GgaINT0124575 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001187 | STRBP_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr17:9627815-9633306:-
Coord C1 exon
chr17:9633162-9633306
Coord A exon
chr17:9627910-9633161
Coord C2 exon
chr17:9627815-9627909
Length
5252 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACAC
5' ss Score
5.99
3' ss Seq
TTTTATCCCATTTTTACCAGTAG
3' ss Score
5.5
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACTTACAGAAGAGAAGTATCTCGTGGAGGAGCATGTAAATGAGGCAGCTATTATTATTCGTAACACAAAGGAGCCCAAGCTAACCTTGAAGGTGATACTTACGTCCCCTCTCATTCGAGATGAAGCAGAGAAGAAGGAAGGAG
Seq A exon
GTACACAGAGCGTTTTAACTTGTTTTTAAGACTATTCTATCTAAATTCTATCTAAATGCCCTGACTGTGCAGCACAGGGTTAATTAGCAAATAGGTTTTTGATTGTGTATTTTGTACTAACTAGACTGGCTATTGCCACAGTTGGTTACCTTATTTGTTCCGTAAGATGACAATAGTCACTTAATTGTCATGTAACTATGCATTAGTTTTCATTTGCAAGTAATCTTGGTAGTGTTAACTTTGACACAGAATATCTTAGTTCTCCTTTCTTTCAGACTTGCTAGTTGATTCTTGAGCACCCCAGCGCTGCACAGTCTTTTTTTAAATTCAGTCAGTCAAGTGGGATTGGTACATAGTATCTTGACAAACTCTTAAAACAGTTTCTCTTCTTATATACATAACAACCTTCCTGCAAAGCTTGCAAGTATATCCCCATGACCCTCAATTTTTGTTCTTGATACATGTGTATGTTTCTAGCTTTAAGAGTTTCCTAACTTGGATTCAATTGAAGTTAGGGTGCTATAACGGAGTACTTTTGCTTCTGAATTAAACGTACCTCATATCCTTGGTGCAAAATAGATTTAGAAAACTGTAACTTAGTTTCCTTCTATTCCTTCTCCCTAACTGCCTGACCTCCGATCTAGTCATAAACCCCTTTTTAAAGAACTGCTGACTAGTAGCATCGATGAGGCTGGAAACAAAGAGAAATAGAGAAGAGCAAAAGTAGCCATATTTTATTTTTTAAATCATGTCAGTAATTTCTGCTTCGCTTCCCAAGCCTATCCCTAGAGACCTTGCCACTGGATGATGTCAGACCTTTGACCAACTGGCCATTCTCTGTCATGACAACTGAGGCAGCTGGGCCCATGTGGGCTAGGGAACTCCCTGTCGCTCTCTTCCCATTCTAGACTTGCCACAAGTCCTTTGCTTCCTCCCCTCTCCCACATGAGCTACCGATACAATATGAAATGTTGGTCAGTTTCTCTTCATTTTTGTTTGATGCAAGGGCAGGAAGGCTCATTTTGAAAGAAGACTTAGCACTCTGGCAGCAGTTGGATGCAGAGAAATCTTACAAAACAGATGAATGGCAAAGATTACCTAATTTTATTCTCAAATTAGTAACTATGCTCTTTTGCAAGACCACTAAAATGAAACTGCATATTACTTTAGTTGTTCTTCAGCTTTCCATAAGACACTGGTCAGGCTTGTTGTTTCTGCAGCTGATGATGTTTCTAAGGAGATGCACAAAGTGCAGAACAAGTTTTAATGATAAAGCATTTGTCGTATGCCCACAAGGTGATAGTTTTCCATAAAGACTTCCATCCAAGTATGTTCTTGCAAAAAAAAAAGGGATGCCATTGTGGCAGTGAACTCTTAAGACTCCTGAATTCATCTTAAAATGAATGAGGATTTGAAGTTTAATACTTTCCTATATCTTAAATACTCTATTATATTTTCATTGTCTTCAAATATTCCTCAAAACGTAGAACTGTGCTACTGCCTCTGGAGCAGTGTTATGCTATTATTTCTGTAAAGCCAATAAGAATAGTTAAGGAAAATGGATCTTGTTTTAAGGCACAGGTTCTTTGACACTGATTCATCCCAAGTGAAGCATATGTATTGTCTCCCTTTATAAAAGGTATGCAGATGTTGATATGTAAATTGAAGTGGTAAATACAAAAATTCATATTTTTTTTTACAATATTTGCATATCTTTGAGACCCTTTTACCGAGGGAAAATATTCAGAAAAAAAATCAGCTAAAAATACCTTGAGCTCCAAAGAAAATAGTGCCCTTTTTTTCAATACTCCCGGAAAAAACGCCAACCAAACTTAATTACAACCTTGTGCAATTTTAAAAACTGTTCCAAGTTTCATCCATACCTTCTTTTCAATGCCTGTCAGTTTGCCTTTCATCTTTAGTGTAAGACAGGCTGCTTGCATCCAGGAGTCCTGTGAGCCTCCCTCAGAGTGCAGAGGCTACACGAAACTGACCAAGGTTTCACTGTTCGGTGGTGAGCCACTAATCCTCCTCTAACCAAATCAGTGAGGTTAGGGCAATGGGCCTCCTTCTCAGTGCTCCCATCTGTTCTGTAGGAATGCTGTGTGTACCTTCATGCCCTGATGTCAGAATGTATTAAAAACATTTCTGGATTTCTCTTCAGTCCCCACCTCTTTGGAAAAGTGTTCATGTTTGAACTGTGGTGTTTGCCCTATTTGTTTTTGCTGCTTGTTAGCAAAAATAAATAGTGGACTACTGTGTGTATGTGTGCGCGCGTGCATTTCAGTGTTTCTCAAATGGCTATCCATAAAGCTCTGCTTTCTCATGTTAAGAAGCATCTAAACGCTTGCATTTTGCTTCAGATTAAACTGAAACTAATTTTTAGGCATAACATCAAATATAAATTGAGCTCTCCAGACCAGAATGCTGTACCTTGCAAATCAGCTCTTGCTACTGAGCAATAGTTACATAAGTTTATATAATAATAAACAAGTTCAGTTACCAAAGTGGTGCTGGAATCAGCCCTGCTCCATAACTGAGCACCTACTGCATAAACAACCTGCCTTTGCTGGCAGACAGTGATGCTCCAGAACAGAGGAACCTTGCCTCTGTGGAGAACACAACACTCCTTGTGTGGCTGACTTAAGTGAATGAAGACGGCAGCCACTGTAAGGAGAGAGAGTAAATACAGCAAGTGGGGAGAGACTTAGTGAAGATTGCTTCTATGTTGCAGAGTGTGAGCTGATGTCAGGGCTTTATTATGATCTACTTGTTTAAACTCCTTGTATCATTGCTTTTGTTAAAACCACAAGGAAAAAAAAAAAGCTTTGCAACCACACTTGAAAAATTTTGATTGGGTCTCACTTTCCTGACTGGCAGAGCATGAAGAAACATGCCATTCTACTGAGGATGTTGAAAGGCAGTCTGCTACAAGCTGCTCACCCTCTTCACTGCCTGTTCTCTTCATCCTCCTGTTTAATAGAATCTTGCACCAGAAGTTGGCTGACTGCAGCAGCTGCACAAAGTGCTCAGAACACCAGTATTGAGATTGTAATTAGCAAAATTCTCCAAGTTATTTCTAATACAGACCTTTTGAAATAGTCTTATCCCTACTGGAGAATTAAGATTTCAGTTTGCTGAAAACAAATCTTAAGAGAATGGAAAAGCCTTTTCATTCACTGGAATGACTGATGTCATATTCTGTCTATGGCCTTACAGTTTTAAGGCAAAGAAACTTACTTTGTCACTAGATGCAATGTGCTTTAGCAGTCTTGTGCAGTAGACTAGTTTGGCAATGAACTGTATCTTGACAAAAGCTAATGAGCTTGCAGTCAGTCATCTTTGCTATTTCTAACGTTTTAAAATAAGATTCTGATCATTCATTGACAGTAGCTGTTTTATAAAATATGTGAGCTTTAAGCAGATGTTTTTATTGTCCAAAATAAAGGATCTTTTTATGCAACGACACAGATGTATATTTAGTAATTGTGCCATAAAACTACTCCTGAAAATAAATGAAACTGCAAAATTTAGAAGCAAGCTTTGTGTTCCTAAGTGACCTTTTGTTCTCACAGCAATCAAGTACCTTGAGAGTGCAGCTTTTATTTGGAGAACATGCAAGAGGAGTGATTAATCTCAATATTGTAATGGTATTGTTGAGGGCAATAAGAAACAATGCAAATATCTGCTGTGAAGTTCATCGGGGTCAGAAAATAAGCTTATAGCACTTAAGTCTTCTGCTGACAGCAGAACAAGCAGATGCAAAATGCAACTATGAACTATCAGACAAGACACTTCGTTCTGTTCAGTTTTACACTTTTCTTTTTGGCTTTGGGCTCTTTTATCCATTGTAACATAATATGCTTTCACCAGAGTAACCTTCTCATTGGTGGCACAGGAGGTGAAGCAGCTTAACATTAAAGGTGCAGTTACACTTACAAAAAATACCACTGAAAGTAGCCTATGGAAAAGTACTTATAATTGATTAGTAACATTTCAACATATAAACCAACTGTACTTTTTCTCCTAGCACGGTGATATTTTAGAAGTCTTTCTGGATACTGAATCCAGCATAGATTTTGGACTGGATATTGTATTTCATCCAGACATTCATAATCTCTCTTGCAACCTGTAGAGTTGTCCATTAGGAACAATGAAAAGGTTGTTCTAGTTTTTCCAAAATATTTACTTTGAAATAGTTGTGTATTCATGGGAAAACAACACGTTCAAGGTTACAGCTGAGCCATGAATTCATTTTACTTCCACTGTGATGTTCTCATGTCAGAGAAAATCTGAATCCTCTCAGATATATCCTCTCAGATATGTACAATCTGTCATTTGTACAGTTTCCAGAAAGTCTGGATGCTAACTGCCCCTTTTAAGGGGAAAAAAAAAAAAATCAGGGAGGAAAGGACTGTTGTAATATTCGTTGTTACAGAGCTGGACGTGACTGCTACGAGCAGTTTTTTGCATACTGGATTAAAAAAAAGAGAAAGAGATGCGAGAAAAGCGTAAAGCTCAACAGAAATGTCTTGTCTCTAAAATCCTTCTTTGAATTTCATGTTTGTTTTTGGCTGCTGTTGAGAGTGAAGATTTTTACAAGAGGGGACTGCTTCTCAATATGTTAATGATCTGTAATTTACAGAACTTCTTTCATGTTTTGGTTACAATGAAGATTAATCAAACTGTAGAAATTTCTCATTTCTGACATCTTTCTTTCAGTGAATTACTGTTCAGTACTGCTAATACTGTTCAATAAAAAATACTTCAAATAAATTCAATTTTTTTAAAATTATCAACACTTGCATGGGAATAACTTCAGAGCACTCTTACTGTTTTTTTTATATTCTACCCCTCTCATGAAAATCTTCCCCTTGTCAAAAGAAGCTTGTCTCTGAAATTGTGCCACTTTTGTGCACTTAAAAGTCACAAAGAAGGGAAAGAACAACCAAAAGAAGTGCTATATAGCTGTTTTCTGCCCTGAAATGTGTTCTGCATTTTTAATAAGATCCCAGATTGTCTATAGCAGTGGCCATCTTTATTATTACTATTATTCTATAAGGAGCGAATGCCTTTGCTTCTTTTGCACATGTGCACATTTACTACATGTAATGGCTTGTTTAAATTAAATAACAGTGCACTTAAATTCTGGGAGTCTTATTACCTCTTTGAAATGCTGCCGCTCTTTTCGTATTGTGACAGAAACCCCTTGGTCAAATTGTATCTGTCTCTTTTTATCCCATTTTTACCAG
Seq C2 exon
TAGACAGTGTTGCGATGAAAGATCCTCCGGACTTATTGGACAGGCAGAAATGCCTGGAGGCCTTGGCGTCTCTGCGGCACGCCAAATGGTTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001187:ENSGALT00000034915:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.051 A=NA C2=0.094
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=FE(19.4=100)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=FE(12.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]