HsaINT0185966 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197056 | ZMYM1
Description
zinc finger MYM-type containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26253]
Coordinates
chr1:35097317-35104469:+
Coord C1 exon
chr1:35097317-35097566
Coord A exon
chr1:35097567-35104294
Coord C2 exon
chr1:35104295-35104469
Length
6728 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTATAT
5' ss Score
1.45
3' ss Seq
TCCTTGTTATTTATTCTTAGAGA
3' ss Score
7.14
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTCACAGTTGACTGCAGGCATTCAGCTTTCTCTGGCATCATCTGGCGTGAATAAAATGCTTCCTTCAGTTTCAACCACAGCTATTCAGGTTTCCTGTGCTGGTTGTAAAAAAATTCTCCAGAAGGGGCAAACTGCTTATCAGAGGAAAGGATCTGCTCAACTTTTCTGCTCCATACCATGCATCACTGAATACATTTCATCTGCCAGTTCACCAGTTCCTTCTAAGAGAACTTGTTCAAACTGCTCAAA
Seq A exon
GTATATAATTCTAAATTATGCCCCCTTTTATTTCCCTACCTTGTTCTTGATCATAGTCTTAGTTGTAATTTCTACATTTTCTTTTTTTATTTTTTGAGACTGAGTTTGACTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAACTTCCACCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGCCATGCACCACCACGCCCGGCTAATTTTGTATTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCGTTCGCCATGTTGGCCACGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCTTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGTCACTGCGCCCGGCCATTTTCATTTCTTTTGAAGACGTGTCGTCTTGGTTTAGTAAAAAGAAGTTTTTTCTACTTTTAGTTCCTCTGATGGATTCTGTAGAAATATTTTTTTTTGCAGAAATTAATGTGAAAAGTACTGTTTCTCTTCACCTTTACTCTTTTCATTTGAAATTCTCTGTAAATGGGATTATTGTTTATCCATTCTGTTCTATTTAACTGTATAGGGAGCAACCTACTAAAAAATTAATCCTATGACAGTTAGTTTGGATTTTCCAAGATGTGGAATAATATTATATTTCTTTTATAATGGTAAATGAAGTGATTCTTTTGAAAAATTGATGGCCATAGATAAACCTACATGTCTCTATGTAATCTTTTAAAAATTTATGTGAGAATGTGTGAAGAATCAGTGTCATTTTGGCTTTGAGAGTCCTAAGGCTGTATAATTATGGTTGTTAGCACTTAGGATATGCTAATTTTTAAATGTTCTTGTTCAGAACAAGAAAATCCATAGGCAACCACAGTGCTTCTAAATATAACAAATTTCTTTCAAATAATACTTGTTTTGGACTCAGGTTGCCATAATTTGAATTTTGCTTCTTCTGTTTAGTTATATTTTACTACTCAAAGTTTCATCCCTGAGTTGCTAGATCAGCATCACCCAAGAGTTTGTTAGAAATGCACTTTCTCAGGCTGGGAGCAGTGGCTCACGCCTGTTATCCTAGCACTTAGGGAGGCCGAGGTGGGCAGAATGCCTGAGCTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCAACACAGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAATACAAAAAAATTAGCTGAGCACTGTGGCATGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAAGCAGGACAATTGCTTGAACCCGGGAGGCTAAAGTTGCAGTAAGCTGAGATCAGGCCACTGCACTGACTGTCTCAAAAAGAAAAAAAAAGAAATGCACTTTCTCAGGTCTTACCCAGACCTGCTGATTCAGAACTGCATTTATCGCCATGTGATTCCTATACATGCTAAAGTTGGAGCAGTATTGAGAACTTCTTTGTTACTTAGTATTCGTATCTGTTTTTGATAAATGTACAAAAGAATTATGAGCATTAAATAGTATATTTAAGTGGTCAGAACAATACCAGCATGTAGTAAGAACTCAATAAATGTTAACTATTATTATTCTCTTAACAAACTCACAAACCCTTTTGATGGGTTTGCTTCAGCTCCTCTGGCTGCTGCTTCAGTTATTATCTGTTGCTTCAGGTCTTATTCCATGGCACGTTACTTACCATTCTCTTTTGCTTTTCAACCCTTCAATACTATACTAGTCTTTTGTCTTTTTACTTTTTTGCTATGGGCCATATAGTACTCTCTTCAGCCTGCTTTCTCTCCCTGCAGAGTCATAAAACTGGAAGGGACCTTAGAGACTCACTACACATCTTCAGCAGATGTCCCAGACAGATTGAAAAAGGCTGAAGCAGGAAAGATTTAGTGTGTAAGTTCTCCTAGGCATGGAAATCCAATATGAGTAAAAATCTGAGATAAGTTTTACTTCCTCTAGAATAAAATTTTTTTATAAAAAATATTATATTGTAGTGGGTAGAAAGATGGTAGTAAATTTTAGGCTGGAAAAGGCCATCCATGATTCAGAGTAGGCTGCTTTTTTCAAAACTTAAAAATTCCACATTAATTAGCCTTTTACATAAATTTTAGCTATTCTTCTGGGGTTTTTTTATCTTCCAGTGAAACTATCCTGAACTGAAAATAATTTTCAGTTACTTATTTATTTATTTTTGCAGAGACAGAGTCACTATGTTTCCCAGGCTGATCTTAAACTCCTGAGTTCAAGTGATCCTCCTGCCTTGGTCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCTGATTTTCAGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTCTGAGACGGAGTCTCGTCTCAATCTGTCACCCAGGCCAGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTTACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACTGTGCCCAGCTAGTTTTTTTATTTTCAGTAGAGATGCAGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCGGACCTCAGGTGATCTGCTTTCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGTATGAGCCACCACGCCCTGCCTGATTTTTAGTTACTTTTTAAGATTTCTTTTATAGGAATGATTTAATATCTGTTTTGAGTCAATGCACTTTTTATTCTATTTCATGGACCAAATGGAAGATCCCTTTGAAGATGACATTTTAAATCTTATTAGAAAGATGCGATTTGTGGGCCAAGCGAGGTGGTTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGAGAATCACTGGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGTCTAGCCAACACCACAAATCCCTGTCTCTACTAAAAATATAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGTGTGTGCCTGTAAACCCAGCTACACCAGTGACTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGACGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGTACGACTGCACTCCAGCCTGGGCAACGGAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAGATGTGACTTGTTCTTGGGAACTTTGTATTTAAGAAGTGTCATTTCTTCACTTTAGTATCTCAGTTGGAACCAACCGCAAATCCTGAATGCAATCAATAAAGTCCAAAATAGGCCCCTGCACTAAGGTTTGATTTATTTATCGGAAAGTTGTTCCTAATTTGTTGGCGTTTCTTTTTTTTTTTTGAGACAAGGTCCCTGTCTGTCACCCAGGTTGGAGTGCAGTGGCACCATCTTGGCTCACTGCAGCCTCGACCACCTGGGCTTAAGCAATACTCCCACCTTTACCCTCCCAAGTAGCTGGGATTGCAGGCACATGCCACCCTGCCTGTCCAGTTTTTGTATTTTTTTGTAGAGATGATTTCACCATGTTGTCCAGACTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCTGGCTTGCCCTCCCAAAGTGCTGGCATTATGGGCGTGAGCCACCGTACCCAGCCAACATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGCGGAGTCTCACCGTTTTGCCCAGGCTGGAGTTCAATAGCGGGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCTAGTAACTGGGATTACAGGTGCCTATCACCATGCCCCGTTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCGTGTTGGCCAGGCTGGTCTCCCAACTCCTGACCTCAGGTATCTGCCTGCCCCAGCCTCCCAGGATTACACATGTGAGCCACCGTGCCTGGCCAACATTCATTTTTCAATTTTTTATAAAGCTTTAGTAGATTCTTAGAAGCCAGCAATCTAGTATGCTGATAGCAATAAAAACTAAGAAGCATTTTCAGACTTCCATGCGTCGCTGATGTAGTTTCTTCTTCCTCCCTTCCCATCTGGCTGGTATCTTTATTCTGTCTGAAAGGTATGCCTCAAATATCTTTACCTTTTGTCTATTCCCACACCATTCCTCACTCTCCTCTTACAACCGCCCACCCCCCAAATTAATTCTTCTGTGGTCTGTGATTTTACAGTGTCGTGTTCATAACTCCCAAAACATTGATCACAAAATACTAATGTTTTTAAATATTTTTAGTAGAGACGGGGTTGGCCAGGCTAGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCCACCTTGGCCTCCCAAGATTAAAGGTGTGAGCCACCGCGCCTGCTATTAGGTGTATTGATATTTTCTATAGTGGCTGTTCTCAAACTTTCTGGTCTCAGGACTTCTTGTACCCTTAAAAATTATTGAACACCCAAAGAGCTTTAGTTATGTAGATTATGAATATTAACTGTATCAAAAATTAAATGACATTTTAAATGAAAAATACCCATATTTTTAAAAATTGATAAGTATTGTTTTATCAGTTTTGCAAATCACTTTACATCTAGCTGGATTTTTGTATCTGTTTCTGCCTTCACTTTATTGCAAAGTGTTGTTTTGGTTGAAGTCTGAAGAAAACCTGGCCTCATAAATAGGTGATTGGAAAAGGGGGGAGTGTTTTAGTAGCCTTTTAGATCGTTGTGGGTGTTCTTTGATACTACAACCAAAAATCAAGTGGTAGTTTCTTAAAGGCTAGTTGCAATGTGGGATCAAACTTTTTGTACCATGTGGATCAGTGAACTTTTTGCACTCTGTTATGTTAGAATTCGTTAATCTATCTTGTACTTTGAATGGATCTTTTACCCGTGAATGATTTTTGTAATATGCTATTGTAGTTTGGAAAATACTGGTTCACTGAGTTCTGCAGATCTTCTAGATGTTCTCATTTTATTATGCAGTATTTTAAAAATCACCACTAATCTCAGAAAAGTTTTTAAGTTTTGGGTATCGATCAAGTTGAAGTTGGAAGATACAAGTTTTCCAAAATTCTAATTATCACTTGAAAGACAAA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Seq C2 exon
AGACATTTTAAATCCAAAGGATGTGATTAGTGTCCAGCTGGAAGACACTACCTCTTGCAAAACTTTTTGCAGCCTATCTTGTCTTTCATCATATGAAGAAAAAAGAAAACCATTTGTTACCATATGTACTAATAGCATTTTGACCAAGTGCAGCATGTGCCAGAAGACTGCTATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197056:ENST00000373330:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=WD(100=48.8),PF064679=zf-FCS=PU(28.9=15.5)
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=PD(68.9=52.5),PF064679=zf-FCS=PU(38.5=25.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains