HsaINT0176421 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000140367 | UBE2Q2
Description
ubiquitin conjugating enzyme E2 Q2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19248]
Coordinates
chr15:75896995-75901078:+
Coord C1 exon
chr15:75896995-75897061
Coord A exon
chr15:75897062-75899426
Coord C2 exon
chr15:75899427-75901078
Length
2365 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTATGT
5' ss Score
8.35
3' ss Seq
TTTTTTTCATTCTATTTCAGGCT
3' ss Score
11.06
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCAATATAATCTAGCAAGAGCCCAACAATCCTATAATTCCATTGTACAGATACATGAGAAAAATG
Seq A exon
GTATGTTTAATTCAATAAGTGTTTATTGCCATTTAAGAAGTTTTAGATAATGTATTAATACTTACCATTTTATTTTTCTGTTTTTGCTTTAGTTTCTTAAAATGCTGTTACCATGGTGAAAGAAACTTGTGCTGCATACAAAATCTTTATTTATTTATTTATTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTGTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCACCCCAGCTGGAGTGCAGTGGCACTATCTCAGCTCACTGCCAGCTCCGCCTCCCAGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACCGGGTTTCCCTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACTTTGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGTGTAAGCCACTGCACCACAAAACCTTAACATTGTACTTCAGTCAAAATTTTTGTATCCTATACACTTGGCCTAGGTATCTCAGAGTCAGAATCAAGATTTCTTTTTTTTTTTTTTTAGTAGATTAATGAATGACTCACTTTACTTACTTGAAATATTAGGAACTGAGTTAAAGGCAACTCCTTACAGATGGAGTTCTTGTTGTTATAACTGGAGTGCAGTGGTTGTTTACAGGCGTGATCATAGTGGACTGCAGCCTCAAGTTCCTGGGCTGATGTGATCCTCCTGCCTCAGTCTCCTCAGTAGCTTGGACTGTAGGCACAAGCCACCATGCCTGTAAAGTATTCTTTACTTTGCTAGAAATGTGTCAGTTTGTGACTTAAGATTTGTGTTTTGTGCTCATTTATTTTAATGACAAAGCAAACTTGTCACTCTTTCAGTGATTGCTTACTTATGGAAATAGTATTCAAAACAAAATTTTCAAGCAGAAGAGAGAAACGATAAAATTTGAGGACAAGGCCAGGTTTTCATAATAATAATTTCTAGCACACAAAATTAGATCCAAAGAAACCTGTGTACTACTTTGATACTTTATAGATCTTGGCATATTCATACTATTCTAAAGTTTCATACTAAACAGTACTTAGTCTAATTTGCCTTTTTATAGAGAGCTTAGGTTTTTGCGGAACCTGGGACACAGATTTCTTCTTATCTTTGTTTTTATTTCTTAACCATTACAACTGGCATTCAAAAAATATTTATAGAAAATGCTGTATTTGAGAGTGTGTGGGTATGTGTAAGCTTAGCTGTGATGAAAGAGTAATAGAGTCAGAAGCAGGGGAGATGACTTCTAGGGTTTTGTTTTTTTTTAAATCTTAAAATTTTTTTGTTATTTTAAAAAAATAGATATTATACTTACTGTGTACAAAGTTTTGAAGTATACATAACTGTGGAATGACTAAATCTAGCTAATTAACCTAGGCATCACCTTACATAGTTATCATTTTTATGGTGAGACACTTTACATCCACTCTTAACATTTTTCAAGAATATAGTATATTGTTAACTATAGTCACCATGTTGTACAATAGCTCAAGATGGATTCTAGTTTGGCCTGCTACTAACTCTGATTTTAGGCATAGTCATTTAGTCATTGCACCTGCTGCGATGGCTTCCTTGTCATTGTGAAATGACGTTATGGCTCCGATAACAGTCCAAGTTCCTTGTATTCTAAATCGCCAGGATTTTGTTTGGGGAAATAAGTACTTTCCATGAGGCTTACTTTCAAGTATAGAACTGAAGTGGAATAAAACTTATTCTTTTAGTCTAATATTCCACAGTCATCTTTAGCTAGAGATGCCATTAATACAGAGCTCTTGTGTTGAAAACTCAGGTACAATTTATTCATAGAAAATAACTTTCTGTTGTGAAATAGCAAAATGCAGTGTTCCCAATCCAAGTGTAAGTTTAATTTTTAGAGTAGACTGGGTGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGGAGGTGGAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTCATTAGTTGGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAATACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAGTGGGGCATAGTGGCGCATGCCTATAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGATCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGTTTGCGCCATTGCACTCCAGCCTAGGTAACAGAGTGAAACTCTGTCTCAAAAAATATATATATAATATATATATATATTTTTTACGGTAGATTTTAAACACCAAAATTATGAAAAGAGACTGTAGCTAACCTTATTACATGCCAGTTCTTCTAATTTATTTAAGAATTATTTTAACTTTTTTTTTTTCATTCTATTTCAG
Seq C2 exon
GCTGGTACACCCCTCCAAAGGAAGATGGCTAAATGTGTTGACTGTTGTATGTTTGGACTAATGTTGCTTTAAAGAAAATCTTTCTAACATGCAGACAAAAGCTTTGAGTGCCCCTATTACAGCAGTACCGAAGATGTTAGTTAATAGATATTTTAGTGGATAATCTGTCATCTGACATCCAGTATAAGTTACAGCCTTTGCATTTTGCTCATTTTAGATATCTTGGACTGAGCAGTGGGGCCTTTACTGTATTTTTCCTGATAAATACACATACTGGCCACTCCTTATCTCTTTTTCTTGAAAAGTGAACTTTTTAAAGCAGCCAAGTCAACATCAGGCTACTGAAGTTGAGGCTTTAGGGTAACTTTCCTATATTGAGCCCATGGGTTACAAGGATTTGCAATATATTGTTCCATTTACAGCCAATACAGGTTTAATCGATGTTCAATATTGGTTTAGGAAATTTAAGGCCTTCTAAATCATAATAGCTCTTTCATGTCTAAAACCATTTTATGATATTGCCAAAATGTGATAGGAAACCTACTCATTAAATTGTTAAACTTTTTAATGACTATGTGAAGATATGAATTGTTTCCTGAAGATAATACTCTTAATTGAGTTGTATTGTACTTCTTAGGCAAAGCAGTGTAAAACTGTATCAATTAAGGCTTGTGAGTAGTGATTTCCACTGGGGCATCAGAGTCTTGGCTGGGCTGAATCTGCTGCTTGTTGGTTCAGTGTTTCTTATGAACAAGAGCCACAGTACAGAGCTTCAAGTTATTTAAAATACTAAGTCATCTTACGTTTCCATTTTATTAACGGGATGTTGCAATCGTTTGTAAACTAATAAACTTATAAAGTGATTGGCACAAAGACTCCTTGAGCAAAAGCTGTGCAGTTAAGTACAAAAAGATACTTAATTTGGAGACTCTTACAGTAATTTTTGCCATGTCAAAACAATGGCTTTTACATTGAAAGATTAATAGAAACTCTACATATGTTAATTTTTTTATAGAACCTGACTCAAATCAAGGTACTCTCCATTTTATTGCCTTACCTGAATCAGTCCTTTTTGGTTGGTAATAGATTTTTTTATACACCCACGTTTGATTTAAAAGTAAATTCTAGTTCTTAAGCACTTTTAACAAATCCAGAAGCACATTTTTCTGCACAAACAAGTTACAAAGTTCAAAAGTGTTTCTTGTGCATTAGCTTTGAGATTCAGTTTTTAACTTTGTAAACCACATCTGAGAGACTTGTCATTTCTACATTGTGTGTGTTTAATTTCTTTTGATTCCATTTTGGTTAAGAGAGCAGTAAATAGATTTTCTGGTATTCTTGTTCACTTGATTACATTTGTATAAAGTTCTGATTGCCAGTTGCTCAGATAACAAGTGACAAGGCAGAATTCTTTAAATCAGTAAAGTTCCTTAAGCCTAAGGCTAAATCTTGAATACATTGTTGAATTCTTTAATATCCTGATGGCAAGCAGACTGATAGCTGCACATTTGGCATGCTTTGTTTAATGGATTTTATTTTTAATTGCAGATTTATTTGGCAATGTACAGTAAATTTTGTAAACTTGCATCAAGTTTATGAATAAAGAACCATTTAAAAATTTTGTTTGTGCTGATCATGGCAAGCAAAAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000140367:ENST00000267938:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.480
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0017921=UQ_con=PD(12.2=82.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains