HsaINT0186189 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000172262 | ZNF131
Description
zinc finger protein 131 [Source:HGNC Symbol;Acc:12915]
Coordinates
chr5:43161811-43173550:+
Coord C1 exon
chr5:43161811-43162033
Coord A exon
chr5:43162034-43173419
Coord C2 exon
chr5:43173420-43173550
Length
11386 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATG
5' ss Score
9.43
3' ss Seq
TCTTTTTTCCCCTCTAATAGGTG
3' ss Score
11.01
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCACATGAAATCACACTCCACTGAGAGTTTCAAGTGTGAAATATGCAATAAACGATATCTTCGAGAGAGCGCATGGAAACAGCACCTAAATTGTTACCACCTTGAAGAAGGTGGAGTCAGTAAGAAGCAAAGAACTGGGAAAAAAATTCATGTATGTCAGTACTGTGAGAAACAGTTTGACCATTTTGGACATTTTAAAGAACATCTTCGAAAACATACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGAAAAACCTTTTGAATGTCCAAATTGTCATGAACGATTTGCTAGAAATAGCACTCTGAAATGTCACCTCACTGCATGCCAAACTGGAGTAGGGGCAAAAAAAGGAAGGAAGAAGCTCTACGAATGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000172262-ZNF131:NM_003432:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.170 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF121713=zf-C2H2_jaz=WD(100=29.3),PF134651=zf-H2C2_2=PU(38.5=13.3)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(57.7=34.1),PF128742=zf-met=PU(12.5=6.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)