HsaINT1043273 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000165209 | STRBP
Description
spermatid perinuclear RNA binding protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16462]
Coordinates
chr9:123160977-123170046:-
Coord C1 exon
chr9:123169902-123170046
Coord A exon
chr9:123161069-123169901
Coord C2 exon
chr9:123160977-123161068
Length
8833 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACAC
5' ss Score
5.99
3' ss Seq
TTATCCCATTTTACTGTTAGAAA
3' ss Score
4.79
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACTCACAGAAGAGAAATATCAAGTGGAACAATGTGTAAATGAGGCATCTATTATAATTCGGAATACAAAAGAGCCCACGCTAACTTTGAAGGTGATACTTACCTCACCTCTAATTAGGGACGAATTGGAGAAGAAGGATGGAG
Seq A exon
GTACACATGTATATATATATATATATATGTATATATTTGTTGTTGTTGTTTGTTTTCTTCATATAAAAGCTATGTTAACAATGTTTTATGGATTTAGGAAATAACAGCCTTCATTTGTTTTATGCCACTCTATTTAATAGTATTTTAAATGGCTTTGTTTCTACATAATCAGTATATTTTGCAAAAATGTATGAATTCAAAATATAAAATGTTATTTCAAAAACTTGTGCTTGTCTTGTTGGTTTTAACTCTGCTTTAATTTTTATACCATTTGCTGTTCTGTTTTACTTTGTCTAGTATTGCATTAAGTTATTGCTATCAGCCAACTTATTCTATGTATTTTGGCTTAATGGTCGGATTTCAGGATTAAATGTGGTCCAAAACAGAATTGTTTTCAAATTTACTCATTGCTCCAAAATTACTTGCATCCTGGTTGGGCATGGTCGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGTGTGGATTGCTTGAGGCCAGGAGTTCAAGACCAACCTGGCCAACTTGGCAAAACCCCGTCTCTACTGAAAATACAAAAAAATCAGCCAGGCGTGGTGGTGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGACATGAGAATTGCTTGAACCCAGGAAGCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCACAACACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCTGCCAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTATTTGCATCATATTGCTCTTGACTTCTAATAGCTGTATAATCTCATAAGATTTGTACATGTCTGTGTCTAGATTTGTTTTATAGTGTAAGGGATGTAAATTGGGGGACTGAATTTTTTTAATGGATAATGTTTAGTAAATTTTTTTTTAGGAGGTTTGTGACCCTGTTAACATTTTGAATATGATTTATGTGAGAATCATGCTTTAAACTAACTTTCTTCTGAAGTTAAGAAGAATTGCTGTCTGGCAGCGTCATCCTCATAAAAGTAGAGAAATGTATTCAGTTATTGGTAGTTTTGAGAAGTTCATGATGGAATTGTGGTGGGCTTCTTTTTCTGATGTTTTTATCCTGTCAAGTTAGCTTGTTTCTGCCTCTCATTCCCTAGAAACTTGCCAGGTGGTATTTCTCCTGTGTCAAACCTTTGACCAGCTGGCTACTCTGTCATGACAATTTAGAGGCATTGCAGCCTATCTGGGCCAGTGGGGACTCCCTGTTGCTATTTTTCATCACCAGACTTTCAACAAGTCCCATTGCTTACTCCCTTACCTGAAATACCAGTGCCGCAGTAAATATTGGTCAGTTTCTTAGTTTATTTCAACTTGGTGATAAGGGTAGAGAAAAAGGTACCAGTAAAGTTGGAGTTTTAATTTTTGAGAGACATGACTCATAGAATCACTTAAAGTAAAAGTGATAGACTCTTTTTAAAAAAATGCTTTTTGGGATAACTAAAATCATCTATATCATAACTCAACAGATATAAACCAGACACATTTATGAGTCATATTTTAAAATCAAAGGGCATCCAATCTATAATTGAGCTTATGCCTATGCATTAAAATTTTTTTGCTGTATGTAGTATCTATAGCACCTCTGAAGAACCAATCTTAAATGGCTTAATTTTTTTAACAGCTTTACAGTTCACCATTAACTGTAGAACTATAAAATGATTTCTGAAGTGTCAAGATAAATGTTAATTCTGGTAAGATGTGTTCTACTTGACCCTCTAGTATAAAACCAACCATTTCTAAGTAGTGTTGTAATTATAGGTATTATTAAAAATTATTTGAGTATAAGGAGATGAGAAAAAGACTGAAGTTGCCAAAGGCTAAGTTAATTACATGTTTGCTTGTATCTGTCAGCATCCCTTTCATTTTTTTTTTTTGAAAGTATTAAGGGAACATCAGTCATCTTTATTCCTTGGTTTTGTGTACTTATATGAGATTTTGTCATAGCTTTCAGTGATACCTTTAAACTTAGCCTGTTGCCTTTATAACTTTAACTTCTGTTTAGAGAAGCTGAAAACATTCTTAGTATATTGTACTCTTGCTAGAAACTATTATAGAATAGATTTTGTAATAAAGTAAGAGAGTCATAGTCTCTCTTCAAGGTGTTTGAGTTACTGAAGGATCCAAAGACCTCTATGAGCTGAATCTCATCAGCTGTTATATGGGATCAGGTAAGGTGAAGGAATCAGCTTTGATCTAATGTTTTACACATCTTACTTCCTTTTTTTTTTTTGAATGGCAGAAAGATTTGCTTTGCTGTTGTCCTTAACATCCCAGCCCTGTTGACTCACTTGATATCTTTTATAATTTGCTCGTTTTTTCTAACTTGGGCTTTGTCAAAGACAATTTTTGATTTTTGTTACTGGTTTGTGTATTCCTGGGCAACTTGGAGGATCTGGTCTATAATTACGCACTTCAGACCTGGGCTGTACGATTCTGTTTTCTCACACTAGACAGCTGCTCATCCCCTTGATGCAGTTCTTTTCAGCTGCATGGGATAAAAGCACAAGATTCATTCAGGTCCCAGGAATTTGTGGGGCTGAAAGTTACCCTTTTTTCTCCTAATTTATACTTTTTTTTTTCTCAAAGTTAAAAAAAAATCCATTGTAACTTTTTTCTTGGAGACATTTTCCTGTAGTATCTCAACTTTCCTTCACCTACCCCCACCCAAACAAACTGTTCACAATACATACACACCTCACATCTTTCTTTTTTCTGTCTTAACTTGCCACATATTTGGGTAAAATCTAAAAAAGGAAGAAAAAAAAAAGAGTGGTTGAGAGCAGACAGAACCAGAGGACTGGGGCATGAAACTTATTTCCTCAGGATTGTGCAATGGATCTAACTACCTACTCCTTTCAAATCACGATTTACATTTTAAATTGCCATAATACAGAGTGAATCTCTTTGGTATTGTTTACTGTTTCATAGGTAAGTTTCCTCCTATGTTTTCCGTTGTCTTTCTGTATTCTAACCCTTTACTTGAACGCCCTGTAGAATAACCATATCCCCATTACTACGTTTCCTGCTAATGAAGGCATAGAAGCACAGATCTTGGTGTGCAGCAGTCTTTCGTTTGGCTTGTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGCTGGAGACAGTCTTGCTTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCGTGCCTCAGCCCCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCACCATGACCGGCTAATTTTTTGTATTTTAGTAGAGATGAGGTTTTGCTATGTTGCCCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGAGCTCAGGCAATTTGCCCGCCTCGGCCTCCCAAACTGCTAGGTGTGAGCCAGTGCCCCTGGCCTTATTTGACTCTTAACTCCATTAGTTGCTATTGCTGTGTGACCTTGGGTAGGTTTCCTCGTTTTAAATTGTGGATTATAAATACCTTAGAAAGTTGTTTTAAGTGAGAGAATTTATGTAATGTGACTTGTACAATAACTGGCACAAAGTAGTTGCTCAGTAAATAGTAGTAGTCAACTTATTGAATGCACCTACTCAAACTGCCGTAACAGTGAAAATAATGTGCACATGGTAGGTCAAAAGAAGTCAACCCAAGCACAGTTAAACTCTTAAACACCCAGTGATGTATAGTATTAGAATCAGTATACTGATTTATGCAGTGCTAATAATAAAAACCTGGTATATTGTATAGCTTATAATTCAGGTGTCTTTTTGCCTGTCCTTTATCCTTAGCACCTCTAAGGGTACCTAATACGTAGTAGATGATTTTTTAAAAAGCCCTATAAATCTGTTAAGTGAATTAACATAGTCAGCATATTGTCTGATTAAATAGGACTCTCCAGTGTGTAAGAAGTATTAATGGGCATCTCATAGCTCAAGTAATATATATTGAAGATTAATCTCTGTTAAGATATTTTTATAACCTACCATGTGATAAGCACTTCCTCACATATGGTTTATTTTAAAAGCCCTCACATGGCCCTATGGGGTAGCTAATTGCCATTTTATAAATGAGGAAAATCTCACATTTTACCCAGCTCTCCTGACTCTACGTCTAGTATGCAGGCCACTTCCCATTATTGTCTAGGATTACTGCATGAGTGGTTAGGCTGATCTGGTCATTCTGAGCTTCACACAGAGTCTCAATTTCTTTTGGTGCTTGTGATTTTAAATTAGAAATATATTTGCTATTGAAGGGGGTGATAAATTATCTGCTTATTTATAATGCAGTTTGAAACCAGGTGGATAAGGAAACTACAGAGACACTTGTGGCTTAGACTAAGAGACACCTCTCTCCTCAGTACTGGGGTGGATTTTCAGGGACTGTCAGAGAAGTTGCCTCAGAGTCCCTTCATATTGGTGCCAGTGTGAACTCGCCCTTCTTGGCAGAAATTCACTAGCATGTGTCTTGCTAGGGTCAAGGCAGTAGGTTTTACAGTACAGCCATCACAGCTGTGATAATGATGGGCTTTATTTTCCTGCCTTCCCTAGTTTCTGGATCTACGTTATCCAGGGCAAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTCTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAATGTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTGGGACTGCAGGCACTGGCCACCACACCCAGCTAATTTTTATGTTTTCAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGGCCAGGATGATCTCGATCTCTTGACCTTGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCCCGGTCAATCCAGGGCAAACTTTTAGGCACTGTCTTTCCAGTGGCAGACTGCCACTGAAGAAAAGTCATACCGAGTGACATTAGTCACATAAATTAGGAGAACAG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Seq C2 exon
AAAATGTTTCGATGAAAGATCCTCCGGACTTATTGGACAGGCAGAAATGCCTGAACGCCTTGGCGTCTCTTCGACATGCCAAATGGTTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000165209:ENST00000348403:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.065 A=NA C2=0.194
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=FE(19.4=100)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=FE(12.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains