGTATATATAGAGAGACATAGATGTGTATATATAAATACATATTTGTTTTGTTCACATAAGACCTCTCTTAAATGCTGCACTAATTATGTTCAGTGGATTTAAGAAATAATCTGTCTTTTGTTTTTTGCCAGAGTATTTTAAGCAGATTTATTCCTATACAATCTCTGTATTTTGCAAAAATGTTTATATTCAAAATGTTTATATTCAACCTAAAATATGTTAATTCAGAAAAACCTGTGCTTATGTTGGTTTTAAATCCACTTTAATTTTTATACTGTTTCGGTGTTCTGTTTTACTTTGTCTAGTTTTGCATTGCTATTGGTATCAGCTAACCTGTTCTGGGTAGCTTGGTTATTAGGTCTGATTTTAGGGTTAAATGTGGTTCAAAACAGTACTGTTTTCAATTTTACATGTAGTAACTCCGAAACTTTTTAAGAATTATGCTTTAATTGCCTAAGTGTTTTGTAATGTAAGAGAGATAAATTAGGGGGCTTTTTATTTTTTTTTAAAATAATCTTTAGTAAAAATTTTTTTCTAGGAGGTGTGTGATCCTTTTAACATTTAGGATTTTATATATGTGGGAATTTTAATCTGACTTTCTTCTGAAGTTAAAAAGAATTTCTGCATAGCAATGCCGTCAAATAAAAGTGGAGTGAGAAATCTATTCCGTTTTAAGAAGTACTTTTGGAGCTGGATTTCTTTTTAAATATTTTTATCCTTTCACATCAGCTTGTTTCTGCCTCTTAGTCCTGTCTCTAGAAACTTGCCGTGTGCTATTTCTCCTGTGTCAGACCCTTGACCAACTGGCCTCTCTGTTATGACAGTTTAGAGGCAGTGTGGCCTAACTGGGCCATCAAGGACTCCCTGTTGCTGTTTTTCATCACTAGATATTCAGCAAGTTCCATTGTTTACTCCCCTACCTGAAATACCAGTGCAGCAAGAAGTATTGGTCAGTTTCTTAATTTATTTCAAGTTGACGATAAAGGAAGAAAAAGACACATTTTATCAGAGATGTTAGAATTTCAAGTTTTGAAGGCATGACTCATAGGATTTCTTAAAGTAAAAGTGATAGACTTCCTTTTTAAAGAAGTCCTTTGGGTACTAAAACCAGCTATACCATACCCAACAGATAGAAACTAGGTGCATTTATGAATCATAGTTTAAAATTAAAGTACATCCACTCTGTAATTGGGTTTATCCCTGTACTTTTTCTTTTGGGCTGTATATAGTATCTCTAACACCTCTGAAGAACCAATCTTAAATGGCTTAATTTCTTTAACAGCATTACAGTTCACCATTAACTGTAGAACTATAAAATGATTTCTGAAGTATCAAGATAATTCTGTTAATTCTGGTAAGCTGTGTTCTATTTGACCCTCTAGTGTAAAACTAACCATTTCTAAGTATAGTTATAGATATTATTAAAAATTATTTGAGTATAGAGAGATGAGAAGATGACTGAAGTTGCCAGAGGCTAAATTTGTCTAGATTTGAAGTTGCCAAAGACTAAATAATGTTTGCTTGCAGCTGGAGACATCTCTCCCATTACTTTGAAAGCATTGAGAACAACAGGCTTCTTTCCCTCCATGGTTTTGTGCACTTACATGGGATTTTATGGTTTCAGTGATAACTCTAAGCTTAGTCTGTTGCCTTTATTACTAGGTTCAGAGGACCTGAAAACAGATCTTAGTATGTTATACCCTTACTAGAAGACTAGTTATTGCAGAATGGAATTTGCAGTGGAGTAGGGGAGTCATAGTCTGTTCAAGGTGTTCAGGTTATTAAAGGATTGCAAGACCTCTTTATAAGCTCAATCTCATCAGCTGATGTTAACATAATTGCGTGGGATCAGATAAGATGAAAGAATCAGCTTGAATCTAATTTTTTACACGTTACTTCCTCTCCTTTTGAATGGCAGCAAGATTTGCTTTGCTGTTTTCCTTAACCTTACAGCCCTGCCCACTCACCTGTTATCTCTCATAATTTGCTCGTTTTGTCTAATTTAGACTTTGTCGAAATTTTTAGATCTGTGCTAGCAGTTTTGTGTGTTATTGGGTAACTGAGGATCCAGTGTAAGTGTTTAAGACCTGAGCTGTACAGTTCTATAGGATTTCTTTCATCCCACCAGATAACTCCTCTTGCCTTGATGCAGTTCTTTTCAGCTGCATGGGGTCAAAGTACAGATTCATTTGGGTTCCAGGAATTTCTAAGTTTGAGAGAAATCTCTTTAAAAAAATATGCACTCATTTTCTTTCTCAAAGTTTAAAAAAATTCGCGTTGTAAATACTTTTTGGGGAGAGATTTTCCTGCAGAATATCAACTTCTCTTCTCCCACAGAACAAACCGGCTGTTCACAGTATATACCTCATGTGTTTCCCTTTCCTTGGGACATATTTGGGTAAAATCAAAAAGGAAAAATGTCTGAGAGCAGGCAGAACTGGAGGACTGAATCTGGTGAGAGCACCACACTTTTCTTCTCAGTGTGTTTCTGCAGAAGTGGCTCTAGCTAATTACTCATTTCCTATTGCTGTTTGGATTTTCAGTGGCCAGACTATAGTGAATTTCTTTGGTATTATTTACTGTTTCACAGGTAAGAGTCCTCCTGTGCTGTCAGCCTTCTTTCTATATTCTAACCCTTTACTTGAAGGCCCTGTAGAATAACCATTCCCTATAACTATATGGGGCTTCTCAGGTGGCGCTAATGGTAAAGAACCTCCTGCCAATGCAGGAGACACATAAGAGACGTGAGTTAGATCCCTGGGTCGGGAACATCCTCTGGAGGAGGGCATGGCAACCTACTCAGTATTCTTGCCTAGAGAATCCCGTGGACAGAGGACTTTGGCAGGCTACAGTCCTTGGAGTCCCGAAGAATCACACACACTGAAGTGACCTAACATGCACACATACATGCATTACTACATGCTTCCTGCTAAAGAAGGCATAGCAAAAAGAACACAGACCTTGGTGGCAGCCAAGTGTTTGACCCTTAACTCCATTAACTGTTACTGTGTGCCTTGGACATATGTCTTCACTTCAAAATGTGGGTAATGAATACTTTAGAAGTTGTTTGAGAGAATTTATGTAATAATATGACCTGTATAATACCCAGCACAAAGTGATTGATTAGTAAACAGTGGTAGTTAGTTTAGTAAACAAAAAGTCACAGCACAAACTCATCTACTCAAAGTGCCTTGAATTTACAGTGAGAATAATGTGTAATAATAGGTTTGAAGTAGTAAACATAAACAGAGTTAAACTGTTAAATACCCATTGATGTGTAGTACTGAAATCAGTATACTGTATTTGCTGCAGTGCTAGTAATGAGCTGACTTACTATTAATGTAAAGTTTATGGTTCATTGAGACAGATGTCTTTTTCCCTACCCATGTCCTTTATCCATAGCACCTTGAGTGGTACCTAATACTTAGAAGGCAATTAAAACCTGTTAAATTAATTTTTGTAGCTAGCATATTATCTGATCAAATAGAACTGTTTGGTGTGTAAGAAGCATTAACAATGGACATCTCAGAATTCAAGTAATATATATATATTAAAGATTTTGCTTTGCTAAGGTATTTTATAACTTACTGTGTTATAAGCACTTTCTCATATATGATTTAACTCTCAATAGCTATGAGGTGAAGAAGGCAATGGCACCCCATTCCAGTACTTTTGCCTGGGAAATCCCATGGACAGAGGAGCCTGGTAGGCTACAGTCCATGGGGTCGCAAACAGTCGGACACGACTGAGTGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCATGCATTGGGGAAGGAAATGACAACCCACTCCAGTGTTCATGCCTGGAAAATCCCAGGGACAGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCGCACAGAGTCGGACACTACTGAAGCGACTTAGCAGCAGCAGCAGCTATGAGGTAGATAGTTGTCCTGTTTTATAATGAAGAAAGTCTGATGTTTCACCCATCTCTTCTGACTCTCAAGTCCAGTTACTATATAGGATGATCGTAGGAGATCTTAGCTGATTTAGTTTTTCTGAGCGTCCCATGGTCCAAGCTGCTTTTGGTGCTTGTGATTTTAAACCAGAAGTATATTTGCTGAGGGTGATAAATCCATCTGCTTACTGTATTTACCATACTTTGAAACCAAGTGGATAGGGAAACTTCAAAGGCACTTGTGATAACTTAGACTGAGATAAACTGCAGTGCTCAATATTAGGGGAGATTCTCAGGGTGTCACAAAAAAGTTGCCCAAGCGCCCCTTAGTTGCCAGTGTGAACTTCCAGTGCGGTTTGTCAGAAGTTCACTAGTGTGAGTCCTGTTAGGTGGAGGCCTAGTCCAAAGGTCACAACGAGGATTTCTAACAATGCTGCAGTTTTATTCTCCTGCCTTCCCCAGCTGCTTGACTTGCCTTGTCCTGTGTAAACCTGTAGCCACTATCTTTCCAGTGGCCCACTGCCTACTGAGGCATTGCAGAAAAGTCATATCTAGTGATGTTTCTGTCATAAACTAGGATAACAGTGCTCTGTTTTACCTTCATGCTACATTTACCTGTTCATATTATTGTAGCCTGAGGTTTCTCATGGATAGTGACTTGAAGCATAATGTCTGCTCTTCACACAGCCTCAAGGAATTGAGAGAAGGACTGCTCGGATCTCTTCAGGCTACCTTGGAGATTCTGTCAGTATGCACTCAGTAGCTCAGCTTCATTCCAACTTTGAAATGTCAGGGAGGTCTTCATGATAACCCAGCTTGATTGTTTTATCTTTGAAGAACTCAGGTTCCAGACACATAAATTCTATTTAACACAATCATGTTCTGGCTTTTCCCTGCCCCATCTGCAGGCTAGTGTTTTTGTGAACAGGCAGAGTTAGCTTGCATGTAAGGGATGGAGAGAAACTGACCAACATTTCCTGCAGGACGGTGTGTTTCTGAAGGTCACAGATCTAACCCCTAACCAAATAAAAGTTAGGCATAATAGACTTCCTTTCAGTGCTTCCATTGTTTAGATGTTTTATGTACCTTCGTGCTCTGATGCCAGGTTATTGAGCAGTGAATTTTTTAAAAGCTGTTTTTCTTTGCTTTTGGCATTTTTGTTACTATCCCCTATGTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATCTGTTATACTGGTCACTATAGGAAAAAAATGAAATGGTTCATAGTTCCATTGTTTCTGATTTAAAGACACCAAGATACCTTTTTTACTAGAAAAGCTTTGTTTCTCTACAAAACTGAAACACCTATGTTAAAGTTTATACAGAAATGTTAAATTCGAGGTTCTACTTTGAGAAGTGCAGTGTTTTTCCAGCAGCAATTCTGTGATTGCCACATTTTTTAATGAATGAAAATATATAAAACTGTTATTAATTATGTAAAAGAAATAGGCAAGCAAGGCTTACAAGTAGCACTACAGTGCCACATAAATTTATATAGTTTTAAAATAAGCTTTGAAGAAGGTAAAATGAGATGAATTATTACATCCACTCTGCTGTTCTCACCTCATGAATATTGAAACATTTTGGATCTTTTGACTTTTTGACTATCAGAGCATGAAGAAACCTGGTCATGCTGATGATGATGTTAAAGGGAATTCAGTCAAGTCTTCTGTTCATTGCCTGTTCCTTTCATCTCTTTTTAGTAGAATCTACTGCCTCCAAATGTTGACTGTCTGTAGCAAGCTGATGTCACTAGTTTTTTAAAATAAGAATTAATGAATATAATTTGACTTTGGGAATAAGAGAATTTATCTAAACACTTTTGCCATTGTTCCCCTGTAAAACTGTCTGTGTGGTGATGAGCAGATGTTAATTACAAGCTGTTCACCGGACAGCAGCATCAGAAAGTTGAAACGGAGCTCTTTGGCCTTGTCTCTTCCTACCCAGACTTCCTCTGACCCCTCCCCTCTTCCACTGATCTTGCCCCCTGCCGCTCTCCTGCCCTCTAGCCTTTCCTGATACTCCTACTTGATCCAATGACAGAATGAAACATAGTTTGCTTTACTCTAAAAGTCCTAAAAAATAAGCATGGTCTATTCCTTTTCTTGAGATTACATTATTTAGCAGTCAGTCAACCTTTGTCATGTCTAACTTCTAAGAGATTCTAACTGTTCATTTATAGTAGTTCTGCTTTGTATGTGAGCTTTACACAGATGCTTGTATTGACCACAGTTAAACATTTTGACATGTAAACACGAAAATGAATTACTTCTGTGTTTTGTGTCATTCAAAAGAATTACGCAAAGACAGGAACTAGGTCGCCTATGAAGTAAATACCTATAGTGTGTTTGCTTATGTTTATAAATAAAAGCACATTATCATTTCTTTTTGAGGCTTTCCATTTTATGAGGAAAAAGGGGTAATGAAATGAGACCCTGTATTGTGAATTTGTTGGCAGATATTAATGTGAAACAATGCAAGTATCTGCTGTAGGGCTCACCTGGTCAGAAAATAAGTGTGTAGCACTTCAGCCTTGACATGTTGAAGCCAATAAAGAAAGCCCTCATAAACATACTGCTGAGATTGTGACTGTCTGATTGTACCAGGAAGTGTTGGTGGGCTCTGTGAGTTCTTAAAAGAGGAAGGTAAATACGACTTAATTGGATTAGACAAAGACTTCTCCAAGAAACATTGGTATGTTATATGCATTTAAATTAATGCAGCGATTCTTCAAAAGTTTAAAAACCCACTTTTTAGCGGCTAAGAGGAAATAAATTTGGCTATCTAAACATGGATTTAGTATCTTGTGACATCTTCTCAAATATGAATATTTGTCACTAATCACATGTTTGAGTTCTTAATTTTGCTGCTCCTGGCCATCCAGTCCAACTCTGAAATGTTAAGGCAAGTCAGATAGTTGTACTTCAATAGTATTCTTTGCTGCTTTTTGGGGAAAAAAAGGTATGCAAAACTTGAAATGTATTTCACCATATTTCATATTTTAGTTTTAATAATTTTGGTTTAGAGAAGAAACAGAGAGCTCCATGGTTACACTGGAAGAGTTCTCCTCAGTGGGGTAAAGTTTCTATTAACTCATCTTGTTGGATGAGTTAATTTTGTTGTAAAATAAAATTGCCATGCTCAGTGTATTGTTAGTATATCTCAAATTGATGACCTAAGCCCTAATTTTCCTTAAGAACTGATTAGTGATTAAAATCCCTTCTTCTATAAAGAAAAGTTGTTATTGCTGTTGGTCCCAGATTTCTACTCTTTGTACCTTGTCAAAGGAAAAGTGCTATGTACCTATTTTGTGCCCTGTGATGTTACATACATGCTTAATAAGATCCCAGACTGTATGTAGCAGTGATCATTGATTTGTTTACTGACTGAGCGAATGCCTTTGTGCTCCTGTTGTACTTGGGCGCAGAATGGCTCTATTGATGATTTACCCAAGTAATGATAGTGCACATAATCTAAAAAGAAAGCAACAAAGCCAAAACCTGAAATCTTCTGGGAGTCTTATTAGTTATACTCATATGCTGCTCTTCTTTTTATTTTTATTGTTTGGTAATTTGACAGGAATCCCTTGGTCAAATTGTATCTGTCTCTCTTTATTCCATTTTCCCATTAG
Seq C2 exon
AAAAAGTTGCGATGAAAGATCCTCCGGACTTACTGGACAGGCAGAAATGCCTGAACGCCTTGGCGTCTCTTCGACATGCCAAATGGTTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021921:ENSBTAT00000029226:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.015 A=NA C2=0.065
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=FE(19.4=100)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=FE(12.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development