RnoINT0145348 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000010150 | Strbp
Description
spermatid perinuclear RNA binding protein [Source:RGD Symbol;Acc:620673]
Coordinates
chr3:21878521-21888448:-
Coord C1 exon
chr3:21888304-21888448
Coord A exon
chr3:21878613-21888303
Coord C2 exon
chr3:21878521-21878612
Length
9691 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACAT
5' ss Score
6.75
3' ss Seq
TTATCCCATTTTACTATTAGAAA
3' ss Score
5.5
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACTAACAGAAGAGAAATACCAAGTGGAACAATGTATAAATGAAGCGTCCATTATAATTCGGAACACGAAAGAGCCAACACTGACTTTGAAGGTGATACTTACTTCCCCTCTAATTAGGGACGAATTGGAGAAGAAGGATGGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAAATGTTATGATGAAAGACCCTCCGGACTTATTGGACAGGCAGAAATGCCTGAATGCCTTGGCTTCTCTTCGACATGCCAAATGGTTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000010150:ENSRNOT00000066377:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.052 A=NA C2=0.194
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=PD(50.5=93.9)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=FE(12.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]