HsaINT0185979 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000121741 | ZMYM2
Description
zinc finger MYM-type containing 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12989]
Coordinates
chr13:20052277-20058704:+
Coord C1 exon
chr13:20052277-20052311
Coord A exon
chr13:20052312-20058574
Coord C2 exon
chr13:20058575-20058704
Length
6263 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
TTCTCTTTGCTTCTCCATAGGGT
3' ss Score
12.15
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCAGGGTTGTCAGACATCTCGAACCAAAATGACA
Seq A exon
GTAAGTATTGGTGAAATGGAGTGCTGAATTGTGATTTTTGTAATATGGGGTAAAAAATAATTAGGCCAATTTAATGTGATCATAATAGTAATTTTTTTGGTTTTTTTTTTGCTTTACTGAGACGGTGGAGTATTCAGCTGAATTATATTAATACCAGAGACTGTCATGCATGCTAAAGAATATAAAGGAGAATTAATTATAGCCTCTACTCACAATGGGGCGATAGACATAAGTGATATTTGAGTTGACGGATGTTTCCATAATAGATGCATCTTTAAGACAATGGCAATAGTATGTTTGAAATTAAGACAATGGCAATAGTATGTTTGAAATTAAGACAATGGCAATAGTATGTTTGAAATGACTGTATTTGTTCTGAAAGATACGAATAAGCTGACTGTAAACAGTTGAGTAGAAGATTGCCAGATAGGCATGAAAAGTAGGAGAATAATAAAGTACTAAGCACGTGTATTTGGCAGAACTACTTACTAGAGCCAAGCCTGAAGGGGATCTTTGGTGGAATAATGGAAAATGAGGCTGAAGGAATAGGCTGAGGCAGATTATTAATGGCTTTATGCATTTATTTTTCAAGTAGAGATCTGAAGATATATGTTGGTGGCTAGAATTTTTTGAGTTTAACAATTTGGGAAATACACAGTGTGTCCTGGATTTTTTTTCCTCCAATTTATTTTTCTTTTGGTGTAATACATCAAATTCTACACTTTTGTTAGCATTTTAAGAGTTTTATAGGTTGAAAGTGGCCATTGATGTTACTAATGACTACTAAAGATAAGAGGCAGTGCTTTTGCCACTGCCTGGCCTTGGCATGCTGCATCTTACAGCAGTCACCAGTGGTGGATCCTGCTATTTCTGGCATCCTTATCCGAGGGAAGCTCTTTGGGAGTCATTTATTGGCAATAAAGTCTCTGGGCTAGTTCTTGTTGTGTTACAAAAGAACAGATTAGTGGTTCCTAGCTCTGACTACTCATTAGAATCACCTGGCAACTTTTCAAAACCTTCCAGTGCCTGGGTTTCAACCCAAAAATTCTGTATTTTTAAAAAGTTCTGGCTGGGCACGATGGCTCACGCCTGTAATCCCTGCAACAAGGCAAGTGGATCACCTGAGGTCAGAAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAATCTCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGTGGGCACCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTAATAAGAGTGAAACTCCATCTCCATTAACAACAACAAAAAAAAGTTATTTAGGATGCTGATATGTAACCAGACATGAGAATCACTGATATAGATGAAAATTGGTATTTTTACATTTATTCTATTCAGTGTTTGTTTTTGATGTTAATAGTTGGACAGAATCCTAGAAAAGTAAGAATACTTTTTCCATACCCCCCCTTATGGAAATAACATTTTAAAATCAGATAATTTGGAAGTACGTAAAGTATTCACTTGAATTATCTGATTTTAATACCAGACACTTTTATCCATGCTGAGGGTATGAAAGATGACTACTCCCTATTTTATATTTATAAGGCAACTATTAGCACGATATTAAATATTTTTCTCCTCCTACAGCACTTGAACCAAACTATATGACAGAGGGATAGAGGGAGCATTATTAATAGGGAAGGATAAGTAAGGCTGCCATTGCAGCTGTTGCCTTTTGTCATATAAAGTCCTCTCCCATCTTTTCTTTGTAAGCTTTTGGAATCTTCTAATTCTCCACCCATAAACTTCAAAGGATAGGAGCTTAGCTGTATAATTTTGGGCAAGTTACTTCACTGTTCTTTTTGTGAGTTTCTTTATTTGTAAAATCAAGATGAATATAGTACCTACCTCATGTTGAATACTAAACGTGGTGTAACTGTTTTGTTCCAGACTTCATAGAGGCAGTATGTATAGTAAAGAACATAAACTTTGACATCAGATGAGTCTTACTTGAATCCTGATTTCAGAACTTTTAGCTCAGTGCCTGTTGCCAGGTTATATCACTTCTGAGCCTCAGTTTCCTCCTATGTAAAATGGGAGTGATAAAAAGTCCTACCTTTTGTGGTGGTAGGAGTATGCAATAAGATTTGGTGCTTTTCATAGTCCCTGGCATCTAGCAAATACTCAACAGATGGTGGCTTTTGTCATTATAATTTTTATTCTTTTGGGTCCTACTTCAGCATACACAGATAACTGTGTATCCTGCCTATTGACTAAAAAAGTAAAAAACATTCTAAAAAACAAGTTTGGTTCAAGTGTAGATTTTCACCAAGTGGCATAGTTAATTGACATAAAGTAGTATTTGCAGAATGGCAAGAAGTGCAACATTGAGCAATCCCAGGACATCTATGACTTTAGATCCTCTCTTCTGGGATTCCAGTTAAGAGCGAACTTTCCTAATGCCTGGTATGTAACAGATACTGTTTGCTAAGTTATTCTTTCCATTATGCAATGGTGGAAATTGAGGCATAAGAGATTGAGTGACTTGCCTGACGTCACACAGCAGTGGCTTTAAGTATAGTTGACCCTTGAACAACATGGATTTGAACTGCATTTGTCTACTTCCACATGGGGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCAACCAAACTTGGATGGAAAATAAAGGATTTGCAGGATGCGAGTTTGAGAGCATACTTTTCATATGGGTGAGTTCTATAAAGGCTGACTGTGGGAGTTGTGTATGCAGATTCTGGTATGAGGAGTAGGGGTAGGGGCATTGGTGGATGGTGGTGGTCCTAGAACCAGTCCTCCACATATACTGAGAGATAATTGTGCAGTCAGTCCTCATTCATGGATTTCAAATTTGCCTACCCACCAAAATTTATTTGTAACCCCTTAATCGATACTTAAGTGCTTTCACAGGCATTTGTAGATGTGCAGAGTGGTGAAAAATTTGAGTTATCCAATGTGCATGTTCCCAGTTGAAGTAGAACAAAGCAATGCTGTGCCTTTTTGTTTCAGCTCTCATACTGTAAACAAGTGTCCTTTTCTTAGTCTAATTAGTGTCAGGGTGTTTTGTTTTTGTTGTTTGCATTTTTGTGTTTTCTGTTGATGATTTTTGTTGTTTAGAAGGGCCAGCAAGTGTGGTGTTGAAGTGCTGTCTAGTGTCACTAAGAGCAAGAAAGCTGTGATGTACCTTATGGAGAAAATACTGTTAGAAAAGTTTCATTTAGGCATGAAGTTATAATGTTCTTGGTGTAAGTTCAGTATTAATGAATCAACATTATCGTACATCTAGAAAAAGGAAGAGGAAATTTGCCAGTCTACCCGAGTGCTATAGTAACATCTCTAGTTTGTGGTACAGCTAAGGAAAAGATACAATAATGACTAAACTTACGGATTCATGAGATTATGACCAATTTTTTTTTTTTAAAGCATACTGAACAGCTTTCAGCTCACAACAGGTTAATCGGGGTTAGGAAAATGTTAAAACGTTCTTGGCTATGTGAGAGCTAGCTGGCTTACACATTTTAAGGCAATGTGGTATGAAAAGTGTTGAAGTTGAGGCGAGTTTTGCAGATCAAGATACTATGGAAGAATACCTACGAAGTGTTATACAGGGAAAAGGTTATATGGAAGAGCTACTTTTCAACACTAATGGGACTGGCTTATTTTTACGAGGTCATTGGCATATGAACCTTTGAAATGCCCTTGGCCTTAATTCATCCAAAGAGTGTGCAAGCTTGTTATTGTATACCAATGCCAAGGGCACCTTTAAATGCAAACTCTTGATACACAGAGCTCAAAATTCTTGAGCACTTGCAGGGGAAAACCAGAAGTGTGTATCATTTCCATTGGAGGTGGGACAAAAAAGCATGGATGATACCCAAAATATTCTGGGATTGGTTTCATTGCTTCATCCTAGAAGTTGAACACTATCTTCAGGGTGAAAACTTAGCCTTCAAAGTTTTATTACTGGATAATGCCCCAGTTCATTGCTGTGAAGAACTTGGAAGTGCCCATCCCAATGTAGGAGTTCTTTTCATGCCCCCAAATACTAGTCTCTTCTCCAGCCCCTCAGACAGGGCATTTTAAAGGCTTTCACGGTGTACCACATGAGGGAGCTTTGTAACAAGGCTTGTGAGGCTCTCAATGCCGACAAGGAAACCACCATGGATAGACTCCTGGAAGCAGTCACAATATGCATCTTCTTGATTATGGCGACACAACCTGGGGGCAGTATAAAGCAGTCCATTGATAACTGTTGGGAAGATGTTTGATCAGACTGAAAAGGTGTTAAAGAAATTATAAAGAACAATGTTAAAAACATAATGTGCATCACACAGCAAATGAGCATAGAAGGCTTTGGCAACATGAAGGAAGGTGATATCAGAATGGAATTCTGTCTTGGGAAAAATTGTCAATAAAACAGAAAAATGTGGCCCTATGCTTGAGCACAGTCTCAATTTTAAGCGCTACTGAGAACATGCCTTGAGATGCTTAAAGGATCTGAGGTTAAAAGCTAAGCTGCCAAGGCTGACACAATTTTTGGAGCCACTTTGGGTAAGAAAATCACTGACACTGTCAACAAGGCACAAGAGCCAGTTCTACAACCTCGGTTTTCATGGGGCACATCAAAGGTTGAGAGGTCAGACCACACAGCGCAGTACCTCATCACACATTCTGCAGCTCCATCCACAGTGAAATTTTATTAATGTTTGTTTTGTTTTTGCTTTGTTCTTGAGACAAAGTCTAACTCTGTCATCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCAATATCTTGGCTCATTGCAACCTCTGCCTCCCAGGGTCAAGAGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTAGAGTAGCTGGGACTAGAGGTGGGCGCCACCATGTCCGGCTAATTATTTATTTATTTTTATTTTTATTTATTTATTTATTTTTGT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Seq C2 exon
GGTTCAGCACCACCCCCTTCTCCAACACCTAACAAAGAGATGAAGAACAAAGCAGTTCTTTGCAAACCTTTAACAATGACAAAAGCTACTTACTGTAAACCTCACATGCAGACCAAATCTTGTCAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121741:ENST00000382870:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.317 A=NA C2=0.377
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains