MmuINT0154413 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026915 | Strbp
Description
spermatid perinuclear RNA binding protein [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:104626]
Coordinates
chr2:37482955-37491088:-
Coord C1 exon
chr2:37490944-37491088
Coord A exon
chr2:37483047-37490943
Coord C2 exon
chr2:37482955-37483046
Length
7897 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACAT
5' ss Score
6.75
3' ss Seq
TTTATCCCATTTACTATTAGAAA
3' ss Score
6.24
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACTAACAGAAGAGAAATACCAAGTGGAACAATGTATAAATGAAGCATCCATTATAATTCGGAACACGAAAGAGCCAACACTGACTTTGAAGGTGATACTTACTTCCCCTCTAATTAGGGACGAATTGGAGAAGAAGGATGGAG
Seq A exon
GTACATGTGTGTATATATATACACATACATATCTATGTTTTGTTTTGTTCATGTAATAGTTTTTGCTCCAGTACTGTTTTAACTATGTCTTGGGATTTAGGAAGTCACAGACTTAATTTGCTTGTGCAAGCCACCTATGATATTTAAAGTTTTGTTTTACATAATATATTTTGCAGTTTCAGATACCTGTGTTTATCATGTAGACTTTTTAGACTATGCTTTAATTTTTCTACCATTTTGGTGATTTGCTTTCCTTCATCTAGTATAACTTCAAGTCATTGGTATCAGCTAACCTGCTCTACTATACTGGCTTAGTGGTCAGATTTCAGGATTTAATGTATAAATCAGAATTATTTAAAAAAATTTTTTTGATTTTGATTTTTGTTGATTTTGAAATTACTCCTTGCATGTTCTGTTTGACTTCTAATAATTGTATACCCTTGTAAAGTTTAATTGTGTGTAGATTTGGCTTATAGAATAAAGGAAAAGAATTAGTGAATATATTTTACTCAATTTTTAATCTTCAAATGTGATTTAAAATATATAACATGTAATCTGTATATTGTACATATAATATACAATGTATATATATATACACATATATAATACATGTATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACATACACACACAAACACACACACTTTTTTATTTTGTAAACAGTGTCTCATTACATAGCCGTGGTTGACCTGAACCTCAGCATGTAGAGTTGGATGGCCTCAAACTCACAGAGATCTGCCTGCCTCTAACTCTTTAGTGCTGGGATTAAAGGTATTCGCCAGTCTGCTTGCCTTCAGTAAATTTTTGAGAAGCTTTTAAACCCTGTTAACAGTTTGAATAAGATACATGTTTAAAAGAATTGGTGTATGACATTGTCACCCTCATAAATGTAGAATGAGATATTAACCATTGGTAGTTTTGAGAAGTTGGTGAATATGTGGTGAGCTTCATTTTCTTAATGTTTTTTTATCTTGTTAAGTACTTGTTTAAGAGTACAAGTTAACTTGTTTGTACTCTTTGTCCTATTCAAAGAAACATGCCATATGATATTTCTCATTGTTGGACTCTTTACAACTGGCCACTCTGTCATAATGATTTAGAGACACAATATCTGACCAGTAGGATATTTTTCATCTGTCCTATTTTAGCATGTGTTGTTGTATACCTCTTTTTCATAAGTACCATTAAAGTGGAAAGGAGTATAGATCATTTTTGTAGTTTATTTTAAATTGTTAATAAGGATAGAGAAAGGCACATGTAACTGTGGTAGATTTTTGACTTTTGGTTTCTAGATATGAATCATAAAATCCTGGAATTAAATACTCACCTTTTTTTAAAAAAAATGCTTTTGTGTGTATATGATGGTGTCAGGAGGCTAACTGAAATCTGAAACAGTATAGTTATTAAAAATCAGATAAGTTTTTGAGTTGTATTTAAAGTATATCCCATCTGAAATTGGGTTTAATGCCTGTACTTTACTCTTTATATAGCATGTCTGTAGTATCTCAGAAGAACTGGTCTCTTAAATGGCTTAATTTTTTTTAACAGCAGATTTCTGCTTTCTGATTTCTGGTGTATCAAGATAGGTGTTAATTCTGGTAAGCTGTATTCTCCTTGACACTGTAGTAGGAAACCAACCATTTCTATGTAACCATTTGTAATTATAGGTGTTACTAAATTTTGTTTTGAGAGTTGTTTGTATATGCTTCTTCCTTTACTTCTTTGAAGGTATCAGAAAGATATAAAGCTTTTTTTTTTTCTCATGTGGTTTTGTGTAGGATTTTGTCATAGCTTTCAGTGTTGATTCTCTCAAGTTTTACCAAGTTAAACCAAGTTTTTAAAACCTTGGTTTTGGTTGAGAGAAGTTGAAAAGTGGCTCTTAGTGTATTGTGCCTTTCTGAAACACTATTAACCACAGAATGGGATTTATATCATTTAATATACTCAAAGTCTTTTTGTAAGGTGTTTTACGTAACTAAGGTTCTAAAGGACTTTCTCTGTGTGCTGACTCTCATTAGCTTGGCGAGGTCAGGTAAGACTAAGGGATCAGCTAATGTTACTCCTACTTTTGATGGGAGAAAGATTTGCTTTGGAGCTGTTCTTAATATCCCAGCTGTGATGACCAGTTTGGTATTTTATAGATTATTCATTCTGTCTATTCTGGCTTTGTCATAGATGCCTTTTTTTATATATTCCTGTGCAGTTTGGAGCAGCTAGCATAATTTGGTATCTGCAATCTGGATTTTACAGTGTTTGTTTACTTGGTCATGACTATTTCCTTTGATGTAATTTTCTGCATCTACATGGAATGGAAACAGAAGGCACATTTAGCTCTCAGGGATACCTAGCACTGAAAAATAGCATCTTCTTCCTTTTTATTCGTTTTCTTTTTCAAAGTTAACAAGGTCTTGTAGGCACCTGTCCTCTACCCTGAGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTATTGTGACTTGCTTCCACCACTCCCAAATACATAGTTTACAGTAGATACACAAATCAACTATTTTTCTTCCCTCTCTTAACTTGCTAAATGATTTTGGCTAAATCTAAACTCATTTAATGATTTAGAGACACTAAAGGAAAGTTGAGACCAGGCAGAGCCAGAGGACTAGGCTAGGGTAGGACATTAAGTTTATCTTTAATATTTCCTCTGTAGAAGTGTATATAACCATTTGCATCAAACCACCATTTATGTTTTAAGTTGTTGAGAGTACATAAAGAATATCCCTTTTTGAAAGAATGATGTTACAAGTAAGAGTTCCCCTATGCTGTAAGTATTTACACACTCTAACCCTTTACTAGGGTTAGGGTTAGGAGACCATGTGGAAATGGACACTTCCCTAGTAGTGTGTATTTCCTTTAAAAAAGGCACAGAAGAAAAAGCACAGATCTTGCTGCATAACATGTGTGTTCAGTTCTTCGCTCTATTATTGTTGTGTGACATCGGCAAGCATCTTAATTTCAGAGTATAGATAATACAGAAACAGTAAATTGTTTGCAGGGCTCAATGAGTGAATTTATATACAGTGATGTTCAAAGTAGTAAAGTGCAGAAACCACTCAGCTACTAAAAGTGAGATAATGTGTACACACTAGATTCAGATAGCCAACCTTAACACAGCCAAACTATTTATTGTTTATTTGTATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTTTTGAGACAAGAACTTACTGTGTAGTTCTGGCTGTCCTGGAACTCAATTTTTTGTAAGAATACCAGCTTGAGAGCCTCCTGCTTAAGCATATCGAGTGTTAGGATTAAGGATGTGCTCTATTATCCCTGTCCATATAGCTAAACTTTAAACCACACTTGAAATCCAGTATTATGAGTATAGAGAATACTCTGTGGTACTAATTATGAGTTGGCTTATTGTGTAGCTTATGCTCTTTGGAAGGCAGGTATCTTTTTTCCCCCTCTTCTTACCTTCTATGCTTGATCTAGAATGGTACCTGATACAGAAGTATGTTACTAGAGAATATCACATATGAATTTGCACAGTGAATTTTCCATCAGCAGAGAAAATGCAGTCCAGTATATAAAAAAGAAATGTTAAGAATGGGTGGTATCTTATATCGCTTGAGTAATATTTCTGTTATGTTTTTTTATGGCTCACCATGTTAAAAGCTTTTCCTTATATATGATTTATTTAAAAATTATAAGCAGGATATATCATATTTTGCCCAGCTAACTTGGCATTCTTGTATGGAATCCTTTTTCTCATTCCTGCCTAGGTTGGTACATGGATGCTTTAGCTGAATGTTTCTTTCTGACTATTGCACAACTTCAACTTTGGTGGTTGTAATTTTAAATTAGAAATGTCCTTGCTATTGGGGGGGGTGATAAATTGTTTATAAAATTATATTTGCATTGTATTTTTAAACTAAGCAGATGGTGAAAATAAAGCATTTTCTGGTTTATTAAAATCAACTTTTGTTCTTGGTATTGAGGTAGATTCAGAACTTGAAAGAGAAGTCTTAGAGTTAGTTCCTTTTCACCTGTTGATGTCAAGATGAACTTCTGACTTTTTTTTGCAGAAGTTCACTGACATATGTCCCACTAAGTTCAGGACAGTAGATTGTTGCAGTCCATAATTGTGCTGCAGGCTTCATTTTTCTGCCTTCTCCCGGTGCTAGATTTACACTGTGCAGAGCAAACCTATGGCCGTTTTCTTTCCATTGCTTGATAGTGTTTGTGGCATAATTAGGCAAATTAAGAAGACAGTGCTTCTTGCATCTACCTTACTGCTGCATCTGTTTGTTCACATTACTGTGTCCTTATGTTATTCATGAACAATAGCGTAAGCATAATGTCTTTCCAGAAAGCTTCAAGGAATTGAGAGAAAAGAGGTTTCAGGATTTCTTCAGACATACTAAAAACAATTATGCTCAGCTTTATGCAGATTTCCTTGGAGCCTGCCATGATGCCCCAGCTCAGTTATTTAATTTTGAAGAGCCAGGTTCTAGACATACAGTTAGTCATGCCTGGCTTTCCCTCTGTTCTTCCTCTATAGGCTAGTGTTCACAGGGCCAGATAGCTTGCATGTACGACACTGAGAAAAGATGACTGTCTGCAGCAGAATGGTGTTTACTGGTCACTGACGAACGAGCAGGGCTAGGCATAGTAGACTTCTTTCTAATGTTTCCATTATTCAGAATGCTCATGTACCGTCATACACTGATGGTAGATTGAAAAACATTTTTAAAAATAGTTTTCTTTGCATTTGGCATTTTTGTCAGTATTTGTTCATCTTCCTGTGCTATTTCTTATGTTTCCTACAAAGCAAGTAAAATGGATCATAGTTGTATACTTAAATTTTCCCTCCCTCCCTCCCTTCTTCCCTCTTTTTTTTCTTTTCTTCTCCCTCCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTTTCCCCCTTTTCCCCCT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Seq C2 exon
AAAATGTTATGATGAAAGACCCTCCGGACTTATTGGACAGGCAAAAATGCCTGAATGCCTTGGCTTCTCTTCGACATGCCAAATGGTTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026915-Strbp:NM_009261:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.054 A=NA C2=0.194
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=FE(19.4=100)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=FE(12.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: